一种金粟兰属内不同物种的鉴别方法技术

本发明专利技术公开了一种金粟兰属内不同物种的鉴别方法，属于分子生物学领域。本发明专利技术提供一种鉴别金粟兰属内不同物种的SNP位点组合，包括12个SNP位点，所述SNP位点组合分别位于金粟兰psaI基因组序列第7和39位，petL基因组序列第59和72位，rpl2基因组序列第93、500、807和811位，psbZ基因组序列第41、58和89位，rps8基因组序列第214位。本发明专利技术能够准确鉴定金粟兰属内10个物种，耗时短，克服了传统形态鉴定的弊端，本发明专利技术为金粟兰属内10个物种的准确分类鉴定提供了重要保障。鉴定提供了重要保障。鉴定提供了重要保障。

【技术实现步骤摘要】
一种金粟兰属内不同物种的鉴别方法


[0001]本专利技术涉及分子生物学领域，特别是涉及一种金粟兰属内不同物种的鉴别方法。

技术介绍

[0002]金粟兰属(Chloranthus Sw.)隶属于金粟兰科(Chloranthaceae)，是早期演化的被子植物类群之一，产地遍及各大洲，是研究被子植物起源与演化的理想类群。该属内的一些种类(金粟兰和鱼子兰)被作为园林观赏植物广泛栽培，一些种类(宽叶金粟兰(C.henryi)、银线草(C.japonicus)、丝穗金粟兰(C.fortunei)、及己(C.serratus)、网脉金粟兰(C.nervosus)等)为传统的中药植物被广泛使用，但存在严重的实名混淆问题。因为该属内一些形态特征(叶、叶片数量、叶缘形态、植株大小等)极为相似，如果仅依据传统的形态分类很难将物种不同生长时期的植株(尤其是生长的初期)区分。尽管已有文献资料论述了该属内植物较为可靠的形态分类特征为花部器官(尤其药隔形态)(卢永彬，et al.2019)，然而，植物生长均会经历较为漫长的营养生长期，那么开展对金粟兰属内营养生长期物种的分类鉴定，则需要提供一套更为准确的物种的分类标准。

技术实现思路

[0003]本专利技术的目的是提供一种金粟兰属内不同物种的鉴别方法，以解决上述现有技术存在的问题，该鉴定方法能够准确鉴定金粟兰属内10个物种，耗时短，克服了传统形态鉴定的弊端，并为金粟兰属内不同物种的分类鉴定提供重要保障。
[0004]为实现上述目的，本专利技术提供了如下方案：
[0005]本专利技术提供一种鉴别金粟兰属内不同物种的SNP位点组合，包括12个SNP位点，所述SNP位点组合分别位于金粟兰psaI基因组序列第7和39位，petL基因组序列第59和72位，rpl2基因组序列第93、500、807和811位，psbZ基因组序列第41、58和89位，rps8基因组序列第214位；
[0006]所述psaI基因组序列如SEQ ID NO：1所示；所述petL基因组序列如SEQ ID NO：2所示；所述rpl2基因组序列如SEQ ID NO：3所示；所述psbZ基因组序列如SEQ ID NO：4所示；所述rps8基因组序列如SEQ ID NO：5所示。
[0007]本专利技术还提供一种金粟兰属内不同物种的鉴别方法，包括以下步骤：
[0008]提取待测植株DNA后进行文库构建，通过二代测序获得金粟兰属内不同物种浅层基因组序列，通过生物信息学方法组装叶绿体全基因组，经比对筛选出物种间差异基因片段，根据物种间差异基因片段的SNP位点组合判断待测植株物种。
[0009]进一步地，所述物种间差异基因片段的核苷酸序列如SEQ ID NO：1
‑
5所示。
[0010]进一步地，若psaI基因片段在如SEQ ID NO：1所示序列第39位碱基型为G，则判定该物种为C.japonicus；若petL基因片段在如SEQ ID NO：2所示序列第59位为T，则判定该物种为C.serratus；若rpl2基因片段在如SEQ ID NO：3所示序列第93位碱基型为G和第500位为T，则判定该物种为C.japonicus；若rpl2基因片段在如SEQ ID NO：3所示序列第93，500，
807和811的碱基型分别为A，C，C和T，且psaI基因片段在如SEQ ID NO：1所示序列第39位碱基型为C，则判定该物种为C.nervosus；若psbZ基因片段在如SEQ ID NO：4所示序列第41，58，89位分别为C，T，C碱基型且rpl2基因片段在如SEQ ID NO：3所示序列第93位碱基为A，则判定该物种为C.spicatus；若petL基因片段在如SEQ ID NO：2所示序列第59位为C且psbZ基因片段在如SEQ ID NO：4所示序列第41，58，89位碱基型分别为C，C，C，则判定该物种为C.henryi；若rpl2基因片段在如SEQ ID NO：3所示序列第500位为C且psbZ基因片段在如SEQ ID NO：4所示序列第41，58，89位分别为T，C，C，则判定该物种为C.oldhamii；若psaI基因片段在如SEQ ID NO：1所示序列第7和39位，petL基因片段在如SEQ ID NO：2所示序列第59和72位，rpl2基因片段在如SEQ ID NO：3所示序列第93，500，807，811位，psbZ基因片段在如SEQ ID NO：4所示序列第41，58，89位以及rps8基因片段在如SEQ ID NO：5所示序列第214位分别为G，C，C，G，A，C，T，T，C，C，T和A，则判定该物种为C.angustifolius；若psaI基因片段在如SEQ ID NO：1所示序列第7和39位，petL基因片段在如SEQ ID NO：2所示序列第59和72位，rpl2基因片段在如SEQ ID NO：3所示序列第93，500，807，811位，psbZ基因片段在如SEQ ID NO：4所示序列第41，58，89位以及rps8基因片段在如SEQ ID NO：5所示序列第214位分别为G，C，C，G，A，C，T，T，C，C，T，G，则判定该物种为C.fortunei。
[0011]进一步地，金粟兰属内不同物种包括宽叶金粟兰(C.henryi)、银线草(C.japonicus)、丝穗金粟兰(C.fortunei)、及己(C.serratus)、网脉金粟兰(C.nervosus)、华南金粟兰(C.sessilifolius)、中国台湾金粟兰(C.oldhamii)、狭叶金粟兰(C.angustifolius)、鱼子兰(C.erectus)和金粟兰(C.spicatus)。
[0012]本专利技术公开了以下技术效果：
[0013]本专利技术主要利用基因组浅层测序(Genome Skimming)，通过二代测序技术获得全基因组较低测序深度基因组数据，借助于生物信息学手段，得到叶绿体全基因组序列数据，并通过对比75个(筛选特异性片段样本)金粟兰植物材料的叶绿体基因组全长数据，筛选到了能完全区分金粟兰属内10个物种的叶绿体基因组的5个种间差异基因petL，psaI，rpl2，psbZ和rps8，将5个种间差异基因的编码区序列进行种间多序列比对，获得区分金粟兰属内10种物种植株的碱基位点组合信息，并在更多金粟兰属植物样本(36个，验证特异性片段样本)中得以验证。本专利技术提供的鉴定方法能够准确鉴定金粟兰属内10个物种，耗时短，克服了传统形态鉴定的弊端，本专利技术为金粟兰属内10个物种的准确分类鉴定提供重要保障。
附图说明
[0014]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0015]图1为psaI基因多序列比对结果；
[0016]图2为petL基因多序本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴别金粟兰属内不同物种的SNP位点组合，其特征在于，包括12个SNP位点，所述SNP位点组合分别位于金粟兰psaI基因组序列第7和39位，petL基因组序列第59和72位，rpl2基因组序列第93、500、807和811位，psbZ基因组序列第41、58和89位，rps8基因组序列第214位；所述psaI基因组序列如SEQ ID NO：1所示；所述petL基因组序列如SEQ ID NO：2所示；所述rpl2基因组序列如SEQ ID NO：3所示；所述psbZ基因组序列如SEQ ID NO：4所示；所述rps8基因组序列如SEQ ID NO：5所示。2.一种金粟兰属内不同物种的鉴别方法，其特征在于，包括以下步骤：提取待测植株DNA后进行文库构建，通过二代测序获得金粟兰属内不同物种浅层基因组序列，通过生物信息学方法组装叶绿体全基因组，经比对筛选出物种间差异基因片段，根据物种间差异基因片段的SNP位点组合判断待测植株物种。3.根据权利要求2所述的鉴别方法，其特征在于，所述物种间差异基因片段的核苷酸序列如SEQ ID NO：1
‑
5所示。4.根据权利要求3所述的鉴别方法，其特征在于，若psaI基因片段在如SEQ ID NO：1所示序列第39位碱基型为G，则判定该物种为C.japonicus；若petL基因片段在如SEQ ID NO：2所示序列第59位为T，则判定该物种为C.serratus；若rpl2基因片段在如SEQ ID NO：3所示序列第93位碱基型为G和第500位为T，则判定该物种为C.japonicus；若rpl2基因片段在如SEQ ID NO：3所示序列第93，500，807和811的碱基型分别为A，C，C和T，且psaI基因片段在如SEQ ID NO：1所示序列第39位碱基型为C，则判定该物种为C.nervosus；若psbZ基因片段在如SEQ ID NO：4所示序列第41，58，89位分别为C，T，C碱基型且rpl2基因片段在如SEQ ID NO：3所示序列第93位碱基为A，则判...

【专利技术属性】
技术研发人员：卢永彬，张强，覃信梅，李鹏伟，姚淑婷，
申请(专利权)人：广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所，
类型：发明
国别省市：