【技术实现步骤摘要】
一种牦牛基因组测序数据的基因型填充方法
[0001]本专利技术涉及基因组信息填充
，特别是一种牦牛基因组测序数据的基因型填充方法。
技术介绍
[0002]全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是对细胞或生物体所有的基因组进行测序，获得完整的基因组信息。全基因组测序数据可以找到基因与表型之间的联系，在挖掘动植物重要经济性状相关的功能基因、分析遗传机制等方面有重要意义。
[0003]我国牦牛主要分布在青藏高原海拔3000米以上的高寒草原及高山峡谷区域，有着耐高寒和耐低氧的优良性状，是牧民生活依赖的重要生产资料。由于传统牦牛饲养方式造成的长期过度繁殖和近亲繁殖，家养牦牛的繁殖能力、生长速度、成年体型和产奶量下降，给当地畜牧业的发展造成了影响。对全基因组测序数据进行分析，可以找到与生长性状相关的候选基因，但是牦牛的全基因组测序数据一般有较多缺失值，需要利用基因型填充的方法填充缺失值。
[0004]基因型填充方法的基本原理是根据参考群体提供的基因型信息，构建出参考群体和目标群体之间...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种牦牛基因组测序数据的基因型填充方法，其特征在于，包括以下步骤：1)根据已有的牦牛基因型数据对牦牛群体进行聚类和归类，以分类群体作为基础群体；2)利用隐马尔科夫模型和群体内部遗传结构关系及遗传参数，对每个分类群体内部的未知基因型可能性概率进行估计，最终以可能性最大的基因型作为最后的预测结果；3)整合各个分类群体的基因型数据，如果依然有未知基因型数据，继续重复步骤1)至步骤2)，直至全部分类群体的基因型数据得到完全填充。2.根据权利要求1所述的牦牛基因组测序数据的基因型填充方法，其特征在于，所述步骤1)具体包括：将牦牛基因型数据的基因型多态数据SNP转换成Hapmap、bed或者numeric格式，利用现有的K
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means和Cluster两种聚类方式综合判定牦牛个体的具体分类群体，即两种聚类方式同时认定个体属于同一类群，否则个体被归入...
【专利技术属性】
技术研发人员：王嘉博，秦婕，钟金城，王会，柴志欣，王海波，
申请(专利权)人：西南民族大学，
类型：发明
国别省市：
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