一种用于鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记、引物及应用制造技术

本发明专利技术涉及一种用于鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记、引物及应用，涉及基因技术领域，所述SNP分子标记位于B19染色体第21286787位碱基，所述碱基为C或G。若所述SNP分子标记的基因型为CC或CG，则对应的鲤鱼体色性状为正常体色，若所述SNP分子标记的基因型为GG，则对应的鲤鱼体色性状为虹彩细胞缺失性状。实现了鲤鱼的虹彩细胞缺失性状的杂合子鉴定，通过分子标记辅助选育加快鲤鱼体色性状改良利用，提高养殖效益。殖效益。殖效益。

【技术实现步骤摘要】
一种用于鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记、引物及应用


[0001]本专利技术涉及基因
，具体涉及一种用于鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记、引物及应用。

技术介绍

[0002]鲤是我国重要的水产养殖品种之一，其种质资源丰富、体色多样性高，如青灰鲤、瓯江彩鲤、荷包红鲤，兴国红鲤等。虹彩细胞缺失性状是鲤鱼体色的另一个类型，外观上表现为鳃盖、腹部肌肉具有半透明特点，鱼鳃和内脏隐约可见，具有该性状的典型鲤鱼群体是位于广西北部的稻田养殖群体“全州禾花鲤”，虹彩细胞缺失性状是判断其种质来源和界定经济价值的依据，直接决定其养殖效益。遗传分析表明，虹彩细胞缺失性状为单基因控制的隐性性状。若利用该群体开展杂交选育或遗传研究，则其后代携带相关基因的杂合子个体从外观上无法区分，影响选择效率。
[0003]单苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记是一种发生在基因组特定位点的单个核苷酸突变的遗传标记，其丰富度高、密度大、易于进行基因分型，广泛应用于动植物育种、抗病性基因标记、优势品种筛选和疾病相关基因的鉴定中。
[0004]目前，关于鲤鱼的虹彩细胞缺失性状的分子标记开发极少，可用于鉴定该性状或用以辅助选择SNP分子标记未见报道。因此，本专利技术提供一种用于鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记、引物及应用。

技术实现思路

[0005]本专利技术所要解决的技术问题是提供一种用于鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记、引物及应用。目的是建立用于鲤鱼的虹彩细胞缺失性状的杂合子鉴定或性状提纯的分子标记辅助选育方法，加快鲤鱼体色性状改良利用，提高养殖效益。
[0006]在上述技术方案的基础上，本专利技术还可以做如下改进。
[0007]本专利技术为了解决上述技术问题，第一个目的是提供一种用于鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于B19染色体第21286787位碱基，所述碱基为C或G。
[0008]若所述SNP分子标记的基因型为CC或CG，则对应的鲤鱼体色性状为正常体色，若所述SNP分子标记的基因型为GG，则对应的鲤鱼体色性状为虹彩细胞缺失性状。
[0009]本专利技术的有益效果是：通过采用SNP分子标记，实现了鲤鱼的虹彩细胞缺失性状的杂合子鉴定，通过分子标记辅助选育加快鲤鱼体色性状改良利用，提高养殖效益。
[0010]第二个目的是提供一种用于鉴定如上述所述鲤鱼体色性状的SNP分子标记的引物，所述引物包括上游分型引物F1，下游分型引物F2及下游通用引物R，所述上游分型引物F1的核苷酸序列为SEQ ID No:1，所述下游分型引物F2的核苷酸序列为SEQ ID No:2，所述游通用引物R的核苷酸序列为SEQ ID No:3。
[0011]进一步，所述上游分型引物F1的5'端连接有荧光分子FAM或荧光分子HEX；所述下游分型引物F2的5'端连接有荧光分子FAM或荧光分子HEX。
[0012]进一步，所述上游分型引物F1的5'端连接有荧光分子FAM；所述下游分型引物F2的5'端连接有荧光分子HEX。
[0013]采用上述方案的有益效果是：采用连接有荧光分子的引物实现了鲤鱼的虹彩细胞缺失性状的杂合子快速鉴定，进行基因型的分型。
[0014]第三个目的是提供一种用于鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记的试剂盒，包含上述所述引物。
[0015]采用上述方案的有益效果是：实现虹彩细胞缺失性状的杂合子快速鉴定。
[0016]第四个目的是提供一种鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记应用，上述所述SNP分子标记在鲤鱼体色性状鉴定中的应用；或上述所述SNP分子标记在鲤鱼辅助育种中的应用。
[0017]第五个目的是提供一种鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记的引物的应用，上述所述引物在鲤鱼体色性状鉴定中的应用；或上述所述引物在鲤鱼辅助育种中的应用。
[0018]第六个目的是提供一种鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记的试剂盒的应用，上述所述试剂盒在鲤鱼体色性状鉴定中的应用；或上述所述试剂盒在鲤鱼辅助育种中的应用。
[0019]第七个目的是一种鉴定鲤鱼体色性状的方法，包括如下步骤：
[0020]步骤1：提取待测样品鲤鱼的DNA作为DNA模板，
[0021]步骤2：利用上述所述的引物或试剂盒对DNA模板进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；
[0022]步骤3：对PCR扩增产物进行荧光扫描，根据颜色不同进行基因型分析，若基因型为CC或CG，则对应的鲤鱼体色性状为正常体色，若基因型为GG，则对应的鲤鱼体色性状为虹彩细胞缺失性状。
[0023]进一步，先在95℃下变性10min，循环1次，然后在95℃下变性20s，在61
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55℃下退火延伸60s，循环10次，再在95℃下变性20s，在55℃下退火延伸60s，循环28
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45次，最后在25℃读取数据30s。
附图说明
[0024]图1为本专利技术F2代家系体色性状分离情况图；
[0025]图2为本专利技术G统计量的的曼哈顿图；
[0026]图3为本专利技术欧式距离算法的曼哈顿图；
[0027]图4为本专利技术样本编号1
‑
92号个体的KASP分型结果图；
[0028]图5为本专利技术样本编号93
‑
183号个体的KASP分型结果图。
具体实施方式
[0029]以下对本专利技术的原理和特征进行描述，所举实例只用于解释本专利技术，并非用于限定本专利技术的范围。
[0030]实验试剂和仪器：
[0031](1)试剂和耗材
[0032]KASP 2X PCR mix，STO Rox、96孔PCR TAPE,封板膜(或石蜡油)
[0033](2)主要实验仪器
[0034]Bio
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Rad CFX Connect Real
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Time System，BIO
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RAD；移液器，德国Eppendorf公司。
[0035]实施例1:与鲤的虹彩细胞缺失性状紧密相关的SNP分子标记的定位
[0036]1.1虹彩细胞缺失性状分离群体构建
[0037]F1代家系构建：选择全州禾花鲤为父本、建鲤为母本，采用人工催产孵化技术进行杂交繁育，获得2000尾以上的F1代家系，在600m2水池中进行培育，待鱼苗30日龄后随机保留200尾继续培育至性成熟。结果表明，F1代所有个体体色性状与母本一致。
[0038]F2代家系构建：在F1代家系选择性成熟个体为亲本，通过人工催产技术进行家系内近交，获得F2代5000尾以上，在面积1000m2以上的池塘中培育F2代至100日龄。对1100尾个体性状鉴定表明F2代发生性状分离，正常体色与虹彩细胞缺失性状个体比例为3:1(845:255)，符合单基因控制质量性状遗传规律(详见附图1)。
[0039]1.2亲本与不同体色类群的基因组重测序
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于B19染色体第21286787位碱基，所述碱基为C或G。2.一种用于鉴定如权利要求1所述鲤鱼体色性状的SNP分子标记的引物，其特征在于，所述引物包括上游分型引物F1，下游分型引物F2及下游通用引物R，所述上游分型引物F1的核苷酸序列为SEQ ID No:1，所述下游分型引物F2的核苷酸序列为SEQ ID No:2，所述游通用引物R的核苷酸序列为SEQ ID No:3。3.根据权利要求2所述引物，其特征在于，所述上游分型引物F1的5'端连接有荧光分子FAM或荧光分子HEX；所述下游分型引物F2的5'端连接有荧光分子FAM或荧光分子HEX。4.根据权利要求2所述引物，其特征在于，所述上游分型引物F1的5'端连接有荧光分子FAM；所述下游分型引物F2的5'端连接有荧光分子HEX。5.一种用于鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记的试剂盒，其特征在于，包含权利要求2至4任一项所述引物。6.一种鉴定鲤鱼体色性状的SNP分子标记的应用，其特征在于，权利要求1所述SNP分子标记在鲤鱼体色性状鉴定中的应用；或权利要求1所述SNP分子标记在鲤鱼辅助育种中的应用。7.一种鉴定鲤鱼体色性状的SNP...

【专利技术属性】
技术研发人员：杜雪松，陈忠，邓潜，林勇，覃俊奇，潘贤辉，周康奇，黄姻，
申请(专利权)人：广西壮族自治区水产科学研究院，
类型：发明
国别省市：