一种位于10号染色体上与DNA表观修饰相关的肿瘤标记物及其应用制造技术

本申请是申请号为CN202011608940.0的分案申请。本发明专利技术提供了一种位于10号染色体上与DNA表观修饰相关的的肿瘤标记物及其应用，所述肿瘤标记物位于人类基因组10号染色体上，且包括一个或多个可发生甲基化修饰的CpG位点，所述肿瘤标记物包括以人类基因组hg19作为参考版本位于chr10:50819227

【技术实现步骤摘要】
一种位于10号染色体上与DNA表观修饰相关的肿瘤标记物及其应用
[0001]本申请是申请号为CN202011608940.0、申请日为2020年12月30日、专利技术名称为“肿瘤标记物及其应用”的分案申请。


[0002]本专利技术涉及生物
，尤其涉及一种位于10号染色体上与DNA表观修饰相关的的肿瘤标记物及其应用。

技术介绍

[0003]肿瘤的发生发展是一个复杂、多层面、多因素的动态过程，包含了外界环境、遗传学变异以及表观遗传学改变等多种因素的相互作用。外界环境因素包括物理、化学、生物等致癌因素以及不健康的生活习惯等；遗传学变异包括基因突变、拷贝数变化、染色体错位等；表观遗传学改变主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA等变化因素。在肿瘤的发生发展过程中，上述因素相辅相成，共同作用，导致一系列抑癌基因的失活以及原癌基因的激活，进而导致肿瘤。及时得发现并诊断在肿瘤治疗中具有重要意义。
[0004]随着人们对肿瘤认识的加深以及科学技术的进步，许多新型的肿瘤标记物被发现并用于临床诊断。1980年之前，肿瘤标记物主要是一些激素、酶类、蛋白质等细胞分泌物，例如癌胚抗原(CEA)、甲胎抗原(AFP)等可以作为胃癌和肝癌等多种肿瘤的标记物。目前这一类肿瘤标记物虽然临床仍在用，但其敏感性与准确性已难以满足现在的临床需求。现在基于突变的标记物也越来越多，如肿瘤抑制因子p53的突变、BRCA基因突变、结直肠癌中的微卫星不稳定等，然而这类标记物在早期肿瘤的发现和诊断中效果不太理想。利用基于DNA甲基化的标记物可以在肿瘤发展的早期就可以将其诊断出来。
[0005]表观遗传学(Epigenomics)是研究基因在不发生DNA序列改变的情况下，基因功能的可遗传的变化，并最终导致表型变化的一门学科。表观遗传学主要包括DNA甲基化(DNA methylation)、组蛋白修饰(histone modification)、microRNA水平变化等生化过程。DNA甲基化是研究较为深入的表观遗传学机制，在包括诊断和治疗在内的肿瘤临床实践中有着应用前景。DNA甲基化是指生物体内在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase，DMT)的催化下，以S
‑
腺苷甲硫氨酸(SAM)为甲基供体，将甲基转移到特定的碱基上的过程。在哺乳动物中DNA甲基化主要发生在5
’‑
CpG
‑3’
的C上，生成5
‑
甲基胞嘧啶(5mC)。
[0006]在正常细胞中，一些CpG处于高度甲基化/转录沉默的状态，而在肿瘤细胞中这些CpG发生了广泛的去甲基化，导致重复序列的转录、转座子的活化，使得基因组高度不稳定和原癌基因转录增强。此外，一些原本在正常细胞中处于低甲基化状态的CpG岛在肿瘤细胞中会发生高甲基化，从而导致基因的转录失活，受影响的基因包括DNA修复基因、细胞周期控制基因和抗凋亡基因等。基因组DNA经亚硫酸氢盐处理后，通过PCR或测序等方式可以有效地确定特定位点的甲基化状态。利用上述技术，这些异常的DNA甲基化状态，可以在肿瘤发生的早期就被检测到。
[0007]人类基因组全序列尽管已经被人们所掌握，但是基因组序列纷繁复杂，哪些基因或哪些区段与疾病密切相关，仍然不是很清楚。此外，由于肿瘤本身的复杂性，使得寻找到既敏感又特异的肿瘤标记物变得更加困难。在本专利技术中，专利技术人通过利用大量数据并结合更优化的方法，寻找出更精准的肿瘤标记物，为肿瘤的诊断提供更多的途径。

技术实现思路

[0008]本专利技术克服现有技术的缺陷，提供了一类DNA表观修饰相关的肿瘤标记物，标记物在肿瘤患者中表现出显著性的高甲基化状态。
[0009]本专利技术的第一个方面，提供了一种肿瘤标记物，所述肿瘤标记物位于人类基因组1号染色体、2号染色体、3号染色体、5号染色体、7号染色体、8号染色体、10号染色体、11号染色体和21号染色体上，且包括一个或多个可发生甲基化修饰的CpG位点。
[0010]优选的，所述肿瘤标记物位于10号染色体上，所述肿瘤标记物包括位于人类基因组Hg19上(坐标从0开始)chr10:50819227
‑
50819589区域。
[0011]优选的，所述chr10:50819227
‑
50819589区域选自以下组中的至少一种：a)SEQ ID NO.1所示的碱基序列；b)SEQ ID NO.1所示的碱基序列的互补序列；c)与SEQ ID NO.1至少70％同源性的核苷酸序列或其核苷酸序列的互补序列。
[0012]优选的，所述肿瘤标记物包括作为乳腺癌、宫颈癌、食管癌、头颈部癌、肺癌和胰腺癌中的一种或几种的标记物。
[0013]优选的，所述肿瘤标记物还包括作为膀胱癌、胆管癌、结肠癌、胶质母细胞瘤、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌中的一种或几种的标记物。
[0014]优选的，所述甲基化修饰包括5
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醛甲基化修饰、5
‑
羟甲基化修饰、5
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甲基化修饰或5
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羧甲基化修饰。
[0015]优选的，所述肿瘤标记物还包括位于人类基因组Hg19上(坐标从0开始)chr2:105459135
‑
105459190、chr10:124902392
‑
124902455、chr3:157812331
‑
157812498、chr21:38378275
‑
38378539、chr8:97170353
‑
97170404、chr5:134880362
‑
134880455、chr10:94835119
‑
94835252、chr11:31826557
‑
31826963、chr3:147114032
‑
147114108、chr2:66809255
‑
66809281、chr7:97361393
‑
97361461、chr8:70984200
‑
70984294、chr1:6515341
‑
6515409区域的一种或多种。
[0016]优选的，上述区域均各自选自以下组中的至少一种：a)表1中所示的碱基序列；b)所示的碱基序列的互补序列；c)与所示的碱基序列至少70％同源性的核苷酸序列或其核苷酸序列的互补序列。
[0017]上述各区域的靶序列及其反向互补序列如下表1所示。其中，加粗倾斜字体表示CpG位点，着重号下边的数字表示该检测位点的编号。
[0018]表1
[0019][0020][0021][0022]本专利技术的第二个方面，提供了本专利技术所述的肿瘤标记物的应用，所述应用选自以下应用中的一种：所述肿瘤标记物在制备肿瘤本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种肿瘤标记物，其特征在于，所述肿瘤标记物位于人类基因组10号染色体上，且包括一个或多个可发生甲基化修饰的CpG位点；其中，所述肿瘤标记物包括以人类基因组hg19作为参考版本位于chr10:50819227
‑
50819589区域。2.根据权利要求1所述的肿瘤标记物，其特征在于，所述肿瘤标记物包括作为乳腺癌、宫颈癌、食管癌、头颈部癌、肺癌和胰腺癌中的一种或几种的标记物。3.根据权利要求2所述的肿瘤标记物，其特征在于，所述肿瘤标记物还包括作为膀胱癌、胆管癌、结肠癌、胶质母细胞瘤、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺癌、肉瘤、黑色素瘤、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宫内膜癌中的一种或几种的标记物。4.根据权利要求1所述的肿瘤标记物，其特征在于，所述甲基化修饰包括5
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醛甲基化修饰、5
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羟甲基化修饰、5
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甲基化修饰或5
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羧甲基化修饰。5.根据权利要求1所述的肿瘤标记物，其特征在于，所述chr10:50819227
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50819589区域选自以下组中的至少一种：a)SEQ ID NO.1所示的碱基序列；b)SEQ ID NO.1所示的碱基序列的...

【专利技术属性】
技术研发人员：董世华，李振艳，
申请(专利权)人：上海奕谱生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：