用于鉴别深县猪的SNP位点组合、试剂盒及应用制造技术

本发明专利技术提供了用于鉴别深县猪的SNP位点组合、应用及所述SNP位点组合的筛选方法，涉及分子生物学技术领域。所述SNP位点组合由10个SNP位点组成。应用这些SNP特征位点组合可将深县猪从大白猪、杜洛克猪、蓝塘猪、民猪和北京黑猪群体中鉴别出来。群体中鉴别出来。群体中鉴别出来。

【技术实现步骤摘要】
用于鉴别深县猪的SNP位点组合、试剂盒及应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学
，尤其是涉及用于鉴别深县猪的SNP位点组合、应用及所述SNP位点组合的筛选方法。

技术介绍

[0002]深县猪是分布于我国河北省中南部的一种古老家猪，纯种深县猪具有耐粗饲、抗逆性强、耐近交、肉质优异、肌内脂肪含量高等品种优势。然而，当前纯种深县猪群体规模小，难以实施有效的育种选育，在对其进行种质资源利用的同时亟需保种扩繁。
[0003]SNP是广泛存在于基因组中的一类DNA序列变异，是由单个碱基的转换或颠换引起的点突变，稳定而可靠，并通常以二等位基因的形式出现。SNP作为遗传标记，其等位基因频率在不同群体中存在差异，因此在物种鉴定等领域得到了广泛应用。现有技术中，基于全基因组重测序或高密度SNP芯片数据进行品种鉴别的成本相对较高。因此，有必要研发一种新的适合用于鉴别深县猪的方法。
[0004]鉴于此，本专利技术筛选了一种用于深县猪鉴别的SNP特征位点组合及其筛选方法与应用。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供用于鉴别深县猪的SNP位点组合、应用及所述SNP位点组合的筛选方法。本专利技术首次经过深入的研究，从大量群体SNP位点(139547个)中筛选得到适用于深县猪种质资源鉴定的SNP特征位点组合。应用这些SNP特征位点组合可将深县猪从大白猪、杜洛克猪、蓝塘猪、民猪和北京黑猪群体中鉴别出来。
[0006]在一个方面，本专利技术提供了用于鉴别深县猪的SNP位点组合，所述SNP位点组合由以下10个SNP位点组成：
[0007]SNP位点1：chr1:93005281位置的C或T，
[0008]SNP位点2：chr1:252504281位置的C或G，
[0009]SNP位点3：chr1:2876173位置的C或T，
[0010]SNP位点4：chr2:11972846位置的A或G，
[0011]SNP位点5：chr2:24851224位置的C或T，
[0012]SNP位点6：chr3:45739362位置的A或G，
[0013]SNP位点7：chr4:13264289位置的T或G，
[0014]SNP位点8：chr9:111271153位置的C或T；
[0015]SNP位点9：chr10:3286345位置的C或T，和
[0016]SNP位点10：chr10:15307369位置的C或G；
[0017]所述SNP位点的位置是基于猪Sscrofa11.1参考基因组序列确定的。
[0018]在一个方面，本专利技术提供了用于检测所述的SNP位点组合的试剂，所述试剂用于检测所述SNP位点的单核苷酸多态性；优选地，所述试剂包括用于扩增含所述SNP位点的产物
的PCR引物。
[0019]在本专利技术中，可以根据上述的SNP位点，针对这些位点所在的一段基因序列设计相应的引物，再通过荧光定量PCR的方法，扩增该片段，再通过扩增结果确定该SNP位点。
[0020]在一个方面，用于检测所述的SNP位点组合的基因芯片，所述基因芯片包含检测所述SNP位点的核苷酸探针；优选地，所述核苷酸探针固定在固体载体上。
[0021]在现有技术中，多种用于检测SNP分子标记(SNP位点)的多态性的检测方法对于本专利技术均适用。例如包括但不限于以下一种或几种：基于凝胶电泳的SNP检测法、DNA测序法、DNA芯片法、变性高效液相色谱法或质谱检测法。
[0022]在一个方面，本专利技术提供了所述的SNP位点组合、所述的试剂或所述的基因芯片在猪品种鉴别和/或猪育种中的应用。
[0023]在一个实施方案中，所述猪品种鉴别包括鉴别深县猪与非深县猪品种。
[0024]在一个实施方案中，所述非深县猪品种包括大白猪、杜洛克猪、北京黑猪、蓝塘猪和民猪中的一种或多种。
[0025]在本专利技术中，可以以所述SNP位点的组合为基础，设计常规产品用于猪种质鉴定、分型(区分或辅助鉴别待测猪是否为深县猪或非深县猪)。也可以利用本专利技术提供的SNP位点信息，进行猪种质资源改良和育种方面的应用。
[0026]例如一种基于SNP位点组合的猪遗传改良的方法，所述方法包括：确定种猪所述的SNP位点信息，并根据所述SNP位点的多态性做出相应的选择；淘汰在这些位点为非目的基因型的种猪个体。
[0027]在实际中，也可以根据检测待测猪基因组中所述SNP位点组合的基因型，选择目的基因型的猪进行交配育种。
[0028]在一个方面，本专利技术提供了基于所述的SNP位点组合鉴别深县猪与大白猪、杜洛克猪、北京黑猪、蓝塘猪和民猪的方法，包括：
[0029](a)提取待测猪基因组DNA作为模板；
[0030](b)对含有所述SNP位点组合的目的片段进行扩增并测序；
[0031](c)根据相应SNP位点的基因型确定所述猪的品种。
[0032]在一个实施方案中，当所述SNP位点的基因型的结果显示SNP位点1～SNP位点10对应的碱基为CT/TT、GC/CC、CT/TT、GG/AG、CC/TC、AA/GA、GG/TG、TT/CT、TC/CC、GG/CG时，则为深县猪。
[0033]在一个方面，本专利技术提供了所述的SNP位点组合的筛选方法，包括以下步骤：
[0034](a)将深县猪重测序得到的全基因组SNP数据与已知的公共数据库中的大白猪、杜洛克猪、北京黑猪、蓝塘猪和民猪的全基因组SNP数据进行质控及合并；
[0035](b)将步骤(a)中的不同品种个体的70％划分为训练集，剩余30％划分为测试集；
[0036](c)利用最大分类能力方法选取SNP；
[0037](d)结合机器学习方法中的逻辑回归分类器和贝叶斯分类器对步骤(c)中挑选出的信息SNP进行特征选择；
[0038](e)利用主成分分析方法在测试集中对步骤(d)挑选出的特征位点进行验证。
[0039]在一个实施方案中，步骤(a)中选取39头深县猪获取全基因组SNP数据，以及选择16头大白猪、22头杜洛克猪、22头北京黑猪、5头蓝塘猪和5头民猪的全基因组SN及合并；
[0040]随机将步骤(a)中6品种个体的70％(共87头)划分为训练集，剩余30％(共22头)划分为测试集；
[0041]优选地，质控标准为：剔除SNP检出率＜99％、最小等位基因频率＜0.05、哈代
‑
温伯格平衡检验P值＜10
‑
50
以及没有染色体位置信息的SNP位点。
[0042]有益效果：
[0043]本专利技术首次获得用于鉴别深县猪的SNP位点组合，应用该SNP特征位点组合可将深县猪从大白猪、杜洛克猪、蓝塘猪、民猪和北京黑猪群体中鉴别出来；
[0044]本专利技术的SNP位点组合能将深县猪从其它5个品种猪中区分，准确率高；
[0045]本专利技术的SNP位点组合可作为分子标记物用于猪种质本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于鉴别深县猪的SNP位点组合，其特征在于，所述SNP位点组合由以下10个SNP位点组成：SNP位点1：chr1:93005281位置的C或T，SNP位点2：chr1:252504281位置的C或G，SNP位点3：chr1:2876173位置的C或T，SNP位点4：chr2:11972846位置的A或G，SNP位点5：chr2:24851224位置的C或T，SNP位点6：chr3:45739362位置的A或G，SNP位点7：chr4:13264289位置的T或G，SNP位点8：chr9:111271153位置的C或T；SNP位点9：chr10:3286345位置的C或T，和SNP位点10：chr10:15307369位置的C或G；所述SNP位点的位置是基于猪Sscrofa11.1参考基因组序列确定的。2.用于检测权利要求1所述的SNP位点组合的试剂，其特征在于，所述试剂用于检测所述SNP位点的单核苷酸多态性；优选地，所述试剂包括用于扩增含所述SNP位点的产物的PCR引物。3.用于检测权利要求1所述的SNP位点组合的基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包含检测所述SNP位点的核苷酸探针；优选地，所述核苷酸探针固定在固体载体上。4.权利要求1所述的SNP位点组合、权利要求2所述的试剂或权利要求3所述的基因芯片在猪品种鉴别和/或猪育种中的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述猪品种鉴别包括鉴别深县猪与非深县猪品种。6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述非深县猪品种包括大白猪、杜洛克猪、北京黑猪、蓝塘猪和民猪中的一种或多种。7.一种基于权利要求1所述的SNP位点组合鉴别深县猪与...

【专利技术属性】
技术研发人员：张军辉，倪俊卿，刘剑锋，罗文学，骆菲，郭彦军，段晓红，王贵江，黄千千，何旭，韩杰，解冰辉，刘廷玉，倪慧勇，袁明，辛英霞，马军红，韩梅，杨帆，李元红，和利民，李赛，张宇，刘振，周磊，
申请(专利权)人：河北省畜牧良种工作总站河北省种畜禽质量监测站，
类型：发明
国别省市：