一种基于调控禽类成肌细胞脂肪代谢的转录因子分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种基于调控禽类成肌细胞脂肪代谢的转录因子分子标记及其应用，所述转录因子为RXRA基因，所述分子标记位于RXRA基因所在的染色体上，包括该染色体的C5952908T突变位点及其上下游碱基组成的核苷酸序列，该突变位点与其后染色体编码区的C5952944T、A5952945G和T5952953C突变位点连锁。本发明专利技术通过鉴定基于调控禽类成肌细胞脂肪代谢的转录因子分子标记在禽类基因组中存在的基因型，可以在早期通过分子标记筛选判断禽类高饲料效率个体，为禽类饲料效率选育提供了直接的技术手段，通过早期选育，降低饲养成本的同时，从遗传上提高了饲料转化率，加快选育遗传进展。加快选育遗传进展。加快选育遗传进展。

【技术实现步骤摘要】
一种基于调控禽类成肌细胞脂肪代谢的转录因子分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及分子标记
，具体涉及一种基于调控禽类成肌细胞脂肪代谢的转录因子分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]饲料成本是家禽养殖过程中占比最大的成本，约占养殖成本的50
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70％。由于人类与家禽之间对谷物存在一定的竞争关系，并且伴随饲料成本的不断提高，饲料消耗成为对家禽养殖影响最大的因素。因此，如何提高家禽养殖饲料效率，避免饲料能量浪费成为近年来家禽育种工作的核心任务之一。脂肪代谢是引起饲料效率变化的主要因素。因此，如何有效阻断细胞内过多脂肪沉积，避免因脂肪代谢消耗能量并增加饲料消耗，成为提高禽类饲料效率的有效途径。
[0003]核受体(NR)主要作为转录调节器控制组织发育、稳态和代谢。维甲酸X受体Alpha(RXRA)是核受体超家族成员之一，主要参与脂质代谢、细胞分化、葡萄糖和能量代谢等过程。已有研究发现，β
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羟基丁酸通过抑制绵羊RXRA信号抑制脂肪酸氧化和酮体的生成。构建lncRNADANCR与RXRA结合通过调控GSK3β以增加其丝氨酸49/78磷酸化，从而增强了PI3K/AKT的信号转导和乳腺癌发生。miR
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27a通过靶向抑制RXRA的表达增强绵羊前脂肪细胞的增殖并抑制其分化。在鸡前体脂肪分化过程中RXRA以PPARG非依赖性的方式促进PLIN1基因的转录，进而促进鸡前体脂肪细胞的分化。但目前，关于RXRA是否会对家禽饲料利用率有影响，以及如何影响，目前尚未报道。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于提供一种基于调控禽类成肌细胞脂肪代谢的转录因子(RXRA)分子标记及其应用，RXRA在肌细胞内的表达量直接关系到细胞内脂肪代谢过程，细胞内RXRA活性的高低直接影响到细胞脂质代谢，本专利技术从RXRA对家禽饲料利用效率影响进行分析，通过对RXRA编码区多个多态位点连锁组合导致氨基酸改变和蛋白活性位点构象变化进行研究，进而获得造成对下游脂肪合成代谢基因表达调控的影响因素，并由此开发出分子标记，该分子标记与禽类饲料利用效率紧密连锁，通过鉴定该分子标记的类型，可以在早期通过分子标记筛选判断禽类高饲料效率个体。
[0005]本专利技术通过以下技术方案来实现上述目的：
[0006]一种基于调控禽类成肌细胞脂肪代谢的转录因子分子标记，所述转录因子为RXRA基因，所述分子标记位于RXRA基因所在的染色体上，包括该染色体的C5952908T突变位点及其上下游碱基组成的核苷酸序列，该突变位点与其后染色体编码区的C5952944T、A5952945G和T5952953C突变位点连锁。
[0007]进一步的，所述分子标记为包含SEQ ID NO.1所示序列的核苷酸序列或其突变序列，所述突变序列指SEQ ID NO.1的C103T、C139T、A140G、T148C发生一种或多种突变，
C103T、C139T、A140G、T148C对应染色体编码区的C5952908T、C5952944T、A5952945G、T5952953C突变位点。
[0008]本专利技术还提供了该分子标记在鉴定禽类饲料转化效率性状中的应用。
[0009]进一步的，若所述分子标记为C型，则说明禽类饲料转化效率高，若所述分子标记为T型，则说明禽类饲料转化效率一般。
[0010]本专利技术还提供了利用该分子标记鉴定禽类饲料转化效率性状的方法，包括以下步骤：
[0011](1)采集禽类翅静脉血，提取总DNA；
[0012](2)以所述分子标记为目的片段设计特异性扩增引物，以总DNA为模板，利用特异性扩增引物进行PCR扩增，获得扩增产物；
[0013](3)判断扩增产物的分子标记类型，若为T型，则说明禽类饲料转化效率高，若为C型，则说明禽类饲料转化效率一般。
[0014]进一步的，所述步骤(3)的判断扩增产物的分子标记类型的方法为：
[0015]若分子标记类型对应的基因型为TT纯合型，则说明禽类饲料转化效率高；
[0016]若分子标记类型对应的基因型为CT杂合型，则说明禽类饲料转化效率较高；
[0017]若分子标记类型对应的基因型为CC纯合型，则说明禽类饲料转化效率一般。
[0018]进一步的，通过PCR扩增和酶切测序分析扩增产物所在的RXRA基因编码区的位点多态及分布，根据多态位点连锁关系分单倍型，根据单倍型判断禽类个体的饲料转化效率：
[0019]若单倍型为TTTTGGCC，则说明禽类饲料转化效率高；
[0020]若单倍型为TCTCGATC、TCTCGGCC型，则说明禽类饲料转化效率较高；
[0021]若单倍型为CCCCAATT型，则说明禽类饲料转化效率一般。
[0022]进一步的，所述特异性扩增引物的序列为：
[0023]F:GTCAGACCTGAGGGCACAA
[0024]R:CAATTCTGCTCACCGCAA。
[0025]本专利技术的有益效果在于：本专利技术通过鉴定基于调控禽类成肌细胞脂肪代谢的转录因子分子标记在禽类基因组中存在的基因型，可以在早期通过分子标记筛选判断禽类高饲料效率个体，为禽类饲料效率选育提供了直接的技术手段，通过早期选育，降低饲养成本的同时，从遗传上提高了饲料转化率，加快选育遗传进展。
附图说明
[0026]图1为分子标记鉴定禽类饲料转化效率性状的琼脂糖凝胶电泳结果图。
具体实施方式
[0027]下面结合附图对本申请作进一步详细描述，有必要在此指出的是，以下具体实施方式只用于对本申请进行进一步的说明，不能理解为对本申请保护范围的限制，该领域的技术人员可以根据上述申请内容对本申请作出一些非本质的改进和调整。
[0028]1.材料
[0029]本实施例所用方法如无特别说明均为本领域的技术人员所知晓的常规方法，所用的试剂等材料，如无特别说明，均为市售购买产品。
[0030]2.方法
[0031]同批饲养肉鸭1000只，个体笼养，记录21
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42日龄的体重和采食量，测定平均日采食量和期末体重，计算平均日增重、代谢体重和饲料转化率，并估算每只鸭的剩余采食量(RFI)。
[0032]采集每只鸭翅静脉血，并提取血液总DNA。利用大连宝生物公司生产的血液DNA提取试剂盒提取鸭翅静脉血样中总DNA，提取步骤按照试剂说明书进行即可，也可以取鸭羽毛等其它组织作为样本，提取总DNA。
[0033]以SEQ ID NO.1所示的维甲酸X受体Alpha(RXRA)染色体的部分核苷酸序列为模板，设计特异性扩增引物，引物序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示，即：
[0034]F:GTCAGACCTGAGGGCACAA
[0035]R:CAATTCTGCTCACCGCAA
[0036]PCR使用的是2
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于调控禽类成肌细胞脂肪代谢的转录因子分子标记，所述转录因子为RXRA基因，其特征在于，所述分子标记位于RXRA基因所在的染色体上，包括该染色体的C5952908T突变位点及其上下游碱基组成的核苷酸序列。2.根据权利要求1所述的基于调控禽类成肌细胞脂肪代谢的转录因子分子标记，其特征在于，所述分子标记的突变位点C5952908T与其后染色体编码区的C5952944T、A5952945G、T5952953C突变位点连锁。3.根据权利要求2所述的基于调控禽类成肌细胞脂肪代谢的转录因子分子标记，其特征在于，所述分子标记为包含SEQ ID NO.1所示序列的核苷酸序列或其突变序列，所述突变序列指SEQ ID NO.1的C103T、C139T、A140G、T148C发生一种或多种突变。4.一种如权利要求1
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3任一所述分子标记在鉴定禽类饲料转化效率性状中的应用。5.根据权利要求4所述的分子标记在鉴定禽类饲料转化效率性状中的应用，其特征在于，若所述分子标记为T型，则说明禽类饲料转化效率高，若所述分子标记为C型，则说明禽类饲料转化效率一般。6.一种利用如权利要求1
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3任一所述分子标记鉴定禽类饲料转化效率性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)采集禽类翅静脉血，提取总DNA；(2)以所述分子标...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈兴勇，耿照玉，潘子意，
申请(专利权)人：安徽农业大学，
类型：发明
国别省市：