用于开发个性化药物治疗计划和基于蛋白质组谱的靶向药物开发的方法技术

本发明专利技术涉及开发用于受试者的疾病或病状的定制疗法。具体地说，本发明专利技术涉及用于鉴定、调节和监测患有疾病或病状的个体中的药物靶标的基于适体的组合物和方法，以及用于鉴定和选择用于药物开发的蛋白质靶标的其它组合物和方法。方法。

【技术实现步骤摘要】
用于开发个性化药物治疗计划和基于蛋白质组谱的靶向药物开发的方法
[0001]本申请是申请日为2016年9月9日，中国申请号201680048603.6，专利技术名称为“用于开发个性化药物治疗计划和基于蛋白质组谱的靶向药物开发的方法”的分案申请。
[0002]相关申请的交叉引用
[0003]本申请要求2015年9月9日提交的美国临时申请号62/215,852的优先权权益，所述美国临时申请出于任何目的以引用的方式整体并入本文。
[0004]领域
[0005]本专利技术涉及开发用于受试者的疾病或病状的定制疗法。具体地说，本专利技术涉及用于鉴定、调节和监测患有疾病或病状的个体中的药物靶标的基于适体的组合物和方法，以及用于鉴定和选择用于药物开发的蛋白质靶标的其它组合物和方法。
[0006]背景
[0007]致癌基因已成为了解癌症生物学的核心概念，并可为治疗药物提供有价值的靶标。在包括淋巴瘤和白血病的许多类型的人肿瘤中，致癌基因过度表达并可能与致肿瘤性相关(Tsujimoto等人,Science228:1440
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1443[1985])。例如，已经在具有t(14；18)染色体易位的所有淋巴瘤中发现了高水平的人bcl
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2基因表达，包括大多数滤泡B细胞淋巴瘤和许多大细胞非霍奇金淋巴瘤。在某些不具有t(14；18)染色体翻译的白血病中也发现了高水平的bcl
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2基因表达，包括大多数慢性淋巴细胞性白血病急性、许多前B细胞类型的淋巴细胞性白血病、成神经细胞瘤、鼻咽癌以及许多前列腺癌、乳腺癌和结肠腺癌。(Reed等人,Cancer Res.51:6529[1991]；Yunis等人,New England J.Med.320:1047；Campos等人,Blood 81:3091
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3096[1993]；McDonnell等人,Cancer Res.52:6940
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6944[1992)；Lu等人,Int.J.Cancer 53:29
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35[1993]；Bonner等人,Lab Invest.68:43A [1993]。其它致癌基因包括TGF
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.α.、c
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ki
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ras、ras、her
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2和c
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myc。
[0008]包括致癌基因表达的基因表达可被干扰启动子功能的分子抑制。因此，可通过单链寡核苷酸来抑制致癌基因的表达。
[0009]癌症治疗通常包括化学治疗剂和常常放射疗法。然而，在许多情况下，当前治疗并不有效或不能治愈癌症。因此，需要更有效的癌症治疗。
[0010]例如，在工业化国家，肺癌仍然是癌症死亡的主要原因。大约75％的肺癌病例被归类为非小细胞肺癌(例如腺癌)，并且另外25％是小细胞肺癌。基于疾病的扩散，肺癌的特征在于若干分期。在I期癌症中，肿瘤仅在肺中并被正常组织包围。在II期癌症中，癌症已经扩散至附近的淋巴结。在III期，癌症已经扩散至肺附近的胸壁或横膈膜，或扩散至纵隔膜(隔开两肺的区域)中的淋巴结，或扩散至胸部另一侧或颈部的淋巴结。此阶段被分成通常可动手术的IIIA期和通常不能经受手术的IIIB期。在IV期，癌症已经扩散至身体的其它部位。
[0011]大多数非小细胞肺癌(NSCLC)患者存在晚期疾病，并且尽管最近在多模态治疗中取得了进展，但总体十年存活率仍然不佳(8％
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10％)(Fry等人,Cancer 86:1867[1999])。然而，相当少数的患有NSCLC的患者(大约25％
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30％)具有病理性I期疾病且通常仅用手术治疗。虽然已知35％
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50％的I期疾病患者将在五年内复发(Williams等人,
Thorac.Cardiovasc.Surg.82:70[1981]；Pairolero等人,Ann,Thorac.Surg.38:331[1984])，但是目前还不能鉴定哪些特定患者处于复发的高风险。
[0012]腺癌目前是NSCLC的主要组织学亚型(Fry等人,同上；Kaisermann等人,Brazil Oncol.Rep.8:189[2001]；Roggli等人,Hum.Pathol.16:569[1985])。虽然原发性肺癌的组织病理学评估可粗略地分级患者，但仍然迫切需要通过其它手段来鉴定处于复发或转移性疾病的高风险的那些患者。先前研究已经鉴定了一些影响NSCLC患者的存活的术前变量(Gail等人,Cancer 54:1802 1984]；Takise等人,Cancer61:2083[1988]；Ichinose等人,J.Thorac.Cardiovasc.Surg.106:90[1993]；Harpole等人,Cancer Res.55:1995])。据报道，肿瘤大小、血管侵入、低分化、高肿瘤增殖指数以及包括K
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ras(Rodenhuis等人,N.Engl.J.Med.317:929[1987]；Slebos等人,N.Engl.J.Med.323:561[1990])和p53(Harpole等人,同上；Horio等人,Cancer Res.53:1[1993])突变的若干遗传改变作为预后指标。
[0013]肿瘤分期是患者存活的重要预测指标，然而，结果的多变性不能单独通过分期来解释，正如对于具有65％
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70％五年存活的I期肺腺癌所观察到的(Williams等人,同上；Pairolero等人,同上)。用于I期疾病患者的当前治疗通常包括手术切除和无额外治疗(Williams等人,同上；Pairolero等人,同上)。在I期疾病患者中鉴定高危人群将导致考虑对这一高危人群进行额外的治疗干预，以及产生这些患者的提高的存活。
[0014]需要额外的诊断和治疗选择，特别是针对患者的肿瘤定制的治疗。
[0015]概述
[0016]本专利技术涉及定制的癌症疗法。具体地说，本专利技术涉及用于鉴定、调节和监测个体癌症的药物靶标的基于适体的组合物和方法。
[0017]例如，在一些实施方案中，本公开提供一种用于鉴定蛋白质靶标的方法，所述方法包括：a)测定来自被诊断患有疾病的受试者的生物样品以鉴定一种或多种蛋白质相对于参考样品中所述蛋白质水平的改变的水平；以及b)鉴定靶向所述表达改变的蛋白质中的一种或多种的一种或多种治疗。本公开不限于特定的蛋白质靶标。在一些实施方案中，通过筛选样品的蛋白质表达水平并将所述水平与正常(例如无疾病)组织(例如使用本文所述的适体技术)进行比较来鉴定靶标。本专利技术不受(例如，使用本文所述的适体技术)鉴定的靶标限制。在一些实施方案中，所述蛋白质选自例如表6和7中所示的那些或AGER、THBS2、CA3、MMP12、PIGR、DCN、PGAM1、CD36、FABP、ACP5、CCDC80、PPBP、LYVE1、STC1、SPON1、IL17RC、MMP1、CA1、SERPI本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定蛋白质靶标的方法，所述方法包括：a)测定来自被诊断患有疾病的受试者的生物样品以鉴定一种或多种蛋白质相对于参考样品中所述蛋白质水平的改变的水平；以及b)鉴定靶向所述表达改变的蛋白质中的一种或多种的一种或多种治疗。2.如权利要求1所述的方法，其中所述蛋白质选自AGER、THBS2、CA3、MMP12、MMP
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1、MMP
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7、MMP
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9、MMP
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13、MMP
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8、MMP
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10、MMP
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2、PIGR、DCN、PGAM1、CD36、FABP、ACP5、CCDC80、PPBP、LYVE1、STC1、SPON1、IL17RC、MMP1、CA1、SERPINC1、TPSB2、CKB/CKBM、NAMPT/PBEF、PPBP/CTAPIII、F9、DCTPP1、F5、SPOCK2、CAT、PF4、MDK、BGN、CKM、POSTN、PGLYRP1以及CXCL12。3.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述参考样品是来自所述受试者的正常组织的样品，或正常组织的群体平均值。4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述蛋白质的所述水平相对于所述参考样品中的所述水平改变至少4倍。5.如权利要求4所述的方法，其中所述蛋白质的所述水平相对于所述参考样品中的所述水平改变至少50倍。6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其还包括向所述受试者施用所述一种或多种治疗。7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其还包括确定所述蛋白质中突变的存在的步骤。8.如权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述疾病选自由以下各项组成的组：癌症、代谢病症、炎性疾病以及传染性疾病。9.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述生物样品选自由以下各项组成的组：组织、全血、白细胞、外周血单核细胞、血沉棕黄层、血浆、血清、痰、眼泪、粘液、洗鼻液、鼻抽吸物、呼吸、尿、精液、唾液、腹膜冲洗物、腹水、囊液、脑膜液、羊水、腺液、胰液、淋巴液、胸膜液、细胞学液、乳头抽吸液、支气管抽吸物、支气管刷检物、滑液、关节抽吸液、器官分泌物、细胞、细胞提取物以及脑脊髓液。10.如权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述测定包括使所述样品与多种对所述蛋白质有特异性的适体接触。11.一种用于确定治疗行动过程的方法，所述方法包括：a)测定来自被诊断患有肺癌的受试者的组织样品，以鉴定一种或多种选自以下各项的蛋白质相对于正常肺组织中所述蛋白质水平的改变的水平：AGER、THBS2、CA3、MMP12、MMP
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1、MMP
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7、MMP
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9、MMP
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8、MMP
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2、PIGR、DCN、PGAM1、CD36、FABP、ACP5、CCDC80、PPBP、LYVE1、STC1、SPON1、IL17RC、MMP1、CA1、SERPINC1、TPSB2、CKB/CKBM、NAMPT/PBEF、PPBP/CTAPIII、F9、DCTPP1、F5、SPOCK2、CAT、PF4、MDK、BGN、CKM、POSTN、PGLYRP1以及CXCL12；以及b)施用靶向所述表达改变的蛋白质中的一种或多种的一种或多种治疗。12.如权利要求11所述的方法，其中所述蛋白质的所述水平相对于正常肺组织中的所述水平改变至少4倍。13.如权利要求11所述的方法，其中所述蛋白质的所述水平相对于正常肺组织中的所述水平改变至少50倍。
14.如权利要求11至13中任一项所述的方法，其还包括确定所述蛋白质中突变的存在的步骤。15.如权利要求11至14中任一项所述的方法，其中所述测定包括使所述样品与多种对所述蛋白质有特异性的适体接触。16.一种用于治疗疾病的方法，所述方法包括：a)测定来自被诊断患有疾病的受试者的生物样品以鉴定一种或多种蛋白质相对于参考样品中所述蛋白质水平的改变的水平；以及b)向所述受试者施用靶向所述表达改变的蛋白质中的一种或多种的一种或多种治疗。17.如权利要求16所述的方法，其中所述蛋白质选自AGER、THBS2、CA3、MMP12、MMP
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1、MMP
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7、MMP
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9、MMP
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13、MMP
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8、MMP
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10、MMP
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2、PIGR、DCN、PGAM1、CD36、FABP、ACP5、CCDC80、PPBP、LYVE1、STC1、SPON1、IL17RC、MMP1、CA1、SERPINC1、TPSB2、CKB/CKBM、NAMPT/PBEF、PPBP/CTAPIII、F9、DCTPP1、F5、SPOCK2、CAT、PF4、MDK、BGN、CKM、POSTN、PGLYRP1以及CXCL12。18.如权利要求16或权利要求17所述的方法，其中所述参考样品是来自所述受试者的正常组织的样品，或正常组织的群体平均值。19.如权利要求16至18中任一项所述的方法，其中所述蛋白质的所述水平相对于所述参考样品中的所述水平改变至少2倍。20.如权利要求16至19中任一项所述的方法，其中所述蛋白质的所述水平相对于所述参考样品中的所述水平改变至少50倍。21.如权利要求16至20中任一项所述的方法，其还包括确定所述蛋白质中突变的存在的步骤。22.如权利要求16至21中任一项所述的方法，其中所述疾病选自由以下各项组成的...

【专利技术属性】
技术研发人员：拉里，
申请(专利权)人：私募蛋白质体操作有限公司，
类型：发明
国别省市：