基于二代测序检测同源重组修复缺陷的方法、探针组、试剂盒和系统技术方案

本发明专利技术公开一种基于二代测序检测同源重组修复缺陷的方法、探针组、试剂盒和系统，该方法包括：取选定人群的全基因组的序列数据，拼接组成对应于各染色体的多个连续序列；以固定长度为单位将多个连续序列分别平均划分为若干大小相同的区间，得到对应区间的候选SNP位点组成候选位点集；改变固定长度，进一步得到多个候选位点集；进行各候选位点集的性能模拟验证，计算对应各候选位点集的HRD得分；和选取作为检测同源重组修复缺陷的最优位点集。本发明专利技术的方法省去了验证步骤中不同panel探针的合成成本，同时具有更好的准确性以及分辨率，从而显著降低同源重组修复缺陷检测成本。而显著降低同源重组修复缺陷检测成本。而显著降低同源重组修复缺陷检测成本。

【技术实现步骤摘要】
基于二代测序检测同源重组修复缺陷的方法、探针组、试剂盒和系统


[0001]本专利技术涉及分子检测领域，具体地涉及基于二代测序技术对同源重组修复缺陷SNP位点进行筛选及验证的方法，以及对基因组不稳定性进行打分的方法。

技术介绍

[0002]DNA在人体内不断被破坏和自我修复，DNA损伤有多种修复途径。DNA双链断裂(double strand break，DSB)的首选修复方式为同源重组修复(homologous recombination repair，HRR)。同源重组修复缺陷(homologous recombination deficiency，HRD)是指细胞水平上的HRR功能障碍状态。HRD已成为晚期卵巢癌患者临床应用聚腺苷二磷酸核糖聚合酶(PARP)抑制剂的新型生物标志物，对乳腺癌、前列腺癌等肿瘤的PARP抑制剂和铂类药物的临床用药具有指导价值。
[0003]HRD由HRR基因胚系或体细胞突变以及表观遗传改变等诸多因素导致，并且可以产生可量化的、特定且稳定的基因组改变。在卵巢癌中若仅检测HRR基因(含BRCA1/2)，受益人本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于二代测序检测同源重组修复缺陷的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)取选定人群的全基因组的序列数据，将所述序列数据拼接为对应于不同染色体的多个连续序列；(2)以固定长度为单位将所述多个连续序列分别划分为若干大小相同的区间，在各区间内选取标准参考位置，取距离所述标准参考位置最近的SNP位点作为对应区间的候选SNP位点，由所述多个候选SNP位点组成候选位点集；(3)改变作为单位的固定长度，重复步骤(2)得到多个候选位点集，所述多个候选位点集中SNP位点的个数因固定长度不同而不同；(4)利用正常人群样本和患者样本的原始数据进行各候选位点集的性能模拟验证，计算对应各候选位点集的HRD得分；(5)选取性能最优且SNP位点数最少的候选位点集作为检测同源重组修复缺陷的最优位点集。2.根据权利要求1所述的基于二代测序检测同源重组修复缺陷的方法，其特征在于，所述染色体不包括Y染色体。3.根据权利要求1所述的基于二代测序检测同源重组修复缺陷的方法，其特征在于，所述HRD得分包括基因组杂合性缺失、端粒等位基因不平衡和大片段迁移评分之和。4.根据权利要求3所述的基于二代测序检测同源重组修复缺陷的方法，其特征在于，所述基因组杂合性缺失为不跨越整个染色体的、超过15Mb的杂合性缺失区域；所述端粒等位基因不平衡为同源染色体上的两个等位基因拷贝数不同并延伸至端粒，但未跨越端粒；所述大片段迁移为相邻区域之间至少10Mb的染色体断裂，且两者的距离不超过3Mb。5.根据权利要求1所述的基于二代测序检测同源重组修复缺陷的方法，其特征在于，根据与WGS结果的一致性确定各候选位点集的性能。6.根据权利要求1所述的基于二代测序检测同源重组修复缺陷的方法，其特征在于，进一步包括利用探针组...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘星宇，王伟伟，张利利，田埂，
申请(专利权)人：元码基因科技北京股份有限公司，
类型：发明
国别省市：