【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于奶牛分子育种，具体涉及一种奶牛低密度snp位点组合、液相芯片及其应用。
技术介绍
1、牛奶生产是我国改善居民膳食结构重要基础产业。奶牛的品种、生产水平、生产寿命、温顺度和抗逆性是决定奶牛养殖规模和积极性的重要性状。传统的育种方式中，通常以外貌鉴定或表型测定来评估牛只的种用价值，这种方式存在较大的客观性且准确度相对较低，鉴于奶牛群体的世代间隔长，由此能获得的遗传进展非常缓慢。
2、此外，奶牛育种实践中，影响育种进展的因素，还包括系谱记录不准确、近交衰退和遗传缺陷基因等因素，因此，挑选出适用的snp位点集合，利用靶向测序基因分型检测设计液相探针，开发相应的基因检测产品，对于奶牛群体dna亲子鉴定、估计奶牛个体亲缘关系，厘定奶牛群体结构等分子育种工作的快速完成意义重大。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于克服现有技术中的缺陷，提供了一种奶牛低密度snp位点组合、液相芯片及其应用，其能够规模化、高通量、低成本的进行奶牛基因分型检测工作，满足遗传资源多样性分析、群体结构分析、基因组亲缘关系分析以及分子标记辅助育种的需求，加快了奶牛分子育种的效率。
2、为实现上述目的，本专利技术所采取的技术方案如下：
3、一种奶牛低密度snp位点组合在奶牛基因分型、遗传多样性分析、厘定群体结构、基因组亲缘关系分析、分子标记辅助育种任一项中的应用，所述snp位点组合包括14497个snp位点；所述14497个snp位点的物理位置是基于ars-ucd1.2参考
4、https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/gcf_002263795.1/；所述snp位点的变异信息采用染色体号_物理位置：ars-ucd1.2参考基因组正链碱基的形式进行表示，所述14497个snp位点的物理位置信息见表1；
5、表1
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73、一套检测所述奶牛低密度snp位点组合的探针在奶牛基因分型、遗传多样性分析、厘定群体结构、基因组亲缘关系分析、分子标记辅助育种任一项中的应用。
74、一种奶牛低密度snp液相芯片，所述液相芯片基因分型对象为所述的snp位点组合，所述液相芯片包括一套所述的探针。
75、一种如所述的奶牛低密度snp液相芯片在奶牛基因分型中的应用。
76、一种所述的奶牛低密度snp液相芯片在遗传多样性分析中的应用。
77、一种所述的奶牛低密度snp液相芯片在厘定群体结构中的应用。
78、一种所述的奶牛低密度snp液相芯片在基因组亲缘关系分析中的应用。
79、一种所述的奶牛低密度snp液相芯片在分子标记辅助育种中的应用。
80、一种所述的奶牛低密度snp液相芯片在奶牛群体dna亲子鉴定中的应用。
81、一种所述的奶牛低密度snp液相芯片在估计奶牛个体亲缘关系中的应用。
82、与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：
83、1、本专利技术14497个snp位点多态信息含量高、在基因组上均匀分布，对奶牛基因分型效果好、可靠性高，通过对本专利技术的14497个snp位点进行基因分型，能够满足遗传资源多样性分析、群体结构分析、基因组亲缘关系分析以及分子标记辅助育种的需求，加快了奶牛分子育种的效率。
84、2、本专利技术液相芯片采用靶向测序基因分型技术，具有高通量、高准确性、低成本的优点，与针对少量位点基因分型的taqman、massarray和kasp等检测技术相比，该产品实现了数万个位点的同时检测，基因分型效率大幅提高；此外，基于高深度重测序(平均测序深度70×以上)的技术方案，也将显著提高检测位点的准确性。
85、本专利技术snp位点组合在满足基因分型检测可靠性的同时，为奶牛育种提供的低成本高通量的大规模应用产品。
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1.一种奶牛低密度SNP位点组合在奶牛基因分型、遗传多样性分析、厘定群体结构、基因组亲缘关系分析、分子标记辅助育种任一项中的应用，其特征在于，所述SNP位点组合包括14497个SNP位点；所述14497个SNP位点的物理位置是基于ARS-UCD1.2参考基因组正链碱基确定的；所述14497个SNP位点的物理位置信息见表1；
2.一套检测权利要求1所述奶牛低密度SNP位点组合的探针在奶牛基因分型、遗传多样性分析、厘定群体结构、基因组亲缘关系分析、分子标记辅助育种任一项中的应用。
3.一种奶牛低密度SNP液相芯片，其特征在于，所述液相芯片基因分型对象为权利要求1所述的SNP位点组合，所述液相芯片包括一套如权利要求2所述的探针。
4.一种如权利要求3所述的奶牛低密度SNP液相芯片在奶牛基因分型中的应用。
5.一种如权利要求3所述的奶牛低密度SNP液相芯片在遗传多样性分析中的应用。
6.一种如权利要求3所述的奶牛低密度SNP液相芯片在厘定群体结构中的应用。
7.一种如权利要求3所述的奶牛低密度SNP液相芯片在基因组亲
8.一种如权利要求3所述的奶牛低密度SNP液相芯片在分子标记辅助育种中的应用。
9.一种如权利要求3所述的奶牛低密度SNP液相芯片在奶牛群体DNA亲子鉴定中的应用。
10.一种如权利要求3所述的奶牛低密度SNP液相芯片在估计奶牛个体亲缘关系中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种奶牛低密度snp位点组合在奶牛基因分型、遗传多样性分析、厘定群体结构、基因组亲缘关系分析、分子标记辅助育种任一项中的应用，其特征在于，所述snp位点组合包括14497个snp位点；所述14497个snp位点的物理位置是基于ars-ucd1.2参考基因组正链碱基确定的；所述14497个snp位点的物理位置信息见表1；
2.一套检测权利要求1所述奶牛低密度snp位点组合的探针在奶牛基因分型、遗传多样性分析、厘定群体结构、基因组亲缘关系分析、分子标记辅助育种任一项中的应用。
3.一种奶牛低密度snp液相芯片，其特征在于，所述液相芯片基因分型对象为权利要求1所述的snp位点组合，所述液相芯片包括一套如权利要求2所述的探针...
【专利技术属性】
技术研发人员：倪俊卿，杨晨东，周靖航，蒋桂娥，马亚宾，钱长嵩，张嘉楠，
申请(专利权)人：河北省畜牧良种工作总站河北省种畜禽质量监测站，
类型：发明
国别省市：
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