一种高精度及高覆盖度的谱系树追踪方法技术

本发明专利技术公开了一种高精度及高覆盖度的谱系树追踪方法，本发明专利技术涉及细胞谱系追踪技术领域，具体包括以下步骤：选取序列完全不同的单向RNA1、单向RNA2、单向RNA3和单向RNA4备用，选取单细胞克隆扩增制备具有13个编辑位点的谱系条形码备用；采用细胞谱系条形码技术对单向RNA1、单向RNA2、单向RNA3和单向RNA4分别与谱系条形码的13个编辑位点匹配。该高精度及高覆盖度的谱系树追踪方法，增加谱系条形码在所有细胞中的平均表达量，降低了编辑位点被消耗的速度，增加了可追踪时间，同时降低了跨位点缺失突变的比例，获得的细胞谱系树单个叶子的比例高，实现了分辨率为单个细胞级别的谱系树测定方法，降低克隆扩增中细胞的死亡率，以及细胞消化中的损失率。胞消化中的损失率。胞消化中的损失率。

【技术实现步骤摘要】
一种高精度及高覆盖度的谱系树追踪方法


[0001]本专利技术涉及细胞谱系追踪
，具体为一种高精度及高覆盖度的谱系树追踪方法。

技术介绍

[0002]追踪细胞间表型差异及进化趋势，是细胞生物学和演化生物学的基本目标之一。高通量单细胞测序的最新进展，已经使得我们能从百万个单细胞的级别描述人正常组织和肿瘤/癌症的全转录组图谱。从演化生物学的角度重新进行思考，依赖于基因表达差异比较分析得到的是细胞类型之间的相似性，而不能代表细胞有丝分裂的历史，将生物群体演化思想的“物种演化树”进一步拓展到细胞群体演化的“细胞谱系树”方法，则能够将细胞间的有丝分裂关系对应到全转录组图谱，并实现基因表达差异和有丝分裂历史间的详细比较，因而，能准确的揭示生命过程中一般规律和模式的有力武器，是细胞谱系树技术，而非单纯的单细胞全转录组图谱技术。
[0003]基于追踪细胞间有丝分裂历史而建立的细胞谱系树技术第一次在线虫中成功测定，距今已有40年左右。细胞谱系树技术发展至今，大致可以分为两类：依据光学显微镜的分析方法，依据DNA谱系条形码测序结果重构的分析方法。光学显本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种高精度及高覆盖度的谱系树追踪方法，其特征在于：具体包括以下步骤：S1、选取序列完全不同的单向RNA1(1)、单向RNA2(2)、单向RNA3(3)和单向RNA4(4)备用，选取单细胞克隆扩增制备具有13个编辑位点的谱系条形码(5)备用；S2、采用细胞谱系条形码技术对单向RNA1(1)、单向RNA2(2)、单向RNA3(3)和单向RNA4(4)分别与谱系条形码(5)的13个编辑位点匹配，得到谱系条形码(5)序列；S3、将S1所述的谱系条形码(5)与绿色荧光蛋白基因及抗性基因组成一个融合基因；S4、采用单细胞测序平台捕获S3所述具有融合基因的谱系条形码(5)。2.根据权利要求1所述的一种高精度及高覆盖度的谱系树追踪方法，其特征在于：在步骤S1中，单细胞克隆扩增时长为10天。3.根据权利要求1所述的一种高精度及高覆盖度的谱系树追踪方法，其特征在于：在步骤S2中，所述单向RNA1(1)与谱系条形码(5)的13个编辑位点中2个以上的编辑位点错配。4.根据权利要求1所述的一种高精度及高覆盖度的谱系树追踪方法，其特征在于：在步骤S2中，所述单向RNA2(...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨建荣，陈小舒，陈锋，李梓樟，张晓玉，吴鹏，杨文静，
申请(专利权)人：中山大学，
类型：发明
国别省市：