一种热胁迫下水稻内参基因及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种热胁迫下水稻内参基因及其应用，涉及分子生物学领域，本发明专利技术提供一种热胁迫下水稻内参基因及其应用，以LOC_Os06g23160基因作为内参基因，该LOC_Os06g23160基因的基因序列如SEQ ID No1所示，LOC_Os06g23160基因是高温敏感品种HT13中表达最稳定的基因，而LOC_Os06g23160是一个比常见的内参基因如18S RNA更稳定的新候选基因。RNA更稳定的新候选基因。RNA更稳定的新候选基因。

【技术实现步骤摘要】
一种热胁迫下水稻内参基因及其应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学领域，具体而言，涉及一种热胁迫下水稻内参基因及其应用。

技术介绍

[0002]水稻是养活世界绝大多数人口的最重要粮食作物之一，在亚洲广泛种植。其粮食营养价值高，食用价值和经济价值高。水稻产量一直是国内外水稻育种关注的主要问题之一。随着半矮秆基因(sd1)的发现和杂种优势的利用，水稻产量比过去有了很大提高。然而，随着全球人口的不断增加，如何进一步提高水稻产量和品质仍然是水稻育种的主要关注点和目的。
[0003]近年来，随着人类活动和工业化的加剧，环境问题日益突出。高温胁迫是影响水稻产量和品质的主要非生物因素之一。热害导致水稻频繁减产，也严重制约了稻米品质。在高温胁迫下，水稻的内部代谢和调控发生了显著变化，各种基因表达上调或下调。为了探索高温下水稻的基因表达，必须有合适的内参基因进行比较。
[0004]目前，稳定表达的管家基因如UBQ10和GAPDH通常被选择。然而，管家基因(包括肌动蛋白
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1)的表达在特定环境中也会发生变化。某些基因如UBQ10在不同发育阶段的不同组织或细胞类型中的表达稳定性较低。因此，选择能够在高温下稳定表达的内参基因是研究水稻热应激反应分子机制的关键。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种热胁迫下水稻内参基因及其应用，解决背景所提出的至少一个技术问题。
[0006]本专利技术提供一种热胁迫下水稻内参基因，所述内参基因的基因序列如SEQ ID No1所示。
[0007]本专利技术还提供了上述热胁迫下水稻内参基因在荧光定量PCR检测中的应用。
[0008]进一步的，所述内参基因的荧光定量PCR引物的核苷酸序列为：
[0009]正向引物序列：ACACGTTACGCTACAAACTCTA；
[0010]反向引物序列：GAGATGCTAGGTGACGTGATTA。
[0011]本专利技术还提供了上述热胁迫下水稻内参基因在水稻基因定性检测中的应用。
[0012]本专利技术还提供了上述热胁迫下水稻内参基因在水稻基因定量检测中的应用。
[0013]本专利技术还提供了上述热胁迫下水稻内参基因在筛选水稻耐热基因的应用。
[0014]技术效果：
[0015]本专利技术提供一种热胁迫下水稻内参基因及其应用，以LOC_Os06g23160基因作为内参基因，该LOC_Os06g23160基因的基因序列如SEQ ID No 1所示，LOC_Os06g23160基是高温敏感品种HT13中表达最稳定的基因，而LOC_Os06g23160是一个比常见的内参基因如18SRNA更稳定的新候选基因。
附图说明
[0016]为了更清楚地说明本专利技术实施例的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，应当理解，以下附图仅示出了本专利技术的某些实施例，因此不应被看作是对范围的限定，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他相关的附图。
[0017]图1为本专利技术实施例qRT
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PCR分析所得各候选基因的CT值；
[0018]图2为本专利技术实施例Genorm计算的M值以及各候选内参基因稳定性排名；
[0019]图3为本专利技术实施例Genorm计算的成对变异V值；
[0020]图4为本专利技术实施例normfinder分析结果及稳定性排序；
[0021]图5为本专利技术实施例ΔCT法分析所得各基因稳定性排序；
[0022]图6本专利技术实施例的LOC_Os06g23160与ACT11在各个时间点相对表达量的变化；
[0023]图7不同内参基因下LOC_Os12g44170在各个时间点相对表达量的变化；
[0024]图8b
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TUB作为内参基因下LOC_Os12g44170的相对表达量变化。
具体实施方式
[0025]为使本专利技术实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。
[0026]以下结合实施例对本专利技术的特征和性能作进一步的详细描述。
[0027]本专利技术实施例提供一种热胁迫下水稻内参基因，所述内参基因的基因序列如SEQ ID No 1所示。
[0028]本专利技术实施例还提供了上述热胁迫下水稻内参基因在荧光定量PCR检测中的应用。
[0029]进一步的，所述内参基因的荧光定量PCR引物的核苷酸序列为：
[0030]正向引物序列：ACACGTTACGCTACAAACTCTA；
[0031]反向引物序列：GAGATGCTAGGTGACGTGATTA。
[0032]本专利技术实施例还提供了上述热胁迫下水稻内参基因在水稻基因定性检测中的应用。
[0033]本专利技术实施例还提供了上述热胁迫下水稻内参基因在水稻基因定量检测中的应用。
[0034]本专利技术实施例还提供了上述热胁迫下水稻内参基因在筛选水稻耐热基因的应用。
[0035]本专利技术实施例使用的水稻材料为耐高温籼稻育种系HT54和高温敏感籼稻育种系HT13。两种类型的水稻在96孔无底培养皿中播种，并在室温下用吉田培养液在发芽后生长两周。然后将三叶期幼苗移入人工气候室(45℃，12小时昼夜循环)进行高温处理。在0小时、12小时、24小时和36小时采集新鲜水稻植株。样品立即在液氮中冷冻，然后在
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80℃下储存用于RNA提取。
[0036]1、RNA提取与互补DNA合成
[0037]在液氮条件下，将样品快速研磨成粉末。按照RNAprep纯植物总RNA提取试剂盒(北
京天根)的说明提取总RNA。通过纳米滴管分光光度计测量提取RNA的浓度和纯度，然后按照Takara oligo dT反转录程序的说明合成cDNA。
[0038]2、引物设计与实时PCR分析
[0039]以LOC_Os06g23160基因为主，选择了另外19个基因作为参照，具体的基因选择如下表1所示，检测了上述20个基因在热胁迫下的表达稳定性。对于每个qRT PCR反应混合物，构建了一个20μl的系统，其中包含1μl cDNA稀释剂、1μl正向引物、1μl反向引物、7μl ddH2O和10μl SYBR(HieffqPCR SYBR Green Master Mix，Yeasen，Shanghai)。PCR反应程序设置为95.0℃，反应2min；95.0℃5s，60.0℃30s，45次循环；95℃5s，65℃5s，95℃5s。使用的PCR仪器为bio
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rad CFX connect TM。
[0040]表1用于实时PCR分析的20个基因及其引物序列列表
[0041][0042][0043]3、基因表达稳定性分析本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种热胁迫下水稻内参基因，其特征在于，所述内参基因的基因序列如SEQ ID No1所示。2.根据权利要求1所述的热胁迫下水稻内参基因在荧光定量PCR检测中的应用。3.根据权利要求1所述的热胁迫下水稻内参基因，其特征在于：所述内参基因的荧光定量PCR引物的核苷酸序列为：正向引物序列：ACACGTTACGCT...

【专利技术属性】
技术研发人员：於金生，谢裕俊，乐可颖，俞忻鹏，邱昕哲，黄世圣，
申请(专利权)人：浙江农林大学，
类型：发明
国别省市：