【技术实现步骤摘要】
一套用于丝羽乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用
[0001]本专利技术涉及家禽品种鉴定方法，具体地，涉及一套用于丝羽乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用。
技术介绍
[0002]丝羽乌骨鸡是我国著名的地方乌骨鸡品种，具有“十全”特征（桑葚冠、缨头、绿耳、胡须、丝羽、毛脚、五爪、乌皮、乌肉、乌骨），有一定的药用和食用价值，对延缓衰老、强筋健骨、妇女缺铁性贫血等有明显功效，深受广大消费者的喜爱。其主产于江西省泰和县，福建省泉州市、厦门市、闽南沿海等地也有分布。由于丝羽乌骨鸡的品种优点，市场上出现很多丝羽乌骨鸡与国内外其他品种乱杂乱配的体型外貌酷似丝羽乌骨鸡个体冒充丝羽乌骨鸡品种，使广大养殖户利益受到损害；同时影响了丝羽乌骨鸡原种的保种与选育。急需一种快速鉴定丝羽乌骨鸡地方品种的鉴定方法。
[0003]目前市场上鉴别丝羽乌骨鸡的方法主要依靠外观观察，这种观察主观性较强，鉴定错误率较高，尤其在鉴定丝羽乌骨鸡与其他品种鸡杂种后代时，其外貌相似，鉴定错误率较高。
[0004]单核苷酸多态性（Singlenucleotidepolymorphism，SNP），具有数量多、分布广、多态性丰富、遗传稳定性高、具有代表性、检测便捷快速等特点。利用基因组DNA中特有的品种差异性较大的SNP位点，通过不同位点组合的基因型进行品种鉴定，鉴定结果更加客观、准确。鉴于此，利用SNP位点组合，开发一种能有效准确鉴定丝羽乌骨鸡品种的产品及方法，应用于丝羽乌骨鸡品种鉴定工作具有十分重要的意义。
技术实现思路
>[0005]针对丝羽乌骨鸡品种鉴定难的问题，本专利技术提供了一套用于丝羽乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用，通过检测提供的丝羽乌骨鸡10个SNP位点的基因型来联合判断待测个体是否属于丝羽乌骨鸡。鉴定方法操作简便，准确性高，可以快速鉴定丝羽乌骨鸡品种，有效打击市场上丝羽乌骨鸡地方品种的假冒伪劣产品。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术一方面提供一套用于丝羽乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合，所述引物组合扩增选自如下SYWG1位点到SYW10位点中的任意4到10种：
各SNP引物的序列为：本专利技术另一方面所要解决的技术问题是提供一种上述SNP引物组合在丝羽乌骨鸡品种鉴定中的应用。
[0007]具体地，鉴定方法包括如下步骤：（1）提取待测鸡基因组总DNA；（2）根据所选SNP位点引物组合，利用对应的引物对分别进行PCR扩增；（3）将PCR扩增产物测序后、判断基因型；
（4）根据基因型结果，判断个体是否属于丝羽乌骨鸡品种。
[0008]具体判断方法为：如果所选SNP组合对应的基因型有一个不符合丝羽乌骨鸡对应的基因型，则判定该个体不属于丝羽乌骨鸡；如果所选的至少4个SNP位点组合对应的基因型全部符合丝羽乌骨鸡的基因型，则根据贝叶斯定理判定该个体属于丝羽乌骨鸡的概率。
[0009]优选地，步骤（1）中所述待测鸡的基因组DNA由该鸡种的个体翅静脉采血得到。
[0010]步骤（2）中，SYWG1~SYWG10的PCR产物长度分别为217 bp、205 bp、202 bp、200 bp、190bp、234bp、174 bp、232 bp、205 bp、228bp。
[0011]具体地，所述丝羽乌骨鸡中10个SNP位点SYWG1~SYWG10的基因型依次为CC、GG、GG、AA、GG、CC、TT、TT、CC、GG。
[0012]具体地，贝叶斯定理计算公式如下：其中，pi表示SNP组合中第i个SNP中其他品种对应基因型的频率。
[0013]具体地，所述SNP位点在丝羽乌骨鸡及其他品种中的基因型频率如下表：
通过上述技术方案，本专利技术实现了以下有益效果：根据贝叶斯定理，任意1个SNP位点基因型判定为丝羽乌骨鸡的概率最低为69.93％，最高为75.75％；任意2个SNP位点联合基因型判定为丝羽乌骨鸡的概率达到84.09％以上；任意3个SNP位点联合基因型判定为丝羽乌骨鸡的概率达到92.48％以上；任意4个SNP位点联合基因型判定为丝羽乌骨鸡的概率达到97.06％以上；任意5个SNP位点联合基因型判定为丝羽乌骨鸡的概率达到98.69％以上；任意6个SNP位点联合基因型判定为丝羽乌骨鸡的概率达到99.43％以上；任意7个SNP位点联合基因型判定为丝羽乌骨鸡的概率达到99.80％以上；任意8个SNP位点联合基因型判定为丝羽乌骨鸡的概率达到99.96％以上；任意9个SNP位点联合基因型判定为丝羽乌骨鸡的概率达到99.99％以上，全部10个SNP位点联合基因型判定为丝羽乌骨鸡的概率达到100％。任意一个SNP位点基因型排除丝羽乌
骨鸡的概率即达到100％。
[0014]因此只要有一个SNP位点基因型不符合丝羽乌骨鸡相应的基因型，即可完全排除该个体属于丝羽乌骨鸡；任选4个SNP位点组合，符合丝羽乌骨鸡基因型的判定概率即可达到97％以上。这种方法操作简便，准确性高，可以有效打击市场假冒丝羽乌骨鸡产品的行为。
具体实施方式
[0015]本专利技术针对丝羽乌骨鸡品种鉴定难的问题，本专利技术提供了一套用于丝羽乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用，所述引物组合扩增选自如下SYWG1位点到SYW10位点中的任意4到10种。
[0016]10个SNP位点的筛选方法为：利用京芯一号芯片（55K，北京康普森生物技术有限公司）对不同鸡品种（丝羽乌骨鸡、金湖乌凤鸡、乌蒙乌骨鸡、兴文乌骨鸡、乌蒙凤鸡等国内代表性乌骨鸡品种，竹香鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、矮脚鸡、高脚鸡等非乌骨鸡品种以及国外代表性引进用于杂交配套的哈伯德、来航鸡品种合计12个品种）的55000个SNP位点进行筛选确定，根据每个品种跟其他品种对比，取差异最大的位点的集合，群体间遗传分化指数（Fst）前1%，最小等位基因频率（MAF）>0.4，缺失率（miss rate）<0.2 进行筛选，确定68个SNP位点，为了进一步筛选出丝羽乌骨鸡核心位点信息，优先选择丝羽乌骨鸡参考基因组位点等位基因频率为0或1，然后确定其他11个品种的每个位点的不同等位基因频率均值，再通过该均值与丝羽乌骨鸡每个位点的不同等位基因频率进行比较，筛选等位基因频率差异较大的SNP位点，其他群体该等位基因频率为接近1或接近0的位点，最终确定用于丝羽乌骨鸡品种鉴定的10个SNP位点。10个SNP位点信息见下表。
[0017]根据10个SNP位点的物理位置，基于红色原鸡参考基因组序列(Galgal5)，利用UCSC网站https://genome
‑
asia.ucsc.edu/cgi
‑
bin/hgGateway?hgsid=791993043_MvNmFj6QPMRQsauOxQixq3gPtEUU，获得10个SNP位点DNA序列，然后利用Primer5.0设计引物。各SNP引物序列、PCR产物长度和退火温度见下表：
用上述SNP引物组合进行丝羽乌骨鸡品种鉴定具体方法包本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】 【专利技术属性】
1.一套用于丝羽乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合，其特征在于，所述引物组合扩增选自如下SYWG1位点到SYWG10位点中的任意4到10种：SYWG1位于NC_006100.4染色体13上第4782894位，其为T或C多态；SYWG2位于NC_006106.4染色体19上第2153049位，其为C或G多态；SYWG3位于NC_006092.4染色体5上第15566677位，其为C或G多态；SYWG4位于NC_006092.4染色体5上第56394647位，其为G或A多态；SYWG5位于NC_006088.4染色体1上第62196608位，其为G或A多态；SYWG6位于NC_006096.4染色体9上第6433219位，其为C或T多态；SYWG7位于NC_006088.4染色体1上第61744529位，其为T或C多态；SYWG8位于NC_006100.4染色体13上第13007413位，其为T或G多态；SYWG9位于NC_006102.4染色体15上第9769967位，其为C或G多态；SYWG10位于NC_006092.4染色体5上第11941792位，其为G或A多态。2.根据权利要求1所述的SNP位点引物组合，其特征在于，各SNP引物的核苷酸序列为：SYWG1
‑
F：5
’
AAGGTGACAGCTGGTTTGCT3
’
SYWG1
‑
R：5
’
AGGCTGCATCTGAGAAGTGG3
’
SYWG2
‑
F：5
’
CTACAGGGGAGTCGAAATCCAAACC3
’
SYWG2
‑
R：5
’
CAGTAGTGTGGTCCGAGCAGAAC3
’
SYWG3
‑
F：5
’
CAGTCCGCACAGCCTCAGAAAAG3
’
SYWG3
‑
R：5
’
TGCTTTCCCTGCCCTCGTACAG3
’
SYWG4
‑
F：5
’
GCCAGTCTGCAACCCTTAAA3
’
SYWG4
‑
R：5
’
TTGGATGCAGGAGGTAAAGC3
’
SYWG5
‑
F：5
’
CAGAAGACTGCCAGAGCACA3
’
SYWG5
‑
R：5
’
TGTTGTAGCCATTCGCTAGG3
’
SYWG6
‑
F：5
’
技术研发人员：束婧婷，屠云洁，章明，刘一帆，巨晓军，姬改革，单艳菊，肖芹，盛中伟，邹剑敏，赵伟东，郑国庆，
申请(专利权)人：泰和凤升农牧科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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