基于MassArray核酸质谱检测遗传性耳聋的引物组、方法及其应用技术

本发明专利技术公开了一种基于MassArray核酸质谱检测遗传性耳聋的引物组，所述引物组序列包括多重扩增引物序列分别如Seq_ID NO.1

【技术实现步骤摘要】
基于MassArray核酸质谱检测遗传性耳聋的引物组、方法及其应用


[0001]本专利技术涉及基因检测领域，具体涉及一种基于MassArray核酸质谱检测遗传性耳聋的引物组、方法及其应用。

技术介绍

[0002]遗传性耳聋是指由来自亲代的遗传物质即致聋基因或新发生的突变致聋基因传递给后代，所导致的耳部发育异常、代谢障碍、细胞结构或功能异常，以致出现听功能不良。遗传性耳聋中的70％是非综合征性耳聋(即不伴有任何非听觉内耳方面的症状和体征)，30％是综合征性耳聋。遗传性非综合征型耳聋(non
‑
syndromic hearing impairment,NSHI)分为常染色体隐性(DFNB)、显性(DFNA)、X连锁和线粒体母系遗传性耳聋。
[0003]常染色体隐性遗传耳聋占非综合征性耳聋的77％；其中，GJB2、SLC26A4为中国最重要的两个耳聋相关基因，其突变在重度、极重度耳聋人群中的携带比例高达近40％。同时，GJB3、GJB6和TMIE基因突变也是导致DFNB的重要变异。
[0004]常染色体显性遗传耳聋占NSHI的21％，如KCNQ4基因和COCH基因位点突变。
[0005]X
‑
连锁遗传耳聋占NSHI的1％，目前已确定的4个相关基因，包括COL4A6、PRPS1、POU3F4和SMPX；其中，X连锁引起的非综合征耳聋中40％是由POU3F4基因引起的。
[0006]线粒体遗传发病率低，占比<1％。药物性耳聋，致病基因为12SrRNA，临床表现为新生儿出生后听力正常，一旦使用氨基糖苷类药物必将发生不可逆致聋。该基因的热点突变是m.1494C>T，m.1555A>G。
[0007]我国新生儿遗传性耳聋的发病率在1
‰‑3‰
，发病率与唐氏儿一般高。目前已发现的耳聋相关基因300
‑
500个。在正常人群中约有5％
‑
6％的人至少携带一种耳聋基因，如果一对夫妇均为同一种耳聋基因的突变携带者，生育耳聋患者的概率为25％。因此，进行产前筛查，降低新生耳聋患儿的出生率具有重要意义。
[0008]目前通用的检测方法很多，如MLPA、NGS、微阵列芯片等，存在成本较高，操作技术要求高，检测周期较长等局限性；也有飞行质谱检测方法的报道，但是检测位点不全面符合中国人群特点；中国专利(CN 111705122 B)公开了一种基于MassArray核酸质谱平台的遗传性耳聋筛查的方法及其应用。该专利公开的引物SNP位点中，除GJB2：c.35delG、c.235delC、c.167delT、c.109G>A；SLC26A4：c.919
‑
2A>G、c.1229C>T；MT
‑
RNR1：m.1555A>G、m.1494C>T；COCH：c.151C>T共9个位点外，其余位点未出现在2021年《遗传性耳聋基因筛查规范》、2020年《遗传性非综合征型耳聋的临床实践指南》、《2019遗传性耳聋基因变异筛查技术专家共识》以及国家EQA文件筛选出符合我国人群特点的31个遗传性耳聋点突变位点等相关指导文献中，因此，该专利技术中包含的遗传性耳聋位点组合不符合中国人群特点。

技术实现思路

[0009]本专利技术的目的在于提供一种可以一次性快速、准确、高通量检测遗传性耳聋，该方
法更全面地检测遗传性耳聋点突变组合，更符合中国人群特点。
[0010]因此本专利技术的目的之一在于提供一种引物组。
[0011]本专利技术的另一目的在于提供一种上述引物组检测遗传性耳聋的方法。
[0012]本专利技术的另一目的在于提供一种上述引物组在制备检测遗传性耳聋产品中的应用。
[0013]为了实现本专利技术的目的，拟采用以下技术方案：
[0014]于MassArray核酸质谱技术检测遗传性耳聋的引物组，所述引物组序列包括多重扩增引物序列分别如Seq_ID NO.1
‑
40所示与延伸引物序列如Seq_IDNO.41
‑
71所示；
[0015]上述所述多重扩增引物序列分成2组：
[0016]第一组扩增引物序列如Seq_ID NO.1
‑
20、23
‑
24、27
‑
28所示；
[0017]第二组扩增引物序列如Seq_ID NO.5
‑
6、9
‑
10、21
‑
40所示；
[0018]上述所述延伸引物组序列分成2组：
[0019]第一组延伸引物组序列如Seq_ID NO.41
‑
55所示；
[0020]第二组延伸引物组序列如Seq_ID NO.56
‑
71所示。
[0021]本专利技术还提供了一种检测遗传性耳聋的方法，所述方法包括用于筛查遗传性耳聋SNP位点的引物组对待测对象基因组进行PCR扩增和单碱基延伸反应，再应用MassArray平台对反应产物进行筛查，确定所述待测对象基因组中SNP位点的基因型。
[0022]本专利技术还提供一种制备筛查遗传性耳聋产品中的应用。包括用于遗传性耳聋筛查的组合物/产品/试剂盒，所述组合物/产品/试剂盒包括上述的引物组。
[0023]本专利技术提供的遗传性耳聋SNP位点的引物组，是通过样本测试筛选得到，能够实现对点突变和小片段缺失/插入突变样本进行准确的分型；
[0024]本专利技术提供的SNP位点引物组，覆盖遗传性耳聋常见的9个基因31个突变位点，包括GJB2：c.35delG、c.235delC、c.167delT、c.109G>A、c.176_191del16、c.299
‑
300delAT、c.257C>G、c.427C>T、c.508_511dupAACG、c.35dupG；GJB3：c.538C>T；SLC26A4：c.919
‑
2A>G、c.1229C>T、c.2168A>G、c.1226G>A、c.1174A>T、c.1975G>C、c.2027T>A、c.1707+5G>A、c.281C>T、c.589G>A、c.916dupG、c.2162C>T；MT
‑
RNR1：m.1555A>G、m.1494C>T；COCH：c.151C>T；KCNQ4：c.827G>C；GJB6：c.14C>T；POU3F4：c.896delA、c.652delG；TMIE：c.274C&本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.基于MassArray核酸质谱检测遗传性耳聋的引物组，所述引物组序列包括多重扩增引物序列分别如Seq_ID NO.1
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40所示与延伸引物序列如Seq_IDNO.41
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71所示；上述所述多重扩增引物序列分成2组：第一组扩增引物序列如Seq_ID NO.1
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20、23
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24、27
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28所示；第二组扩增引物序列如Seq_ID NO.5
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6、9
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10、21
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4...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑昭璟，耿娟，陈秀霞，
申请(专利权)人：杭州金诺医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：