外周血样本分析方法和试剂盒技术

本申请提供了外周血样本分析方法，其包括测定外周血样本中的至少一种B淋巴细胞靶基因的转录本丰度和至少一种B淋巴细胞参考基因的转录本丰度；所述B淋巴细胞靶基因选自TNFRSF17、TNFRSF13B、TXNDC5和JCHAIN，所述B淋巴细胞参考基因选自TNFRSF13C和FCRLA。所述方法能够在疫苗接种早期用于预测疫苗接种有效性和免疫治疗的效果。本申请还提供了用于实现上述方法的试剂盒以及相关应用。上述方法的试剂盒以及相关应用。上述方法的试剂盒以及相关应用。

【技术实现步骤摘要】
外周血样本分析方法和试剂盒


[0001]本申请涉及生物检测和分析领域，具体涉及一种外周血样本分析方法及相应的试剂盒和应用，可用于评估疫苗的有效性和免疫治疗的效果。

技术介绍

[0002]外周血的检测和分析是医学检查的一个重要方面。外周血是多种成分混合物，包括血浆和血细胞，易于从人体获得，主要从指尖、耳垂、肘部经脉抽取获得。血浆成分有代谢物、废物、激素、离子、蛋白质等，血细胞包括红细胞、白细胞、血小板等。临床上常应用外周血进行血常规、生化、血清免疫学检验，以此来诊断或者鉴别某些疾病。外周血的形态学检查和细胞学检查，对于各种血液病的诊断有重要意义。
[0003]单个细胞类型(single cell type)的基因表达是良好的生物标志物。为了获得外周血中单种细胞亚群的基因表达水平，传统方法需要事先分离指定细胞类型的亚群。最近，一种称为单细胞RNA测序(single cell RNA
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sequencing，scRNA
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seq)的方法也可能获得单细胞的基因表达信息。单细胞RNA测序通过使用价钱昂贵的设备和试剂，生成每个单细胞基因表达数据，这种昂贵的技术一般只在研究中使用，不适宜在临床中广泛应用。
[0004]一些方法可以直接测量细胞混合物样本中选定的单细胞亚群的特征性基因，而无需分离目标细胞亚群。它还避免了使用单细胞RNA
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seq的昂贵设备。具体参见专利文献CN103764848B(申请日2012年7月23日，公开日2014年4月30日)；和US9589099B2(申请日2012年7月20日，公开日2017年3月7日)。这种新的检测方法称为“直接白血细胞亚群的转录本丰度”检测(Direct Leukocyte Subpopulation Transcript Abundance assay,或简称Direct LS
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TA assay)。这些方法提供了不用事先对细胞进行分离而直接进行白血细胞亚群的转录本丰度测量的技术，测量速度和成本上具有很大优势。
[0005]免疫学是生物学的一个重要研究方面。通过免疫学研究，对人体和动物体的免疫系统有了进一步认识，对疾病预防和治疗提供了更多物质、手段和方法。免疫学近年有很大发展，各类疫苗不断涌现。疫苗预防疾病或者疫苗治疗疾病是当前一个发展较快的方面。但是，疫苗使用后的效果存在不确定性，及时获得疫苗使用效果或者确认疫苗使用效果是一个很重要的议题。
[0006]传染病是人类和动物的一个重大敌人。通过疫苗接种是控制感染的好方法。疫苗会使身体在感染之前启动获得性(又称为适应性或特异性)免疫系统，以产出针对病原体的抗体。在已经接种疫苗的个体中，病原体将得到快速控制，感染症状会大大减轻甚至无症状。常见的例子包括针对肝炎病毒和流感病毒的疫苗接种。由于流行性感冒病毒株频繁变化，因此在许多地方通常对不同的流行性感冒病毒株进行年度疫苗接种。现时COVID
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19是一种新的大流行感染，疫苗的开发也在进行中。
[0007]在针对流感病毒进行疫苗接种的情况下，并非所有接种疫苗的接种者都免受随后的感染，也不是每一个接种者都有抗体产生，这种保护不佳(低抗体产生)的人称为无反应者(non
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responder，NR)。另一方面，疫苗接种的反应者(Responder，R)会产生针对抗原的抗
体。抗体的产生是以针对特定抗原的抗体滴度(Antibody Titer)来衡量的，需要在接种后28天的血液样本中进行检测。一般来说，流感疫苗接种后的反应者比率少于接种者的50％。此外，获得性免疫系统需要较长时间产生针对新抗原的抗体，所以一般在疫苗接种后28天才分析抗体滴度的结果。以抗体出现为生物学标志物的测试确认试验，需要在接种后至少28天才能获得结果。
[0008]所以，疫苗使用需要配合有效检测才能真正做到及时预防和治疗疾病。快速和早期检测疫苗接种效果是疫苗使用中一个急需解决的问题。
[0009]因此，需要一种新的简单而快速的外周血分析方法，使得可以在预防性或治疗性疫苗接种后的早期进行，以评估疫苗接种的有效性和免疫治疗的效果。

技术实现思路

[0010]总体而言，本申请提供了一种分析方法及相应的试剂盒和应用，可通过直接测量各种细胞混合物样本(例如外周血)中的特定B淋巴细胞类型的特征性基因(cell
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type informative gene)的转录本丰度(Transcript Abundance，TA)来直接评估B淋巴细胞基因的表达，从而避免事先分离B淋巴细胞，也不需要使用昂贵的设备进行单细胞RNA测序，通过该方法获得的生物标志物参数，用于预测接种疫苗的有效性和免疫治疗(例如癌症免疫治疗)的效果，从而有利于早期或者快速作出判断。
[0011]具体地，本申请一方面提供了一种外周血样本分析方法，包括测定外周血样本中的至少一种B淋巴细胞靶基因的转录本丰度和至少一种B淋巴细胞参考基因的转录本丰度；所述B淋巴细胞靶基因选自TNFRSF17、TNFRSF13B、TXNDC5、JCHAIN中的至少一种，所述B淋巴细胞参考基因选自TNFRSF13C和FCRLA。本申请还提供了用于测定基因转录本丰度的试剂成分在制备用于外周血样本分析方法的试剂盒中的用途，所述B淋巴细胞靶基因选自TNFRSF17、TNFRSF13B、TXNDC5和JCHAIN，所述B淋巴细胞参考基因选自TNFRSF13C和FCRLA。
[0012]在不背离本专利技术精神和实质的情况下，上述参考基因和靶基因还可以选择其他基因。
[0013]在一种实施方案中，上述方法可以包括如下步骤：
[0014]a).采集所述外周血样本；
[0015]b).测定所述外周血样本的所述至少一种B淋巴细胞靶基因的转录本丰度，以获得第一量；
[0016]c).测定所述外周血样本的所述至少一种B淋巴细胞参考基因的转录本丰度，以获得第二量；
[0017]d).计算生物标志物参数，即所述第一量与所述第二量的相对值。
[0018]在一种实施方案中，所述外周血样本为接种疫苗之前或接种疫苗之后的外周血样本。例如，所述外周血样本可以是接种疫苗5
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12天后的样本。
[0019]在一种实施方案中，所述方法还包括将所述外周血样本的所述生物标志物参数与临界值进行比较。所述比较例如可以用于预测所述接种疫苗导致的抗体产生和/或癌症免疫治疗的效果。
[0020]在一种实施方案中，所述外周血样本包括接种疫苗之前获取的第一外周血样本，和接种疫苗后(例如接种5
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12天后)获取的第二外周血样本；所述生物标志物参数包括由所
述第一外周血样本获得的第一生物标志物参数和由所述第二外周血样本获得的第二生物标志物参数。在进一步的实施方案中，所述方法还可包括计算所述第一生物标志物参数和第二生物标志物参数的变化值。所述变化值例如可以用于预测所述接种疫苗所导致的抗本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.外周血样本分析方法，其包括测定外周血样本中的至少一种B淋巴细胞靶基因的转录本丰度和至少一种B淋巴细胞参考基因的转录本丰度，其中所述B淋巴细胞靶基因选自TNFRSF17、TNFRSF13B、TXNDC5和JCHAIN，所述B淋巴细胞参考基因选自TNFRSF13C和FCRLA。2.用于测定基因转录本丰度的试剂成分在制备用于外周血样本分析方法的试剂盒中的用途，其中所述方法包括测定外周血样本中的至少一种B淋巴细胞靶基因的转录本丰度和至少一种B淋巴细胞参考基因的转录本丰度，其中所述B淋巴细胞靶基因选自TNFRSF17、TNFRSF13B、TXNDC5和JCHAIN，所述B淋巴细胞参考基因选自TNFRSF13C和FCRLA。3.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述方法包括如下步骤：a).采集外周血样本；b).测定所述外周血样本的至少一种B淋巴细胞靶基因的转录本丰度，以获得第一量；c).测定所述外周血样本的至少一种B淋巴细胞参考基因的转录本丰度，以获得第二量；d).计算生物标志物参数，所述参数为所述第一量与所述第二量的相对值。4.根据权利要求1所述的方法或权利要求2所述的用途，其中所述外周血样本为接种疫苗之前获取的外周血样本；或者接种疫苗之后获取的外周血样本，优选为接种疫苗5
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12天后获取的外周血样本。5.根据权利要求4所述的方法或用途，其中所述方法还包括将所述相对值与临界值进行比较，优选地，所述比较用于预测疫苗接种导致的抗体产生和/或免疫治疗的效...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄丹，梁广锡，邓亮生，
申请(专利权)人：香港中文大学，
类型：发明
国别省市：