使用长读测序鉴定基因组结构变体制造技术

本文提供了用于使用非应用基因编辑样品制备，随后使用长读测序来检测基因组结构变体的系统和方法。的系统和方法。的系统和方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用长读测序鉴定基因组结构变体
相关申请的交叉引用
[0001]本申请要求2019年10月11日提交的第62/913,886号美国临时申请和2020年2月25日提交的第62/981,146号美国临时申请的权益，所述临时申请中的每一个均通过引用并入本文。

技术介绍

[0002]个体的遗传组成中的遗传异常或基因组变异可导致个体的遗传性疾病或病症。遗传异常或基因组变异的范围可从单个碱基中的离散突变(例如单核苷酸变体)到染色体异常或结构变体(SV)(例如拷贝数变体、区段倒位等)，包括重排、一个或多个基因的添加或缺失。目前，公共数据库中已将超过100,000种遗传变体归类为致病的。例如，镰状细胞病是由β
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珠蛋白基因的单核苷酸突变引起的；脆性X染色体综合征是由重复超过200次的CGG三核苷酸的串联重复引起的；唐氏综合症通常是由21号染色体的完全重复引起的。短读测序技术可以以高准确性鉴定小基因组变异，如单核苷酸变异、插入和缺失。然而，这些技术无法以良好的准确性鉴定大于几百个碱基对的结构变体。已经出现了几种尝试检测结构变体的方法；但它们都有其局限性。本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于鉴定能与基因组中的目的基因组区域杂交的一组指导RNA(gRNA)的方法，其包括设计多个gRNA，其中：至少一个gRNA能与目的基因组区域内的靶位点杂交，并且被配置为产生包含至少1000bp的基因组变体；并且所述多个gRNA包括多个CRISPR RNA(crRNA)，其中所述多个crRNA包含至少约40％至约80％的GC。2.一种用于鉴定能与基因组中的目的基因组区域杂交的一组指导RNA(gRNA)的方法，其包括设计多个gRNA，其中：至少一个gRNA能与目的基因组区域内的靶位点杂交，并且被配置为产生包含至少1000bp的基因组变体；并且所述多个gRNA包括多个CRISPR RNA(crRNA)，其中所述多个crRNA的自互补性评分为零。3.一种用于鉴定能与基因组中的目的基因组区域杂交的一组指导RNA(gRNA)的方法，其包括设计多个gRNA，其中：至少一个gRNA能与目的基因组区域内的靶位点杂交，并且被配置为产生包含至少1000bp的基因组变体；并且所述多个gRNA包括多个CRISPR RNA(crRNA)，其中所述多个crRNA的效率评分约为0.2。4.一种用于鉴定能与基因组中的目的基因组区域杂交的一组指导RNA(gRNA)的方法，其包括设计多个gRNA，其中：至少一个gRNA能与目的基因组区域内的靶位点杂交，并且被配置为产生包含至少1000bp的基因组变体；并且所述多个gRNA包括多个CRISPR RNA(crRNA)，其中所述多个crRNA包含MM0＝0或MM0＝1、MM1＝0或MM1＝1、MM2＝0或MM2＝2且MM3<21的错配谱。5.根据权利要求4所述的方法，其中所述多个crRNA包含MM3<5的错配谱。6.一种检测样品中的基因组变体的方法，该方法包括：(a)使用基于基因编辑的方法针对包含所述基因组变体的目的基因组区域富集所述样品；以及(b)使用长读测序对包含所述目的基因组区域的所述富集的样品进行测序。7.根据权利要求1
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6中任一项所述的方法，其中所述基因组变体包括结构变体。8.根据权利要求5所述的方法，其中所述基因组变体包含至少50bp。9.根据权利要求5所述的方法，其中所述基因组变体包含至少1000bp。10.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中所述基于基因编辑的方法包括使用成簇规律散布的短回文重复序列(CRISPR)
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Cas系统。11.根据权利要求9所述的方法，其中所述CRISPR
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Cas系统包含Cas 9。12.根据权利要求5所述的方法，其中富集所述样品的步骤(a)进一步包括扩增所述目的基因组区域。13.根据权利要求5所述的方法，其中富集所述样品的步骤(a)不需要扩增所述目的基因组区域。14.根据权利要求5所述的方法，其中富集所述样品的步骤(a)进一步包括将dAMP的序
列偶联至所述基因组变体上。15.根据权利要求5所述的方法，其中富集所述样品的步骤(a)进一步包括将多个条形码分子偶联至所述基因组变体上。16.根据权利要求5所述的方法，其中富集所述样品的步骤(a)进一步包括将所述基因组变体偶联至磁珠上。17.根据权利要求1
‑
5中任一项所述的方法，其中所述长读测序包括纳米孔测序。18.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中所述长读测序包括单分子实时(SMRT)测序。19.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中所述CRISPR
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Cas系统进一步包含能与表1
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117中所列的序列杂交的crRNA。20.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中所述目的基因组区域包含两个或更多个重复区域。21.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中所述样品包含至少10个目的基因组区域。22.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中所述基因组变体与病症和药物反应(药物基因组学)相关。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述病症选自急性淋巴母细胞白血病(ALL)、α
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地中海贫血、共济失调
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毛细血管扩张症(AT)、常染色体隐性耳聋16、常染色体隐性耳聋22、β
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【专利技术属性】
技术研发人员：奥瓦萨，
申请(专利权)人：布莱克霍克基因组学有限责任公司，
类型：发明
国别省市：