SNP标记在小鼠亚系鉴定中的应用及引物序列制造技术

本发明专利技术公开了一种SNP标记在小鼠亚系鉴定中的应用及引物序列。本发明专利技术提供的SNP标记为包括至少3个SNP位点的组合，能够对包括C57BL/6N、C57BL/6J和C57BL/6

【技术实现步骤摘要】
SNP标记在小鼠亚系鉴定中的应用及引物序列


[0001]本专利技术属于小鼠品系鉴定的
，具体涉及一种SNP标记在小鼠亚系鉴定中的应用及引物序列。

技术介绍

[0002]实验动物是指经人工饲育且对其携带的微生物实行控制、遗传背景明确或者来源清楚、用于科学研究、教学、生产、检定以及其他科学实验的动物。常见的实验动物有实验大鼠和实验小鼠，包括有数千种封闭群、近交系、重组同类系、重组近交系和突变系等品系。
[0003]在常见的、历史比较久的多种小鼠亚系中，在诸多方面都存在差异，而这些差异在表观遗传学性状上表现不明显，几乎无法单纯从外观上来鉴定小鼠亚系，且这些差异会导致实验数据的偏差。随着生命医学的发展，科研人员和商业对实验动物质量的要求越来越高。因此，对小鼠亚系的鉴定成了亟待解决的问题。
[0004]专利文献CN114317767A(以下称文献1)公开一种区别C57BL/6亚系小鼠的引物、试剂盒和方法，其采用3组至少3个SNP位点(例如rs244794780、rs260260338和rs224344563，或rs226310424、rs260260338和rs239219835等)能够区分出C57BL/6N亚系、C57BL/6J亚系及C57BL/6By亚系，同时也可鉴定到C57BL/6N亚系中的C57BL/6NJ、或C57BL/6NCrl与C57BL/6NTac的组合。然而，该文献1公开的SNP位点的组合只能区分C57BL/6亚系小鼠，而无法区分BALB/c亚系小鼠，更是无法同时区分C57BL/6亚系小鼠和BALB/c亚系小鼠，因此该文献1公开的SNP位点的组合的通用性较差。

技术实现思路

[0005]针对现有技术中存在的问题的一个或多个，本专利技术一个方面提供一种SNP标记在小鼠亚系鉴定中的应用，其利用至少包括3个SNP位点的SNP标记组合对3个C57BL/6小鼠亚系或2个BALB/c小鼠亚系进行鉴定，其中所述3个C57BL/6小鼠亚系选自C57BL/6N、C57BL/6J和C57BL/6
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bg，所述2个BALB/c小鼠亚系选自BALB/cJ和BALB/cCrSlc；所述SNP标记组合至少包括选自以下1)
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18)中任一组的3个SNP位点：
[0006]1)命名为SNP1、SNP8和SNP3的3个SNP位点；
[0007]2)命名为SNP1、SNP8和SNP2的3个SNP位点；
[0008]3)命名为SNP1、SNP8和SNP4的3个SNP位点；
[0009]4)命名为SNP1、SNP6和SNP3的3个SNP位点；
[0010]5)命名为SNP1、SNP6和SNP2的3个SNP位点；
[0011]6)命名为SNP1、SNP6和SNP4的3个SNP位点；
[0012]7)命名为SNP1、SNP7和SNP3的3个SNP位点；
[0013]8)命名为SNP1、SNP7和SNP2的3个SNP位点；
[0014]9)命名为SNP1、SNP7和SNP4的3个SNP位点；
[0015]10)命名为SNP6、SNP2和SNP5的3个SNP位点；
[0016]11)命名为SNP6、SNP3和SNP5的3个SNP位点；
[0017]12)命名为SNP6、SNP4和SNP5的3个SNP位点；
[0018]13)命名为SNP7、SNP2和SNP5的3个SNP位点；
[0019]14)命名为SNP7、SNP3和SNP5的3个SNP位点；
[0020]15)命名为SNP7、SNP4和SNP5的3个SNP位点；
[0021]16)命名为SNP8、SNP2和SNP5的3个SNP位点；
[0022]17)命名为SNP8、SNP3和SNP5的3个SNP位点；
[0023]18)命名为SNP8、SNP4和SNP5的3个SNP位点；
[0024]其中：
[0025]所述SNP1的Ensembl rs编号为rs3709624，其等位基因为T或C；
[0026]所述SNP2的Ensembl rs编号为rs3659787，其等位基因为T或C；
[0027]所述SNP3的Ensembl rs编号为rs3722313，其等位基因为T或C；
[0028]所述SNP4的Ensembl rs编号为rs3702158，其等位基因为A或G；
[0029]所述SNP5的Ensembl rs编号为rs3724876，其等位基因为G或T；
[0030]所述SNP6的Ensembl rs编号为rs3712692，其等位基因为G或T；
[0031]所述SNP7的Ensembl rs编号为rs3706082，其等位基因为T或C；
[0032]所述SNP8的Ensembl rs编号为rs3656801，其等位基因为G或A。
[0033]在一些实施方式中，所述SNP标记组合为包括SNP1
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SNP8这8个SNP位点的组合。
[0034]在一些实施方式中，所述SNP标记组合为还包括选自命名为SNP9、SNP10、SNP14和SNP16中的一个或多个位点的至少包括4个SNP位点的组合，所述应用为利用该组合同时对5个小鼠亚系进行鉴定，其中所述5个小鼠亚系选自C57BL/6N、C57BL/6J、C57BL/6
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bg、BALB/cJ和BALB/cCrSlc；其中：
[0035]所述SNP9的Ensembl rs编号为rs3023251，其等位基因为T或C；
[0036]所述SNP10的Ensembl rs编号为rs3088673，其等位基因为T或G；
[0037]所述SNP14的Ensembl rs编号为rs3023177，其等位基因为C或A；
[0038]所述SNP16的Ensembl rs编号为rs3089984，其等位基因为A或C。
[0039]本专利技术另一方面提供了上述的SNP标记组合在制备用于鉴定小鼠亚系的试剂盒或液相芯片中的应用，其中所述试剂盒或液相芯片用于检测所述小鼠亚系的至少3个SNP位点的等位基因，其中所述3个SNP位点为上述1)
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18)中任一组提及的那些，所述小鼠亚系选自C57BL/6N、C57BL/6J和C57BL/6
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bg，或所述小鼠亚系选自BALB/cJ和BALB/cCrSlc；或所述试剂盒或液相芯片用于检测所述小鼠亚系的至少4个SNP位点的等位基因，其中所述4个SNP位点为上述1)
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18)中任一组提及的那些以及SNP9、SNP10、SNP14和SNP16中的任一个；所述小鼠亚系选自C57BL/6N、C57BL/6J、C57BL/6
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bg、BALB/cJ和BALB/cCrSlc。
[0040]本专利技术另一方面提供一种用于扩增上述的SNP标记组合的引物组合，其用本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种SNP标记在小鼠亚系鉴定中的应用，其特征在于，利用至少包括3个SNP位点的SNP标记组合对3个C57BL/6小鼠亚系或2个BALB/c小鼠亚系进行鉴定，其中所述3个C57BL/6小鼠亚系选自C57BL/6N、C57BL/6J和C57BL/6
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bg，所述2个BALB/c小鼠亚系选自BALB/cJ和BALB/cCrSlc；所述SNP标记组合至少包括选自以下1)
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18)中任一组的3个SNP位点：1)命名为SNP1、SNP8和SNP3的3个SNP位点；2)命名为SNP1、SNP8和SNP2的3个SNP位点；3)命名为SNP1、SNP8和SNP4的3个SNP位点；4)命名为SNP1、SNP6和SNP3的3个SNP位点；5)命名为SNP1、SNP6和SNP2的3个SNP位点；6)命名为SNP1、SNP6和SNP4的3个SNP位点；7)命名为SNP1、SNP7和SNP3的3个SNP位点；8)命名为SNP1、SNP7和SNP2的3个SNP位点；9)命名为SNP1、SNP7和SNP4的3个SNP位点；10)命名为SNP6、SNP2和SNP5的3个SNP位点；11)命名为SNP6、SNP3和SNP5的3个SNP位点；12)命名为SNP6、SNP4和SNP5的3个SNP位点；13)命名为SNP7、SNP2和SNP5的3个SNP位点；14)命名为SNP7、SNP3和SNP5的3个SNP位点；15)命名为SNP7、SNP4和SNP5的3个SNP位点；16)命名为SNP8、SNP2和SNP5的3个SNP位点；17)命名为SNP8、SNP3和SNP5的3个SNP位点；18)命名为SNP8、SNP4和SNP5的3个SNP位点；其中：所述SNP1的Ensembl rs编号为rs3709624，其等位基因为T或C；所述SNP2的Ensembl rs编号为rs3659787，其等位基因为T或C；所述SNP3的Ensembl rs编号为rs3722313，其等位基因为T或C；所述SNP4的Ensembl rs编号为rs3702158，其等位基因为A或G；所述SNP5的Ensembl rs编号为rs3724876，其等位基因为G或T；所述SNP6的Ensembl rs编号为rs3712692，其等位基因为G或T；所述SNP7的Ensembl rs编号为rs3706082，其等位基因为T或C；所述SNP8的Ensembl rs编号为rs3656801，其等位基因为G或A。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述SNP标记组合为包括SNP1
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SNP8这8个SNP位点的组合。3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述SNP标记组合为还包括选自命名为SNP9、SNP10、SNP14和SNP16中的一个或多个位点的至少包括4个SNP位点的组合，所述应用为利用该组合同时对5个小鼠亚系进行鉴定，其中所述5个小鼠亚系选自C57BL/6N、C57BL/6J、C57BL/6
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bg、BALB/cJ和BALB/cCrSlc；其中：所述SNP9的Ensembl rs编号为rs3023251，其等位基因为T或C；所述SNP10的Ensembl rs编号为rs3088673，其等位基因为T或G；
所述SNP14的Ensembl rs编号为rs3023177，其等位基因为C或A；所述SNP16的Ensembl rs编号为rs3089984，其等位基因为A或C。4.权利要求1
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3中任一项所述的SNP标记组合在制备用于鉴定小鼠亚系的试剂盒或液相芯片中的应用，其特征在于，所述试剂盒或液相芯片用于检测所述小鼠亚系的至少3个SNP位点的等位基因，其中所述3个SNP位点为权利要求1中1)
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18)中任一组提及的那些，所述小鼠亚系选自C57BL/6N、C57BL/6J和C57BL/6
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bg，或所述小鼠亚系选自BALB/cJ和BALB/cCrSlc；或所述试剂盒或液相芯片用于检测所述小鼠亚系的至少4个SNP位点的等位基因，其中所述4个SNP位点为权利要求1中1)
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18)中任一组提及的那些以及SNP9、SNP10、SNP14和SNP16中的任一个；所述小鼠亚系选自C57BL/6N、C57BL/6J、C57BL/6
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bg、BALB/cJ和BALB/cCrSlc。5.一种用于扩增权利要求1
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4中任一项所述的SNP标记组合的引物组合，其特征在于，所述引物组合用于鉴定小鼠亚系，包括用于扩增权利要求1中1)
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18)中任一组提及的3个SNP位点的引物，且所述小鼠亚系选自C57BL/6N、C57BL/6J和C57BL/6
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bg，或所述小鼠亚系选自BALB/cJ和BALB/cCrSlc；或所述引物组合包括用于扩增权利要求1中1)
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18)中任一组提及的3个SNP位点的引物和用于扩增SNP9、SNP10、SNP14和SNP16中的一个或多个SNP位点的引物，且所述小鼠亚系选自C57BL/6N、C57BL/6J、C57BL/6
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bg、BALB/cJ和BALB/cCrSlc；可选地，用于扩增SNP1位点的上下游引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示；用于扩增SNP2位点的上下游引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示；用于扩增SNP3位点的上下游引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示；用于扩增SNP4位点的上下游引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO...

【专利技术属性】
技术研发人员：魏杰，左琴，赵蓝，朱婉月，周佳琪，刘巍，李欢，王洪，贾松华，光姣娜，马丽颖，付瑞，梁春南，岳秉飞，
申请(专利权)人：中国食品药品检定研究院，
类型：发明
国别省市：