一种用于肝癌检测的基因组合与相关试剂和应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于肝癌检测的基因组合与相关试剂和应用，涉及生物技术与疾病检测领域，本发明专利技术提供了可用于肝癌检测的OSR2、TSPYL5和SDF4基因，通过检测此基因组合的甲基化含量，可判断受检者是否患有肝癌和/或患有肝癌的风险高低，具有检测灵敏度高，特异性好的优势。的优势。的优势。

【技术实现步骤摘要】
一种用于肝癌检测的基因组合与相关试剂和应用


[0001]本专利技术涉及生物技术与疾病检测领域，具体而言，涉及一种用于肝癌检测的基因组合与相关试剂和应用。

技术介绍

[0002]肝癌主要包括肝细胞癌(Hepatocellular Carcinoma，HCC)与肝内胆管癌(Intrahepatic Cholangiocarcinoma，ICC)，其中70％
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90％的肝癌是肝细胞癌。肝癌是全球常见的恶性肿瘤之一，其发生率正在逐年增加，预计到2025年，发病率将超过一百万例。
[0003]HCC的高危人群包括HBV感染、HCV感染、过度饮酒引起的酒精肝(Alcoholic Liver Disease，ALD)、糖尿病或肥胖相关代谢原因导致的非酒精性脂肪肝(Nonalcoholic Fatty Liver Disease，NAFLD)及其他原因引起的肝硬化以及有肝癌家族史的人群，尤其是年龄大于40岁的男性。HBV感染是HCC最主要的风险因素，约占肝癌患者人数的85％。由于自2002年起，新生儿HBV疫苗接种的普及与HCV治愈率的提高，HBV、HCV感染导致的HCC比例呈下降趋势。但由于生活水平和饮食结构变化，酒精肝和非酒精性脂肪肝导致的HCC病例呈上升趋势，占到普通人群的15％，成为继HBV感染之后的第二大风险因素。超过90％的HCC患者都有慢性肝病，任何病因导致的肝硬化是HCC的极高危因素。
[0004]HCC的预后取决于肿瘤分期。早期HCC的5年生存率超过70％，而中期HCC病人治疗后，只有70％的患者能存活1～1.5年。对肝硬化与HBV慢性感染者等高危人群进行定期筛查能够将死亡率降低37％。目前，早期肝癌患者只占到肝癌人数的10％～20％，大部分HCC病人检测出肝癌时已为中晚期，生存率大大降低。因此，在早期发现肝癌并及时进行手术治疗，能够使患者获得最佳的生存率。
[0005]对HBV或HCV感染，或任何原因引起的肝硬化高风险人群进行筛查，能够提高早期肝癌的检出率和肝癌治愈率。每半年一次腹部超声或结合血清甲胎蛋白(α
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fetoprotein,AFP)是推荐的HCC的筛查手段。超声筛查具有简单、费用低、非侵入性、能实时观察、无放射辐射等优点。但不断增加的数据强调腹部超声依赖于操作者的水平，而且用于肥胖和非酒精性脂肪肝患者筛查的性能不佳。一项meta分析发现腹部超声检测早期HCC的整体灵敏度只有45％，虽然结合AFP检测早期HCC的灵敏度能提高到63％，但特异性降低。且大多数直径＜1cm的小肝癌不容易被腹部超声检测出，非常难以诊断，因此针对直径<1cm的病灶要进行定期随访，如3个月随访一次。
[0006]血清AFP是当前诊断肝癌和疗效监测常用且重要的指标。血清AFP≥400ng/ml，在排除妊娠、慢性或活动性肝病、生殖腺胚胎原性肿瘤以及消化道肿瘤后，高度提示肝癌。当AFP阈值在20ng/mL时，AFP检测HCC的灵敏度和特异性分别在41％～65％和80％～90％；然而，将近50％的HCC患者的AFP水平低于20ng/mL，因此AFP不能单独用于HCC筛查。总AFP并不是肝癌特异性的，有10％～42％的AFP水平升高也在除HCC之外的其他肝脏疾病中出现，如病毒性肝炎。
[0007]综上，由于AFP和超声筛查的灵敏度和特异性均不高，且腹部超声依赖于操作者的
水平，临床上大部分肝癌发现时均处于晚期，大大降低了患者的五年生存率。因此，亟待开发一款灵敏度高、特异性高的针对肝癌高风险人群的早筛、早诊产品。理想的检测产品应当高度可重复，不依赖于操作者的经验(如腹部超声)，高准确度，在不同的临床场景容易实施，而液体活检正好符合这些标准。
[0008]鉴于此，特提出本专利技术。

技术实现思路

[0009]本专利技术的目的在于提供一种用于肝癌检测的基因组合与相关试剂和应用。
[0010]本专利技术是这样实现的：
[0011]第一方面，本专利技术实施例提供了试剂或试剂组合在制备用于具有以下任意一种或多种用途的产品中的应用，所述用途包括(1)肝癌的早筛或早诊、(2)肝癌的诊断或辅助诊断、(3)肝癌预后风险的评估或辅助评估和(4)肝癌的动态监测；所述试剂或试剂组合包括：检测OSR2基因的甲基化含量的第一试剂和检测TSPYL5基因的甲基化含量的第二试剂。
[0012]第二方面，本专利技术实施例提供了一种试剂或试剂组合，其包括前述实施例所述的试剂或试剂组合。
[0013]第三方面，本专利技术实施例提供了一种试剂盒，其包括前述任意实施例所述的试剂或试剂组合。
[0014]第四方面，本专利技术实施例提供了一种靶基因甲基化含量的检测方法，其包括：采用前述实施例所述的试剂或试剂组合对样本进行靶基因的甲基化含量的检测；所述靶基因包括OSR2和TSPYL5基因。
[0015]第五方面，本专利技术实施例提供了一种肝癌预测模型的训练方法，其包括：获取前述实施例所述试剂或试剂组合对训练样本中靶基因的甲基化含量进行检测并为其标注结果；其中，所述靶基因为如前述实施例所述的靶基因，所述标注结果包括：代表样本的肝癌患病风险、预后风险和疾病进程中任意一种情况的标签；将待测样本的靶基因的甲基化含量输入预先构建的预测模型中，获得预测结果；所述预测模型为能够根据所述靶基因的甲基化含量判断样本的肝癌患病风险、预后风险和疾病进程中任意一种情况的机器学习模型。
[0016]第六方面，本专利技术实施例提供了一种电子设备，其包括：处理器和存储器；所述存储器用于存储程序，当所述程序被所述处理器执行时，使得所述处理器实现前述实施例所述的肝癌预测模型的训练方法或肝癌的预测方法；所述预测方法包括：获取待测样本中靶基因的甲基化含量；所述靶基因为前述实施例所述的靶基因；将待测样本靶基因的甲基化含量输入前述实施例所述的训练方法训练好的模型中，获得待测样本的预测结果。
[0017]本专利技术具有以下有益效果：
[0018]针对目前超声与AFP检测对早期肝癌检测灵敏度、特异性低的问题，本专利技术提供能用于肝癌检测的基因组合OSR2和TSPYL5基因，通过检测此基因组合的甲基化含量，可判断受检者是否患有肝癌、患有肝癌的风险高低和/或肝癌的疾病进程，具有检测灵敏度高，特异性好的优势。
附图说明
[0019]为了更清楚地说明本专利技术实施例的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附
图作简单地介绍，应当理解，以下附图仅示出了本专利技术的某些实施例，因此不应被看作是对范围的限定，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他相关的附图。
[0020]图1为MethyLight与HeavyMethyl检测的原理对比；
[0021]图2为21个候选基因区分肝癌与肝硬化的ROC曲线；
[0022]图3为OSR2与TSPYL5区分肝癌与所有阴性样本的ROC曲线；
[0023]图4为OSR2与TSPYL5区分肝癌与肝硬化样本的ROC曲线本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.试剂或试剂组合在制备用于具有以下任意一种或多种用途的产品中的应用，所述用途包括(1)肝癌的早筛或早诊、(2)肝癌的诊断或辅助诊断、(3)肝癌预后风险的评估或辅助评估和(4)肝癌的动态监测；所述试剂或试剂组合包括：检测OSR2基因的甲基化含量的第一试剂和检测TSPYL5基因的甲基化含量的第二试剂。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述OSR2基因的Gene ID：116039；优选地，所述OSR2基因的检测区域选自：OSR2基因与其5`启动子区序列的全长或部分序列；优选地，所述OSR2基因的检测区域包括：核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的区域1；优选地，所述第一试剂包括：引物对、探针和芯片中的任意一种或多种；优选地，所述第一试剂包括：核苷酸序列如SEQ ID NO.4～5所示的引物对和/或核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示的探针。3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述TSPYL5基因的Gene ID：85453；优选地，所述TSPYL5基因的检测区域选自：TSPYL5基因与其5`启动子区的全长或部分序列；优选地，所述TSPYL5基因的检测区域包括：核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的区域2；优选地，所述第二试剂包括：引物对、探针和芯片中的任意一种或多种；优选地，所述第二试剂包括：核苷酸序列如SEQ ID NO.16～17所示的引物对和/或核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示的探针。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述试剂或试剂组合还包括：用于检测C1QL4基因、CR1L基因、CYP26C1基因、FOXG1基因、GHSR基因、HIST1H1D基因、IRX5基因、KCNG3基因、LHX2基因、MEX3A基因、NEFM基因、OTX1基因、OXTR基因、PCDHGB6基因、PCDHGB7基因、PITX1基因、PRLHR基因、PRRX1基因、ZIC4基因中的任意一种或多种基因的甲基化含量的试剂或试剂组合；优选地，所述试剂或试剂组合还包括：检测内参基因的含量的第三试剂；优选地，所述内参基因包括SDF4基因；优选地，所述SDF4基因的Gene ID：51150；优选地，所述SDF4基因的检测区域包括：SDF4基因的全长或部分序列；优选地，所述SDF4基因的检测区域包括：核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的区域3；优选地，所述第三试剂包括：引物对、探针和芯片中的任意一种或多种；优选地，所述第三试剂包括：核苷酸序列如SEQ ID NO.28～29所示的引物对和/或核苷酸序列如SEQ ID NO.30所示的探针。5.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述试剂或试剂组合还包括：MgCl2、dNTP、Taq酶、缓冲液Buffer中的至少一种。6.一种试剂或试剂组合，其特征在于，其包括权利要求1～5任一项所述的试剂或试剂组合。7.一种试剂盒，其特征在于，其包括权利要求1～...

【专利技术属性】
技术研发人员：李慧，郗丽英，张嫒媛，杨浩，郑璐，王寅，白健，吴琳，
申请(专利权)人：北京和瑞精湛医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：