一种用于评估猪眼肌面积的分子标记及其筛选方法和应用技术

本发明专利技术涉及一种用于评估猪眼肌面积的分子标记及其筛选方法和应用，涉及猪遗传基因技术领域。该分子标记为SNP分子标记，分子标记位于猪7号染色体的30786798bp位置，猪7号染色体的120345012bp位置，猪14号染色体的56213488bp位置，和/或猪5号染色体的74418117bp位置。根据该分子标记进行猪眼肌面积的评估，进而评估猪瘦肉率，用于种猪的选育，可有效提高猪眼肌面积，提高猪瘦肉率，进一步完善猪酮体形状的育种分子标记，为改善猪肉品质与瘦肉产量提供有效的手段。质与瘦肉产量提供有效的手段。

【技术实现步骤摘要】
一种用于评估猪眼肌面积的分子标记及其筛选方法和应用


[0001]本专利技术涉及猪遗传基因
，特别是涉及一种用于评估猪眼肌面积的分子标记及其筛选方法和应用。

技术介绍

[0002]我国是养猪大国，同时也是猪肉消费大国，猪肉历来就是我国的的主要动物蛋白来源之一，猪肉的产量与国内人民生活的稳定与水平息息相关。瘦肉率、日增重和日采食量等生长性状与猪只产肉产蛋白性能直接相关，而眼肌面积与瘦肉率具有高度相关性且测定较瘦肉率更为方便，因此眼肌面积在当前猪业育种中成为重要的经济性状。
[0003]眼肌面积与瘦肉率呈中高等的显著正相关，瘦肉率的计算需要将猪屠宰后计算瘦肉占猪只胴体重的比率，因此瘦肉率的测量复杂且成本较高，不适合作为常规育种的选留指标。但是眼肌面积的测定可以有B超在猪只倒数第三与第四肋骨间，距背中线5cm处测量获得。因此眼肌面积可以在相当程度上作为替代瘦肉率的选留指标。
[0004]眼肌面积是高等遗传力性状，由多基因控制的数量性状。对于这样的数量性状，多检测与性状相关的候选基因与QTL有助于基因组选择的准确性。大多数的QTL是使用连锁不平衡的方法鉴定，鉴定出的QTL很难用于猪的遗传改良。

技术实现思路

[0005]针对上述问题，本专利技术提供一种用于评估猪眼肌面积的分子标记，根据该分子标记进行猪眼肌面积的评估，进而评估猪瘦肉率，用于种猪的选育，可有效提高猪眼肌面积，提高猪瘦肉率，进一步完善猪酮体形状的育种分子标记，为改善猪肉品质与瘦肉产量提供有效的手段。
[0006]为了达到上述目的，本专利技术提供一种用于评估猪眼肌面积的分子标记，该分子标记为SNP 分子标记，所述分子标记位于猪7号染色体的30786798bp位置，猪7号染色体的120345012bp 位置，猪14号染色体的56213488bp位置，和/或猪5号染色体的74418117bp位置。
[0007]在其中一个实施例中，所述分子标记位于猪7号染色体的30786798bp位置，当所述分子标记的基因型为CC时，提示待评价猪的眼肌面积高；
[0008]所述分子标记位于猪7号染色体的120345012bp位置，当所述分子标记的基因型为CC时，提示待评价猪的眼肌面积高；
[0009]所述分子标记位于猪14号染色体的56213488bp位置，当所述分子标记的基因型为CC时，提示待评价猪的眼肌面积高；
[0010]和/或所述分子标记位于猪5号染色体的74418117bp位置，当所述分子标记的基因型为TT 时，提示待评价猪的眼肌面积高。
[0011]上述分子标记的不同基因型在猪的眼肌面积方面存在显著差异，其中，所述分子标记位于猪7号染色体的30786798bp位置时，基因型CC比TC和TT杜洛克公猪个体间眼肌面
积显著提高了1.39％和1.97％，所以，此标记中C是有利于显著提高眼肌面积的等位基因；所述分子标记位于猪7号染色体的120345012bp位置时，基因型CC比TT显著提高了3.18％，所以，此标记中C是有利于提高眼肌面积的等位基因；所述分子标记位于猪14号染色体的56213488bp位置时，基因型CC比TT杜洛克公猪个体间眼肌面积显著提高了2.46％，所以，在此标记中C相对于T更有利与提高眼积面积；所述分子标记位于猪5号染色体的74418117bp位置时，基因型TT 比CT和CC杜洛克公猪个体间眼肌面积分别提高了1.59％和3.07％，所以，此基因中T相对于C 更有利于眼肌面积的提高。
[0012]本专利技术还提供了一种所述分子标记的筛选方法，包括以下步骤：
[0013]采集表型数据：采集待测猪的眼肌面积的表型数据；
[0014]获取SNP分子标记：对待测猪取样，提取DNA，基因分型，得到覆盖全基因组的SNP 分子标记；对所述覆盖全基因组的SNP分子标记进行物理位置更新、质量控制；
[0015]筛选SNP分子标记：结合表型数据，对质量控制后的SNP分子标记进行GWAS分析，分析不同基因型群体猪的眼肌面积的差异情况，筛选得到用于评估猪眼肌面积的SNP分子标记。
[0016]随着近年来测序技术的发展，使得大量获取测序信息成为可能，全基因组关联分析 (GWAS)在动物育种研究被广泛应用，芯片测序技术的发展使高密度SNP信息的获取更为方便，使得GWAS的相关研究更为便捷，而GWAS能够有效的鉴定出与性状显著相关的SNP。本研究使用rMVP软件中的FarmCPU模型进行分析，该模型交替使用固定效应与随机效应，可以快速和准确地鉴定出显著的SNP标记，对与眼肌面积的遗传改良具有促进意义。
[0017]本专利技术还提供了一种用于评估猪瘦肉率的检测试剂盒，包括用于检测所述分子标记的试剂。
[0018]本专利技术还提供了一种用于评估猪瘦肉率的方法，该方法包括获取所述分子标记的检测结果，根据检测结果判断猪的眼肌面积，从而判断猪瘦肉率。
[0019]在其中一个实施例中，所述分子标记位于猪7号染色体的30786798bp位置，当所述分子标记的基因型为CC时，则判断猪的眼肌面积高，猪瘦肉率高；
[0020]所述分子标记位于猪7号染色体的120345012bp位置，当所述分子标记的基因型为CC 时，则判断猪的眼肌面积高，猪瘦肉率高。
[0021]在其中一个实施例中，所述分子标记位于猪14号染色体的56213488bp位置，当所述分子标记的基因型为CC时，则判断猪的眼肌面积高，猪瘦肉率高。
[0022]在其中一个实施例中，所述分子标记位于猪5号染色体的74418117bp位置，当所述分子标记的基因型为TT时，则判断猪的眼肌面积高，猪瘦肉率高。
[0023]本专利技术还提供了一种猪的选育方法，按照所述方法进行检测，根据分子标记的基因型判断猪的瘦肉率，留用瘦肉率高的猪；所述分子标记位于猪7号染色体的30786798bp位置，猪 7号染色体的120345012bp位置，猪14号染色体的56213488bp位置，或猪5号染色体的74418117bp位置。
[0024]在其中一个实施例中，所述分子标记位于猪7号染色体的30786798bp位置，当所述分子标记的基因型为CC时，则判断猪的眼肌面积高，猪瘦肉率高，留用猪；
[0025]所述分子标记位于猪7号染色体的120345012bp位置，当所述分子标记的基因型为CC 时，则判断猪的眼肌面积高，猪瘦肉率高，留用猪；
[0026]所述分子标记位于猪14号染色体的56213488bp位置，当所述分子标记的基因型为CC 时，则判断猪的眼肌面积高，猪瘦肉率高，留用猪；
[0027]所述分子标记位于猪5号染色体的74418117bp位置，当所述分子标记的基因型为TT时，则判断猪的眼肌面积高，猪瘦肉率高，留用猪。
[0028]与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
[0029]本专利技术的一种用于评估猪眼肌面积的分子标记及其筛选方法和应用，根据该分子标记进行猪眼肌面积的评估，进而评估猪瘦肉率，用于种猪本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于评估猪眼肌面积的分子标记，其特征在于，该分子标记为SNP分子标记，所述分子标记位于猪7号染色体的30786798bp位置，猪7号染色体的120345012bp位置，猪14号染色体的56213488bp位置，和/或猪5号染色体的74418117bp位置。2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述分子标记位于猪7号染色体的30786798bp位置，当所述分子标记的基因型为CC时，提示待评价猪的眼肌面积高；所述分子标记位于猪7号染色体的120345012bp位置，当所述分子标记的基因型为CC时，提示待评价猪的眼肌面积高；所述分子标记位于猪14号染色体的56213488bp位置，当所述分子标记的基因型为CC时，提示待评价猪的眼肌面积高；和/或所述分子标记位于猪5号染色体的74418117bp位置，当所述分子标记的基因型为TT时，提示待评价猪的眼肌面积高。3.一种权利要求1
‑
2中任一项所述分子标记的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：采集表型数据：采集待测猪的眼肌面积的表型数据；获取SNP分子标记：对待测猪取样，提取DNA，基因分型，得到覆盖全基因组的SNP分子标记；对所述覆盖全基因组的SNP分子标记进行物理位置更新、质量控制；筛选SNP分子标记：结合表型数据，对质量控制后的SNP分子标记进行GWAS分析，分析不同基因型群体猪的眼肌面积的差异情况，筛选得到用于评估猪眼肌面积的SNP分子标记。4.一种用于评估猪瘦肉率的检测试剂盒，其特征在于，包括用于检测权利要求1
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2中任一项所述的分子标记的试剂。5.一种用于评估猪瘦肉率的方法，其特征在于，该方法包括获取权利要求1
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2中任一项所述分子标记的检测结果，根据检测结果判断猪的眼肌面积，从而判断猪瘦肉率。...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵云翔，杨凯，李克标，张瑞琪，孙艳梅，李智丽，
申请(专利权)人：佛山科学技术学院，
类型：发明
国别省市：