DDR通道基因突变在预测非小细胞肺癌患者对含铂化疗敏感性或预后中的应用制造技术

本发明专利技术涉及DDR通道相关基因突变在制备用于预测非小细胞肺癌患者对含铂化疗敏感性或预后的检测试剂中的应用。本发明专利技术通过检测DDR通道相关基因的突变能够有效的预测非小细胞肺癌对铂类化疗的疗效。肺癌对铂类化疗的疗效。肺癌对铂类化疗的疗效。

【技术实现步骤摘要】
DDR通道基因突变在预测非小细胞肺癌患者对含铂化疗敏感性或预后中的应用


[0001]本专利技术涉及基因检测
，具体涉及一种非小细胞肺癌含铂化疗精准用药DDR通道基因检测组合及其应用。

技术介绍

[0002]含铂类化疗方案是非小细胞肺癌最重要的治疗手段之一。目前，含铂双药化疗疗效已达到瓶颈，ECOG1594等大型临床研究证实第三代化疗药物吉西他滨、紫杉醇、多西他赛联合铂类一线治疗的NSCLC疗效相近，患者总生存期（overall survival，OS）为7.4~8.2 个月，一年生存率为31% ~36%)。鉴于化疗相关副反应及严重的不良反应，通过化疗前评估有助于了解化疗方案是否能让患者获益，评估风险获益比，进而决定是否建议患者进行化疗，这是NSCLC患者个体化、精准治疗的必然要求。目前仍缺乏可靠的、个体化的含铂化疗疗效预测标志物。
[0003]DNA损伤和修复对于维持正常的细胞基因组完整性至关重要。DNA损伤发生在生命的各个阶段；DNA损伤和修复(DNA damage repair, DDR)异常可能导致基因组缺陷累积、恶性转化，其必需基因的功能丧失可以促进肿瘤的发生和发展。NSCLC组织可检测到范科尼贫血通路多个基因（FANCA、FANCC、FANCE、FANCF、FANCJ）单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）。Owen等报道，卡铂和白蛋白结合型紫杉醇治疗NSCLCⅡ期临床试验(NCT00729612)纳入的患者队列中，RAD50和FANCM突变频率为8%。由此可见，在NSCLC广泛存在DDR通路相关基因突变。
[0004]然而，以上研究检测DDR通路基因突变多采用免疫组化法或者PCR法，效率低，敏感性差，纳入DDR基因数目有限，不能达到高通量检测目的，不能全面判断患者DDR通路突变的情况。二代测序（next generation sequence，NGS）具有高通量、能进行多基因平行检测的特点，覆盖基因的多种突变形式（单核酸变异，小片段插入／缺失，拷贝数异常、融合等）的优势。使用NGS检测DDR通路基因突变成为一种更具前景的检测手段。目前FDA已批准两个用于NSCLC的综合基因组分析测试组合（FoundationOne CDx和 Guardant360 CDx），FoundationOneCDx包含324个基因，Guardant360 CDx包含55个基因。但是这两个综合基因组不能满足检测DDR基因突变的需要。FoundationOneCDx包含30个DDR基因（ATM、BRCA1、BRCA2、CHEK1、CHEK2、CUL3、CUL4A、ERCC4、FANCA、FANCC、FANCG、FANCL、MLH1、MSH2、MSH3、MSH6、MUTYH、NBN、PARP1、PARP2 、PARP3、PMS2、POLD1、POLE、RAD51C、RAD51D、RAD52、RAD54L、TP53、XRCC2），Guardant360 CDx panel仅包含4个基因（BRCA1/2、ATM、MLH1）。许多重要的DDR通路相关基因未被纳入分析测试组合中。因此，目前无商业化NGS基因组合集能达到预测非小细胞肺癌含铂治疗方案的效能。此外，DDR基因并没有按照DDR作用的通路被分类到特定的亚组中，不利于进一步分析DDR基因特定通路与化疗疗效的关系。因此，建立全面的DDR相关基因突变NGS分析测试组合，明确NSCLC患者DDR基因突变类型，进而以预测NSCLC患者接受含铂方案化疗的效果或预后，是当前尚待解决的问题。

技术实现思路

[0005]本专利技术提供了DDR通路相关基因组合在制备用于预测非小细胞肺癌患者对含铂化疗敏感性或预后的NGS基因检测中的应用，其中，所述DDR通路相关基因选自碱基切除修复通路（Base excision repair, BER）、核苷酸切除修复（Nucleotide excision repair, NER）、错配修复（Mismatch repair, MMR), Fanconi贫血通路 (Fanconi anemia pathway, FA), 同源重组 (Homology
‑
dependent recombination, HR）、非同源末端连接（Non
‑
homologous end joining, NHEJ）和细胞周期检查点（Cell cycle checkpoint, CP）7条DDR通路。
[0006]所述DDR通路相关基因选自下表：BER通路NER通路MMR通路FA通路HR通路NHEJ通路CP通路MUTYHCUL3MLH1BLMBARD1AURKAATMPARP1ERCC1MSH2BRIP1BRCA1BAP1ATRPOLD1ERCC2MSH6FANCABRCA2PRKDCCHEK1POLEERCC3PMS1FANCCCDK12CHEK2ERCC4PMS2FANCEMRE11AMDC1ERCC5FANCFNBNFANCGRAD50FANCLRAD51PALB2RAD51BFANCD2RAD51CRAD52RAD51DRAD54LRECQL4所述突变为错义突变、框内缺失、框内插入或移码缺失中的一种或多种；优选为至少包含错义突变。
[0007]在根据本专利技术的一个实施方案中，所述捕获探针池为针对DDR通路相关基因预测含铂方案疗效检测组合中的靶基因的捕获探针。
[0008]在根据本专利技术的一个实施方案中,所述检测剂于核酸DNA水平进行检测, 使用DDR通路相关基因捕获探针捕获目标DNA，构建捕获文库。
[0009]在根据本专利技术的一个实施方案中，所述检测剂用于执行对捕获文库进行NGS测序。
[0010]在根据本专利技术的一个实施方案中，所述检测试剂盒还包括测序数据分析，对获得的二代测序数据结果与人类基因组(hg19)进行比对、去重复、校准。
[0011]在根据本专利技术的一个实施方案中，所述检测试剂盒还包括对NGS比对后数据进行判读，包括：去除胚系突变，去除无义突变，判读错义突变位点，定义本试剂盒阳性判读标准为：1份DNA样本中出现1个或多个DDR通路相关基因突变，该样本判读为阳性。1份DNA样本中未出现1个DDR通路相关基因突变，该样本判读为阳性。
[0012]在根据本专利技术的一个实施方案中，所述样品选自所述非小细胞肺癌患者的血清；所述癌组织样本选自纤支镜活检、经皮肺穿刺或转移部位癌组织。
[0013]本专利技术提供了一种用于预测、评估或筛查非小细胞肺癌患者对含铂化疗敏感性或
预后的试剂盒，其包含用于捕获DDR通路相关基因的捕获探针及对应的载体；所述DDR通路相关基因至少包含MUTYH基因、PARP1基因、POLD1基因、POLE基因、CUL3基因、ERCC1基因、ERCC2基因、ERCC3基因、ERCC4基因、ERCC5基因、MLH1基因、MSH2基因、MSH6基因、PMS1基因、PMS2基因、BLM基因、BRIP1基因、FANCA基因、FANCC基因、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.DDR通路相关基因突变在制备用于预测非小细胞肺癌患者对含铂化疗敏感性或预后的检测试剂中的应用，其特征在于，所述DDR通路相关基因选自碱基切除修复通路（Base excision repair, BER）基因、核苷酸切除修复（Nucleotide excision repair, NER）基因、错配修复（Mismatch repair, MMR) 基因、Fanconi贫血通路 (Fanconi anemia pathway, FA) 基因、同源重组 (Homology
‑
dependent recombination, HR）基因、非同源末端连接（Non
‑
homologous end joining, NHEJ）基因和细胞周期检查点（Cell cycle checkpoint, CP）基因中的任一种或多种；其中，所述BER基因选自MUTYH基因、PARP1基因、POLD1基因和POLE基因中的一种或多种；所述NER基因选自CUL3基因、ERCC1基因、ERCC2基因、ERCC3基因、ERCC4基因和ERCC5基因中的一种或多种；所述MMR基因选自MLH1基因、MSH2基因、MSH6基因、PMS1基因和PMS2基因中的一种或多种；所述FA基因选自BLM基因、BRIP1基因、FANCA基因、FANCC基因、FANCE基因、FANCF基因、FANCG基因、FANCL基因、PALB2基因、FANCD2基因和RAD52基因中的一种或多种；所述HR基因选自BARD1基因、BRCA1基因、BRCA2基因、CDK12基因、MRE11A基因、NBN基因、RAD50基因、RAD51基因、RAD51B基因、RAD51C基因、RAD51D、RAD54L基因和RECQL4基因中的一种或多种；所述NHEJ基因选自AURKA基因、BAP1基因和PRKDC基因中的一种或多种；所述CP基因选自ATM基因、ATR基因、CHEK1基因、CHEK2基因和MDC1基因中的一种或多种；所述突变为错义突变、框内缺失、框内插入或移码缺失中的一种或多种；优选为至少包含错义突变。2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，包括：针对所述DDR通路相关基因建立捕获探针，靶向捕获检测样品中DDR通路相关基因构建DNA文库并测序，然后，通过数据分析确定所述DDR通路相关基因是否存在基因突变。3. 根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述捕获探针和靶向捕获D...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐智，王斌，徐瑜，吴天秀，朱俐璇，
申请(专利权)人：中国人民解放军陆军军医大学第二附属医院，
类型：发明
国别省市：