本发明专利技术公开了24个SNP位点以及所述SNP位点在制备评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险的产品中的应用。本发明专利技术研究发现，将上述24个SNP位点作为检测靶点，计算得到的总游离DNA中供体游离DNA的含量，即GcfDNA供者含量比，能够准确反映出移植排斥的程度，为临床检测实体器官移植术后移植物损伤和排斥风险提供了一种简单而有效的检测手段。为此，本发明专利技术还提供了用于检测所述SNP位点的引物和探针，以及包括所述引物和探针的试剂盒。以及包括所述引物和探针的试剂盒。
【技术实现步骤摘要】
SNP位点及其引物、探针和检测试剂盒
[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一组SNP位点及其应用，检测所述SNP位点的引物和探针，以及包括所述引物和探针的检测试剂盒。
技术介绍
[0002]器官移植通常是将健康的器官移植到受者体内，使之迅速恢复功能的手术。器官移植后容易发生排斥反应，所以要进行器官移植监测。目前，实体器官移植术后，移植物的健康监测通常采用抽血进行肝功能检查，或穿刺针采集组织进行病理学检查。
[0003]对于常规抽血功能检查，其各项指标如肌酐、ALT、AST、胆红素等等灵敏度和特异性均不高，无法准确的反应移植物的健康状况。
[0004]对于目前金标准的组织活检，其虽可直接的反应移植物的健康状况。但存在以下重大缺点：
[0005](1)侵入式检测，对病人造成较大痛苦，同时对移植物造成损伤；
[0006](2)检出异常时，移植物实质性损伤已经发生，并且损伤往往已经较为严重，这时对于临床医生来说拯救移植物往往已经太晚；
[0007](3)若穿刺针未采集到移植物的病灶组织部分，会对结果准确性造成较大影响，因此准确性和灵敏度不高。
[0008]在上述背景下，寻求一种灵敏度高，特异性强，能够准确的评估实体器官移植物的损伤状况和排斥风险的无创检测方法具有重要意义。
[0009]专利技术人的在先专利，如CN201710348135.0、CN201910452358.0、CN202011026555.5分别提出了针对肝移植、肾移植、肺移植术后移植物损伤状况和排斥风险的检测试剂盒及检测方法。但是，在先技术基于数字PCR反应体系是一管PCR反应仅检测一个SNP位点，由于数字PCR成本较高，导致在先申请所述的检测方法检测成本过高。因此，有必要引入多重PCR的思路进一步有效降低检测成本。
技术实现思路
[0010]本专利技术的一个目的是提供一组SNP位点及其在制备评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险的产品中的应用；本专利技术的另一个目的是提供一种用于检测上述SNP位点的引物和探针，以及包括所述引物和探针的试剂盒。通过对移植后受体总游离DNA的上述24个SNP位点进行检测，最终获得供者游离DNA/总游离DNA的比值，即GcfDNA供者含量比。根据GcfDNA供者含量比快速而准确地判断移植排斥的程度。
[0011]此外，本专利技术提供一种检测总游离DNA中供体游离DNA含量的方法，引入多重荧光PCR方法，对在先的一管PCR反应检测一个SNP位点的技术进行改进，得到一管PCR反应可以检测多个SNP位点的方法。
[0012]本专利技术的目的是通过如下技术方案实现的：
[0013]第一方面，本专利技术提供一组SNP位点，所述SNP位点为rs2242301、rs1318、
rs748384、rs260502、rs1210635、rs1038394、rs26801、rs2075386、rs2242349、rs1039322、rs803092、rs1800738、rs854792、rs1805790、rs730121、rs1124119、rs1882881、rs2235116、rs2235148、rs742018、rs2028566、rs33204、rs1040383、rs2235512的组合，所述SNP位点用于评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险，实体器官包括肝、肾、心、肺。
[0014]本专利技术研究表明，将上述24个SNP位点作为检测靶点，计算得到的总游离DNA中供者游离DNA的含量，即GcfDNA供者含量比，能够准确反映出移植排斥的程度，为临床检测实体器官移植术后移植物损伤和排斥风险提供了一种简单而有效的检测手段。
[0015]第二方面，本专利技术提供一种SNP位点在制备评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险的产品中的应用，实体器官包括肝、肾、心、肺，所述SNP位点为rs2242301、rs1318、rs748384、rs260502、rs1210635、rs1038394、rs26801、rs2075386、rs2242349、rs1039322、rs803092、rs1800738、rs854792、rs1805790、rs730121、rs1124119、rs1882881、rs2235116、rs2235148、rs742018、rs2028566、rs33204、rs1040383、rs2235512的组合。
[0016]优选的，所述产品通过检测待测样品中的总游离DNA中供体游离DNA含量来评估实体器官移植术后移植物排斥风险。
[0017]第三方面，本专利技术提供一种用于评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险的引物和探针，所述引物为SEQ ID No.1
‑
48所示的序列，所述探针为SEQ ID No.49
‑
96所示的序列。
[0018]具体的，所述SEQ ID No.1
‑
48所示的引物和SEQ ID No.49
‑
96所示的探针用于扩增、检测上述24个SNP位点，每一个SNP位点对应的上下游引物和探针如下所示：
[0019]表1本专利技术涉及的引物探针编号
[0020][0021][0022][0023]本专利技术所述的SEQ ID No.1
‑
96的序列如下所示：
[0024]表2本专利技术涉及的引物探针序列
[0025][0026][0027][0028]第四方面，本专利技术提供一种上述引物和探针在制备评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险的产品中的应用。
[0029]第五方面，本专利技术提供一种用于评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险的试剂盒，所述试剂盒中包括SEQ ID NO.1
‑
48所示的引物和SEQ ID NO.49
‑
96的探针。具体的，所述SEQ ID No.1
‑
48所示的引物和SEQ ID No.49
‑
96所示的探针用于扩增、检测上述24个SNP位点。
[0030]优选的，所述试剂盒为基于数字PCR平台的试剂盒。
[0031]所述探针的5
’
端均连接报告荧光基团，其中任意12个SNP位点的探针对5
’
端分别连接FAM和VIC/HEX/JOE/TEX的报告荧光基团；另外12个SNP位点的探针对5
’
端分别连接ROX和CY5的报告荧光基团。
[0032]本专利技术所述的“VIC/HEX/JOE/TEX”表示VIC、HEX、JOE、TEX中的一种。
[0033]所述探针的3
’
端标记淬灭荧光基团，淬灭荧光基团为NFQ或者MGB。
[0034]为了更加清楚的描述本专利技术提供的试剂盒中探针荧光标记情况，举一个实例进行说明：
[0035]例如，检测rs2242301和rs1318两个SNP位点的探针标记情况为：
...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.SNP位点，所述SNP位点为rs2242301、rs1318、rs748384、rs260502、rs1210635、rs1038394、rs26801、rs2075386、rs2242349、rs1039322、rs803092、rs1800738、rs854792、rs1805790、rs730121、rs1124119、rs1882881、rs2235116、rs2235148、rs742018、rs2028566、rs33204、rs1040383、rs2235512的组合，所述SNP位点用于评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险，实体器官包括肝、肾、心、肺。2.权利要求1所述的SNP位点在制备评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险的产品中的应用，实体器官包括肝、肾、心、肺，所述SNP位点为rs2242301、rs1318、rs748384、rs260502、rs1210635、rs1038394、rs26801、rs2075386、rs2242349、rs1039322、rs803092、rs1800738、rs854792、rs1805790、rs730121、rs1124119、rs1882881、rs2235116、rs2235148、rs742018、rs2028566、rs33204、rs1040383、rs2235512的组合。3.一种用于评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险的引物和探针，所述引物为SEQ ID No.1
‑
48所示的序列，所述探针为SEQ ID No.49
‑
96所示的序列；所述SEQ ID No.1
‑
48所示的引物和SEQ ID No.49
‑
96所示的探针用于扩增、检测权利要求1中所述的24个SNP位点。4.一种权利要求3所述的引物和探针在制备评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险的产品中的应用。5.一种用于评估实体器官移植术后移植物损伤及排斥风险的试剂盒，所述试剂盒中包括SEQ ID NO.1
‑
48所示的引物和SEQ ID NO.49
‑
96的探针；所述SEQ ID No.1
‑
48所示的引物和SEQ ID No.49
‑
96所示的探针用于扩增、检测权利要求1中所述的24个SNP位点。6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述探针的5
’
端均连接报告荧光基团，其中任意12个SNP位点的探针对5
’
端分别连接FAM和VIC/HEX/JOE/TEX的报告荧光基...
【专利技术属性】
技术研发人员：魏亮，
申请(专利权)人：成都仕康美生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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