一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库及微生物标志物和应用制造技术

本发明专利技术公开了一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库及微生物标志物和应用，具体涉及医药微生物领域。一种用于胆囊结石诊断的微生物菌群标志物，为Neodevriesiaceae、Neodevriesia、Neodevriesiabulbillosa、Glomerellaceae、Colletotrichum、Colletotrichumsublineola、Epicoccum和Didymellaceae中的两种或多种。一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库的建立方法，包括从胆结石病人的胆汁和胆石中检测分离到的不少于372种真菌，其中，能注释到种水平的不少于225种，建立胆囊结石胆囊胆汁和胆石的不少于225种真菌基因库。本发明专利技术首次提供了一种胆囊结石患者胆汁和胆石真菌物种组成目录，为后续研究胆囊结石微生态提供了基础；本发明专利技术真菌库中的真菌主要来源于胆汁，这为后续胆结石的微生物干预预防/治疗提供微生态见解和新思路。路。路。

【技术实现步骤摘要】
一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库及微生物标志物和应用


[0001]本专利技术涉及医药微生物领域，具体涉及一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库及微生物标志物和应用。

技术介绍

[0002]胆囊结石是一种临床常见病和多发病，其会诱发胆囊发生慢性炎症，也是胆囊癌的危险因素。近年来我国胆结石人群的患病率逐渐上升，达到10％
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15％。胆囊结石从类型上可分为：胆固醇结石、色素性结石和混合型结石。其中胆固醇结石超过80％。胆结石的发病机制复杂，目前尚未完全清楚。
[0003]微生物与人类的健康和疾病息息相关，寄居于其体内或体表的微生物，与人体相互作用并维持着一定的平衡。有时外科感染相关疾病(比如胆囊炎，胆道感染等)因存在手术禁忌症或者无法立即手术，需待感染控制后进一步择期手术治疗，有的甚至采取非手术保守治疗，这些情况下就需要精准有效的抗感染治疗方案。以往我们更多的是根据经验性用药，药效及治疗效果很难保证，而细菌培养因为存在培养时间长、培养条件苛刻等因素，最终造成治疗延误、住院时间延长、病死率增加。
[0004]随着研究的不断深入，许多证据表明肠道和胆汁细菌与胆结石的形成密切相关。细菌及其代谢产物参与结石的形成，细菌本身甚至是结石的重要构成成分。此外，胆汁和结石中的细菌群落并不完全相同。2021年Serra等人基于培养方法的研究证实了胆汁真菌念珠菌属(Candida)的存在(J.Infect.Public Health，2021，14，206
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213)。
[0005]目前大多数真菌和细菌仍难以培养，尤其是真菌。经典培养的方法对微生物可培养的特殊条件具有高度的选择性，不仅需要消耗大量的时间和精力，而且限制了对特定环境中微生物群落丰富性和多样性的认识。一直以来尚无关于胆石真菌群落的报道。

技术实现思路

[0006]为此，本专利技术提供一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库及微生物标志物和应用，以解决现有胆囊结石诊断复杂、胆囊结石相关菌落研究较少等问题。
[0007]为了实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
[0008]根据本专利技术的第一方面提供一种用于胆囊结石诊断的微生物菌群标志物，其特征在于，所述标志物为Neodevriesiaceae、Neodevriesia、Neodevriesia bulbillosa、Glomerellaceae、Colletotrichum、Colletotrichum sublineola、Epicoccum和Didymellaceae中的两种或多种。
[0009]进一步的，所述应用为基于微生物菌群标志物构建预测评估胆囊结石药物疗效的模型。
[0010]进一步的，所述应用为评价治疗胆囊结石药物的有效性。
[0011]进一步的，所述应用为制备诊断胆囊结石的产品。
[0012]进一步的，所述应用是微生物菌群标志物匹配不少于1种，则认为有胆囊结石的风
险。
[0013]一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库的建立方法，所述方法包括从胆结石病人的胆汁和胆石中检测分离到的不少于372种真菌，其中，能注释到种水平的不少于225种，建立胆囊结石病人胆囊中不少于225种真菌基因库。
[0014]进一步的，所述方法包括样本收集、微生物总DNA的提取、真菌高通量测序、测序数据分析、测序数据预处理、微生物群落Alpha和Beta多样性、真菌物种注释和统计分析。
[0015]根据本专利技术的第二方面提供一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库，所述基因库建立在9个门、36个纲、82个目、174个科、277个属上。
[0016]根据本专利技术的第三方面提供一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库进行胆囊结石风险预测的方法，所述方法包括真菌基因库的建立、待测样本的处理、待测样本中微生物总DNA的提取、真菌高通量测序、测序数据分析和真菌基因库匹配。
[0017]本专利技术具有如下优点：
[0018]本专利技术首次提供了一种胆囊结石患者胆汁和胆石真菌物种组成目录，为后续研究胆囊结石微生态提供了基础；本专利技术真菌库中的真菌主要来源于胆汁，这为后续胆结石的微生物干预预防/治疗提供微生态见解和新思路。
[0019]本专利技术的真菌库中，选出来8中具有特异性功能的菌种，可以在胆囊结石的诊断及其预后评估中的应用。
附图说明
[0020]为了更清楚地说明本专利技术的实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。显而易见地，下面描述中的附图仅仅是示例性的，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据提供的附图引伸获得其它的实施附图。
[0021]本说明书所绘示的结构、比例、大小等，均仅用以配合说明书所揭示的内容，以供熟悉此技术的人士了解与阅读，并非用以限定本专利技术可实施的限定条件，故不具技术上的实质意义，任何结构的修饰、比例关系的改变或大小的调整，在不影响本专利技术所能产生的功效及所能达成的目的下，均应仍落在本专利技术所揭示的
技术实现思路
得能涵盖的范围内。
[0022]图1为本专利技术实施例3提供的一种胆汁和胆石真菌物种均匀度图；
[0023]图2为本专利技术实施例3提供的一种胆汁和胆石真菌物种相似性(百分比值＝序列数/总序列数)；
[0024]图3为本专利技术实施例3提供的一种胆囊结石患者胆石和胆汁真菌标志物；
[0025]图中：A
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胆汁；B
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胆石。
具体实施方式
[0026]以下由特定的具体实施例说明本专利技术的实施方式，熟悉此技术的人士可由本说明书所揭露的内容轻易地了解本专利技术的其他优点及功效，显然，所描述的实施例是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0027]小丛壳科
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Glomerellaceae
[0028]炭疽菌属
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Colletotrichum
[0029]刺盘孢菌
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Colletotrichum sublineola
[0030]附球菌属
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Epicoccum
[0031]亚隔孢壳科
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Didymellaceae
[0032]实施例1
[0033]本实施例提供一种基于宏基因组胆囊真菌的基因库的建立方法：
[0034]1、样本收集：
[0035]将胆囊结石病人的胆结石和胆汁样本进行收集。
[0036]2、微生物总DNA的提取：
[0037]采用DNA提取试剂盒(QIAamp DNA Mini Kit用于胆汁样本和QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit用于胆石样本，QIAGEN，Germany)，进行样本微生物总DNA的提取。采用NanoDrop检测提取的基因组总DNA的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于胆囊结石诊断的微生物菌群标志物，其特征在于，所述标志物为Neodevriesiaceae、Neodevriesia、Neodevriesia bulbillosa、Glomerellaceae、Colletotrichum、Colletotrichum sublineola、Epicoccum和Didymellaceae中的两种或多种。2.一种用于胆囊结石诊断的微生物菌群标志物的应用，其特征在于，所述应用是微生物菌群标志物匹配不少于一种，则认为有胆囊结石的风险。3.根据权利要求2所述的微生物菌群标志物的应用，其特征在于，所述应用为基于微生物菌群标志物构建预测评估胆囊结石药物疗效的模型。4.根据权利要求2所述的微生物菌群标志物的应用，其特征在于，所述应用为评价治疗胆囊结石药物的有效性。5.根据权利要求2所述的微生物菌群标志物的应用，其特征在于，所述应用为制备诊断胆囊结石的...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘雁军，胡俊清，李毅，张彤彤，唐几超，张鑫鹏，杨开金，
申请(专利权)人：成都市第三人民医院，
类型：发明
国别省市：