一种目标区域捕获建库方法技术

本申请公开了一种目标区域捕获建库方法。该目标区域捕获建库方法包括以下步骤：获取待测样本中的核酸片段，采用带有分子标签的接头进行建库，得到建库产物；建库产物通过具有捕获标记的外特异性引物进行延伸，得到延伸产物；使用载体捕获延伸产物，载体上固定有能够特异性结合捕获标记的物质；延伸产物通过内特异性引物对进行扩增，得到扩增产物；扩增产物通过含有index的条形码引物对进行扩增，得到最终文库。该建库方法实验操作复杂，实验成本较低；目标区域捕获均一性较好、假阳性率和假阴性率较低，因而最终使检测灵敏度显著提高。因而最终使检测灵敏度显著提高。

【技术实现步骤摘要】
一种目标区域捕获建库方法


[0001]本申请涉及建库方法
，尤其是涉及一种目标区域捕获建库方法。

技术介绍

[0002]高通量测序技术的发展带来了更高的测序深度，数据规模也愈发庞大，由此出现了两个不同的发展方向，一是大而全的全基因组测序，另一个是小而精的捕获测序。与全基因组测序相比，捕获测序可以针对目标区域进行分离富集，灵敏度更高，数据分析工作也大大减轻。目前常用的目标区域捕获建库方法包括探针法和多重PCR方法。
[0003]探针法首先对全基因组进行建库，然后通过生物标记的DNA或RNA探针对建库产物进行杂交捕获，并利用链霉亲和素磁珠将探针吸附，从而捕获目的区域产物，扩增得到最终文库。多重PCR方法的构思与之相反，主要是通过多组引物先行对目标区域进行捕获而后再进行建库。在这两类方法中，探针法实验操作复杂，实验成本高，虽然各目标区域捕获均一性好，经过校正后的假阳率低，但在此过程中均会造成模板的丢失，假阴性率偏高。而多重PCR法虽然简化了实验操作，降低了成本，但对于各个目标区域的捕获均一性差，经过校正后，假阳率高而假阴率低。
[0004]因此，有必要提供一种成本低、捕获均一性好，同时假阳率和假阴率都比较低的目标区域捕获建库方法。

技术实现思路

[0005]本申请旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本申请提出一种目标区域捕获建库方法，利用这一目标区域捕获建库方法可以实现低成本建库，同时对不同目标区域的捕获均一性好，而且假阳率和假阴率都比较低。
[0006]本申请的第一方面，提供一种目标区域捕获建库方法，该目标区域捕获建库方法包括以下步骤：
[0007]获取待测样本中的核酸片段，采用带有分子标签的接头进行建库，得到建库产物；
[0008]建库产物通过具有捕获标记的外特异性引物进行延伸，得到延伸产物；
[0009]使用载体捕获延伸产物，载体上固定有能够特异性结合捕获标记的物质；
[0010]延伸产物通过内特异性引物对进行扩增，得到扩增产物；
[0011]扩增产物通过含有index的条形码引物对进行扩增，得到最终文库。
[0012]根据本申请实施例的目标区域捕获建库方法，至少具有如下有益效果：
[0013]本申请实施例所提供的目标区域捕获建库方法，其实验操作比较复杂，但实验成本相对比较低；而且各目标区域捕获均一性较好；通过先后两轮校正，假阳性率低；虽然在接头连接等步骤以及生信分析的两轮校正过程中均会丢失模板，但整体模板利用率较高，假阴性率较低，因而最终使检测灵敏度显著提高。
[0014]在本申请的一些实施方式中，分子标签为5～10个碱基长度的随机序列。
[0015]在本申请的一些实施方式中，核酸片段为cfDNA。
[0016]在本申请的一些实施方式中，内特异性引物对包括具有5
′
端的接头序列和3
′
端的目标区域特异性序列的内特异性引物和接头引物。
[0017]在本申请的一些实施方式中，载体为固相载体。
[0018]在本申请的一些实施方式中，载体为磁珠。
[0019]在本申请的一些实施方式中，捕获标记为生物素标记，物质为链霉亲和素。
[0020]在本申请的一些实施方式中，捕获标记为生物素标记，载体为链霉亲和素标记的磁珠。
[0021]本申请的第二方面，提供一种目标区域捕获建库试剂盒，该目标区域捕获建库试剂盒包括：
[0022]接头，接头带有分子标签；
[0023]外特异性引物，外特异性引物具有捕获标记；
[0024]内特异性引物对；
[0025]条形码引物对，条形码引物对含有index；
[0026]载体，载体上固定有能够特异性结合捕获标记的物质。
[0027]本申请的第三方面，提供一种目标区域测序方法，该目标区域测序方法包括按照前述的任一种目标区域捕获建库方法进行建库。
[0028]在本申请的一些实施方式中，得到最终文库后进行测序。
[0029]本申请的第四方面，提供一种目标区域核酸信息分析方法，该目标区域核酸信息分析方法包括按照前述的任一种目标区域测序方法获取目标区域的核酸序列。
[0030]在本申请的一些实施方式中，还包括以下步骤：
[0031]对核酸序列通过分子标签进行聚类，对同一聚类的同一单链进行一次校正，去除错误；
[0032]对来自同一双链模板的两条单链进行二次校正，进一步去除错误。
[0033]本申请的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本申请的实践了解到。
附图说明
[0034]图1为本申请的实施例中目标区域捕获建库方法的原理示意图。
[0035]附图标记：核酸片段100、第一部分101、第二部分102、第一接头111、第二接头112、延伸产物200、外特异性引物201、扩增产物300、内特异性引物301、接头引物302、条形码400、载体500。
具体实施方式
[0036]以下将结合实施例对本申请的构思及产生的技术效果进行清楚、完整地描述，以充分地理解本申请的目的、特征和效果。显然，所描述的实施例只是本申请的一部分实施例，而不是全部实施例，基于本申请的实施例，本领域的技术人员在不付出创造性劳动的前提下所获得的其他实施例，均属于本申请保护的范围。
[0037]下面详细描述本申请的实施例，描述的实施例是示例性的，仅用于解释本申请，而不能理解为对本申请的限制。
[0038]在本申请的描述中，若干的含义是一个以上，多个的含义是两个以上，大于、小于、超过等理解为不包括本数，以上、以下、以内等理解为包括本数，约的含义是指在本数
±
20％、10％、8％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.2％、0.1％等的范围内。如果有描述到第一、第二只是用于区分技术特征为目的，而不能理解为指示或暗示相对重要性或者隐含指明所指示的技术特征的数量或者隐含指明所指示的技术特征的先后关系。
[0039]本申请的描述中，参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示意性实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本申请的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不一定指的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任何的一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。
[0040]参考图1，示出了本申请的一些实施例中所提出的一种目标区域捕获建库方法，包括以下步骤：
[0041]S100：获取待测样本中的核酸片段，采用带有分子标签的接头进行建库，得到建库产物。
[0042]如图1的A所示，首先获取待测样本中的核酸片段100。在部分实施方式中，核酸片段100为DNA片段。在部分实施方式中，核酸片段100为双链片段100。<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种目标区域捕获建库方法，其特征在于，所述目标区域捕获建库方法包括以下步骤：获取待测样本中的核酸片段，采用带有分子标签的接头进行建库，得到建库产物；建库产物通过具有捕获标记的外特异性引物进行延伸，得到延伸产物；使用载体捕获所述延伸产物，所述载体上固定有能够特异性结合所述捕获标记的物质；所述延伸产物通过内特异性引物对进行扩增，得到扩增产物；所述扩增产物通过含有index的条形码引物对进行扩增，得到最终文库。2.根据权利要求1所述的目标区域捕获建库方法，其特征在于，所述分子标签为5～10个碱基长度的随机序列。3.根据权利要求1所述的目标区域捕获建库方法，其特征在于，所述核酸片段为cfDNA。4.根据权利要求1所述的目标区域捕获建库方法，其特征在于，所述内特异性引物对包括具有5
′
端的接头序列和3
′
端的目标区域特异性序列的内特异性引物和接头引物。5.根据权利要求1所述的目标...

【专利技术属性】
技术研发人员：程云阳，巴颖，操利超，张核子，卢晓萍，陈莹莹，余晨笛，
申请(专利权)人：深圳核子华曦医学检验实验室，
类型：发明
国别省市：