与番木瓜果肉果糖含量相关的SNP分子标记及应用制造技术

本发明专利技术涉及一种与番木瓜果肉果糖含量相关的SNP分子标记及应用，属于生物技术领域，解决了现有技术中与果肉果糖含量指标相关的番木瓜选育时间长、选育成本高的问题。与番木瓜果肉果糖含量相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于Chr02染色体的第36650074位碱基，命名为Cpa02g023590:1559，所述SNP分子标记位于SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第411位。所述SNP分子标记能够准确高效的预测番木瓜果肉果糖含量的高或低，大大提高了番木瓜育种的选择效率，降低成本。降低成本。降低成本。

【技术实现步骤摘要】
与番木瓜果肉果糖含量相关的SNP分子标记及应用


[0001]本专利技术涉及生物
，尤其涉及一种与番木瓜果肉果糖含量相关的SNP分子标记及应用。

技术介绍

[0002]番木瓜(Carica papaya L.)又称木瓜、乳瓜、万寿果，是一种热带常绿果蔬，其广泛栽培于全世界的热带和亚热带地区。番木瓜果皮光滑美观，果肉厚实细致、香气浓郁、汁水丰多、甜美可口、营养丰富，有“百益之果”、“水果之皇”、“万寿瓜”之雅称。成熟的番木瓜果肉呈黄色或红色，胡萝卜素、番茄红素含量丰富，具有卓越的保健效果和重要的使用价值以及工业价值。因此，发展番木瓜生产将极大刺激食品加工、医药卫生、美容保健和养殖业等相关产业发展，具有重要的意义。
[0003]在传统的番木瓜分子育种中，农民或育种家主要通过选择优良性状的植株个体，通过杂交或回交的方式，将优良性状固定下来。
[0004]番木瓜果肉果糖含量高低为评价番木瓜品质优劣的一个重要指标，因而是育种家在繁育优良番木瓜植株所考虑的重要因素，目前针对这一指标的选育需等待植株开花结果后测定果实的果糖含量来进行筛选优良植株，选育时间长、选育成本较高。

技术实现思路

[0005]鉴于上述的分析，本专利技术实施例旨在提供一种与番木瓜果肉果糖含量相关的SNP分子标记及应用，用以解决现有技术中与果肉果糖含量指标相关的番木瓜选育时间长、选育成本高的问题。
[0006]一方面，本专利技术提供了一种与番木瓜果肉果糖含量相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于Chr02染色体的第36650074位碱基，位于基因CDs区域，命名为Cpa02g023590:1559，所述SNP分子标记位于SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第411位。
[0007]进一步地，所述SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第411位存在A/C多态性。
[0008]进一步地，所述SNP分子标记位点为A的番木瓜果肉果糖含量高于所述SNP分子标记位点为C的番木瓜果肉果糖含量。
[0009]第二方面，本专利技术提供了上述SNP分子标记在番木瓜分子标记辅助选择育种中的应用。
[0010]第三方面，本专利技术提供了用于上述SNP分子标记的PCR引物对，包括正向引物和反向引物，所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，所述反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
[0011]第四方面，本专利技术提供了上述PCR引物对在番木瓜分子标记辅助选择育种中的应用。
[0012]第五方面，本专利技术提供了用于鉴定番木瓜果肉果糖含量的试剂盒，所述试剂盒包含上述PCR引物对。
[0013]第六方面，本专利技术提供了一种制备上述SNP分子标记的方法，所述方法包括：以含有SNP标记的核苷酸序列为基础序列，利用上述PCR引物对，以番木瓜基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述SNP标记转化为770bp的分子标记。
[0014]进一步地，所述PCR扩增的反应体系为：2
×
Rapid Taq Master Mix12.5μL，10μM正向引物1μL，10μM反向引物1μL，DNA模板1μL，ddH2O9.5μL。
[0015]进一步地，所述PCR扩增的反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，50℃退火30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃终延伸5min。
[0016]与现有技术相比，本专利技术至少可实现如下有益效果之一：
[0017]1、本专利技术获得了与番木瓜果肉果糖含量极显著相关的SNP分子标记，利用该分子标记对番木瓜育种材料进行检测，可在不用种植等待番木瓜植株开花结果的情况下，准确高效的预测其果糖含量的高或低，大大提高了番木瓜育种的选择效率。
[0018]2、本专利技术用于检测与番木瓜果肉果糖含量相关的SNP分子标记的对引物对，特异性强，能准确扩增得到含有本专利技术SNP分子标记位点的序列，利用该引物对制备试剂盒，可辅助选择育种，高效鉴定出番木瓜的高果糖含量和低果糖含量。
[0019]3、本专利技术可高效地辅助番木瓜的育种选择，具有极高的经济价值。
[0020]本专利技术中，上述各技术方案之间还可以相互组合，以实现更多的优选组合方案。本专利技术的其他特征和优点将在随后的说明书中阐述，并且，部分优点可从说明书中变得显而易见，或者通过实施本专利技术而了解。本专利技术的目的和其他优点可通过说明书以及附图中所特别指出的内容中来实现和获得。
附图说明
[0021]附图仅用于示出具体实施例的目的，而并不认为是对本专利技术的限制，在整个附图中，相同的参考符号表示相同的部件。
[0022]图1为本专利技术中与番木瓜果肉果糖含量极显著相关的SNP标记的曼哈顿图。
[0023]图2为本专利技术中与番木瓜果肉果糖含量极显著相关的SNP标记所在Chr02染色体局部区间的曼哈顿图和连锁不平衡单倍快图。
[0024]图3为本专利技术中与番木瓜果肉果糖含量极显著相关的SNP标记不同基因型亚群之间的果肉果糖差异比较，A等位基因与番木瓜果肉高果糖含量极显著相关。
具体实施方式
[0025]下面结合附图来具体描述本专利技术的优选实施例，其中，附图构成本申请一部分，并与本专利技术的实施例一起用于阐释本专利技术的原理，并非用于限定本专利技术的范围。
[0026]随着分子生物学的发展，育种家意识到选择优异性状的本质是选择携带优异基因或基因型的个体。由于确定植株携带性状相关基因难度较大，育种家通过检测与目标基因连锁在一起的遗传标记，来检测植株是否携带优异基因或基因型，无需通过播种和田间性状调查即可预测植株表型性状趋势(标记辅助育种/分子标记育种)。第一代分子标记(RALP、AFLP等)由于各种问题和缺陷逐渐被淘汰，目前SSR和SNP分子标记是最常用的分子标记。
[0027]单核苷酸多态性(SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的
DNA序列多态性。SNP分子标记具有在个体基因组上分布广泛、数量较多，易于基因分型(SNP的二态性)、适于快速、规模化筛查等优势。
[0028]本专利技术提供了一种与番木瓜果肉果糖含量相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于Chr02染色体的第36650074位碱基，命名为Cpa02g023590:1559，所述SNP分子标记位于SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第411位。
[0029]与现有技术相比，本专利技术获得了与番木瓜果肉果糖含量极显著相关的SNP分子标记，利用该分子标记对番木瓜育种材料进行检测，可在不用种植等待番木瓜植株开花结果的情况下，准确高效的预测其果糖含量的高或低，大大提高了番木瓜育种的选择效率。
[0030]具体来说，所述SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第411位存在A/C多态性。
[0031]进一步地，所述SNP分子标记位点为A的番木瓜果肉果糖含量高于所述SNP分子标记位点为C的番木瓜果肉果糖含量。即所述SNP分子标记位点的A等位基因与番木瓜果肉高果糖含量极显著本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与番木瓜果肉果糖含量相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于Chr02染色体的第36650074位碱基，命名为Cpa02g023590:1559，所述SNP分子标记位于SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第411位。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第411位存在A/C多态性。3.根据权利要求2所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位点为A的番木瓜果肉果糖含量高于所述SNP分子标记位点为C的番木瓜果肉果糖含量。4.根据权利要求1
‑
3任意一项所述的SNP分子标记在番木瓜分子标记辅助选择育种中的应用。5.用于权利要求1
‑
3任意一项所述的SNP分子标记的PCR引物对，其特征在于，包括正向引物和反向引物，所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，所述反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。6.根据权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：纪长绵，赵辉，王雨，蒋倩，郭安平，贾瑞宗，郭运玲，郭盼，
申请(专利权)人：中国热带农业科学院热带生物技术研究所，
类型：发明
国别省市：