用于检测人副流感病毒核酸的检测系统、试剂盒及方法技术方案

本发明专利技术公开了一种用于检测人副流感病毒(HPIV)I型、II型和/或III型的检测系统、试剂盒、方法及应用。该检测系统包括Cpf1检测系统，其中，所述Cpf1检测系统包含分别针对HPIV

【技术实现步骤摘要】
用于检测人副流感病毒核酸的检测系统、试剂盒及方法


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种用于检测人副流感病毒核酸的检测系统、试剂盒及方法。

技术介绍

[0002]人副流感病毒(Human parainfluenza virus，HPIV)是单链RNA病毒，病毒表面含有溶合酶蛋白(F)和红血球凝聚素
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神经氨酸苷酶蛋白(HN)，常引起儿童下呼吸道感染。据统计，大约30％
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40％的婴幼儿急性呼吸道感染都是HPIV引起的，其潜伏期一般在1
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7天左右。HPIV存在于呼吸道分泌物中，通过直接接触和飞沫传播，可造成反复发作的上呼吸道感染和严重的下呼吸道疾病，特别是在老年人中和有免疫缺陷人群中。血清学上，HPIV可分为4型(I型至IV型)，各亚型具有不同的临床和流行病学特征。其中，I型和II型的最常造成儿童喉气管支气管炎；III型常导致肺炎和细支气管炎；IV型很难检出。
[0003]HPIV引起的感染症状与流感病毒相似，难以通过临床症状及常规的检测方法确定病毒病原。因此，感染早期的快速诊断可在临床治疗中提供合理选择抗病毒药物的依据。目前，呼吸道病毒感染病毒学诊断方法主要包括病毒培养、免疫荧光技术、血清学试验、常规分子生物学方法等。其中，病毒分离培养过去常作为金标准，但该方法耗时耗力，不能及时指导临床治疗；电镜检测可直接观察到病毒颗粒，但操作复杂昂贵，不适用于临床；病毒核酸检测灵敏度高，但容易被污染；病毒特异性抗体阳性不能用于早期感染判断和疗效监测。因此，急需开发快速准确检测HPIV的方法。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于基于CRISPR
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Cas12a(Cpf1)提供一种可同时快速准确检测，适用于各种环境、简便易用的用于检测HPIV
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I、HPIV
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II和HPIV
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III的方法。
[0005]为了实现上述目的，在第一方面，本专利技术提供了用于检测人副流感病毒(HPIV)I型、II型和/或III型的检测系统，该检测系统包括Cpf1检测系统，其中，所述Cpf1检测系统包含由SEQ ID NO:4的核苷酸序列所示的第一crRNA、由SEQ ID NO:6的核苷酸序列所示的第二crRNA和由SEQ ID NO:11的核苷酸序列所示的第三crRNA中的至少一种crRNA。
[0006]在一些实施方式中，所述Cpf1检测系统包含由SEQ ID NO:4的核苷酸序列所示的第一crRNA、由SEQ ID NO:6的核苷酸序列所示的第二crRNA和由SEQ ID NO:11的核苷酸序列所示的第三crRNA。本申请中，所述第一crRNA为针对HPIV
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I的特异性crRNA，所述第二crRNA为针对HPIV
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II的特异性crRNA，所述第三crRNA为针对HPIV
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III的特异性crRNA。
[0007]在一些实施方式中，所述Cpf1检测系统还包含Cpf1蛋白和ssDNA报告探针。
[0008]在一些实施方式中，所述ssDNA报告探针含有荧光标记和淬灭标记。
[0009]在一些实施方式中，所述ssDNA报告探针选自6
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羧基荧光素(6
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FAM)和荧光淬灭剂(BHQ1)标记的ssDNA。优选地，所述ssDNA报告探针选自：/5 6FAM/TTTATTT/3BHQ1/。
[0010]在一些实施方式中，所述的检测系统还包括扩增系统，所述扩增系统用于扩增样
品中HPIV I型、II型和/或III型靶基因。优选地，所述扩增系统选自等温扩增系统；
[0011]在一些实施方式中，所述等温扩增系统包含如SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:20的核苷酸序列所示的第一引物对、如SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:27的核苷酸序列所示的第二引物对和如SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:34的核苷酸序列所示的第三引物对中的至少一对引物对。
[0012]在一些实施方式中，所述等温扩增系统包含如SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:20的核苷酸序列所示的第一引物对、如SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:27的核苷酸序列所示的第二引物对和如SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:34的核苷酸序列所示的第三引物对中的至少一对引物对。本申请中，所述第一引物对为针对HPIV
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I的特异性引物，所述第二引物对为针对HPIV
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II特异性引物，所述第三引物对为针对HPIV
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III的特异性引物。
[0013]所述检测系统用于HPIV
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I、HPIV
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II和HPIV
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III亚型的分型检测，可以实现HPIV
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I、HPIV
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II和HPIV
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III亚型的一罐式等温扩增和后续CRISPR分型检测。
[0014]在第二方面，本专利技术提供了一种用于检测人副流感病毒(HPIV)I型、II型和/或III型的试剂盒，该试剂盒包含第一方面所述的检测系统。
[0015]在一些实施方式中，所述试剂盒还包括检测装置，所述检测装置包括至少2个各自独立的荧光反应腔，每个荧光反应腔中分别含有一种crRNA。
[0016]在协议额实施方式中，所述Cpf1反应腔还预设有Cpf1蛋白和ssDNA报告探针。优选地，所述ssDNA报告探针含有荧光标记和淬灭标记。优选地，所述ssDNA报告探针选自6
‑
羧基荧光素(6
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FAM)和荧光淬灭剂(BHQ1)标记的ssDNA。优选地，所述ssDNA报告探针选自：/5 6FAM/TTTATTT/3BHQ1/。
[0017]在一些实施方式中，所述检测装置包括至少3个各自独立的Cpf1反应腔，Cpf1反应腔中分别预设针对HPIV I型、II型或III型的crRNA。
[0018]在一些实施方式中，所述检测装置还包括阴性对照腔和/或阳性对照腔。
[0019]在一些实施方式中，所述检测装置还包括至少一个扩增反应腔，所述扩增反应腔分别与每个Cpf1反应腔可操作地连通。例如，可以通过挤压的方式将所述扩增反应腔中的扩增产物转移至所连通的Cpf1反应腔中。
[0020]在一些实施方式中，所述扩增反应腔为1个，所述扩增反应腔分别与每个荧光反应腔可操作地连通。
[0021]在一些实施方式中，所述扩增反应腔预设用于扩增HPIV I型、II型和/或III型靶基因的引物对。优选地，所述引物对选自等温扩增引物对。优选地，所述等温扩增引物对选自如SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:20的核苷酸序列所示的第一引物对、如SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:27的核苷酸序列所示本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于检测人副流感病毒(HPIV)I型、II型和/或III型的检测系统，包括Cpf1检测系统，其中，所述Cpf1检测系统包含如SEQ ID NO:4的核苷酸序列所示的第一crRNA、如SEQ ID NO:6的核苷酸序列所示的第二crRNA和如SEQ ID NO:11的核苷酸序列所示的第三crRNA中的至少一种crRNA。2.根据权利要求1所述的检测系统，其特征在于，所述Cpf1检测系统还包含Cpf1蛋白和ssDNA报告探针；优选地，所述ssDNA报告探针含有荧光标记和淬灭标记；更优选地，所述ssDNA报告探针选自6
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羧基荧光素(6
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FAM)和荧光淬灭剂(BHQ1)标记的ssDNA；更优选地，所述ssDNA报告探针选自：/5 6FAM/TTTATTT/3BHQ1/。3.根据权利要求1或2所述的检测系统，其特征在于，所述的检测系统还包括扩增系统，所述扩增系统用于扩增样品中HPIV I型、II型和/或III型靶基因；优选地，所述扩增系统选自等温扩增系统；更优选地，所述等温扩增系统包含如SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:20的核苷酸序列所示的第一引物对、如SEQ ID NO:24和SEQ ID NO:27的核苷酸序列所示的第二引物对和如SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:34的核苷酸序列所示的第三引物对中的至少一对引物对。4.用于检测人副流感病毒(HPIV)I型、II型和/或III型的试剂盒，包含权利要求1
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3任一项所述的检测系统。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括检测装置，所述检测装置包括至少2个各自独立的Cpf1反应腔，每个Cpf1反应腔中分别含有一种crRNA；优选地，所述Cpf1反应腔还预设有Cpf1蛋白和ssDNA报告探针；优选地，所述检测装置包括至少3个各自独立的Cpf1反应腔，Cpf1反应腔中分别预设针对HPIV I型、II型或III型的crRNA；优选地，所述检测装置还包括阴性对照腔和/或阳性对照腔。6.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述检测装置还包括至少一个扩增反应腔，所述扩增反应腔分别与每个Cpf1反应腔可操作地连通；优选地，所述扩增反应腔为1个，所述扩增反应腔分别与每个荧光反应...

【专利技术属性】
技术研发人员：王鑫杰，马培翔，马晓东，刘明，
申请(专利权)人：广州国家实验室，
类型：发明
国别省市：