一组NK/T细胞淋巴瘤预后相关基因、基因组预后模型及其用途制造技术

本发明专利技术公开了一组NK/T细胞淋巴瘤预后相关基因，其包括：BCOR、JAK3、KRAS、MYH11、DCC、ITK、NOTCH1、FAS、RET、BIRC3、MLLT1、LRP1B和NRG1。本发明专利技术还提供了一种NK/T细胞淋巴瘤的基因组预后模型、一种用于构建NK/T细胞淋巴瘤的基因组预后模型的方法、所述NK/T细胞淋巴瘤预后相关基因用于构建基因组预后模型的用途以及一种NK/T细胞淋巴瘤预后相关基因的检测试剂盒。本发明专利技术可用于准确预测NK/T细胞淋巴瘤患者的预后，而且可以结合并改进现有的NK/T细胞淋巴瘤预后评分系统，使其具有更好的评估效果。果。果。

【技术实现步骤摘要】
一组NK/T细胞淋巴瘤预后相关基因、基因组预后模型及其用途


[0001]本专利技术涉及基因突变检测领域，具体地，涉及一组NK/T细胞淋巴瘤预后相关基因、以此构建的基因组预后模型及其用途。

技术介绍

[0002]NK/T细胞淋巴瘤是一种非霍奇金淋巴瘤，来源于淋巴细胞的NK细胞和细胞毒性T细胞，经常侵犯到鼻部周围的淋巴器官，多发于青年男性。目前已存在多种应用于NK/T细胞淋巴瘤的预后评分系统。其中，淋巴瘤国际预后评分国际预后指数(International Prognostic Index，IPI)、NK/T细胞淋巴瘤预后指数(Prognostic Index of Natural Killer Cell Lymphoma，PINK)和改进后的PINK
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E都经历了充分验证，且对其所区分出的高风险和低风险组的NK/T细胞淋巴瘤患者提出了一系列相对应的治疗措施。这些预后评分系统所纳入的风险因素主要为患者的临床数据，包括了高龄、晚期患者、结外累及部位数量大于1和非鼻型等。
[0003]然而，目前部分患者缺乏足够有效的风险分层以指导临床治疗，因此对NK/T细胞淋巴瘤患者的风险分层和预后评估仍需要进一步改善。
[0004]随着二代测序技术的日趋便利和遗传分析手段的不断提升，近年来的一些研究揭示了涉及NK/T细胞淋巴瘤患病风险的潜在驱动损伤，包括了有关JAK
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STAT/NF
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κB/MAPK通路、表观遗传修饰分子、RNA解旋酶的体细胞突变以及有关HLA
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DPB1、IL18RAP和HLA
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DRB1这几个基因的单核苷酸位点的遗传多态性。这些研究皆为基因组预后模型的建立和完善打下了坚实的基础。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是针对以上要解决的技术问题，提供一种能够对NK/T细胞淋巴瘤患者实现更精准有效的预后判断的技术方案。
[0006]为实现以上目的，本专利技术提供了一组NK/T细胞淋巴瘤预后相关基因，其包括：BCOR、JAK3、KRAS、MYH11、DCC、ITK、NOTCH1、FAS、RET、BIRC3、MLLT1、LRP1B和NRG1。
[0007]另一方面，本专利技术还提供了一种NK/T细胞淋巴瘤的基因组预后模型，其特征在于，所述基因组预后模型基于以下一组目的基因而构建：BCOR、JAK3、KRAS、MYH11、DCC、ITK、NOTCH1、FAS、RET、BIRC3、MLLT1、LRP1B和NRG1。
[0008]另一方面，本专利技术还提供了一种用于构建NK/T细胞淋巴瘤的基因组预后模型的方法，其包括以下步骤：
[0009]步骤一、对NK/T细胞淋巴瘤肿瘤样本进行基因组测序，经分析得到存在体细胞突变的全部基因；
[0010]步骤二、结合与测序样本对应的患者临床数据，使用LASSO Cox回归从存在突变的全部基因中筛选出与NK/T细胞淋巴瘤肿瘤预后显著高频关联的一组预后相关基因，所述一
组预后相关基因包括BCOR、JAK3、KRAS、MYH11、DCC、ITK、NOTCH1、FAS、RET、BIRC3、MLLT1、LRP1B和NRG1；
[0011]步骤三、以所述一组预后相关基因构建所述基因组预后模型并进行生存曲线分析，评估NK/T细胞淋巴瘤患者的生存率及所述基因组预后模型的效能；
[0012]步骤四、将所述基因组预后模型与现有的NK/T细胞淋巴瘤预后评分系统所包含的风险因素进行相关性分析，检验所述基因组预后模型的独立性；
[0013]步骤五、利用多变量Cox回归分析比较所述基因组预后模型与其他风险因素对于NK/T细胞淋巴瘤预后的效能的优劣。
[0014]根据本专利技术的基因组预后模型的构建方法可用于非疾病诊断目的，也可用于疾病诊断目的。
[0015]优选地，根据本专利技术所述的方法，其中，所述步骤二中，当NK/T细胞淋巴瘤患者存在所述基因组预后模型的13个基因中的任意基因的突变，该患者会被赋予1分的风险分数，并作为突变型组，无突变的为野生型组。
[0016]优选地，根据本专利技术所述的方法，其中，所述步骤四中，纳入分析的现有的NK/T细胞淋巴瘤预后评分系统包括但不限于IPI、PINK或PINK
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E。
[0017]优选地，根据本专利技术所述的方法，其中，在所述步骤五之后，还包括将所述基因组预后模型结合到现有的NK/T细胞淋巴瘤预后评分系统中，得到改进后的NK/T细胞淋巴瘤预后评分系统。
[0018]另一方面，本专利技术还提供了根据本专利技术所述的NK/T细胞淋巴瘤预后相关基因用于构建NK/T细胞淋巴瘤基因组预后模型的用途。
[0019]另一方面，本专利技术还提供了根据本专利技术所述的NK/T细胞淋巴瘤预后相关基因用于结合并改进现有NK/T细胞淋巴瘤预后评分系统的用途。
[0020]另一方面，本专利技术还提供了一种NK/T细胞淋巴瘤预后相关基因的检测试剂盒，其中，所述检测试剂盒中含有用于捕获目的基因的探针，所述目的基因包括：BCOR、JAK3、KRAS、MYH11、DCC、ITK、NOTCH1、FAS、RET、BIRC3、MLLT1、LRP1B和NRG1。
[0021]本专利技术具备以下有益效果：
[0022]1.以13个存在体细胞突变的基因构建的新型基因组预后模型对于NK/T细胞淋巴瘤患者的无进展生存(progression
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free survival，PFS)和总生存(overall survival，OS)预后具有显著的预测价值，从而可以实现对NK/T细胞淋巴瘤患者更精准有效的预后判断，有针对性的改善不良的治疗预后，提高医疗水平，提高生活质量。
[0023]2.本专利技术的基因组预后模型可用于改进现有的NK/T细胞淋巴瘤预后评分系统，具有更佳的预测效果，从而进一步改善NK/T细胞淋巴瘤患者的风险分层和预后评估，具有良好的临床推广前景。
附图说明
[0024]图1为构建基因组预后模型所用的13个基因在100例被鉴定出存在突变的NK/T细胞淋巴瘤肿瘤样本中的具体体细胞突变情况(黑色指该样本的该基因存在突变，白色则无)，图右侧所标的百分比为相应基因在100例样本中所出现的突变频率。
[0025]图2为以基因组预后模型将训练集中的NK/T细胞淋巴瘤患者划分为野生型组和突
变型组，做生存曲线分析展示了两组患者间的无进展生存PFS(上图，A)和总生存OS(下图，B)的差异。
[0026]图3为基因组预后模型将验证集中的NK/T细胞淋巴瘤患者划分为野生型组和突变型组，做生存曲线分析展示了两组患者间的无进展生存PFS(上图，A)和总生存OS(下图，B)的差异。
[0027]图4为包括基因组预后模型在内的8个风险因素以及包括基因组预后模型和样本国家来源在内的9个因素两两之间的相关性热图，只有显著的Cram
é
r's V相关系数(P<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一组NK/T细胞淋巴瘤预后相关基因，其特征在于包括：BCOR、JAK3、KRAS、MYH11、DCC、ITK、NOTCH1、FAS、RET、BIRC3、MLLT1、LRP1B和NRG1。2.一种NK/T细胞淋巴瘤的基因组预后模型，其特征在于，所述基因组预后模型基于以下一组目的基因而构建：BCOR、JAK3、KRAS、MYH11、DCC、ITK、NOTCH1、FAS、RET、BIRC3、MLLT1、LRP1B和NRG1。3.一种用于构建NK/T细胞淋巴瘤的基因组预后模型的方法，其特征在于包括以下步骤：步骤一、对NK/T细胞淋巴瘤肿瘤样本进行基因组测序，经分析得到存在体细胞突变的全部基因；步骤二、结合与测序样本对应的患者临床数据，使用LASSOCox回归从存在突变的全部基因中筛选出与NK/T细胞淋巴瘤肿瘤预后显著高频关联的一组预后相关基因，所述一组预后相关基因包括BCOR、JAK3、KRAS、MYH11、DCC、ITK、NOTCH1、FAS、RET、BIRC3、MLLT1、LRP1B和NRG1；步骤三、以所述一组预后相关基因构建所述基因组预后模型并进行生存曲线分析，评估NK/T细胞淋巴瘤患者的生存率及所述基因组预后模型的效能；步骤四、将所述基因组预后模型与现有的NK/T细胞淋巴瘤预后评分系统所包含的风险因素进行相关性分析，检验所述基因组预...

【专利技术属性】
技术研发人员：贝锦新，王俊杰，林敬权，林顺泰，李艺祺，
申请(专利权)人：中山大学肿瘤防治中心中山大学附属肿瘤医院，中山大学肿瘤研究所，
类型：发明
国别省市：