与小麦抗条锈病基因连锁的SNP分子标记的KASP特异性引物和应用制造技术

本发明专利技术属于农业生物技术领域，具体涉及与小麦抗条锈病基因Yr.BK

【技术实现步骤摘要】
与小麦抗条锈病基因连锁的SNP分子标记的KASP特异性引物和应用


[0001]本专利技术属于农业生物
，具体涉及与小麦抗条锈病基因连锁的SNP分子标记的KASP特异性引物和应用。

技术介绍

[0002]在小麦生产过程中，条锈病是影响产量的重要病害之一，严重威胁小麦产量和品质。挖掘和利用新的小麦抗条锈病基因、培育出持久稳定抗病的小麦品种是防治小麦条锈病最有效且对环境安全友好的长远策略。
[0003]目前主要在植物育种中应用的有RAPD、RFLP、AFLP、SSR、SNP等分子标记技术。SNP，即单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism)，是指基因组内单个碱基的插入、转换、颠换、缺失或小片段序列的突变等，能直接反应DNA水平遗传的多态性。
[0004]KASP即竞争性等位基因特异性PCR，其原理是利用荧光探针，基于引物末端碱基的特异匹配，对基因组DNA样品的目标SNP进行基因分型。KASP标记扩增技术简便易操作，是近几年较为流行的分子标记分型技术，在今后的研究中需要开发更多有效的分子标记，为分子标记辅助育种提供基础。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供与小麦抗条锈病基因Yr.BK
‑
1B连锁的SNP分子标记的KASP特异性引物。
[0006]本专利技术的再一目的在于提供鉴定小麦条锈病抗性的方法。
[0007]根据本专利技术的与小麦抗条锈病基因Yr.BK
‑
1B连锁的SNP分子标记的KASP特异性引物，其中，所述SNP分子标记为KP1B_296.65或KP1B_364.14，其中，
[0008]所述SNP分子标记KP1B_296.65的特异性KASP引物包括：
[0009]KP1B_296.65正向引物1：5
’‑
GACATGTGCTGGTTAGTAGTACC
‑3’
，
[0010]KP1B_296.65正向引物2：5
’‑
GACATGTGCTGGTTAGTAGTACA
‑3’
，
[0011]通用反向引物：5
’‑
ATCAGGCAGAGGCGTTCTTC
‑3’
，
[0012]其中，所述KP1B_296.65正向引物1和KP1B_296.65正向引物2的5
’
端连接有荧光基团标签序列；
[0013]所述SNP分子标记KP1B_364.14的特异性KASP引物包括:
[0014]KP1B_364.14正向引物1：5
’‑
ACGCCAGTCATTAGGGAGA
‑3’
，
[0015]KP1B_364.14正向引物2：5
’‑
ACGCCAGTCATTAGGGAGG
‑3’
[0016]通用反向引物：5
’‑
ATGCCTGAGGAGGGAGCA
‑3’
，
[0017]其中，所述KP1B_364.14正向引物1和KP1B_364.14正向引物2的5
’
端连接有荧光基团标签序列。
[0018]根据本专利技术具体实施方式的与小麦抗条锈病基因Yr.BK
‑
1B连锁的SNP分子标记的
KASP特异性引物，所述引物序列如下：
[0019]KP1B_296.65正向引物1(下划线部分为荧光基团FAM标签序列)：
[0020]5’‑
GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGACATGTGCTGGTTAGTAGTACC
‑3’
，
[0021]KP1B_296.65正向引物2(下划线部分为荧光基团HEX标签序列)：
[0022]5’‑
GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGACATGTGCTGGTTAGTAGTACA
‑3’
，
[0023]通用反向引物：5
’‑
ATCAGGCAGAGGCGTTCTTC
‑3’
，
[0024]KP1B_364.14标记:
[0025]KP1B_364.14正向引物1(下划线部分为荧光基团FAM标签序列)：
[0026]5’‑
GAAGGTGACCAAGTTCATGCTACGCCAGTCATTAGGGAGA
‑3’
，
[0027]KP1B_364.14正向引物2(下划线部分为荧光基团HEX标签序列)：
[0028]5’‑
GAAGGTCGGAGTCAACGGATTACGCCAGTCATTAGGGAGG
‑3’
，
[0029]通用反向引物：5
’‑
ATGCCTGAGGAGGGAGCA
‑3’
。
[0030]根据本申请的KASP特异性引物，在具有等位特异性前引物的5
’
端分别添加荧光序列，例如，FAM(5
’
GAAGGTGACCAAGTTCATGCT3
’
)，HEX(5
’
GAAGGTCGGAGTCAACGGATT3
’
)荧光序列；将SNP位点设计为前引物的3
’
端的最后一个碱基，同时，设计一段通用后引物。
[0031]本专利技术还提供小麦抗条锈病基因相关SNP分子标记的应用，尤其是在小麦辅助育种的应用。
[0032]根据本专利技术具体实施方式的鉴定小麦条锈病抗性的方法，所述方法包括使用小麦抗条锈病基因相关SNP分子标记的特异性KASP引物对待测小麦进行PCR扩增的步骤。
[0033]根据本专利技术具体实施方式的鉴定小麦条锈病抗性的方法，若小麦样品扩增产物的荧光信号数据经KASP荧光分析仪分析显示与白壳和尚麦荧光信号数据聚集在一起，则说明待测小麦中含有条锈病抗性基因Yr.BK
‑
1B；如与Avocet S的荧光信号聚集在一起，则说明待测小麦中不含有条锈病抗性基因Yr.BK
‑
1B。
[0034]本专利技术的有益效果：本专利技术以白壳和尚麦和Avocet S为亲本构建的F4及次级F2群体为遗传作图群体，通过小麦室内苗期和田间成株期条锈病抗性鉴定结合外显子芯片数据的连锁分析，获得了与小麦抗条锈病基因紧密连锁的SNP与特异性分子标记KP1B_296.65和KP1B_364.14，该标记与抗性基因遗传距离近，PCR扩增重复性好，稳定性强，可用于小麦抗病育种的高通量分子辅助选择，有利于加快小麦抗病品种的育种进程。
附图说明
[0035]图1显示小麦抗条锈病基因Yr.BK
‑
1B在1B染色体上的定位及KP1B_296.65和KP1B_364.14在图谱上的位置；
[0036]图2显示KP1B_296.65标记在白壳和尚麦和Avo本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.小麦抗条锈病基因Yr.BK
‑
1B相关SNP分子标记的特异性KASP引物，其特征在于，所述SNP分子标记为KP1B_296.65和KP1B_364.14，其中，所述SNP分子标记KP1B_296.65的特异性KASP引物包括：KP1B_296.65正向引物1：5
’‑
GACATGTGCTGGTTAGTAGTACC
‑3’
，KP1B_296.65正向引物2：5
’‑
GACATGTGCTGGTTAGTAGTACA
‑3’
，通用反向引物：5
’‑
ATCAGGCAGAGGCGTTCTTC
‑3’
其中，所述KP1B_296.65正向引物1和KP1B_296.65正向引物2的5
’
端连接有不同的荧光基团标签序列；所述SNP分子标记KP1B_364.14的特异性KASP引物包括:KP1B_364.14正向引物1：5
’‑
ACGCCAGTCATTAGGGAGA
‑3’
，KP1B_364.14正向引物2：5
’‑
ACGCCAGTCATTAGGGAGG
‑3’
通用反向引物：5
’‑
ATGCCTGAGGAGGGAGCA
‑3’
其中，所述KP1B_364.14正向引物1和KP1B_364.14正向引物2的5
’
端连接有不同的荧光基团标签序列。2.根据权利要求1所述的小麦抗条锈病基因Yr.BK
‑
1B相关SNP分子标记的特异性KASP引物，其特征在于，所述KP1B_296.65正向引物1的5
’
端连接有荧光基团FAM标签序列GAAGGTGACCAAGTTCATGCT，所述KP1B_296.65正向引物2的5
’
端连接有荧光基团HEX标签序列GAAGGTCGGAGTCAACGGATT。3.根据权利要求1所述的小麦抗条锈病基因Yr.BK
‑
1B相关SNP分子标记的特异性KASP引物，其特征在于，所述KP1B_364.14正向引物1的5
’
端连接有荧光基团标签序列GAAGGTGACCAAGTTCATGCT，所述KP1B_364.14正向引物2的5
’<...

【专利技术属性】
技术研发人员：蒋云峰，管方念，陈国跃，刘露林，李豪，魏育明，郑有良，江千涛，马建，许强，
申请(专利权)人：四川农业大学，
类型：发明
国别省市：