一组SNP分子标记集、引物及其在鉴定不结球白菜地方品种制造技术

本发明专利技术属于分子生物学技术领域，具体涉及一组SNP分子标记集、引物及其在鉴定不结球白菜地方品种

【技术实现步骤摘要】
一组SNP分子标记集、引物及其在鉴定不结球白菜地方品种
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中的应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学
，尤其涉及一组SNP分子标记集、引物及其在鉴定不结球白菜地方品种
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中的应用。

技术介绍

[0002]不结球白菜
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是南京地方品种，适合加工腌制。随着特色农业产业的发展，
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的开发价值不断提升，相关的地方种质资源保护成为市场开发的基础，也是推动相关产业健康发展的关键。
[0003]传统的地方种质资源鉴定主要依靠植株、花、果实等肉眼可见的表型特征，这些表型特征可称为形态标记。形态标记受环境与基因表达的双重影响，鉴定过程需要一定的经验积累和大量的田间工作，鉴定结果存在一定的误差，这对地方品种的保护十分不利。除了形态标记，细胞标记、生化标记和分子标记等三种遗传标记也是鉴定种质资源的重要工具，其中分子标记以数量多、多态性高、不受环境影响等特点被广泛使用。
[0004]KASP(Kompetitive Allele
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Specific PCR)是指竞争性等位基因特异性PCR，它基于touch
‑
down PCR技术，利用通用荧光探针，可针对广泛的基因组DNA样品，包括复杂基因组DNA样品，对目标SNPs和InDels进行精准的双等位基因分型，是一种高通量分子标记分型系统。
[0005]但利用KASP技术来鉴定不结球白菜地方品种
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未见相关报道。

技术实现思路

[0006]为了克服上述现有技术的不足，本专利技术提供了一组基于KASP技术开发的SNP分子标记集、引物，基于上述SNP分子标记集可以实现对不结球白菜地方品种
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的鉴定评价，从而有利于不结球白菜地方品种
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的保护。
[0007]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：
[0008]本专利技术提供了一组SNP分子标记集作为检测靶点在鉴定不结球白菜地方品种
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中的应用，所述SNP分子标记集包括如下编号为SNP1～28所示的SNP标记：
[0009]所述SNP1标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第14501673位；
[0010]所述SNP2标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第21841740位；
[0011]所述SNP3标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第2274458位；
[0012]所述SNP4标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第30940322位；
[0013]所述SNP5标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第25272632位；
[0014]所述SNP6标记为碱基C：C，位置为不结球白菜全基因组序列的第754454位；
[0015]所述SNP7标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第2173987位；
[0016]所述SNP8标记为碱基C：C，位置为不结球白菜全基因组序列的第3991751位；
[0017]所述SNP9标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第2402629位；
[0018]所述SNP10标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第21133506位；
[0019]所述SNP11标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第9762361位；
[0020]所述SNP12标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第2250855位；
[0021]所述SNP13标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第527148位；
[0022]所述SNP14标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第1505096位；
[0023]所述SNP15标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第1602304位；
[0024]所述SNP16标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第5066326位；
[0025]所述SNP17标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第23832273位；
[0026]所述SNP18标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第10554158位；
[0027]所述SNP19标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第10109067位；
[0028]所述SNP20标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第15594560位；
[0029]所述SNP21标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第1091260位；
[0030]所述SNP22标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第26144635位；
[0031]所述SNP23标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第2076877位；
[0032]所述SNP24标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第16936641位；
[0033]所述SNP25标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第469636位；
[0034]所述SNP26标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第8127184位；
[0035]所述SNP27标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第18539085位；
[0036]所述SNP28标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第11874325位。
[0037]本专利技术还提供了用于扩增所述应用中的鉴定不结球白菜地方品种
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的SNP分子标记集的KASP引物。
[0038]进一步的，所述KASP引物由28个KASP引物组合组成，每个KASP引物组合由两条末端碱基不同的等位基因正向引物F1和F2以及一条反向引物R构成。
[0039]具体的，所述SNP1标记对应的KASP引物组合如SEQ ID NO:1～3的核苷酸序列所示，所述SNP2标记对应的KASP引物组合如SEQ ID NO:4～6的核苷酸序列所示，所述SNP3标记对应的KASP引物组合如SEQ IDNO:7～9的核苷酸序列所示，所述SNP4标记对应的KASP引物组合如SEQ ID NO:10～12的核苷酸序列所示，所述SNP5标记对应的KASP引物组合如SEQ ID NO:13～15的核苷酸序列所示，所述SNP6标记对应的KASP引物组合如SEQ ID NO:16～18的核苷酸序列所示，所述SNP7标记对应的KASP引物组合如SEQ ID NO:19～21的核苷酸序列所示，所述SNP8标记对本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一组SNP分子标记集作为检测靶点在鉴定不结球白菜地方品种
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中的应用，其特征在于，所述SNP分子标记集包括如下编号为SNP1～28所示的SNP标记：所述SNP1标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第14501673位；所述SNP2标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第21841740位；所述SNP3标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第2274458位；所述SNP4标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第30940322位；所述SNP5标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第25272632位；所述SNP6标记为碱基C：C，位置为不结球白菜全基因组序列的第754454位；所述SNP7标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第2173987位；所述SNP8标记为碱基C：C，位置为不结球白菜全基因组序列的第3991751位；所述SNP9标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第2402629位；所述SNP10标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第21133506位；所述SNP11标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第9762361位；所述SNP12标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第2250855位；所述SNP13标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第527148位；所述SNP14标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第1505096位；所述SNP15标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第1602304位；所述SNP16标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第5066326位；所述SNP17标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第23832273位；所述SNP18标记为碱基G：G，位置为不结球白菜全基因组序列的第10554158位；所述SNP19标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第10109067位；所述SNP20标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第15594560位；所述SNP21标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第1091260位；所述SNP22标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第26144635位；所述SNP23标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第2076877位；所述SNP24标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第16936641位；所述SNP25标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第469636位；所述SNP26标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第8127184位；所述SNP27标记为碱基A：A，位置为不结球白菜全基因组序列的第18539085位；所述SNP28标记为碱基T：T，位置为不结球白菜全基因组序列的第11874325位。2.扩增权利要求1所述应用中的SNP分子标记集的KASP引物。3.根据权利要求3所述的KASP引物，其特征在于，所述KASP引物由28个KASP引物组合组成，每个KASP引物组合由两条末端碱基不同的等位基因正向引物F1和F2以及一条反向引物R构成，所述SNP1标记对应的KASP引物组合如SEQ ID NO:1～3的核苷酸序列所示，所述SNP2标记对应的KASP引物组合如SEQ ID NO:4～6的核苷酸序列所示，所述SNP3标记对应的KASP引物组合如SEQ ID NO:7～9的核苷酸序列所示，所述SNP4标记对应的KASP引物组合如SEQ ID NO:10～12的核苷酸序列所示，所述SNP5标记对应的KASP引物组合如SEQ ID NO:13～15的核苷酸序列所示，所述SNP...

【专利技术属性】
技术研发人员：王夏，缪其松，黄少华，徐明喜，葛建，孙雪花，赵俊杰，
申请(专利权)人：南京市蔬菜科学研究所南京市花卉科学研究所，
类型：发明
国别省市：