食管癌的生物标志物、核酸产品和试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及一种食管癌的生物标志物、核酸产品和试剂盒。该食管癌的生物标志物为HOXD1基因和GSX1基因中的至少一种，通过检测该生物标志物的甲基化水平诊断食管癌。上述食管癌的生物标志物在应用过程中具有较高的灵敏度，可以提高食管癌的检出率，提高检测准确性，有助于实现人群分流，提升内镜检查的依从性，有利于提升食管癌特别是早期食管癌的早诊率。于提升食管癌特别是早期食管癌的早诊率。

【技术实现步骤摘要】
食管癌的生物标志物、核酸产品和试剂盒


[0001]本专利技术涉及生物
，特别是涉及一种食管癌的生物标志物、核酸产品和试剂盒。

技术介绍

[0002]根据GLOBOCAN 2020的最新统计数据，食管癌是全球发病率第十的恶性肿瘤，其死亡率位居第六。尽管在一些研究中观察到食管癌患者的生存率增加，但有其他癌症相比，食管鳞癌/食管癌的预后相对较差，大多数研究显示食管癌患者的5年生存率在15％～25％之间。在一项包括1033名接受手术的ESCC患者的人群研究中，IA、IB、IIA、IIB、IIIA、IIIB、IIIC和IV期患者的5年生存率分别为84.9％、70.9％、56.2％、43.3％、37.9％、23.3％、12.9％和3.4％(WangJ,Wu N,Zheng QF,Yan S,Lv C,Li SL,et al.Evaluation of the 7th edition of theTNM classification in patients with resected esophageal squamous cell carcinoma. World J Gastroenterol.(2014)20:18397
–
403.doi:10.3748/wjg.v20.i48.1839)。另外，首次诊断时有远处器官转移的食管癌患者的生存率特别差，一项回顾性研究表明，这些患者的中位生存期仅为6个月，1年或2年生存率分别为21.1％或 11.8％(Chen MQ,Xu BH,Zhang YY.Analysis of prognostic factors for esophagealsquamous cell carcinoma with distant organ metastasis at initial diagnosis.J ChinMed Assoc.(2014)77:562
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6.doi:10.1016/j.jcma.2014.05.014)，这些证据均表明，食管癌的早诊早治可提升食管癌患者的生存率。
[0003]目前，内镜及病理活检是诊断早期食管癌的金标准。内镜下可直观地观察食管黏膜改变，评估癌肿状态，拍摄或录制病变影像资料，并可通过染色、放大等方法评估病灶性质、部位、边界和范围，一步到位地完成筛查和早期诊断。然而，内镜检测依赖于医院硬件设备和医生经验，并且具有侵入性、患者依从性低等缺点，另外内镜的筛查量远远低于中国食管癌高发区人群的筛查需求。另外，虽然有利用肿瘤标志物诊断食管癌的试剂盒，但这些试剂盒的灵敏度还有待提高。

技术实现思路

[0004]基于此，有必要提供一种食管癌的生物标志物，通过检测该生物标志物的甲基化水平来诊断食管癌，可以改善传统生物标志物对食管癌检测灵敏度低的问题。
[0005]此外，还提供一种上述生物标志物在制备用于诊断食管癌的试剂或试剂盒中的应用、诊断食管癌的核酸产品和试剂盒。
[0006]一种食管癌的生物标志物，所述生物标志物为HOXD1基因和GSX1基因中的至少一种，通过检测所述生物标志物的甲基化水平诊断食管癌。
[0007]经本专利技术研究发现，以HOXD1基因和GSX1基因中的至少一种作为生物标志物，通过检测HOXD1基因和GSX1基因中的至少一种的甲基化水平来诊断或辅助诊断食管癌，具有较高的灵敏度，可以有效地提高食管癌的检出率，进而提高检测准确度。
[0008]上述生物标志物在制备用于诊断食管癌的试剂或试剂盒中的应用。
[0009]一种核酸产品，包括用于检测HOXD1基因和/或GSX1基因的甲基化水平的检测引物对。
[0010]在其中一个实施例中，所述核酸产品包括用于检测 Chr2:176189800～176189943区域和/或Chr13:27793590～27793770区域的甲基化水平的检测引物对。
[0011]在其中一个实施例中，所述检测引物对包括HOXD1甲基化引物对和 HOXD1未甲基化引物对，所述HOXD1甲基化引物对用于扩增甲基化的 Chr2:176189800～176189943区域，所述HOXD1未甲基化引物对用于扩增未甲基化的Chr2：176189800～176189943区域。
[0012]在其中一个实施例中，所述检测引物对包括GSX1甲基化引物对和GSX1 未甲基化引物对，所述GSX1甲基化引物对用于扩增甲基化后的Chr13： 27793590～27793770区域，所述GSX1未甲基化引物对用于扩增未甲基化的 Chr13：27793590
‑
27793770区域。
[0013]在其中一个实施例中，所述HOXD1甲基化引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：2所示；和/或，所述HOXD1未甲基化引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：3～SEQ ID NO：4所示；
[0014]在其中一个实施例中，所述GSX1甲基化引物对的核苷酸序列如SEQ IDNO：5～SEQ ID NO：6所示；和/或，所述GSX1未甲基化引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：7～SEQ ID NO：8所示。
[0015]在其中一个实施例中，还包括内参引物对。
[0016]在其中一个实施例中，所述内参引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：9～SEQID NO：10所示。
[0017]一种诊断食管癌的试剂盒，包括上述的核酸产品。
[0018]在其中一个实施例中，所述试剂盒还包括核酸提取试剂、甲基化转化试剂、质控品、PCR反应试剂和测序试剂中的至少一种。
具体实施方式
[0019]为了便于理解本专利技术，下面将对本专利技术进行更全面的描述，本专利技术可以以许多不同的形式来实现，并不限于本文所描述的实施例。相反地，提供这些实施例的目的是使本专利技术公开内容更加透彻全面。
[0020]术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的和所有的组合。除非另有定义，本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本专利技术的
的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本专利技术的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不是旨在于限制本专利技术。
[0021]术语“基因”是指编码产生氨基酸多肽链的DNA区段，它包括参与基因转录/翻译和转录/翻译调控的位于编码区和非编码区的序列，以及外显子和内含子序列。
[0022]术语“甲基化”为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。一般地，DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶第5号碳位共价结合一个甲基基团。DNA 甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。
[0023]术语“甲基化水平”指的是一段DNA序列中一个或多个CpG二核苷酸中的胞嘧啶是
否发生甲基化、或发生甲基化的频率/比例/百分数，既代表定性的概念又代表定量的概本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种食管癌的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物为HOXD1基因和GSX1基因中的至少一种，通过检测所述生物标志物的甲基化水平诊断食管癌。2.权利要求1所述的生物标志物在制备用于诊断食管癌的试剂或试剂盒中的应用。3.一种核酸产品，其特征在于，包括用于检测HOXD1基因和/或GSX1基因的甲基化水平的检测引物对。4.根据权利要求3所述的核酸产品，其特征在于，所述核酸产品包括用于检测Chr2：176189800～176189943区域和/或Chr13：27793590～27793770区域的甲基化水平的检测引物对。5.根据权利要求4所述的核酸产品，其特征在于，所述检测引物对包括HOXD1甲基化引物对和HOXD1未甲基化引物对，所述HOXD1甲基化引物对用于扩增甲基化的Chr2:176189800～176189943区域，所述HOXD1未甲基化引物对用于扩增未甲基化的Chr2：176189800～176189943区域；和/或，所述检测引物对包括GSX1甲基化引物对和GSX1未甲基化引物对，所述GSX1甲基化引物对用于扩增甲基化后的Chr13：27793590～277...

【专利技术属性】
技术研发人员：周俊，万康康，熊杨辉，
申请(专利权)人：武汉艾米森生命科技有限公司，
类型：发明
国别省市：