【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于南美白对虾育种，具体涉及一种南美白对虾耐寒性状相关的分子标记及其应用。
技术介绍
1、南美白对虾（ litopenaeus vannamei），学名凡纳滨对虾，原自然分布于秘鲁北部至墨西哥湾沿岸温热带海域。其具有个体大、生长快、产量高等优点，自1988年引进我国后,很快实现全人工育苗，在全国各地迅速推广养殖，成为我国养殖产量最高的对虾品种。在人工养殖条件下，南美白对虾适应水温为16～38℃，15℃以下基本停止摄食，10℃以下则出现侧卧并死亡。在我国北方，南美白对虾每年适宜养殖的时间短，而在我国南方，不少养虾户冬季养虾以追求春节期间高昂的售价，但却要承受寒潮水温骤降对虾大规模死亡的风险。因此，耐低温品种的选育成为我国南北方南美白对虾养殖业的迫切需求。
2、随着分子生物学和基因分型技术的发展，以性状相关功能基因为基础的分子标记技术成为水产遗传育种的关键技术之一。单核苷酸多态性（single nucleotidepolymorphism，snp），即指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性，其具有数量多、分布广泛、代表性强、遗传稳定性好、便于高通量、高度自动化的检测分析等优点，已广泛应用于动植物遗传谱图的构件、qtl定位和功能基因的分析，有效地促进了分子标记辅助育种，但是少有将snp应用于南美白对虾耐寒品种选育的报道。
技术实现思路
1、针对上述不足，本专利技术公开了一种南美白对虾耐寒性状相关的
2、本专利技术是采用如下技术方案实现的：
3、一种南美白对虾耐寒性状相关的分子标记，其包括分子标记a、分子标记b和分子标记c；
4、所述分子标记a位于序列表中序列1所示的核苷酸序列的158 bp位点处，记为d.158 a>c，该位点的碱基为a或c，突变类型为a/a纯合型、a/c杂合型、c/c纯合型；
5、所述分子标记b位于序列表中序列2所示的核苷酸序列的172 bp位点处，记为d.172 t>c，该位点的碱基为t或c，突变类型为t/t纯合型、t/c杂合型、c/c纯合型；
6、所述分子标记c位于序列表中序列2所示的核苷酸序列的205 bp位点处，记为d.205 a>t，该位点的碱基为a或t，突变类型为a/a纯合型、a/t杂合型、t/t纯合型；
7、所述序列表中序列1为南美白对虾的基因tetraspanin-3-like用上游引物fa和下游引物ra经pcr扩增所得的核苷酸序列。
8、所述序列表中序列2为基因probable atp-dependent rna helicase ddx17用上游引物fb和下游引物rb经 pcr扩增所得的核苷酸序列。
9、上述南美白对虾耐寒性状相关的分子标记的应用，将所述的分子标记a、分子标记b和分子标记c用于南美白对虾的选择育种，具体是通过提取待测南美白对虾肌肉组织的基因组dna，再将其作为模板dna进行pcr扩增以及pcr扩增产物纯化，然后对得到的产物进行测序，确定所述的分子标记a、分子标记b和分子标记c的基因型；
10、当分子标记a的基因型为aa基因型时，选择该个体作为后备亲本进行南美白对虾品种育种；当分子标记b的基因型为tt基因型时，避免选择该个体作为后备亲本进行南美白对虾品种育种；当分子标记c的基因型为tt基因型时，选择该个体作为后备亲本进行南美白对虾品种育种。
11、在所述pcr扩增以及pcr扩增产物纯化过程中，用于检测所述的分子标记a的引物组包括以下引物：
12、上游引物fa的序列为：atctacactcaggggtgctat （序列表中序列3）；
13、下游引物ra的序列为：atggcaactcacaaaacgctac（序列表中序列4）；
14、所述pcr扩增的体系由以下组分组成：25 μl的2×es taq mastemix、1μl的浓度为100ng/μl 的模板dna，2μl的浓度为10μmol/l的上游引物fa、2μl的浓度为10μmol/l的下游引物ra、20μl的ddh2o；
15、所述pcr扩增的反应程序包括以下步骤：
16、s11、在94℃下预变性3min；
17、s12、在94℃下变性30s，62℃下退火30s，72℃下延伸45s，进行35个循环；
18、s13、在72℃下延伸10min。
19、在所述pcr扩增以及pcr扩增产物纯化过程中，用于检测所述的分子标记b和分子标记c的引物组包括以下引物：
20、上游引物fb的序列为：aacattcccaaccccattc（序列表中序列5）；
21、下游引物rb的序列为：tcggcaagattcctcacct（序列表中序列6）；
22、所述pcr扩增的体系由以下组分组成：25 μl的2×es taq mastemix、1μl的浓度为100ng/μl 的模板dna，2μl的浓度为10μmol/l的上游引物fb、2μl的浓度为10μmol/l的下游引物rb、20μl的ddh2o；
23、所述pcr扩增的反应程序包括以下步骤：
24、s21、在94℃下预变性3min；
25、s22、在94℃下变性30s，60℃下退火30s，72℃下延伸45s，进行35个循环；
26、s23、在72℃下延伸10min。
27、本技术方案与现有技术相比较具有以下有益效果：
28、本专利技术基于南美白对虾的tetraspanin-3-like基因和probable atp-dependentrna helicase ddx17基因的分析和筛选，提供了与南美白对虾耐寒性状紧密相关的snp分子标记，可应用于南美白对虾耐寒新品种的选育，有利于促进南美白对虾耐寒抗逆养殖的研究和应用。而且利用本专利技术方法选育耐寒的南美白对虾，所选育的个体基因型稳定且不发生遗传分化，而且育种的效率和准确性高，为南美白对虾品种养殖和改良研究提供良好的基础。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种南美白对虾耐寒性状相关的分子标记，其特征在于：所述的分子标记包括分子标记A、分子标记B和分子标记C；
2.如权利要求1所述的南美白对虾耐寒性状相关的分子标记的应用，其特征在于：所述的应用是将所述的分子标记A、分子标记B和分子标记C用于南美白对虾的选择育种，具体是通过提取待测南美白对虾肌肉组织的基因组DNA，再将其作为模板DNA进行PCR扩增以及PCR扩增产物纯化，然后对得到的产物进行测序，确定所述的分子标记A、分子标记B或分子标记C的基因型；
3.根据权利要求2所述的南美白对虾耐寒性状相关的分子标记的应用，其特征在于：在所述PCR扩增以及PCR扩增产物纯化过程中，用于检测所述的分子标记A的引物组包括以下引物：
4. 根据权利要求3所述的南美白对虾耐寒性状相关的分子标记的应用，其特征在于：所述PCR扩增的体系由以下组分组成：25 μL的2×Es Taq MasteMix、1μL的浓度为100ng/μL的模板DNA，2μL的浓度为10μmol/L的上游引物FA、2μL的浓度为10μmol/L的下游引物RA、20μL的ddH2O。
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。