一种与湖羊生长性状相关的分子标记及应用制造技术

本发明专利技术提供了一种与湖羊生长性状相关的分子标记及应用，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第355bp位的M表示A或C。本发明专利技术通过对湖羊GC基因进行PCR扩增和序列分析，发现在扩增片段的第355位存在一个A/C多态性位点，进一步使用KASPar引物对1228只湖羊的多态性位点进行检测和建立最小二乘模型，对基因型与生长性状进行关联分析，最终确定了本发明专利技术扩增的GC基因片段可以作为与湖羊平均日增重和饲料转化率相关的分子标记。本发明专利技术通过检测分子标记，可用于选留基因为AA纯合型湖羊进入核心群作为种羊，以改善湖羊的生长性状，有助于增加经济效益。助于增加经济效益。

【技术实现步骤摘要】
一种与湖羊生长性状相关的分子标记及应用


[0001]本专利技术属于分子标记的
，具体涉及GC基因片段作为影响湖羊生长性状的分子标记及应用。

技术介绍

[0002]GC基因编码维生素D结合蛋白。Liping Guo等人(Guo,Wei,Yi,Yang,&Chen,2021)通过转录组分析确定GC是成年至老年鸭皮下脂肪的关键候选基因。维生素D(VitD)是一种脂溶性维生素，被运输到肝脏进行羟基化，生成25
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羟基维生素D[25(OH)D](Ab Bas,2017)。而25(OH)D主要分布在动物的脂肪、肝脏和肌肉中，产生活性维生素D所需的酶(Wamberg et al.，2013)，它是维生素D的主要循环形式，是脂溶性的。对人类来说，当血清中25(OH)D浓度低于50nmol/L时，被定义为维生素D缺乏症(Holick et al.，1911)。而且肥胖者血清中25(OH)D的水平较低，它的水平与体重指数和体脂指数呈负相关(Gonz
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Molero et al.,2013；Xiao
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Mei Mai*&Langhammer，2012)。因此，GC基因可能对改变动物体重起着重要的作用。但是GC基因在湖羊上的研究较少，具体对湖羊有何作用也不清楚。

技术实现思路

[0003]为了克服现有技术的缺陷，本专利技术提供一种作为与湖羊生长性状相关的分子标记及应用。
[0004]为实现上述目的，本专利技术采用以下的技术方案为：
[0005]一方面，本专利技术提供了一种与湖羊生长性状相关的分子标记，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第355bp位的M表示A或C，由于上述序列在第355位碱基处有一个A/C突变，从而导致了湖羊GC基因在该位点的A/C多态性。
[0006]基因型与性状关联分析的结果显示，随着测定周期的延长，GC g.19484A>C突变位点与湖羊体重、体高和体长显著相关。携带AA基因型湖羊的体重、体高以及体长要优于携带CC基因型的湖羊(P<0.05)，由此可知A等位基因为优势等位基因。
[0007]第二方面，本专利技术提供了用于检测上述分子标记的引物对，任何可特异性扩增本专利技术分子标记或包含上述多态性位点的片段的引物均适用于对该分子标记进行检测，优选地，其包括引物M
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F和引物M
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R，所述引物M
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F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，引物M
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R的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
[0008]此外，本专利技术还提供了用于检测上述分子标记的引物对优选为KASPar引物对，其包括用于检测AlleleA的正向引物1、用于检测AlleleC的正向引物2和通用反向引物，所述检测AlleleA的正向引物1的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，所述检测AlleleC的正向引物2的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，所述通用反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。
[0009]第三方面，本专利技术提供了一种用于检测上述分子标记的检测试剂盒，所述试剂盒中包含了检测上述分子标记的引物对或KASPar引物对。
[0010]第四方面，本专利技术提供了一种用于检测与湖羊生长性状相关的分子标记的方法，
所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第355bp位的M表示A或C，所述方法包括利用上述的引物对或试剂盒对湖羊的基因组DNA进行检测，具体检测方法包括如下步骤：
[0011]S1、使用上述的引物对、KASPar引物对或包含上述引物对的试剂盒，对湖羊基因组DNA进行扩增；
[0012]S2、对步骤S1获得的扩增产物的多态性位点进行鉴定。
[0013]其中，在步骤S2中，上述分型鉴定的方法包括但不限于直接测序法、探针法、基因芯片法、高分辨率溶解曲线法。
[0014]更为具体的，本专利技术中利用上述引物对检测与湖羊生长性状相关分子标记的方法，包括如下步骤：
[0015]a)以湖羊血液为样品提取基因组DNA，利用核苷酸序列如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的KASPar引物对进行高通量水浴PCR扩增；
[0016]b)扩增结束后，利用BMG PHERAstar仪器检测荧光信号并查看分型结果。
[0017]第五方面，本专利技术提供了如上述所述的分子标记、引物对或试剂盒的检测方法在湖羊生长性状检测中的应用，通过在待测湖羊的基因组DNA中检测本专利技术的分子标记，并分析多态性位点的类型，从而可以确定湖羊的生长性状的高低，进而筛选出快速生长型的湖羊。
[0018]第五方面，本专利技术提供了如上所述的分子标记及、引物对或试剂盒的检测方法在湖羊育种中的应用，通过利用上述的引物对或试剂盒对湖羊的基因组DNA中进行扩增和检测，确定待测样品的GC基因的基因型，从而可以从中选育出快速生长型的湖羊品种。
[0019]寻找基因的变异位点，通过与性状间的关联分析发现基因与性状间的关系是研究基因功能的一个重要手段，也是进行标记辅助选择的基础。本专利技术通过对湖羊代表品种湖羊的GC基因进行PCR扩增和测序，发现在扩增片段的第355位存在一个A/C多态性位点，并通过检测1288只湖羊多态性和建立的最小二乘模型，确定了一种与湖羊生长性状相关的分子标记，该分子标记可以用于优质肉羊新品种的培育，为湖羊生长性状的遗传改良提供了有效的基因工程手段，具有重大的实际应用价值。
[0020]本专利技术通过设计竞争性等位基因特异性PCR(KASP)所需的KASPar引物对上述分子标记进行检测，该检测方法不需要针对每个SNP位点都去合成特异的荧光探针，而是基于自己独特的ARM PCR原理，让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增，大大降低了试剂的成本，并具有较高的准确性，为本专利技术的分子标记的检测提供了一种简便、准确、低成本的操作方法。
[0021]本专利技术的有益效果在于：
[0022]本专利技术提供了与湖羊生长性状相关的分子标记，具体为SEQ ID NO.1片段的第355位的A/C的多态性位点，通过测定该多态性的基因型来有效鉴别是否为快速生长型的湖羊，为快速生长型湖羊的选育提供有效的检测手段。本专利技术通过对分子标记及导致该多态性位点的检测，可用于选留基因为AA纯合型湖羊作为种羊，用于育种，用以提高湖羊的生长性状，有助于提高湖羊养殖业的经济效益。
附图说明
[0023]图1为本专利技术中用于作为分子标记的湖羊GC基因片段的凝胶电泳图。
Search Tool)软件，将测序后获得的DNA序列(SEQ ID NO.1)与GenBank数据库中公布的已知生理功能基因进行序列同源性比较，以鉴定和获得该DNA序列的功能信息。检索结果表明所测序列与湖羊GC基因DNA(GenBank收录号：NC_0本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与湖羊生长性状相关的分子标记，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第355bp处的M表示A或C，该突变导致分子标记的A/C多态性。2.用于检测权利要求1所述的分子标记的引物对，其特征在于，其包括引物M
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F和引物M
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R，所述引物M
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F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，引物M
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R的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。3.用于检测权利要求1所述的分子标记的KASPar引物对，其特征在于，其包括用于检测AlleleA的正向引物1、用于检测AlleleC的正向引物2和通用反向引物，所述检测AlleleA的正向引物1的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，所述检测AlleleC的正向引物2的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，所述通用反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。4.一种用于检测权利要求1所述的分子标记的检测试剂盒，其特征在于，其包含权利要求2的引物对或权利要求3所述的KASPar引物对。5.一种用于检测权...

【专利技术属性】
技术研发人员：王维民，赵利明，李建栋，李宝胜，李发弟，张小雪，张德印，
申请(专利权)人：甘肃润牧生物工程有限责任公司，
类型：发明
国别省市：