使用测序选择核酸配体制造技术

本发明专利技术提供了用于从多种核酸配体候选物中选择核酸配体的方法和系统。在设置在衬底内的多个孔中的每个孔内耦合靶标。使这些孔中的每个孔与包含多种核酸配体候选物的流体接触。在这些孔中的至少一个孔内，使对该靶标具有选择性的任何核酸配体候选物与该靶标耦合。除去未与该靶标耦合的任何核酸配体候选物。在这些孔内对该除去之后剩余的任何核酸配体候选物进行测序，以鉴定对该靶标具有选择性的任何核酸配体。酸配体。酸配体。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用测序选择核酸配体
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2020年12月21日提交的并且名称为“Selecting Aptamers Using Sequencing”的美国临时专利申请号63/128,669的权益，该美国临时专利申请的全部内容以引用方式并入本文。

技术介绍

[0003]例如，生物样本中可存在的特定核酸序列的检测已被用作鉴定和分类微生物、诊断传染病、检测和表征遗传异常、鉴定与癌症相关联的遗传变化、研究对疾病的遗传易感性，以及测量对各种类型的治疗的反应的方法。与特定靶分子结合的核酸序列可被称为“核酸配体”，并且可以是合成的或者可来自生物样本。用于检测无论是合成的还是来自生物样本的特定核酸序列的常用技术是核酸测序。
[0004]核酸测序方法已从Maxam和Gilbert所使用的化学降解方法以及Sanger所使用的链伸长方法得到了发展。现在使用了允许在单个流动池上并行处理数百万个或者甚至数十亿个核酸的若干种测序方法。一些平台包括基于珠粒的格式和微阵列格式，其中二氧化硅珠粒用探针进行官能化，这取决于此类格式在包括测序、基因分型或基因表达谱分析在内的应用中的应用。一些测序系统(无论是用于“边合成边测序”还是用于基因分型)利用包括多个承载用于测序操作的不同试剂的不同贮存器的基板。

技术实现思路

[0005]本文提供的示例涉及使用测序选择核酸配体。公开了用于进行此类选择的设备和方法。
[0006]本文的一些示例提供了一种从多种核酸配体候选物中选择核酸配体的方法。该方法可包括在设置在衬底内的多个孔中的每个孔内耦合靶标。该方法可包括使这些孔中的每个孔与包含多种核酸配体候选物的流体接触。该方法可包括，在这些孔中的至少一个孔内，使对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物与靶标耦合。该方法可包括除去未与靶标耦合的任何核酸配体候选物。该方法可包括在孔内对除去之后剩余的任何核酸配体候选物进行测序，以鉴定对靶标具有选择性的任何核酸配体。
[0007]在一些示例中，在该多个孔中的每个孔内耦合靶标包括在这些孔中的每个孔内耦合第一部分；使多个第二部分与这些靶标中的相应靶标耦合；以及在这些孔中的每个孔内使第二部分与第一部分耦合。在一些示例中，第一部分包括链霉亲和素，并且第二部分包括生物素。在一些示例中，第一部分通过捕获引物在这些孔中的每个孔内耦合。在一些示例中，在进行测序之前从捕获引物分离第一部分。
[0008]在一些示例中，衬底包括用于对除去之后剩余的核酸配体候选物进行测序的检测电路。
[0009]在一些示例中，该多个孔包括流体平行流过的流通池。
[0010]在一些示例中，对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物具有当与靶标耦合时改
变的三级结构。
[0011]在一些示例中，该方法进一步包括产生对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物的扩增子。在一些示例中，产生对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物的扩增子包括：从靶标解耦核酸配体候选物；以及使用聚合酶链式反应(PCR)以使用该核酸配体候选物产生扩增子。在一些示例中，PCR在与孔不同的扩增室中进行。在一些示例中，该方法进一步包括使这些孔中的每个孔与包含扩增子的流体接触；在这些孔中的每个孔内，使对靶标具有选择性的任何扩增子与靶标耦合；以及除去未与靶标耦合的任何扩增子。在一些示例中，被测序的任何核酸配体候选物包括在除去未与靶标耦合的任何扩增子之后剩余的任何扩增子。在一些示例中，该方法进一步包括产生对靶标具有选择性的任何扩增子的另外的扩增子。
[0012]在一些示例中，对任何核酸配体候选物进行测序包括：使除去之后剩余的任何核酸配体候选物与设置在孔内的捕获引物耦合；以及在孔内进行扩增以产生与捕获引物耦合的扩增子；以及对与捕获引物耦合的扩增子进行测序。在一些示例中，靶标经由捕获引物中的相应捕获引物在孔内耦合。在一些示例中，捕获引物在孔内与第一部分耦合，并且第二部分在孔内与第一部分和靶标耦合。在一些示例中，捕获引物与靶标分开地与孔耦合。在一些示例中，这些核酸配体候选物中的每种核酸配体候选物包括与相应捕获引物互补的第一衔接子和第二衔接子。在一些示例中，这些核酸配体候选物中的每种核酸配体候选物进一步包括设置在第一衔接子和对靶标具有选择性的候选物的区域之间的第一间隔区，以及设置在第二衔接子和对靶标具有选择性的候选物的区域之间的第二间隔区。
[0013]在一些示例中，这些核酸配体候选物中的每种核酸配体候选物包括寡核苷酸。
[0014]本文的一些示例提供了一种用于从多种核酸配体候选物中选择核酸配体的系统。该系统可包括衬底，该衬底包括多个孔。该系统可包括靶标，该靶标在这些孔中的每个孔内耦合。该系统可包括流体，该流体包含多种核酸配体候选物并接触这些孔中的每个孔，其中对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物与靶标耦合。该系统可包括检测电路，该检测电路对这些孔内的任何核酸配体候选物进行测序，以鉴定对靶标具有选择性的任何核酸配体。
[0015]在一些示例中，第一部分在这些孔中的每个孔内耦合。在一些示例中，多个第二部分与靶标中的相应靶标耦合。在一些示例中，第二部分在这些孔中的每个孔内与第一部分耦合，以在这些孔中的每个孔内与靶标耦合。在一些示例中，第一部分包括链霉亲和素，并且第二部分包括生物素。在一些示例中，第一部分通过捕获引物在这些孔中的每个孔内耦合。在一些示例中，第一部分可从捕获引物分离。
[0016]在一些示例中，该多个孔设置在检测电路上。
[0017]在一些示例中，该多个孔包括流体平行流过的流通池。
[0018]在一些示例中，对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物具有当与靶标耦合时改变的三级结构。
[0019]在一些示例中，扩增子由对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物产生。在一些示例中，使用包括以下步骤的步骤产生对靶标具有选择性的任何核酸配体候选物的扩增子：从靶标解耦该核酸配体候选物；以及使用聚合酶链式反应(PCR)以使用该核酸配体候选物产生扩增子。在一些示例中，该系统包括与孔不同的扩增室以进行PCR。
[0020]在一些示例中，该系统进一步包括流体，该流体包含扩增子并接触这些孔中的每
个孔，其中对靶标具有选择性的任何扩增子与靶标耦合。在一些示例中，被测序的任何核酸配体候选物包括在除去未与靶标耦合的任何扩增子之后剩余的任何扩增子。在一些示例中，该系统进一步包括对靶标具有选择性的任何扩增子的另外的扩增子。
[0021]在一些示例中，该系统进一步包括设置在孔内并与除去之后剩余的任何核酸配体候选物耦合的捕获引物；和与捕获引物耦合的核酸配体候选物的扩增子。检测电路可对与捕获引物耦合的扩增子进行测序。在一些示例中，靶标经由捕获引物中的相应捕获引物在孔内耦合。在一些示例中，捕获引物在孔内与第一部分耦合，并且第二部分在孔内与第一部分和靶标耦合。在一些示例中，捕获引物与靶标分开地与孔耦合。在一些示例中，这些核酸配体候选物中的每种核酸配体候选物包括与相应捕获引物互补的第一衔接子和第二衔接子。在一些示例中，这本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种从多种核酸配体候选物中选择核酸配体的方法，所述方法包括：在设置在衬底内的多个孔中的每个孔内耦合靶标；使所述孔中的每个孔与包含多种核酸配体候选物的流体接触；在所述孔中的至少一个孔内，使对所述靶标具有选择性的任何核酸配体候选物与所述靶标耦合；除去未与所述靶标耦合的任何核酸配体候选物；以及在所述孔内对所述除去之后剩余的任何核酸配体候选物进行测序，以鉴定对所述靶标具有选择性的任何核酸配体。2.根据权利要求1所述的方法，其中在所述多个孔中的每个孔内耦合所述靶标包括：在所述孔中的每个孔内耦合第一部分；使多个第二部分与所述靶标中的相应靶标耦合；以及在所述孔中的每个孔内使所述第二部分与所述第一部分耦合。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述第一部分包括链霉亲和素，并且所述第二部分包括生物素。4.根据权利要求2或权利要求3所述的方法，其中所述第一部分通过捕获引物在所述孔中的每个孔内耦合。5.根据权利要求4所述的方法，所述方法包括在进行所述测序之前从所述捕获引物分离所述第一部分。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述衬底包括检测电路，所述检测电路用于对所述除去之后剩余的所述核酸配体候选物进行测序。7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述多个孔包括所述流体平行流过的流通池。8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中对所述靶标具有选择性的任何核酸配体候选物具有当与所述靶标耦合时改变的三级结构。9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，所述方法进一步包括产生对所述靶标具有选择性的任何核酸配体候选物的扩增子。10.根据权利要求9所述的方法，其中产生对所述靶标具有选择性的任何核酸配体候选物的扩增子包括：从所述靶标解耦所述核酸配体候选物；以及使用聚合酶链式反应(PCR)以使用所述核酸配体候选物产生所述扩增子。11.根据权利要求10所述的方法，其中所述PCR在与所述孔不同的扩增室中进行。12.根据权利要求9至11中任一项所述的方法，所述方法进一步包括：使所述孔中的每个孔与包含所述扩增子的流体接触；在所述孔中的每个孔内，使对所述靶标具有选择性的任何扩增子与所述靶标耦合；以及除去未与所述靶标耦合的任何扩增子。13.根据权利要求12所述的方法，其中被测序的任何核酸配体候选物包括在去除未与所述靶标耦合的任何扩增子之后剩余的任何扩增子。14.根据权利要求12或权利要求13所述的方法，所述方法进一步包括产生对所述靶标
具有选择性的任何扩增子的另外的扩增子。15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中对任何核酸配体候选物进行测序包括：使所述除去之后剩余的任何核酸配体候选物与设置在所述孔内的捕获引物耦合；在所述孔内进行扩增以产生与所述捕获引物耦合的扩增子；以及对与所述捕获引物耦合的所述扩增子进行测序。16.根据权利要求15所述的方法，其中所述靶标经由所述捕获引物中的相应捕获引物在所述孔内耦合。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述捕获引物在所述孔内耦合第一部分，并且第二部分在所述孔内与所述第一部分耦合并与所述靶标耦合。18.根据权利要求15所述的方法，其中所述捕获引物与所述靶标分开地与所述孔耦合。19.根据权利要求15至18中任一项所述的方法，其中所述核酸配体候选物中的每种核酸配体候选物包含与相应捕获引物互补的第一衔接子和第二衔接子。20.根据权利要求19所述的方法，其中所述核酸配体候选物中的每种核酸配体候选物进一步包括设置在所述第一衔接子和对所述靶标具有选择性的候选物的区域之间的第一间隔区，以及设置在所述第二衔接子和对所述靶标具有选择性的候选物的所述区域之间的第二间隔区。21.根据权利要求1至20中任一项所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：C，
申请(专利权)人：伊鲁米纳公司，
类型：发明
国别省市：