一种构建牡蛎单倍型基因组的方法技术

本发明专利技术属于海洋生物基因组和分子遗传学领域，具体涉及到一种构建牡蛎单倍型基因组的方法。选取一个牡蛎雄性和一个雌性个体，人工构建全同胞家系并对后代进行常规养殖；将父本和母本个体分别进行高通量测序，鉴定父本特异性单核苷酸变异位点和母本特异性单核苷酸变异位点；后代个体养殖一年后，取一个体进行高通量测序；利用双亲特异性单核苷酸变异位点对后代个体的测序序列进行分组，获得父源后代序列和母源后代序列；将父源和母源后代序列分别进行组装，获得父源和母源单倍型基因组。应用该方法获得长牡蛎和福建牡蛎高质量单倍型基因组，BUSCO评估基因组的完整性大于93％，表明该方法获得的牡蛎单倍型基因组质量较高。该方法获得的牡蛎单倍型基因组质量较高。

【技术实现步骤摘要】
一种构建牡蛎单倍型基因组的方法

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[0001]本专利技术属于海洋生物基因组和分子遗传学领域，具体涉及到一种构建牡蛎单倍型基因组的方法。

技术介绍
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[0002]牡蛎等海洋贝类的基因组比较复杂，常规基因组组装策略无法获得高质量的单倍型基因组。随着测序技术的发展，测序的成本下降较快，数据的产出量和测序序列的长度均有所增加，但是一般情况下牡蛎等二倍体生物基因组的常规拼接组装无法获得两套全单倍型基因组序列，获得的是两套全单倍型基因组序列的马赛克嵌合形式，无法实现全基因组序列的定相，制约了基因组序列在单倍型鉴定、结构变异检测、比较基因组和连锁不平衡等遗传学分析中的应用。目前对牡蛎等贝类复杂基因组进行单倍型组装尚未有成熟有效的方法和策略。

技术实现思路
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[0003]本专利技术目的在于提供一种构建牡蛎单倍型基因组的方法。
[0004]为实现上述目的，本专利技术采用技术方案为：
[0005]一种构建牡蛎单倍型基因组的方法，
[0006](1)选取牡蛎雌性和雄性个体，人工构建全同胞家系并对后代进行常规养殖；
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种构建牡蛎单倍型基因组的方法，其特征在于，(1)选取牡蛎雌性和雄性个体，人工构建全同胞家系并对后代进行常规养殖；(2)后代个体养殖一年后，取一个体进行长序列高通量测序；(3)对全同胞家系的母本和父本个体分别进行短序列高通量测序；(4)利用后代测序序列进行初步组装；(5)将亲本序列比对到初步组装，鉴定亲本特异性单核苷酸变异位点；(6)利用亲本特异性单核苷酸变异位点对后代个体的测序序列进行分组，获得父本来源和母本来源的长序列；(7)将两个亲本来源的长序列分别进行组装，获得两个单倍型基因组序列。2.根据权利要求书1所述构建牡蛎单倍型基因组的方法，其特征在于：所述步骤(1)在牡蛎繁殖季节期收集壳高>5cm的一龄或者二龄牡蛎雌性和雄性个体若干，待用；其中，雌、雄牡蛎可以是同种牡蛎，也可为不同种牡蛎。3.根据权利要求书1所述构建牡蛎单倍型基因组的方法，其特征在于：所述步骤(2)取一个体进行长序列高通量测序；其中，长序列高通量测序采用PacBio公司的SMART测序模式获得ccs序列，测序深度不低于60
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。4.根据权利要求书1所述构建牡蛎单倍型基因组的方法，其特征...

【专利技术属性】
技术研发人员：亓海刚，王彦俊，丛日浩，李莉，张国范，
申请(专利权)人：中国科学院海洋研究所，
类型：发明
国别省市：