【技术实现步骤摘要】
TOMM7突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途
[0001]本专利技术涉及疾病相关突变基因，具体涉及一种TOMM7突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途。
技术介绍
[0002]线粒体存在于绝大部分细胞中，是细胞能量生产的核心细胞器。线粒体功能受损可导致线粒体疾病。根据线粒体功能受损的程度、细胞类型和数量，线粒体疾病患者可出现各种各样的症状，受累器官主要包括心脏、肌肉、眼、耳和大脑等。
[0003]线粒体疾病的特别之处是，细胞核中的核基因组DNA(nDNA)的基因突变，以及细胞质中的线粒体基因组DNA(mtDNA)的基因突变均可导致线粒体疾病。mtDNA基因突变导致的线粒体疾病，通常发病较晚；nDNA基因突变导致的线粒体疾病，通常发病较早。在儿童期诊断的线粒体疾病中，由nDNA基因突变导致的占比为75％。与成人线粒体疾病的较高诊断率不同，儿童期线粒体疾病由于症状特异性不高，诊断率显著下降。其中，婴儿致死性线粒体疾病(Lethal Infantile Mitochondrial Disease,LIMD)可导致新生儿期及婴儿期的极高死亡率。重症LIMD患儿发病骤及，甚至在出生后数日或数周内夭折，因而临床和基因诊断率更低。在国外报道LIMD病例中，很多是在尸检中才发现了线粒体疾病的蛛丝马迹。因此，国内外研究指出LIMD的发病率可能被严重低估。现阶段，虽然动物模型等基础研究中已发现千余种基因在线粒体的功能、稳定性、结构维持等方面发挥作用，但已报道的与LIMD相关的致病基因和致病变异却很少。>[0004]如能够被及时临床诊断，特别是精准基因诊断，LIMD患儿可通过调控能量代谢，有效降低死亡率，改善远期预后。此外，由于LIMD的基因诊断率低，部分患儿父母无法通过辅助生殖技术或产前诊断技术，阻断继续生育LIMD患儿，导致家庭悲剧再次出现。因此，发现新的LIMD致病基因，并建立快速、准确的新型检测试剂盒，对于提高LIMD的诊疗水平具有重要意义。
技术实现思路
[0005]本专利技术的目的在于提供一种与婴儿致死性线粒体疾病有关的TOMM7突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途。
[0006]本专利技术的目的通过如下技术方案实现：
[0007]一种突变TOMM7基因，所述突变TOMM7基因与人类基因组参考序列GRCh37相比具有以下突变中的至少一种：
[0008]7号染色体物理位置为22862359的碱基由G突变为A、7号染色体物理位置为22857618的碱基由C突变为T；
[0009]所述突变TOMM7基因的cDNA序列与SEQ ID NO.1的序列相比具有如下突变中的至少一种：
[0010]c.40C>T、c.152+1G>A；
[0011]所述突变TOMM7基因对应的突变TOMM7蛋白的序列与SEQ ID NO.2的序列相比具有以下突变中的至少一种：
[0012]p.Gln14Ter(第14位谷氨酰胺突变为终止密码子)、p.Ser51delinsArgTyrCysSerTer(第51位丝氨酸缺失，并插入精氨酸
‑
酪氨酸
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半胱氨酸
‑
色氨酸
‑
终止密码子)。
[0013]其中，所述SEQ ID NO.1与SEQ ID NO.2分别如下：
[0014]SEQ ID NO.1：
[0015]ATGGTGAAGCTGAGCAAAGAGGCCAAGCAGAGACTACAGCAGCTCTTCAAGGGGAGCCAGTTTGCCATTCGCTGGGGCTTTATCCCTCTTGTGATTTACCTGGGATTTAAGAGGGGTGCAGATCCCGGAATGCCTGAACCAACTGTTTTGAGCCTACTTTGGGGATAA
[0016]SEQ ID NO.2：
[0017]MVKLSKEAKQRLQQLFKGSQFAIRWGFIPLVIYLGFKRGADPGMPEPTVLSLLWG
[0018]TRANSLOCASE OF OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE 7(线粒体外膜转位酶7，TOMM7)基因位于7号染色体7p15.3位置，该基因含有3个外显子，其编码的TOMM7蛋白有55个氨基酸，分子量约为6KDa。TOMM7是TOM复合体的组装和稳定性所必需的重要分子，同时也是PRKN易位至受损线粒体的正向调节因子。TOMM7主要通过稳定去极化线粒体外膜上的PINK1来起作用。但目前TOMM6与疾病的相关性尚不明确，未见相关文献报道。
[0019]野生型TOMM7基因在Ensemble数据库(www.ensembl.org)中的基因编码为ENSG00000196683，该基因位于7号染色体。专利技术人在大量正常人和LIMD患者家系中利用遗传学研究筛选发现TOMM7基因发生基因突变可以导致婴儿致死性线粒体疾病。本专利技术提供了新的致病基因的致病突变位点，为该疾病的早期分子筛查提供了新的分子生物学基础。
[0020]上述第一种突变、第二种突变均属于无效突变(null mutation)，其中第一种突变在7号染色体的物理位置为22862359，碱基G突变为A；RNA水平：TOMM7基因的cDNA序列第40位碱基由C突变为T；蛋白水平：TOMM7基因编码蛋白第14位谷氨酰胺突变为终止密码子。
[0021]第二种突变在7号染色体的物理位置为22857618，碱基由C突变为T，RNA水平：TOMM7基因的cDNA序列第152+1位的内含子碱基由G突变为A；蛋白水平：TOMM7基因编码蛋白第51位丝氨酸缺失，并插入精氨酸
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酪氨酸
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半胱氨酸
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色氨酸
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终止密码子。
[0022]一种检测突变TOMM7基因的方法，所述方法用于非诊断目的，所述方法包括检测TOMM7基因是否存在突变位点；
[0023]所述突变位点为如下至少一种：
[0024]Chr7(GRCh37):g.22862359G>A，cDNA序列发生c.40C>T，p.Gln14Ter(第14位谷氨酰胺突变为终止密码子)；
[0025]Chr7(GRCh37):g.22857618C>T，cDNA序列发生c.152+1G>A，p.Ser51delinsArgTyrCysSerTer(第51位丝氨酸缺失，并插入精氨酸
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酪氨酸
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半胱氨酸
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色氨酸
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终止密码子)。
[0026]在一些实施方案中，本专利技术中所述的非诊断疾病的目的包括但不限于研究SNP分布和多肽性，用于家族演化研究。这样的应用是本领域技术人员可以理解的。
[0027]有些个体携带本专利技术的突变TOMM7基因但不患LIMD，例如仅一条染色体携带本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种突变TOMM7基因，其特征在于：所述突变TOMM7基因与人类基因组参考序列GRCh37相比具有以下突变中的至少一种：7号染色体物理位置为22862359的碱基由G突变为A、7号染色体物理位置为22857618的碱基由C突变为T；所述突变TOMM7基因的cDNA序列与SEQ ID NO.1的序列相比具有如下突变中的至少一种：c.40C>T、c.152+1G>A；所述突变TOMM7基因对应的突变TOMM7蛋白的序列与SEQ ID NO.2的序列相比具有以下突变中的至少一种：p.Gln14Ter、p.Ser51delinsArgTyrCysSerTer。2.一种检测如权利要求1所述的突变TOMM7基因的方法，所述方法用于非诊断目的，其特征在于：所述方法包括检测TOMM7基因是否存在突变位点；所述突变位点为如下至少一种：Chr7(GRCh37):g.22862359G>A，cDNA序列发生c.40C>T，p.Gln14Ter；Chr7(GRCh37):g.22857618C>T，cDNA序列发生c.152+1G>A，p.Ser51delinsArgTyrCysSerTer。3.如权利要求2所述的方法，其特征在于：所述方法包括利用如下至少一组引物进行PCR扩增的步骤：TOMM7_E1Fseq:GTCCACGGTTACACAGCCAGTAG，TOMM7_E1R:CCGAGAACCACCTAGTGCTAGAGA；TOMM7_E2Fseq:TGGAGACTTCTGTAGCGTAGGTAA，TOMM7_E2R:GTATCAGTCGTTCCTCCAGAGCAA。4.如权利要求3所述的方法，其特征在于：所述PCR扩增反应程序包括：95℃10min；95℃30s，65℃30s，72℃30s循环35次；72℃8min。5.一种检测突变TOMM7基因的试剂，其特征在于：所述试剂为核酸检测探针或引物；所述核酸检测探针与突变TOMM7基因互补；所述突变TOMM7基因与人类...
【专利技术属性】
技术研发人员：王开宇，郑芳，
申请(专利权)人：福州福瑞医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：
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