【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】SARS
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COV
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2疫苗
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2020年5月19日提交的美国临时申请第63/027,283号、2020年7月2日提交的美国临时申请第63/047,789号和2021年1月19日提交的美国临时申请第63/139,292号的权益,所述申请各自特此出于所有目的通过引用整体并入。
[0003]序列表
[0004]本申请含有序列表,所述序列表已以ASCII格式以电子方式提交并特此通过引用整体并入。所述ASCII副本创建于2021年5月19日,命名为GSO_091WO_SL.txt并且大小为10,142,398字节。
技术介绍
[0005]严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS
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CoV
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2)是导致2019年冠状病毒病(Covid
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19)大流行的病毒株。截至2020年4月15日,所述病毒已感染超过200万人,并在全球造成约140,000例死亡。在冠状病毒背景下,CD8+T细胞应答可能对COVID
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19很重要,原因有两个。首先是在临床前模型中反复观察到,仅刺激抗体应答的SARS疫苗通常与肺部炎症相关,而与病毒清除无关。这已在啮齿动物和非人类灵长类动物(NHP)两者中观察到,并且目前的共识是它是由不平衡的免疫应答引起的,并且很可能通过使用驱动平衡抗体和CD8+T细胞(Th1)应答的疫苗来解决(关于评估用COVID
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19疫苗加重疾病风险的 ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于递送抗原表达系统的组合物,所述组合物包含:所述抗原表达系统,其中所述抗原表达系统包含:(a)任选地,一种或多种载体,所述一种或多种载体包含:载体骨架,其中所述骨架包含:(i)至少一种启动子核苷酸序列,和(ii)至少一种聚腺苷酸化(聚(A))序列;和(b)抗原盒,任选地其中所述抗原盒在存在时被插入到所述载体骨架中,并且其中所述抗原盒包含:(i)至少一种编码免疫原性多肽的SARS
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CoV
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2衍生核酸序列,其中所述免疫原性多肽包含:
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至少一个包含如表A中所示多肽序列的MHC I类表位,
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至少一个包含如表B中所示多肽序列的MHC II类表位,
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至少一个包含如表C中所示多肽序列的MHC I类表位,任选地其中所述至少一个MHC I表位存在于如SEQ ID NO:57或SEQ ID NO:58所示的串联多肽序列中,
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至少一种如表10中所示的多肽序列或其含表位的片段,任选地其中所述至少一种多肽序列存在于如SEQ ID NO:92所示的串联多肽序列中,
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至少一种如表12A、表12B或表12C中所示的多肽序列,或其含表位的片段,任选地其中所述至少一种多肽序列存在于包含表12A、表12B或表12C中所示的所述序列中的每一个的串联多肽中,任选地其中所述串联多肽包含表12A、表12B或表12C中所示的序列顺序,
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至少一种包含如表A和/或表C所示多肽序列的MHC I类表位或包含如表B所示多肽序列的MHC II类表位,其中编码的SARS
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CoV
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2免疫原性多肽在SARS
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CoV
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2与除SARS
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CoV
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2以外的冠状病毒物种和/或亚种之间保守,任选地其中所述除SARS
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CoV
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2以外的冠状病毒物种和/或亚种是严重急性呼吸系统综合征(SARS)和/或中东呼吸系统综合征(MERS),
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一个或多个验证表位和/或至少4、5、6或7个预测表位,其中至少85%、90%或95%的群体携带至少一种经验证呈递所述一个或多个验证表位中的至少一者的HLA和/或至少一种经预测呈递所述至少4、5、6或7个预测表位中的每一者的HLA,
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SARS
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CoV
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2刺突蛋白,其包含如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列或其含表位的片段,任选地其中所述刺突多肽包含关于SEQ ID NO:59的D614G突变,并且任选地其中所述刺突多肽由SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85或SEQ ID NO:87所示的核苷酸序列编码,
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SARS
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CoV
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2修饰的刺突蛋白,其包含选自由以下组成的组的突变:关于如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列的刺突R682突变、刺突R815突变、刺突K986P突变、刺突V987P突变及其组合,并且任选地其中所述修饰的刺突蛋白包含如SEQ ID NO:60或SEQ ID NO:90所示的多肽序列或其含表位的片段,
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SARS
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CoV
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2膜蛋白,其包含如SEQ ID NO:61所示的膜多肽序列或其含表位的片段,
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SARS
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CoV
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2核衣壳蛋白,其包含如SEQ ID NO:62所示的核衣壳多肽序列或其含表位的片段,
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SARS
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CoV
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2包膜蛋白,其包含如SEQ ID NO:63所示的包膜多肽序列或其含表位的片段,
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上述任一项的变体,其包含在1%或更多的SARS
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CoV
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2亚型中发现的突变,任选地其中所述变体包含表1中所示的SARS
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CoV
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2变体,和/或任选地其中所述变体包括包含关于如SEQ ID NO:59所示刺突多肽序列的刺突D614G突变的SARS
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CoV
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2变体刺突蛋白、对应于任选地包含如SEQ ID NO:112所示的刺突多肽序列的B.1.351SARS
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CoV
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2分离株的SARS
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CoV
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2变体刺突蛋白,或对应于任选地包含如SEQ ID NO:110所示的刺突多肽序列的B.1.1.7 SARS
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CoV
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2分离株的SARS
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CoV
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2变体刺突蛋白,
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或其组合;并且其中所述免疫原性多肽任选地包含N末端接头和/或C末端接头;(ii)任选地,可操作地连接到所述SARS
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CoV
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2衍生核酸序列的第二启动子核苷酸序列;和(iii)任选地,至少一种MHC II类表位编码核酸序列;(iv)任选地,至少一种编码GPGPG氨基酸接头序列(SEQ ID NO:56)的核酸序列;和(v)任选地,至少一种第二聚(A)序列,其中所述第二聚(A)序列是所述载体骨架的原生聚(A)序列或外源聚(A)序列,任选地其中所述外源聚(A)序列包含SV40聚(A)信号序列或牛生长激素(BGH)聚(A)信号序列。2.一种基于抗原的疫苗,所述基于抗原的疫苗包含:(i)至少一种SARS
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CoV
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2衍生的免疫原性多肽,其中所述免疫原性多肽包含:
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至少一个包含如表A中所示多肽序列的MHC I类表位,
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至少一个包含如表B中所示多肽序列的MHC II类表位,
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至少一个包含如表C中所示多肽序列的MHC I类表位,任选地其中所述至少一个MHC I表位存在于如SEQ ID NO:57或SEQ ID NO:58所示的串联多肽序列中,
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至少一种如表10中所示的多肽序列或其含表位的片段,任选地其中所述至少一种多肽序列存在于如SEQ ID NO:92所示的串联多肽序列中,
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至少一种如表12A、表12B或表12C中所示的多肽序列,或其含表位的片段,任选地其中所述至少一种多肽序列存在于包含表12A、表12B或表12C中所示的每个序列的串联多肽中,任选地其中所述串联多肽包含表12A、表12B或表12C中所示的序列顺序,
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至少一种包含如表A和/或表C所示多肽序列的MHC I类表位或包含如表B所示多肽序列的MHC II类表位,其中编码的SARS
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CoV
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2免疫原性多肽在SARS
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CoV
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2与除SARS
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CoV
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2以外的冠状病毒物种和/或亚种之间保守,任选地其中所述除SARS
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CoV
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2以外的冠状病毒物种和/或亚种是严重急性呼吸系统综合征(SARS)和/或中东呼吸系统综合征(MERS),
‑
一个或多个验证表位和/或至少4、5、6或7个预测表位,其中至少85%、90%或95%的群体携带至少一种经验证呈递所述一个或多个验证表位中的至少一者的HLA和/或至少一种经预测呈递所述至少4、5、6或7个预测表位中的每一者的HLA,
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SARS
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CoV
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2刺突蛋白,其包含如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列或其含表位的片段,任选地其中所述刺突多肽包含关于SEQ ID NO:59的D614G突变,并且任选地其中所述刺突多肽由SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85或SEQ ID NO:87所示的核苷酸序列编码,
‑
SARS
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CoV
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2修饰的刺突蛋白,其包含选自由以下组成的组的突变:关于如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列的刺突R682突变、刺突R815突变、刺突K986P突变、刺突V987P突变及
其组合,并且任选地其中所述修饰的刺突蛋白包含如SEQ ID NO:60或SEQ ID NO:90所示的多肽序列或其含表位的片段,
‑
SARS
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CoV
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2膜蛋白,其包含如SEQ ID NO:61所示的膜多肽序列或其含表位的片段,
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SARS
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CoV
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2核衣壳蛋白,其包含如SEQ ID NO:62所示的核衣壳多肽序列或其含表位的片段,
‑
SARS
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CoV
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2包膜蛋白,其包含如SEQ ID NO:63所示的包膜多肽序列或其含表位的片段,
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上述任一项的变体,其包含在1%或更多的SARS
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CoV
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2亚型中发现的突变,任选地其中所述变体包含表1中所示的SARS
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CoV
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2变体,和/或任选地其中所述变体包括包含关于如SEQ ID NO:59所示刺突多肽序列的刺突D614G突变的SARS
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CoV
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2变体刺突蛋白、对应于任选地包含如SEQ ID NO:112所示的刺突多肽序列的B.1.351SARS
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CoV
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2分离株的SARS
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CoV
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2变体刺突蛋白,或对应于任选地包含如SEQ ID NO:110所示的刺突多肽序列的B.1.1.7 SARS
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CoV
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2分离株的SARS
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CoV
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2变体刺突蛋白,
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或其组合;并且其中所述免疫原性肽任选地包含N末端接头和/或C末端接头(ii)任选地,至少一种MHC II类抗原;和(iii)任选地,至少一种GPGPG氨基酸接头序列(SEQ ID NO:56)。3.一种用于递送抗原表达系统的组合物,所述组合物包含:所述抗原表达系统,其中所述抗原表达系统包含:(a)任选地,一种或多种载体,所述一种或多种载体包含:载体骨架,其中所述骨架包含:(i)至少一种启动子核苷酸序列,和(ii)至少一种聚腺苷酸化(聚(A))序列;和(b)抗原盒,任选地其中所述抗原盒在存在时被插入到所述载体骨架中,并且其中所述抗原盒包含:(i)至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种或更多种SARS
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CoV
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2衍生的编码免疫原性多肽的核酸序列,其中所述免疫原性多肽包含:(A)包含如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2刺突蛋白和包含如SEQ ID NO:61所示的膜多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2膜蛋白,任选地其中所述SARS
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CoV
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2衍生核酸序列包含如SEQ ID NO:66或SEQ ID NO:67所示的序列,(B)包含如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2刺突蛋白和至少一个包含如表C中所示多肽序列的MHC I表位,任选地其中所述至少一个MHC I表位存在于如SEQ ID NO:57或SEQ ID NO:58所示的串联多肽序列中,任选地其中所述SARS
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CoV
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2衍生核酸序列包含如SEQ ID NO:68所示的序列,(C)包含如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2刺突蛋白,任选地其中所述刺突多肽包含关于SEQ ID NO:59的D614G突变,并且任选地其中所述SARS
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CoV
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2衍生核酸序列包含如SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85或SEQ ID NO:87所示的序列,
(D)至少一个包含如表C中所示的多肽序列的MHC I类表位,任选地其中所述至少一个MHC I表位存在于如SEQ ID NO:57或SEQ ID NO:58所示的串联多肽序列中,任选地其中所述SARS
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CoV
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2衍生核酸序列包含如SEQ ID NO:64或SEQ ID NO:65所示的序列,(E)SARS
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CoV
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2修饰的刺突蛋白,其包含选自由以下组成的组的突变:关于如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列的刺突D614G突变、刺突R682V突变、刺突R815N突变、刺突K986P突变、刺突V987P突变及其组合,并且任选地其中所述修饰的刺突蛋白包含如SEQ ID NO:60或SEQ ID NO:90所示的多肽序列或其含表位的片段,任选地其中所述SARS
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CoV
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2衍生核酸序列包含如SEQ ID NO:70或SEQ ID NO:89所示的序列,(F)包含如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2刺突蛋白、包含如SEQ ID NO:61所示的膜多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2膜蛋白、包含如SEQ ID NO:62所示的核衣壳多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2核衣壳蛋白,和包含如SEQ ID NO:63所示的包膜多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2包膜蛋白,任选地其中所述SARS
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CoV
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2衍生核酸序列包含如SEQ ID NO:71所示的序列,(G)包含如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2刺突蛋白、包含如SEQ ID NO:61所示的膜多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2膜蛋白,和包含如SEQ ID NO:62所示的核衣壳多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2核衣壳蛋白,任选地其中所述SARS
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CoV
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2衍生核酸序列包含如SEQ ID NO:72所示的序列,(H)包含如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2刺突蛋白、包含如SEQ ID NO:61所示的膜多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2膜蛋白,和包含如SEQ ID NO:63所示的包膜多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2包膜蛋白,任选地其中所述SARS
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CoV
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2衍生核酸序列包含如SEQ ID NO:73所示的序列,(I)至少一个包含如表C中所示的多肽序列的MHC I类表位,任选地其中所述至少一个MHC I表位存在于如SEQ ID NO:57或SEQ ID NO:58所示的串联多肽序列中,包含如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2刺突蛋白,包含如SEQ ID NO:61所示的膜多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2膜蛋白,和包含如SEQ ID NO:63所示的包膜多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2包膜蛋白,任选地其中所述SARS
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CoV
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2衍生核酸序列包含如SEQ ID NO:74所示的序列,(J)包含如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列或其含表位的片段的SARS
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2刺突蛋白,和SARS
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CoV
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2修饰的刺突蛋白,所述SARS
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CoV
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2修饰的刺突蛋白包含选自由以下组成的组的突变:关于如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列的刺突D614G突变、刺突R682V突变、刺突R815N突变、刺突K986P突变、刺突V987P突变及其组合,并且任选地其中所述修饰的刺突蛋白包含如SEQ ID NO:60或SEQ ID NO:90所示的多肽序列或其含表位的片段,(K)包含如SEQ ID NO:90所示的修饰的刺突多肽序列或其含表位的片段和至少一种如表10中所示的多肽序列或其含表位的片段的SARS
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CoV
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2刺突蛋白,任选地其中所述至少一种多肽序列存在于如SEQ ID NO:92所示的串联多肽序列中,(L)至少一种如表12A、表12B或表12C中所示的多肽序列或其含表位的片段,任选地其中所述至少一种多肽序列存在于包含表12A、表12B或表12C中所示的每个序列的串联多肽中,任选地其中所述串联多肽包含表12A、表12B或表12C中所示的序列顺序,(M)至少一个包含如表A和/或表C中所示的多肽序列的MHC I类表位或包含如表B中所
示的多肽序列的MHC II类表位,其中编码的SARS
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CoV
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2免疫原性多肽在SARS
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CoV
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2与除SARS
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CoV
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2以外的冠状病毒物种和/或亚种之间是保守的,任选地其中所述除SARS
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CoV
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2以外的冠状病毒物种和/或亚种是严重急性呼吸系统综合征(SARS)和/或中东呼吸系统综合征(MERS),或(N)一个或多个验证表位和/或至少4、5、6或7个预测表位,其中至少85%、90%或95%的群体携带至少一种经验证呈递所述一个或多个验证表位中的至少一者的HLA和/或至少一种经预测呈递所述至少4、5、6或7个预测表位中的每一者的HLA,并且其中所述SAR
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CoV
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2 SARS
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CoV
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2衍生核酸序列中的每一者包含:(A)任选地,5
′
接头序列,和(B)任选地,3
′
接头序列;(ii)任选地,与所述SARS
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CoV
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2衍生核酸序列可操作地连接的第二启动子核苷酸序列;和(iii)任选地,至少一种MHC II类表位编码核酸序列;(iv)任选地,至少一种编码GPGPG氨基酸接头序列(SEQ ID NO:56)的核酸序列;和(v)任选地,至少一种第二聚(A)序列,其中所述第二聚(A)序列是所述载体骨架的原生聚(A)序列或外源聚(A)序列,任选地其中所述外源聚(A)序列包含SV40聚(A)信号序列或牛生长激素(BGH)聚(A)信号序列。4.一种用于递送抗原表达系统的组合物,所述组合物包含:所述抗原表达系统,其中所述抗原表达系统包含:(a)任选地,一种或多种载体,所述一种或多种载体包含:载体骨架,其中所述骨架包含:(i)至少一种启动子核苷酸序列,和(ii)至少一种聚腺苷酸化(聚(A))序列;和(b)抗原盒,任选地其中所述抗原盒在存在时被插入到所述载体骨架中,并且其中所述抗原盒包含:(i)至少18个SARS
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CoV
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2衍生核酸序列,每个核酸序列编码如表C中所示的免疫原性多肽序列,任选地其中所述免疫原性多肽序列连接在如SEQ ID NO:57或SEQ ID NO:58所示的串联多肽序列中;(ii)任选地,可操作地连接到所述SARS
‑
CoV
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2衍生核酸序列的第二启动子核苷酸序列;和(iii)任选地,至少一种MHC II类表位编码核酸序列;(iv)任选地,至少一种编码GPGPG氨基酸接头序列(SEQ ID NO:56)的核酸序列;和(v)任选地,至少一种第二聚(A)序列,其中所述第二聚(A)序列是所述载体骨架的天然聚(A)序列或外源聚(A)序列,任选地其中所述外源聚(A)序列包含SV40聚(A)信号序列或牛生长激素(BGH)聚(A)信号序列。5.一种用于递送抗原表达系统的组合物,所述组合物包含:所述抗原表达系统,其中所述抗原表达系统包含:
(a)任选地,一种或多种载体,所述一种或多种载体包含:载体骨架,其中所述骨架包含:(i)至少一种启动子核苷酸序列,和(ii)至少一种聚腺苷酸化(聚(A))序列;和(b)抗原盒,任选地其中所述抗原盒在存在时被插入到所述载体骨架中,并且其中所述抗原盒包含:(i)至少15个SARS
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CoV
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2衍生核酸序列,每个核酸序列编码如表10中所示的免疫原性多肽序列,任选地其中所述免疫原性多肽序列连接在如SEQ ID NO:92中所示的串联多肽序列中;(ii)任选地,可操作地连接到所述SARS
‑
CoV
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2衍生核酸序列的第二启动子核苷酸序列;和(iii)任选地,至少一种MHC II类表位编码核酸序列;(iv)任选地,至少一种编码GPGPG氨基酸接头序列(SEQ ID NO:56)的核酸序列;和(v)任选地,至少一种第二聚(A)序列,其中所述第二聚(A)序列是所述载体骨架的天然聚(A)序列或外源聚(A)序列,任选地其中所述外源聚(A)序列包含SV40聚(A)信号序列或牛生长激素(BGH)聚(A)信号序列。6.一种用于递送抗原表达系统的组合物,其中所述抗原表达系统包含如SEQ ID NO:114所示的核苷酸序列。7.一种用于递送抗原表达系统的组合物,其中所述抗原表达系统包含如SEQ ID NO:93所示的核苷酸序列。8.一种用于递送抗原表达系统的组合物,所述组合物包含:所述抗原表达系统,其中所述抗原表达系统包含:(a)一种或多种载体,所述一种或多种载体包含:载体骨架,其中所述载体骨架包含黑猩猩腺病毒载体,任选地其中所述黑猩猩腺病毒载体是ChAdV68载体,或甲病毒载体,任选地其中所述甲病毒载体是委内瑞拉马脑炎病毒载体,并且其中所述骨架包含:(i)至少一种启动子核苷酸序列,和(ii)至少一种聚腺苷酸化(聚(A))序列;和(b)抗原盒,其中所述抗原盒被插入所述载体骨架中,使得所述抗原盒与所述至少一种启动子核苷酸序列可操作地连接,并且其中所述抗原盒包含:(i)至少一种SARS
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CoV
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2衍生的编码免疫原性多肽的核酸序列,其中所述免疫原性多肽包含:
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至少一个包含如表A中所示多肽序列的MHC I类表位,
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至少一个包含如表B中所示多肽序列的MHC II类表位,
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至少一个包含如表C中所示多肽序列的MHC I类表位,任选地其中所述至少一个MHC I表位存在于如SEQ ID NO:57或SEQ ID NO:58所示的串联多肽序列中,
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至少一种如表10中所示的多肽序列或其含表位的片段,任选地其中所述至少一种多肽序列存在于如SEQ ID NO:92所示的串联多肽序列中,
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至少一种如表12A、表12B或表12C中所示的多肽序列,或其含表位的片段,任选地其中所述至少一种多肽序列存在于包含表12A、表12B或表12C中所示的每个序列的串联多肽中,任选地其中所述串联多肽包含表12A、表12B或表12C中所示的序列顺序,
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至少一种包含如表A和/或表C所示多肽序列的MHC I类表位或包含如表B所示多肽序列的MHC II类表位,其中编码的SARS
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CoV
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2免疫原性多肽在SARS
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CoV
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2与除SARS
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CoV
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2以外的冠状病毒物种和/或亚种之间保守,任选地其中所述除SARS
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2以外的冠状病毒物种和/或亚种是严重急性呼吸系统综合征(SARS)和/或中东呼吸系统综合征(MERS),
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一个或多个验证表位和/或至少4、5、6或7个预测表位,其中至少85%、90%或95%的群体携带至少一种经验证呈递所述一个或多个验证表位中的至少一者的HLA和/或至少一种经预测呈递所述至少4、5、6或7个预测表位中的每一者的HLA,
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SARS
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CoV
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2刺突蛋白,其包含如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列或其含表位的片段,任选地其中所述刺突多肽包含关于SEQ ID NO:59的D614G突变,并且任选地其中所述刺突多肽由SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85或SEQ ID NO:87所示的核苷酸序列编码,
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SARS
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CoV
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2修饰的刺突蛋白,其包含选自由以下组成的组的突变:关于如SEQ ID NO:59所示的刺突多肽序列的刺突R682突变、刺突R815突变、刺突K986P突变、刺突V987P突变及其组合,并且任选地其中所述修饰的刺突蛋白包含如SEQ ID NO:60或SEQ ID NO:90所示的多肽序列或其含表位的片段,
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SARS
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CoV
‑
2膜蛋白,其包含如SEQ ID NO:61所示的膜多肽序列或其含表位的片段,
‑
SARS
‑
CoV
‑
2核衣壳蛋白,其包含如SEQ ID NO:62所示的核衣壳多肽序列或其含表位的片段,
‑
SARS
‑
CoV
‑
2包膜蛋白,其包含如SEQ ID NO:63所示的包膜多肽序列或其含表位的片段,
‑
上述任一项的变体,其包含在1%或更多的SARS
‑
CoV
‑
2亚型中发现的突变,任选地其中所述变体包含表1中所示的SARS
‑
CoV
‑
2变体,和/或任选地其中所述变体包括包含关于如SEQ ID NO:59所示刺突多肽序列的刺突D614G突变的SARS
‑
CoV
‑
2变体刺突蛋白、对应于任选地包含如SEQ ID NO:112所示的刺突多肽序列的B.1.351SARS
‑
CoV
‑
2分离株的SARS
‑
CoV
‑
2变体刺突蛋白,或对应于任选地包含如SEQ ID NO:110所示的刺突多肽序列的B.1.1.7 SARS
‑
CoV
‑
2分离株的SARS
‑
CoV
‑
2变体刺突蛋白,并且任选地其中所述刺突多肽由SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85或SEQ ID NO:87所示的核苷酸序列编码,
‑
或其组合;并且其中所述免疫原性多肽任选地包含N末端接头和/或C末端接头;(ii)任选地,可操作地连接到所述SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列的第二启动子核苷酸序列;和(iii)任选地,至少一种MHC II类表位编码核酸序列;(iv)任选地,至少一种编码GPGPG氨基酸接头序列(SEQ ID NO:56)的核酸序列;和(v)任选地,至少一种第二聚(A)序列,其中所述第二聚(A)序列是所述载体骨架的原生聚(A)序列或外源聚(A)序列,任选地其中所述外源聚(A)序列包含SV40聚(A)信号序列或牛生长激素(BGH)聚(A)信号序列。
9.根据权利要求1
‑
8中任一项所述的组合物,其中编码所述免疫原性多肽的所述SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的一者或多者的有序序列描述于下式,从5
′
至3
′
包含:Pa
‑
(L5b
‑
Nc
‑
L3d)X
‑
(G5e
‑
Uf)Y
‑
G3g其中P包含所述第二启动子核苷酸序列,其中a=0或1,N包含所述SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列之一,其中c=1,任选地其中每个N编码如表A、表B、表C和/或表10所示的多肽序列,L5包含所述5
′
接头序列,其中b=0或1,L3包含所述3
′
接头序列,其中d=0或1,G5包含至少一种编码GPGPG氨基酸接头(SEQ ID NO:56)的核酸序列之一,其中e=0或1,G3包含编码GPGPG氨基酸接头(SEQ ID NO:56)的至少一种核酸序列之一,其中g=0或1,U包含所述至少一种MHC II类表位编码核酸序列之一,其中f=1,X=1至400,其中对于每个X,相应的Nc是SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列,并且Y=0、1或2,其中对于每个Y,相应的Uf是通用的MHC II类表位编码核酸序列,任选地其中所述至少一种通用序列包含破伤风类毒素和PADRE中的至少一者,或MHC II类SARS
‑
CoV
‑
2衍生的表位编码核酸序列。10.如权利要求9所述的组合物,其中对于每个X,相应的N
c
是不同的SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列。11.如权利要求9或10所述的组合物,其中对于每个Y,相应的Uf是不同的MHC II类SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列。12.如权利要求9
‑
11中任一项所述的组合物,其中b=1,d=1,e=1,g=1,h=1,X=18,Y=2,(i)所述载体骨架包含ChAdV68载体,a=1,P是CMV启动子,存在至少一种第二聚(A)序列,其中所述第二聚(A)序列是所述载体骨架的外源聚(A)序列,并且任选地其中所述外源聚(A)序列包含SV40聚(A)信号序列或BGH聚(A)信号序列,或(ii)所述载体骨架包含委内瑞拉马脑炎病毒载体,a=0,并且所述抗原盒与内源26S启动子可操作地连接,并且所述至少一种聚腺苷酸化聚(A)序列是由所述骨架提供的至少80个连续A核苷酸的聚(A)序列(SEQ ID NO:27940),每个N编码长度为7
‑
15个氨基酸的MHC I类表位、MHC II类表位、能够刺激B细胞应答的表位或其组合L5是编码所述表位的原生N末端氨基酸序列的原生5
′
接头序列,并且其中所述5
′
接头序列编码长度至少为3个氨基酸的肽,L3是编码所述表位的原生C末端氨基酸序列的原生3
′
接头序列,并且其中所述3
′
接头序列编码长度为至少3个氨基酸的肽,并且U是PADRE II类序列和破伤风类毒素MHC II类序列中的每一者。13.如上述权利要求中任一项所述的组合物,所述组合物还包含纳米微粒递送媒介物。14.如权利要求13所述的组合物,其中所述纳米微粒递送媒介物是脂质纳米粒子(LNP)。
15.如权利要求14所述的组合物,其中所述LNP包含可电离氨基脂质。16.如权利要求15所述的组合物,其中所述可电离氨基脂质包含MC3样(二亚油基甲基
‑4‑
二甲基氨基丁酸酯)分子。17.如权利要求13
‑
16中任一项所述的组合物,其中所述纳米微粒递送媒介物包封所述抗原表达系统。18.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
17中任一项所述的组合物,其中所述抗原盒整合在所述至少一种启动子核苷酸序列和所述至少一种聚(A)序列之间。19.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
18中任一项所述的组合物,其中所述至少一种启动子核苷酸序列与所述SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列可操作地连接。20.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
19中任一项所述的组合物,其中所述一种或多种载体包含一种或多种+
‑
链RNA载体。21.如权利要求20所述的组合物,其中所述一种或多种+
‑
链RNA载体包含5
′7‑
甲基鸟苷(m7g)帽。22.如权利要求20或21所述的组合物,其中所述一种或多种+
‑
链RNA载体是通过体外转录产生的。23.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
22中任一项所述的组合物,其中所述一种或多种载体在哺乳动物细胞内自我复制。24.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
23中任一项所述的组合物,其中所述骨架包含奥拉病毒、摩根堡病毒、委内瑞拉马脑炎病毒、罗斯河病毒、塞姆利基森林病毒、辛德毕斯病毒或马雅罗病毒的至少一种核苷酸序列。25.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
23中任一项所述的组合物,其中所述骨架包含委内瑞拉马脑炎病毒的至少一种核苷酸序列。26.如权利要求24或25所述的组合物,其中所述骨架至少包含由所述奥拉病毒、所述摩根堡病毒、所述委内瑞拉马脑炎病毒、所述罗斯河病毒、所述塞姆利基森林病毒、所述辛德毕斯病毒或所述马雅罗病毒的核苷酸序列编码的用于非结构蛋白介导的扩增的序列、26S启动子序列、聚(A)序列、非结构蛋白1(nsP1)基因、nsP2基因、nsP3基因和nsP4基因。27.如权利要求24或25所述的组合物,其中所述骨架至少包含由所述奥拉病毒、所述摩根堡病毒、所述委内瑞拉马脑炎病毒、所述罗斯河病毒、所述塞姆利基森林病毒、所述辛德毕斯病毒或所述马雅罗病毒的核苷酸序列编码的用于非结构蛋白介导的扩增的序列、26S启动子序列和聚(A)序列。28.如权利要求26或27所述的组合物,其中用于非结构蛋白介导的扩增的序列选自由以下组成的组:甲病毒5
′
UTR、51
‑
nt CSE、24
‑
nt CSE、26S亚基因组启动子序列、19
‑
nt CSE、甲病毒3
′
UTR或其组合。29.如权利要求26
‑
28中任一项所述的组合物,其中所述骨架不编码结构性病毒粒子蛋白衣壳E2和E1。30.如权利要求29所述的组合物,其中所述抗原盒被插入以代替所述奥拉病毒、所述摩根堡病毒、所述委内瑞拉马脑炎病毒、所述罗斯河病毒、所述塞姆利基森林病毒、所述辛德毕斯病毒或所述马雅罗病毒的核苷酸序列内的结构性病毒粒子蛋白。31.如权利要求24或25所述的组合物,其中所述委内瑞拉马脑炎病毒包含SEQ ID NO:3
或SEQ ID NO:5的序列。32.如权利要求24或25所述的组合物,其中所述委内瑞拉马脑炎病毒包含SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:5的序列,其还包含碱基对7544和11175之间的缺失。33.如权利要求32所述的组合物,其中所述骨架包含以SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7所示的序列。34.如权利要求32或33所述的组合物,其中所述盒被插入在位置7544以代替如SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:5的序列中所示的碱基对7544和11175之间的缺失。35.如权利要求30
‑
34所述的组合物,其中所述抗原盒的插入提供了包含nsP1
‑
4基因和至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列的多顺反子RNA的转录,其中所述nsP1
‑
4基因和所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列在单独的开放阅读框中。36.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
35中任一项所述的组合物,其中所述至少一种启动子核苷酸序列是由所述骨架编码的原生26S启动子核苷酸序列。37.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
23中任一项所述的组合物,其中所述骨架包含黑猩猩腺病毒载体的至少一种核苷酸序列,任选地其中所述黑猩猩腺病毒载体是ChAdV68载体。38.如权利要求37所述的组合物,其中所述ChAdV68载体骨架包含以SEQ ID NO:1所示的序列。39.如权利要求37所述的组合物,其中所述ChAdV68载体骨架包含以SEQ ID NO:1所示的序列,除了所述序列在选自由SEQ ID NO:1所示序列的黑猩猩腺病毒E1A、E1B、E2A、E2B、E3、E4、L1、L2、L3、L4和L5基因组成的组的至少一种基因中完全缺失或功能性缺失,任选地其中所述序列在以下中完全缺失或功能性缺失:以SEQ ID NO:1所示序列的(1)E1A和E1B;(2)E1A、E1B和E3;或(3)E1A、E1B、E3和E4。40.如权利要求37所述的组合物,其中所述ChAdV68载体骨架包含自SEQ ID NO:1的序列获得的基因或调控序列,任选地其中所述基因选自由以SEQ ID NO:1所示序列的黑猩猩腺病毒反向末端重复序列(ITR)、E1A、E1B、E2A、E2B、E3、E4、L1、L2、L3、L4和L5基因组成的组。41.如权利要求37所述的组合物,其中所述ChAdV68载体骨架包含部分缺失的E4基因,所述基因包含缺失或部分缺失的E4orf2区和缺失或部分缺失的E4orf3区,以及任选地缺失或部分缺失的E4orf4区。42.如权利要求37所述的组合物,其中所述ChAdV68载体骨架包含SEQ ID NO:1所示序列的至少核苷酸2至36,518,并且还包含:(1)SEQ ID NO:1所示序列的至少核苷酸577至3403的E1缺失,(2)SEQ ID NO:1所示序列的至少核苷酸27,125至31,825的E3缺失,和(3)SEQ ID NO:1所示序列的至少核苷酸34,916至35,642的E4缺失;任选地其中所述抗原盒被插入在所述E1缺失内。43.如权利要求37所述的组合物,其中所述ChAdV68载体骨架包含以SEQ ID NO:75所示的序列,任选地其中所述抗原盒被插入在所述E1缺失内。44.如权利要求37所述的组合物,其中所述ChAdV68载体骨架包含在碱基对编号577和3403之间或碱基对456和3014之间的一个或多个缺失,并且任选地其中所述载体还包含在SEQ ID NO:1所示序列的碱基对27,125和31,825之间或碱基对27,816和31,333之间的一个或多个缺失。
45.如权利要求37所述的组合物,其中所述ChAdV68载体骨架包含在SEQ ID NO:1所示序列的碱基对编号3957和10346之间、碱基对编号21787和23370之间以及碱基对编号33486和36193之间的一个或多个缺失。46.如权利要求37
‑
45中任一项所述的组合物,其中所述盒被插入在所述ChAdV骨架中的E1区、E3区和/或允许并入所述盒的任何缺失的AdV区。47.如权利要求37
‑
46中任一项所述的组合物,其中所述ChAdV骨架由第一代、第二代或辅助依赖性腺病毒载体之一产生。48.如权利要求37
‑
47中任一项所述的组合物,其中所述至少一种启动子核苷酸序列选自由以下组成的组:CMV、SV40、EF
‑
1、RSV、PGK、HSA、MCK和EBV启动子序列。49.如权利要求37
‑
47中任一项所述的组合物,其中所述至少一种启动子核苷酸序列是CMV启动子序列。50.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
49中任一项所述的组合物,其中所述至少一种启动子核苷酸序列是外源RNA启动子。51.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
50中任一项所述的组合物,其中所述第二启动子核苷酸序列是26S启动子核苷酸序列或CMV启动子核苷酸序列。52.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
50中任一项所述的组合物,其中所述第二启动子核苷酸序列包含多个26S启动子核苷酸序列或多个CMV启动子核苷酸序列,其中每个26S启动子核苷酸序列或CMV启动子核苷酸序列提供所述单独的开放阅读框中的一者或多者的转录。53.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述一种或多种载体的大小各自为至少300nt。54.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述一种或多种载体的大小各自为至少1kb。55.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述一种或多种载体的大小各自为2kb。56.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述一种或多种载体的大小各自小于5kb。57.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的至少一者编码由MHC I类呈递的多肽序列或其部分。58.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的至少一者编码由MHC II类呈递的多肽序列或其部分。59.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的至少一者编码能够刺激B细胞应答的多肽序列或其部分,任选地其中所述能够刺激B细胞应答的多肽序列或其部分包含全长蛋白质、蛋白质结构域、蛋白质亚基或预测或已知能够被抗体结合的抗原片段。60.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
59中任一项所述的组合物,其中每个SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列彼此直接连接。61.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
60中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的至少一者利用编码接头的核酸序列与不同的SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列连接。
62.如权利要求61所述的组合物,其中所述接头连接两个MHC I类序列或一个MHC I类序列至一个MHC II类序列。63.如权利要求62所述的组合物,其中所述接头选自由以下组成的组:(1)连续甘氨酸残基,长度为至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个残基(SEQ ID NO:27941);(2)连续丙氨酸残基,长度为至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个残基(SEQ ID NO:27942);(3)两个精氨酸残基(RR);(4)丙氨酸、丙氨酸、酪氨酸(AAY);(5)由哺乳动物蛋白酶体有效加工的长度为至少2、3、4、5、6、7、8、9或10个氨基酸残基的共有序列;和(6)侧接源自同源蛋白来源的抗原并且长度为至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或2
‑
20个氨基酸残基的一种或多种原生序列。64.如权利要求61所述的组合物,其中所述接头连接两个MHC II类序列或一个MHC II类序列至一个MHC I类序列。65.如权利要求64所述的组合物,其中所述接头包含序列GPGPG(SEQ ID NO:56)。66.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
65中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的至少一种序列与增强所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列的表达、稳定性、细胞运输、加工和呈递和/或免疫原性的单独或连续的序列可操作地或直接地连接。67.如权利要求66所述的组合物,其中所述单独或连续的序列包含以下中的至少一者:泛素序列、经修饰以增加蛋白酶体靶向的泛素序列(例如,所述泛素序列在位置76处含有Gly至Ala取代)、免疫球蛋白信号序列(例如,IgK)、主要组织相容性I类序列、溶酶体相关膜蛋白(LAMP)
‑
1、人树突状细胞溶酶体相关膜蛋白和主要组织相容性II类序列;任选地其中所述经修饰以增加蛋白酶体靶向的泛素序列是A76。68.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的至少一者编码经预测或验证能够由至少一种HLA等位基因呈递的两种或更多种不同的多肽。69.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的每一者编码的多肽序列或其部分为经翻译的相应全长SARS
‑
CoV
‑
2蛋白的小于50%、小于49%、小于48%、小于47%、小于46%、小于45%、小于45%、小于43%、小于42%、小于41%、小于40%、小于39%、小于38%、小于37%、小于36%、小于35%、小于34%或小于33%。70.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的每一者编码不会编码经翻译的相应SARS
‑
CoV
‑
2蛋白的功能蛋白、功能蛋白结构域、功能蛋白亚基或功能蛋白片段的多肽序列或其部分。71.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的两者或更多者衍生自相同的SARS
‑
CoV
‑
2基因。72.如权利要求71所述的组合物,其中衍生自相同的SARS
‑
CoV
‑
2基因的所述两个或更多个SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列被排序,使得如果第二核酸序列跟随在相应的SARS
‑
CoV
‑
2基因中的第一核酸序列之后,则所述第一核酸序列不能之后紧跟着所述第二核酸序列或连接到所述第二核酸序列。73.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
72中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列包含至少2
‑
10、2、3、4、5、6、7、8、9或10种核酸序列。74.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
72中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列包含至少11
‑
20、15
‑
20、11
‑
100、11
‑
200、11
‑
300、11
‑
400、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或多达400种核酸序列。75.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
72中任一项所述的组合物,其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列包含至少2
‑
400种核酸序列,并且其中所述SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的至少两者编码多肽序列或其部分,所述多肽序列或其部分(1)由MHC I类呈递,(2)由MHC II类呈递,和/或(3)能够刺激B细胞应答。76.如权利要求5或12所述的组合物,其中所述SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的至少两者编码多肽序列或其部分,所述多肽序列或其部分(1)由MHC I类呈递,(2)由MHC II类呈递,和/或(3)能够刺激B细胞应答类别。77.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中当施用于所述受试者并被翻译时,由所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列编码的至少一种抗原呈递在抗原呈递细胞上,导致靶向SARS
‑
CoV
‑
2感染细胞表面上的至少一种抗原的免疫应答。78.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中当施用于所述受试者并被翻译时,由所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列编码的至少一种抗原导致靶向SARS
‑
CoV
‑
2病毒上的至少一种抗原的抗体应答。79.如上述权利要求中任一项所述的组合物,其中当将至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列施用于受试者并被翻译时,MHC I类或II类抗原中的至少一者被呈递在抗原呈递细胞上,导致靶向SARS
‑
CoV
‑
2感染细胞表面上的至少一种抗原的免疫应答,并且任选地其中所述至少一种SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列中的每一者的表达由所述至少一种启动子核苷酸序列驱动。80.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
79中任一项所述的组合物,其中每个MHC I类表位编码SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列编码长度为8至35个氨基酸,任选地长度为9
‑
17、9
‑
25、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个氨基酸的多肽序列。81.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
80中任一项所述的组合物,其中存在所述至少一种MHC II类表位编码核酸序列。82.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
80中任一项所述的组合物,其中所述至少一种MHC II类表位编码核酸序列存在并且包含至少一种MHC II类SARS
‑
CoV
‑
2衍生核酸序列。83.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
82中任一项所述的组合物,其中所述至少一种MHC II类表位编码核酸序列的长度为12
‑
20、12、13、14、15、16、17、18、19、20或20
‑
40个氨基酸。84.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
83中任一项所述的组合物,其中所述至少一种MHC II类表位编码核酸序列存在并且包含至少一种通用MHC II类表位编码核酸序列,任选地其中所述至少一种通用序列包含破伤风类毒素和PADRE中的至少一者,和/或至少一种MHC II类SARS
‑
CoV
‑
2衍生的表位编码核酸序列。85.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
‑
84中任一项所述的组合物,其中所述至少一种启动子核苷酸序列或所述第二启动子核苷酸序列是诱导型的。86.如权利要求1
‑
4、9
‑
11或13
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84中任一项所述的组合物,其中所述至少一种启动子核
苷酸序列或所述第二启动子核苷酸序列是非诱导型的。87.如权利要求1
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4、9
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11或13
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86中任一项所述的组合物,其中所述至少一种聚(A)序列包含所述骨架原生的聚(A)序列。88.如权利要求1
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4、9
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11或13
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86中任一项所述的组合物,其中所述至少一种聚(A)序列包含所述骨架外源的聚(A)序列。89.如权利要求1
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4、9
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11或13
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88中任一项所述的组合物,其中所述至少一种聚(A)序列与所述...
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