一种针对新冠病毒奥密克戎变异株的多重荧光检测引物探针组及试剂盒制造技术

本发明专利技术提供了一种针对新冠病毒奥密克戎变异株的多重荧光检测引物探针组及试剂盒。本发明专利技术具有如下技术效果：1.造价低廉，单个标本总体的试剂成本为12元。2.检测时间短，操作简便，本发明专利技术需要的实验操作更加简便，通用试剂加上本发明专利技术的引物探针工作液即可上机检测，并能同时判断SARS

【技术实现步骤摘要】
一种针对新冠病毒奥密克戎变异株的多重荧光检测引物探针组及试剂盒


[0001]本专利技术涉及一种针对新冠病毒奥密克戎变异株的多重荧光检测引物探针组及试剂盒，属于生物


技术介绍

[0002][0003]目前研究发现，相比野生株或其他VOC，奥密克戎变异株有更多突变，变异速度快(目前已有BA.1、BA.2、BA.3及BA.1.1四种型别，且国内均已检出)，很可能产生了比Delta突变株更强的传染性和免疫逃逸能力，降低了疫苗和中和抗体的效力，且再次感染的风险增加，这对全球疫情防控提出了新挑战。因此快速检测奥密克戎变异株感染，并及时防控成为了亟待解决的问题。但目前主流的检测方法是高通量测序，经济成本高耗时长。同时个别的荧光检测试剂盒通量低，造价高，且操作复杂，需提前检测出新冠病毒阳性，然后用该试剂盒进行专门的奥密克戎变异株检测，基于以上原因很多基层检测单位难以第一时间开展奥密克戎的检测，耽误了宝贵的防控时间及防控策略的制定。
[0004]目前上市的奥密克戎荧光检测试剂盒针对特定的几个变异位点进行检测，造价昂贵，50人份约10000元，单个标本的试剂成本为200元。此外高通量测序方法造价更高，单个标本的试剂成本为2000元。
[0005]现有的奥密克戎荧光试剂盒操作复杂。需要先开展SARS
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CoV
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2的荧光检测，当SARS
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CoV
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2荧光阳性时，再用该试剂盒检测奥密克戎变异位点，当几个变异位点荧光阳性时才可确定该标本为奥密克戎感染，总体检测时间约为4小时。高通量测序时间则长达20小时。
[0006]中国专利CN202111497771.2提供了基于多重荧光定量ARMS
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PCR技术的新冠病毒奥密克戎突变序列检测技术及其应用，主要基于荧光定量ARMS
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PCR 技术针对目前奥密克戎变异株S基因特异性突变类型，如序列位置23599，序列变化T>G、序列位置23048，序列变化G>A、序列位置23202，序列变化C>A、序列位置22898，序列变化G>A进行单管或多管多重检测。
[0007]虽然中国专利CN202111497771.2提供了基于多重荧光定量ARMS
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PCR技术检测奥密克戎突变序列的技术方案，但是其也存在如下技术问题：1)其针对 S区的单独的突变位点进行检测，而S区是SARS
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CoV
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2突变最活跃的基因区域，奥密克戎的突变速度更是远高于其他变异株，因此当目标位点的核苷酸发生变异时，仅针对单独位点进行检测有可能造成假阴性；2)该专利申请时间为2021 年12月，此时奥密克戎变异株较少，仅有BA.1一个型别，但是截止到2022年 2月10日全球已经出现了BA.1、BA.2、BA.3及BA.1.1四种型别，各个型别之间变异较大，很难保证该技术的有效性；3)需要先使用其他试剂盒检测出 SARS
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CoV
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2阳性，然后再利用该试剂盒判断是否为奥密克戎感染，操作繁琐，造价高。

技术实现思路

[0008]本专利技术的目的是克服现有技术的不足，提供一种针对新冠病毒奥密克戎变异株的多重荧光检测引物探针组及试剂盒。
[0009]本专利技术的专利技术人设计了一种针对奥密克戎变异株的多重荧光检测引物探针组及试剂盒，可同时检测SARS
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CoV
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2的三个基因片段，分别是用于判断 SARS
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CoV
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2感染的ORF1a/b基因和N基因，及用于判断奥密克戎变异株感染的S 基因。这其中判断SARS
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CoV
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2感染的ORF1a/b基因和N基因引物为美国疾控中心及英国安格利亚罗斯金大学研究人员所设计，检测奥密克戎变异株感染的S基因引物探针是专利技术人自行设计的。S
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F引物位于全基因组的22976
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22996核苷酸位点， S
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R引物位于全基因组的23058
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23078核苷酸位点，S
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Probe引物位于全基因组的 22998
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23023核苷酸位点。
[0010]本专利技术中，针对新冠病毒奥密克戎变异株的多重荧光检测引物探针组，其核苷酸序列如下表所示：
[0011]名称序列修饰ORF1a/b
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FGGATCAAGAATCCTTTGGTGG ORF1a/b
‑
RGTCACAAAATCCTTTAGGATTTGGA ORF1a/b
‑
ProbeCATCGTGTTGTCTGTACTGCCGTTGCC5
’
FAM/BHQ1 3
’
N
‑
FGACCCCAAAATCAGCGAAAT N
‑
RTCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG N
‑
ProbeACCCCGCATTACGTTTGGTGGACC5
’
VIC/BHQ1 3
’
S
‑
FACTGAAATCTATCAGGCCGGT S
‑
RCAACACCATAAGTGGGTCGGA S
‑
ProbeACAAACCTTGTAATGGTGTTGCAGGT5
’
CY5/BHQ2 3
’
[0012]其中，
[0013]荧光探针是一种寡核苷酸探针，荧光基团连接在探针的5
’
末端，而淬灭基团则连接在探针的3
’
末端。所述检测ORF1a/b基因荧光基团为FAM，淬灭基团为BHQ1。所述检测N基因荧光基团为VIC，淬灭基团为BHQ1。所述检测S基因荧光基团为CY5，淬灭基团为BHQ2。
[0014]本专利技术还提供了针对新冠病毒奥密克戎变异株的多重荧光检测试剂盒，包括上述针对新冠病毒奥密克戎变异株的多重荧光检测引物探针组。
[0015]进一步地，所述的试剂盒还包括多重荧光检测试剂，多重荧光检测试剂可以是市场通用的多重荧光检测试剂，如南京诺唯赞生产的HiScript II U+One StepqRT
‑
PCR Probe Kit试剂。
[0016]本专利技术还提供了本专利技术的引物探针组工作液的制备方法，包括如下步骤：
[0017]1)将合成的引物探针干粉加无RNA酶水配制成10微摩尔/升的工作浓度。
[0018]2)将用于检测ORF1a/b基因、N基因和S基因的引物探针组分别按照上游引物：下游引物：探针的体积比为2:2:1的比例分别配置成三种探针引物混合液；在本专利技术中上游引物：下游引物：探针所加体积比为400:400:200(μL)。
[0019]3)最后将本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.针对新冠病毒奥密克戎变异株的多重荧光检测引物探针组，其特征在于，所述的引物探针组的核苷酸序列如下表所示：名称序列SEQ ID NOORF1a/b
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FGGATCAAGAATCCTTTGGTGG1ORF1a/b
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RGTCACAAAATCCTTTAGGATTTGGA2ORF1a/b
‑
ProbeCATCGTGTTGTCTGTACTGCCGTTGCC3N
‑
FGACCCCAAAATCAGCGAAAT4N
‑
RTCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG5N
‑
ProbeACCCCGCATTACGTTTGGTGGACC6S
‑
FACTGAAATCTATCAGGCCGGT7S
‑
RCAACACCATAAGTGGGTCGGA8S
‑
ProbeACAAACCTTGTAATGGTGTTGCAGGT9所述荧光探针是一种寡核苷酸探针，探针的5
’
末端连接有荧光基团，探针的3
’
末端连接有淬灭基团。2.根据权利要求1所述的引物探针组，其特征在于，所述检测ORF1a...

【专利技术属性】
技术研发人员：付建光，邓斐，艾静，王慎骄，樊欢，余慧艳，鲍倡俊，
申请(专利权)人：江苏省疾病预防控制中心江苏省公共卫生研究院，
类型：发明
国别省市：