一种胚系基因大片段重排的检测方法技术

本发明专利技术涉及一种胚系基因大片段重排的检测分析方法，特别是涉及了一种基于高通量测序检测胚系RB1基因大片段重排的技术，属于生物信息学技术领域。本发明专利技术中受试者血液白细胞样本使用RB1全外显子及侧翼覆盖均一性好的panel进行捕获测序，根据本发明专利技术所述分析方法进行胚系RB1基因大片段重排鉴定，其检测分析结果和ddPCR检测结果高度一致，适用于家族遗传性视网膜母细胞瘤受试者及其他癌种的肿瘤易感基因检测分析。易感基因检测分析。易感基因检测分析。

【技术实现步骤摘要】
一种胚系基因大片段重排的检测方法


[0001]本专利技术涉及一种胚系RB1大片段重排的检测分析方法，特别是涉及了一种基于高通量测序数据检测大片段重排的技术，属于生物信息学


技术介绍

[0002]视网膜母细胞瘤基因(Retinoblastomal transcriptional corepressor 1，RB1)位于人类13号染色体，是人类第一个发现的抑癌基因，该基因与视网膜母细胞瘤(RB)的发生相关。视网膜母细胞瘤是儿童中最常见的眼内癌，其中90％以上的双侧病例受试者和10
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25％的单侧病例具有遗传性RB1突变[1]。遗传性RB则与种系突变有关，种系变异是由父母遗传或胎儿发育过程中获得的，在新生儿中Rb的发病率为1/20000[2]，大约40％的RB受试者是主要是由遗传易感基因RB1基因的胚系突变所致[3]，一般判断为家族性(遗传性)视网膜母细胞瘤，遗传方式是常染色体的显性遗传。首都医科大学附属北京儿童医院于2014年2月至2020年8月期间，纳入263名无血缘关系的单侧RB受试者，使用NGS和ddPCR技术分别本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种胚系基因大片段重排的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤1，通过引物或者探针对于目标基因的外显子区域进行扩增或者捕获，并获得用于高通量测序的文库；步骤2，对文库进行高通量测序，获得RB1全部外显子reads的测序深度数据，计算出每个外显子的Zscore值；步骤3，筛选得到噪音强度小于设定值的样本数据；步骤4，进行以下判定：步骤4
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1，当需要判定RB1外显子缺失时，必须满足目标区间中SNP均为纯合型；步骤4
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2，当存在外显子区域的Zscore达到小于设定阈值时，将该外显子归入第一外显子集合；步骤4
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3，根据reads数据找到外显子区域上的两个断点，并获得断点在参考基因组上的位置，若在参考基因组上两个断点外侧的序列经拼接后能够与测序数据相同或互补，则将这两个断点之间的全部外显子归入第二外显子集合；步骤4
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4，对第一外显子集合和第二外显子集合进行并集处理，作为存在大片段缺失的外显子。2.根据权利要求1所述的胚系基因大片段重排的检测方法，其特征在于，所述的步骤1中，测序深度数据需要经过均一化、GC矫正或者降噪处理。3.根据权利要求1所述的胚系基因大片段重排的检测方法，其特征在于，所述的Zscore值通过如下步骤计算得到：Z＝(x
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μ)/σ；X为单个外显子的Log
2 Ratio值，μ为基线样本的Log
2 Ratio均值，σ为基线样本的标准差。4.根据权利要求1所述的胚系基因大片段重排的检测方法，其特征在于，所述的第3步中，筛选过程包括如下步骤：计算VP值，log2ratio(exon)是指某个外显子log
2 Ratio值，n是全部外显子个数；且需要满足：对于血液样本，VP≤0.5；对于FFPE、新鲜组织样本或者除血液样本外的样本，VP≤0.8。5.根据权利要求1所述的胚系基因大片段重排的检测方法，其特征在于，所述的步骤3中，目标区间SNP纯合型的判定条件是：Vaf<0.1或Vaf&...

【专利技术属性】
技术研发人员：邵阳，汪笑男，赵欣旻，吴雪，肖瑶，逄娇慧，吴晓英，常志力，刘训彪，马骧原，
申请(专利权)人：南京世和医学检验有限公司，
类型：发明
国别省市：