用于苗期鉴定苦瓜果实颜色的InDel分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于苗期鉴定苦瓜果实颜色的InDel分子标记及其应用；所述分子标记的序列如SEQ ID NO:1所示，SEQ ID NO.1所示序列自5

【技术实现步骤摘要】
用于苗期鉴定苦瓜果实颜色的InDel分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于农业生物
，具体涉及一种用于苗期鉴定苦瓜果实颜色的InDel分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]苦瓜是重要的华南特色瓜类蔬菜作物，药膳兼用，深受广大消费者青睐，具有较高的经济和社会价值。果实颜色是衡量果实品质的一个重要指标，是影响消费者与育种家选择性的最直观性状。苦瓜果实颜色呈现从墨绿色、绿色、浅绿色到白色等丰富的遗传变异。不同消费群体对苦瓜果实颜色的偏好不尽相同，而果实的颜色只有在果实达到商品成熟时才能完全显现，存在滞后性，从而给育种工作造成一定难度。随着生物技术的快速发展，分子标记辅助选择技术已在育种过程中得到广泛应用，通过开发与苦瓜果实颜色性状连锁的分子标记，在苗期对植株进行筛选，将大大提高育种效率，缩短育种进程。

技术实现思路

[0003]本专利技术的目的在于提供一种苗期鉴定苦瓜果实颜色的InDel分子标记及其应用。
[0004]本专利技术所采取的技术方案是：
[0005]本专利技术的第一方面，提供区分苦瓜果实颜色的InDel分子标记，其序列是：CGCTTTCTGTTATCTCTGTTCGTGCAGAAGTACAGGATGCAAAAGAGACATGTCATTCACAGAGAGGAAATTCCAAGGTGGCCCCATCCAAGATGTTCAATGCAATTCAATCACTTGAAACCTATCATGGCTTACCCTTCTTCTCATCCTAACTGTGGATTATCAGTGTCCGCTGTTTATCCAACATGGAGACAGACCAATG(SEQ ID NO:1)，SEQ ID NO.1所示序列自5
’
端起第155位碱基G后插入10个碱基，插入碱基序列为ATAATATCCT(SEQ ID NO.4)。
[0006]本专利技术的第二方面，提供一种引物对，所述引物对用于扩增本专利技术第一方面所述的分子标记。
[0007]在本专利技术的一些实施方式中，所述引物对的序列为：
[0008]Mc958
‑
F:5
’‑
CGCTTTCTGTTATCTCTGTTCGTG
‑3’
(SEQ ID NO:2)；
[0009]Mc958
‑
R:5
’‑
CATTGGTCTGTCTCCATGTTGGATA
‑3’
(SEQ ID NO:3)。
[0010]本专利技术的第三方面，提供一种试剂盒，所述试剂盒包含本专利技术第二方面所述的引物对。
[0011]本专利技术的第四方面，提供本专利技术第一方面所述的分子标记在苗期鉴定或辅助鉴定苦瓜果实颜色和/或苦瓜辅助育种中的应用。
[0012]本专利技术的第五方面，提供本专利技术第二方面所述的引物或本专利技术第三方面所述的试剂盒在以下至少一项中的应用：
[0013](1)苗期鉴定或辅助鉴定苦瓜果实颜色；
[0014](2)苦瓜辅助育种；
[0015](3)制备用于鉴定或辅助鉴定苦瓜果实颜色的产品；
[0016](4)制备用于苦瓜辅助育种的产品。
[0017]本专利技术的第六方面，提供一种苗期鉴定苦瓜果实颜色的方法，包括检测待测苦瓜样本基因组中本专利技术第一方面所述的鉴定苦瓜果实颜色的InDel分子标记的基因型。
[0018]在本专利技术的一些优选实施方式中，包括采用本专利技术第二方面所述的引物或本专利技术第三方面所述的试剂盒对待测苦瓜样本的基因组DNA进行PCR扩增。
[0019]在本专利技术的一些实施方式中，所述方法包含以下步骤：
[0020]S1：通过采用本专利技术第二方面所述的引物或本专利技术第三方面所述的试剂盒对待测苦瓜样本的基因组DNA进行PCR扩增；
[0021]S2：对所述PCR扩增产物进行测序或电泳，分析检测结果。
[0022]在本专利技术的一些实施方式中，当对所述PCR扩增产物进行电泳时，若PCR产物为192bp或192bp和202bp，则待测苦瓜样本为绿色；若PCR扩增产物为202bp，则待测苦瓜样本为白色。
[0023]在本专利技术的一些实施方式中，当对所述PCR扩增产物进行测序时，若5
’
端第155个碱基G后插入10个碱基ATAATATCCT，则待测苦瓜样本为白色，若未插入则为绿色。
[0024]在本专利技术的一些实施方式中，所述PCR扩增的程序：92～96℃预变性1～3min后，92～96℃变性28～32s，55～59℃退火28～32s，70～74℃延伸13～17s，28～32个循环后，70～75℃保持3～7min。
[0025]本专利技术的有益效果是：
[0026]本专利技术提供了一种与苦瓜果实颜色性状紧密连锁的InDel分子标记，分子鉴定与表型鉴定的总体契合度高，可为辅助育种提供科学依据与有效指导，仅借助科学技术判断进行人为选择，可预期取得良好的经济效益。
附图说明
[0027]图1：Mc958在母本B07(B)，父本A06(A)以及二者F1代杂种中的扩增结果。
[0028]图2：F2群体中部分植株的InDel检测情况。其中，1
‑
10果实为白色；11
‑
33果实为绿色。
[0029]图3：对32个果实表现绿色和白色的自交系进行InDel检测结果。
具体实施方式
[0030]以下将结合实施例对本专利技术的构思及产生的技术效果进行清楚、完整地描述，以充分地理解本专利技术的目的、特征和效果。显然，所描述的实施例只是本专利技术的一部分实施例，而不是全部实施例，基于本专利技术的实施例，本领域的技术人员在不付出创造性劳动的前提下所获得的其他实施例，均属于本专利技术保护的范围。
[0031]实施例1
[0032]1.遗传群体的构建
[0033]以本所保存的墨绿色果实自交系B07为母本，以搜集的地方品种经多代自交选育而成的白色果实自交系A06为父本，构建F2群体。获得313个单株的F2群体，用于果实颜色性状遗传分析和定位群体。
[0034]2.供试材料雌性性状的确定及遗传规律分析
[0035]以墨绿色果自交系B07和白果自交系A06构建F1和F2遗传分离群体，表型鉴定结果
显示：F2群体中果实颜色从墨绿色到白色呈连续性正态分布。分析结果表明，苦瓜果实颜色为多基因控制的数量性状。
[0036]3.基于BSA技术，对苦瓜果色调控基因进行精细定位
[0037]本项目利用集群分离分析方法(BSA)，对苦瓜果色调控基因进行定位，在苦瓜scafford NW_019104490.1上定位到一个关联区域。
[0038]4.InDel标记的开发、扩增。
[0039]下载定位区间内InDel位点上下游200bp的核苷酸序列，利用Primer Premier 5.0设计包含InDel位点的引物。利用亲本B07、A06和F1对开发的InDel标记进行多态性筛选，发现标记Mc本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于苗期鉴定苦瓜果实颜色的InDel分子标记，其序列如SEQ ID NO:1所示，SEQ IDNO.1所示序列自5
’
端起第155位碱基G后插入10个碱基，插入碱基序列为ATAATATCCT。2.一种引物，其特征在于，所述引物用于扩增权利要求1所述的分子标记。3.根据权利要求2所示的引物，其特征在于，所述引物的序列为：Mc958
‑
F:5
’‑
CGCTTTCTGTTATCTCTGTTCGTG
‑3’
(SEQ ID NO:2)；Mc958
‑
R:5
’‑
CATTGGTCTGTCTCCATGTTGGATA
‑3’
(SEQ ID NO:3)。4.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求2或3所述的引物。5.权利要求1所述的分子标记在苗期鉴定或辅助鉴定苦瓜果实颜色和/或苦瓜辅助育种中的应用。6.权利要求2或3所述的引物或权利要求4所述的试剂盒在以下至少一项中的应用：(1)苗期鉴定或辅助鉴定苦瓜果实颜色；(2)苦瓜辅助育种；(3)制备用于鉴定或辅助鉴...

【专利技术属性】
技术研发人员：郭金菊，张长远，吴廷全，晏石娟，杨凤玺，韩鑫，高洁，李文燕，王瑞，谭德龙，曹海顺，王茹芳，黄宝欣，
申请(专利权)人：广东省农业科学院农业生物基因研究中心广东省农业科学院环境园艺研究所，
类型：发明
国别省市：