用于核酸样本扩增的组合物、试剂盒、方法及系统技术方案

本发明专利技术涉及用于核酸样本扩增的组合物、试剂盒、核酸扩增方法、建库方法及系统，能够用于单基因病相关变异位点的检测，在避免引物二聚体和非特异性扩增的同时，获得高均一性和/或高覆盖度。高覆盖度。

【技术实现步骤摘要】
用于核酸样本扩增的组合物、试剂盒、方法及系统


[0001]本专利技术涉及分子检测领域，具体而言，涉及用于核酸样本扩增的组合物、试剂盒、方法及系统。

技术介绍

[0002]单基因遗传病(简称：单基因病)是由单个基因缺陷所导致的疾病，符合孟德尔遗传方式，因此也称为孟德尔式遗传病。是一类对人类健康造成严重损伤(致死、致残或致畸)而缺乏有效诊治手段的疾病，也是造成出生缺陷的主要原因之一。目前已发现的单基因病超过10000种，根据世界卫生组织(WHO)统计，综合发病率高达1/100。单基因病在胎儿发育期常常不表现出结构畸形，常规产检中难以发现，许多隐性遗传病往往也没有明显的家族史。研究发现，平均每个人携带2.8个隐性遗传病的致病突变，如果父母都携带相同的致病突变，他们的后代有1/4的患病机率。单基因病不仅对患者的健康造成严重危害，也给家庭和社会带来了沉重的精神和经济负担。因此亟需有效的基因检测方法进行提前预防和干预，在帮助人们了解自身健康状况的同时有效避免严重缺陷患儿的出生，实现优生优育。
[0003]现有对单基因病的基因检测技术主要有常规PCR、Sanger测序、二代高通量测序等。常规PCR、Sanger测序只能实现单一病种的检测，成本低廉。而二代高通量测序能实现多病种一次性检测，大大提高了检测效率。靶向测序技术可以将感兴趣的基因组区域富集出来测序，单个样本测序数据产出少且分析速度较快，因此更能经济高效地发挥二代高通量测序技术的优势，另外，靶向测序可以对目标区域进行深度测序，增加了目标区域内遗传变异的检测灵敏度和准确性。现已广泛应用到临床检测、健康筛查等众多领域。
[0004]靶向测序的方法主要分为两种：杂交捕获测序和多重PCR扩增子测序。杂交捕获测序，目前应用的主要是液相杂交捕获测序，即基于碱基互补配对原理，设计合成核酸探针，对DNA文库进行基于液相环境的目标区域杂交富集，并进行测序。多重PCR扩增子测序即针对感兴趣的目标区域，设计多重PCR引物进行扩增富集并进行测序的技术。
[0005]杂交捕获测序会涉及到探针序列设计，探针合成，液相杂交捕获等多个技术卡点，整个实验过程较为复杂，速度慢，对样本起始量的要求比多重PCR扩增子测序高，探针合成成本高。
[0006]相比杂交捕获测序，应用多重PCR捕获目标序列具有操作简单、成本低，对样本起始量要求低，大大缩短了检测流程和检测时间。然而，多重PCR拟捕获目标区域越多，则引物扩增的覆盖度、均一性就会受到影响，多重PCR捕获技术的实现难度越大。
[0007]有鉴于此，特提出本专利技术。

技术实现思路

[0008]本专利技术创造性的开发了用于核酸样本扩增的组合物，包括用于检测HBB基因上的至少85个致病位点的引物组8，引物组8以核酸样本为模板，可扩增出表8所示的扩增子，且意外地获得高均一性和/或高覆盖度。
[0009]本专利技术还提供了基于上述组合物的其他组合物、试剂盒、核酸扩增方法、建库方法及系统。
附图说明
[0010]为了更清楚地说明本专利技术具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术的一些实施方式，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0011]图1为本专利技术的一个实施方式中，多重PCR扩增后胶图；
[0012]图2为本专利技术的一个实施方式中，扩增子测序文库图。
具体实施方式
[0013]在对基因上多位点的平行获取时，其难点有二，一是如何设计出一套不同引物之间的相互作用小的组合，另一方面，如何设计出一套覆盖尽可能多位点的引物组合；突破其中任意一个难点都是需要专利技术人付出创造性劳动的。
[0014]专利技术人通过创造性地设计可用于检测靶基因变异位点的引物，不仅避免引物二聚体、减少特异性扩增，还能够将多种引物构成组合物用于多重PCR扩增和/或扩增子测序文库构建，意外地获得高均一性和/或高覆盖度，克服现有技术难点。
[0015]本专利技术涉及用于核酸样本扩增的组合物，包括引物组8；引物组8以核酸样本为模板，扩增出表8所示的扩增子。
[0016]在一些实施方式中，上述用于核酸样本扩增的组合物还包括引物组1
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7、9
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11中的至少一组；其中，引物组1以核酸样本为模板，扩增出表1所示的扩增子；引物组2以核酸样本为模板，扩增出表2所示的扩增子；引物组3以核酸样本为模板，扩增出表3所示的扩增子；引物组4以核酸样本为模板，扩增出表4所示的扩增子；引物组5以核酸样本为模板，扩增出表5所示的扩增子；引物组6以核酸样本为模板，扩增出表6所示的扩增子；引物组7以核酸样本为模板，扩增出表7所示的扩增子；引物组9以核酸样本为模板，扩增出表9所示的扩增子；引物组10以核酸样本为模板，扩增出表10所示的扩增子；引物组11以核酸样本为模板，扩增出表11所示的扩增子。
[0017][0018][0019][0020][0021][0022][0023][0024][0025][0026][0027][0028][0029][0030][0031][0032]本专利技术还涉及用于核酸样本扩增的组合物，包括引物组8，所述引物组8具有如SEQ ID NO:151
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SEQ ID NO:162所示的核苷酸序列。
[0033]在一些实施方式中，所述组合物还包括引物组1
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7、9
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11中的至少一组；其中，所述引物组1具有如SEQ ID NO:1
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SEQ ID NO:46所示的核苷酸序列；引物组2具有如SEQ ID NO:47
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SEQ ID NO:60所示的核苷酸序列；引物组3具有如SEQ ID NO:61
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SEQ ID NO:86所示的核苷酸序列；引物组4具有如SEQ ID NO:87
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SEQ ID NO:96所示的核苷酸序列；引物组5具有如SEQ ID NO:97
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SEQ ID NO:138所示的核苷酸序列；引物组6具有如SEQ ID NO:139
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SEQ ID NO:144所示的核苷酸序列；引物组7具有如SEQ ID NO:145
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SEQ ID NO:150所示的核苷酸序列；引物组9具有如SEQ ID NO:163
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SEQ ID NO:190所示的核苷酸序列；引物组10具有如SEQ ID NO:191
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SEQ ID NO:202所示的核苷酸序列；引物组11具有如SEQ ID NO:203
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SEQ ID NO:212所示的核苷酸序列。
[0034][0035][0036][0037][0038][0039][0040]在一些实施方式中，所述组合物除了包括引物组8以外，还包括其他引物组。例如：在一些实本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于核酸样本扩增的组合物，其特征在于，包括引物组8，其中所述引物组8以核酸样本为模板，扩增出表8所示的扩增子。2.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，所述组合物还包括引物组1
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7、9
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11中的至少一组；其中，所述引物组1以核酸样本为模板，扩增出表1所示的扩增子；所述引物组2以核酸样本为模板，扩增出表2所示的扩增子；所述引物组3以核酸样本为模板，扩增出表3所示的扩增子；所述引物组4以核酸样本为模板，扩增出表4所示的扩增子；所述引物组5以核酸样本为模板，扩增出表5所示的扩增子；所述引物组6以核酸样本为模板，扩增出表6所示的扩增子；所述引物组7以核酸样本为模板，扩增出表7所示的扩增子；所述引物组9以核酸样本为模板，扩增出表9所示的扩增子；所述引物组10以核酸样本为模板，扩增出表10所示的扩增子；所述引物组11以核酸样本为模板，扩增出表11所示的扩增子。3.用于核酸样本扩增的组合物，其特征在于，包括引物组8，所述引物组8具有如SEQ ID NO:151
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SEQ ID NO:162所示的核苷酸序列。4.根据权利要求3所述的组合物，其特征在于，所述组合物还包括引物组1
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7、9
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11中的至少一组；其中，所述引物组1具有如SEQ ID NO:1
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SEQ ID NO:46所示的核苷酸序列；所述引物组2具有如SEQ ID NO:47
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SEQ ID NO:60所示的核苷酸序列；所述引物组3具有如SEQ ID NO:61
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SEQ ID NO:86所示的核苷酸序列；所述引物组4具有如SEQ ID NO:87
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SEQ ID NO:96所示的核苷酸序列；所述引物组5具有如SEQ ID NO:97
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SEQ ID NO:138所示的核苷酸序列；所述引物组6具有如SEQ ID NO:139
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【专利技术属性】
技术研发人员：马晓冰，王晓丽，李洪洲，张钰，关媛妹，章瑞程，
申请(专利权)人：广东菲鹏生物有限公司，
类型：发明
国别省市：