一种核酸单链环化的方法技术

本发明专利技术属于生物技术领域，公开了一种核酸单链环化的方法。所述方法包括：(1)提供针对待环化单链序列设计的第一环化序列和第二环化序列，其中所述第一环化序列和第二环化序列分别在所述待环化单链序列的一端形成部分双链，且所形成的两个部分双链的末端为互补的粘性末端；(2)将所述第一环化序列和第二环化序列与所述待环化单链序列退火，在所述待环化单链序列的两端形成两个部分双链；(3)将所述两个部分双链通过粘性末端连接，将所述待环化单链序列环化。本发明专利技术的方法利用两条单链环化序列与单链序列进行结合，使得单链序列两端形成双链结构，并且在单链序列的两端形成粘性末端，对所述粘性末端进行连接反应使得单链序列成环。环。环。

【技术实现步骤摘要】
一种核酸单链环化的方法


[0001]本专利技术属于生物
，更具体而言，本专利技术涉及一种核酸单链环化的方法。

技术介绍

[0002]核酸单链环化技术分为RNA单链环化和DNA单链环化。目前比较常用的单链环化技术是使用一条单链核苷酸序列作为桥梁。该序列的两端分别与目标单链的核酸的3
’
端和5
’
端的序列互补，将单链拉成单链环。对于单链RNA的环化，可以使用RNA连接酶直接进行连接。
[0003]现有的核酸单链环化技术包括利用单链桥连接和直接连接两种方法。DNB
‑
seq平台使用的是利用单链桥的方法进行核酸单链环化。利用单链桥的方法进行核酸单链环化，会导致部分模板单链环形成多模板成一个环的情况，而且对于片段过小的模板或者片段过大的模板，该方法的成环效率较低。RNA连接酶只能应用于RNA模板成环。且RNA连接酶在连接片段大于200bp的模板时效率较低。
[0004]因此，本领域需要一种改进的核酸单链环化的方法。

技术实现思路

[0005]本专利技术旨在提供一种核酸单链环化的方法，提高核酸单链环化的效率，减少多模板成环的比例。
[0006]因此，本专利技术提供了一种核酸单链环化的方法，所述方法包括：
[0007](1)提供针对待环化单链序列设计的第一环化序列和第二环化序列，其中所述第一环化序列和第二环化序列分别在所述待环化单链序列的一端形成部分双链，且所形成的两个部分双链的末端为互补的粘性末端；
[0008](2)将所述第一环化序列和第二环化序列与所述待环化单链序列退火，在所述待环化单链序列的两端形成两个部分双链；
[0009](3)将所述两个部分双链通过粘性末端连接，将所述待环化单链序列环化。
[0010]在一个实施方案中，所述方法还包括：(4)去除未环化的序列，并将所述环化的序列纯化。
[0011]在一个实施方案中，所述待环化单链序列的长度为200nt
‑
700nt。
[0012]在一个实施方案中，所述待环化单链序列、所述第一环化序列和第二环化序列为DNA序列或RNA序列。
[0013]在一个实施方案中，所述待环化单链序列的两端包括接头序列。
[0014]在一个实施方案中，所述接头序列的长度为17nt
‑
22nt。
[0015]在一个实施方案中，所述方法包括在所述待环化单链序列的两端分别连接接头序列。
[0016]在一个实施方案中，所述接头序列为：
[0017]接头
‑
1：5
’‑
ACACTCGGTTCCTCAAC
‑3’
(SEQ ID NO.1)；
[0018]接头
‑
2：5
’
Phos
‑
GAGACGTTCTCGACTCAGCAGA
‑3’
(SEQ ID NO.2)。
[0019]在一个实施方案中，所述粘性末端的长度为2或2个以上碱基，例如3、4、5至10个碱基。
[0020]在一个实施方案中，在所述待环化单链序列的5
’
或3
’
端有粘性末端。
[0021]在一个实施方案中，所述第一环化序列和第二环化序列的长度为18
‑
28个碱基。
[0022]在一个实施方案中，所述环化序列为：
[0023]环化序列
‑
1：5
’‑
TCTGCTGAGTCGAGAACGTC
‑3’
(SEQ ID NO.3)；
[0024]环化序列
‑
2：5
’‑
TCTGTGAGCCAAGGAGTTG
‑3’
(SEQ ID NO.4)；
[0025]环化序列
‑
3：5
’‑
TCTGCTGAGTCGAGAACG
‑3’
(SEQ ID NO.5)；
[0026]环化序列
‑
4：5
’‑
TCTCTGTGAGCCAAGGAGTTG
‑3’
(SEQ ID NO.6)；
[0027]环化序列
‑
5：5
’‑
TCTGCTGAGTCGAGAA
‑3’
(SEQ ID NO.7)；
[0028]环化序列
‑
6：5
’‑
CGTCTCTGTGAGCCAAGGAGTTG
‑3’
(SEQ ID NO.8)；
[0029]其中所述环化序列按如下两两配对使用：环化序列
‑
1和环化序列
‑
2、环化序列
‑
3和环化序列
‑
4、环化序列
‑
5和环化序列
‑
6。
[0030]在一个实施方案中，通过核酸外切酶去除未环化的序列。
[0031]本专利技术利用两条单链环化序列与单链序列进行结合，使得单链序列两端形成双链结构，并且在单链序列的两端形成粘性末端，对所述粘性末端进行连接反应使得单链序列成环。
附图说明
[0032]从下面结合附图对本专利技术的具体实施方式的描述中可以更好地理解本专利技术。
[0033]图1示出了根据本专利技术的一个示例性实施方案的两条环化序列(环化序列
‑
1和环化序列
‑
2)与单链模板的结构示意图。
[0034]图2示出了根据本专利技术的核酸单链环化的过程的示意图。
具体实施方式
[0035]下文中，参照附图描述本专利技术的实施例。下面的详细描述和附图用于示例性地说明本专利技术的原理，本专利技术不限于所描述的优选实施例，本申请的范围由权利要求书限定。现参考示例性的实施方式详细描述本专利技术，一些实施例图示在附图中。以下示例性实施方式中描述的方案不代表本专利技术的所有方案。相反，这些方案仅是所附权利要求中涉及的本专利技术的各个方面的方法的示例。
[0036]图1示出了根据本专利技术的核酸单链环化的方法的一个示例性实施方案的两条环化序列(环化序列
‑
1和环化序列
‑
2)与单链模板的结构示意图。如图1所示，两条环化序列(环化序列
‑
1和环化序列
‑
2)分别与单链模板的两端退火。图2示出了根据本专利技术的核酸单链环化的过程的示意图，包括环化、成环后和消化后三个阶段。如图2所示，环化序列
‑
1与单链模板的一端退火，单链模板的末端多出2个(本专利技术中不限于2个)未配对碱基。环化序列
‑
2与单链模板的另一端退火，环化序列
‑
2的末端多出2个(本专利技术中不限于2个)未配对碱基。单链模板末端多出的2个碱基与环化序列
‑
2末端多出的2本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种核酸单链环化的方法，所述方法包括：(1)提供针对待环化单链序列设计的第一环化序列和第二环化序列，其中所述第一环化序列和第二环化序列分别在所述待环化单链序列的末端形成部分双链，且所形成的两个部分双链的末端为互补的粘性末端；(2)将所述第一环化序列和第二环化序列与所述待环化单链序列退火，在所述待环化单链序列的两端形成两个部分双链；(3)将所述两个部分双链通过粘性末端连接，将所述待环化单链序列环化。2.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括：(4)去除未环化的序列，并将所述环化的序列纯化。3.根据权利要求1或2所述的方法，所述待环化单链序列的长度为200nt
‑
700nt。4.根据权利要求1
‑
3任一项所述的方法，所述待环化单链序列、所述第一环化序列和第二环化序列为DNA序列或RNA序列。5.根据权利要求1...

【专利技术属性】
技术研发人员：布洛克，
申请(专利权)人：深圳华大智造科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：