用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物、检测方法和应用技术

本发明专利技术公开了用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物、检测方法和应用，属于高通量测序技术领域。该检测方法包括：提取检测对象的基因组DNA，将基因组DNA依次进行片段化、纯化和Pre

【技术实现步骤摘要】
用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物、检测方法和应用


[0001]本专利技术属于高通量测序
，具体涉及用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物、检测方法和应用。

技术介绍

[0002]肌萎缩性侧索硬化症(amyotrpnic lateral sclerosis，ALS)为致命性神经系统变性疾病，主要累及锥体束、脑干和脊髓前角细胞，临床表现为呈进行性加重的肌肉萎缩、无力及痉挛，以及认知损害等，与额颞叶痴呆的临床表现存在部分重叠，是运动神经元病中最常见的类型。
[0003]ALS发病年龄为50
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60岁之间，发病率为2/100000，其特征为选择性的上、下运动神经元死亡，导致进行性肌肉萎缩、无力和僵硬。ALS从发病到死亡的生存中位数为39个月，大多数患者一般会在3
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5年因呼吸衰竭而死亡。约有5
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10％家族性ALS通常是常染色体显性遗传；90
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95％的ALS病例属于散发性ALS(Nat Rev Neurosci 2001；2:806
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819；Annu RevNeurosci 2004；27:723
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749)。约有20％的家族性ALS是Cu/Zn超氧化物歧化酶(SOD1)基因突变所致。因为散发性和家族性ALS临床表现类似，阐明家族性ALS潜在机制有利于研究两种形式的ALS。
[0004]另外，研究发现家族性ALS常染色体存在RNA代谢蛋白TDP
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43基因突变，同时绝大多数散发性ALS患者也存在TDP
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43蛋白病理性改变，这暗示在理解散发性和家族性ALS中TDP
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43可能具有极大的意义(Proc Natl Acad Sci U S A2007；104:12524
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12529)。ALS发病机制复杂，目前的生物学假说包括氧化损伤、细胞内聚集物累积、线粒体功能失常、轴突运输缺失、生长因子缺乏、胶质细胞病理和谷氨酸兴奋毒性等(Ann Neurol.2009Jan65Suppl 1:S3
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9)。
[0005]由于ALS的病因和发病机制尚不明确，目前临床治疗上缺乏有效的根治手段，亦没有特效方法/药物逆转和阻止病情进展，主要通过早期进行对症治疗，现有的治疗仅能改善症状，并不能组织或者逆转疾病的进展。因此，寻找与肌萎缩性侧索硬化症相关的基因标志物尤其是预警监测和早期诊断的标志物对提高早期肌萎缩性侧索硬化症的诊断率，实现早期诊断和干预显著减少ALS的危害，从而减轻社会和家庭的负担。

技术实现思路

[0006]针对现有技术中肌萎缩性侧索硬化症检测和诊断中存在的问题，本专利技术提出一种用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物、检测方法和应用，通过高通量测序检测，同时检测一个样本的多个肌萎缩性侧索硬化症致病基因突变，具有灵敏度高、针对性强、覆盖全面、通量大、准确性高等优点。
[0007]为实现上述目的，本专利技术采用的技术方案是：
[0008]本专利技术提供用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物，包含一个或两个以上如
下基因的组合：SOD1、ALS2、SQSTM1、SETX、FUS、SPG11、VAPB、ANG、TARDBP、FIG4、OPTN、VCP、UBQLN2、SIGMAR1、CHMP2B、PFN1、ERBB4、HNRNPA1、DCTN1、PRPH、NEFH、SPAST、NIPA1、PNPLA6、SMN1、CHRNA4、DAO、HFE、APOE、DIAPH3、DPP6、MAPT、PARK7、BCL6、EWSR1、TAF15、OGG1、CRYM、GRN、ITPR2、VEGFA、PON1、ALAD、PNPLA6、SLC52A3、SLC52A2、SOX5、SRCAP、HNRNPA2B1、APEX1、LUM、ARHGEF28、NETO1、BCL11B、OMA1、CDH13、PCP4、CDH22、PON2、CHGB、PON3、CNTN6、RAMP3、CRIM1、SS18L1、DOC2B、DPYSL3、TRPM2、ELP3、UBQLN1、EPHA4、UNC13A、FEZF2、SUSD1、FGGY、ZFP64、GRB14、ZNF512B、KIFAP3、SPG20、GBE1、HEXA、TRPM7、L1CAM、PLP1、ATL1、CYP7B1、SPG7、KIAA0196、KIF5A、RTN2、HSPD1、ZFYV26、BSCL2、C19orf12、DNMT1、ATXN2。
[0009]作为优选方案，所述基因标志物包括CDH13。
[0010]本专利技术还提供所述用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物在制备诊断肌萎缩性侧索硬化症的药物或检测试剂中的应用。
[0011]作为优选方案，所述检测试剂采用试剂盒的形式。
[0012]本专利技术还提供一种与肌萎缩性侧索硬化症致病相关的基因突变的检测方法，包括以下步骤：
[0013]S1、提取检测对象的基因组DNA；
[0014]S2、将基因组DNA依次进行片段化、纯化和Pre
–
PCR扩增反应，得到目标区域DNA文库；
[0015]S3、通过芯片对目标区域DNA文库的目标基因编码区和临近剪切区的DNA进行捕获和富集，得到目标区域文库；
[0016]S4、用高通量测序平台对目标区域文库进行基因检测，得到测序数据；
[0017]S5、对所得测序数据与所述基因组DNA的参考序列进行对比，发现存在的基因突变并进行数据分析，得到与肌萎缩性侧索硬化症致病相关的基因突变信息；
[0018]所述基因组DNA选自如下基因形成的组：SOD1、ALS2、SQSTM1、SETX、FUS、SPG11、VAPB、ANG、TARDBP、FIG4、OPTN、VCP、UBQLN2、SIGMAR1、CHMP2B、PFN1、ERBB4、HNRNPA1、DCTN1、PRPH、NEFH、SPAST、NIPA1、PNPLA6、SMN1、CHRNA4、DAO、HFE、APOE、DIAPH3、DPP6、MAPT、PARK7、BCL6、EWSR1、TAF15、OGG1、CRYM、GRN、ITPR2、VEGFA、PON1、ALAD、PNPLA6、SLC52A3、SLC52A2、SOX5、SRCAP、HNRNPA2B1、APEX1、LUM、ARHGEF28、NETO1、BCL11B、OMA1、CDH13、PCP4、CDH22、PON2、CHGB、PON3、CNTN6、RAMP3、CRIM1、SS18L1、DOC2B、DPYSL3、TRPM2、ELP3、UBQLN1、EPHA4、UNC13A、FEZF2、SUSD1、FGGY、ZFP64、GRB14、ZNF512B、KIFAP3、SPG20、GBE1、HEXA、TRPM7、L1CAM、PLP1、ATL1、CYP7B1、SPG7、KIAA0196、KIF5A、RTN2、HSPD1、ZFYV26、BSCL2、C1本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物，其特征在于，包含一个或两个以上如下基因的组合：SOD1、ALS2、SQSTM1、SETX、FUS、SPG11、VAPB、ANG、TARDBP、FIG4、OPTN、VCP、UBQLN2、SIGMAR1、CHMP2B、PFN1、ERBB4、HNRNPA1、DCTN1、PRPH、NEFH、SPAST、NIPA1、PNPLA6、SMN1、CHRNA4、DAO、HFE、APOE、DIAPH3、DPP6、MAPT、PARK7、BCL6、EWSR1、TAF15、OGG1、CRYM、GRN、ITPR2、VEGFA、PON1、ALAD、PNPLA6、SLC52A3、SLC52A2、SOX5、SRCAP、HNRNPA2B1、APEX1、LUM、ARHGEF28、NETO1、BCL11B、OMA1、CDH13、PCP4、CDH22、PON2、CHGB、PON3、CNTN6、RAMP3、CRIM1、SS18L1、DOC2B、DPYSL3、TRPM2、ELP3、UBQLN1、EPHA4、UNC13A、FEZF2、SUSD1、FGGY、ZFP64、GRB14、ZNF512B、KIFAP3、SPG20、GBE1、HEXA、TRPM7、L1CAM、PLP1、ATL1、CYP7B1、SPG7、KIAA0196、KIF5A、RTN2、HSPD1、ZFYV26、BSCL2、C19orf12、DNMT1、ATXN2。2.根据权利要求1所述用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物，其特征在于，所述基因标志物包括CDH13。3.权利要求1或2所述用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物在制备诊断肌萎缩性侧索硬化症的药物或检测试剂中的应用。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述检测试剂采用试剂盒的形式。5.一种与肌萎缩性侧索硬化症致病相关的基因突变的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、提取检测对象的基因组DNA；S2、将基因组DNA依次进行片段化、纯化和Pre
–
PCR扩增反应，得到目标区域DNA文库；S3、通过芯片对目标区域DNA文库的目标基因编码区和临近剪切区的DNA进行捕获和富集，得到目标区域文库；S4、用高通量测序平台对目标区域文库进行...

【专利技术属性】
技术研发人员：江海松，胡建容，
申请(专利权)人：杭州惠煜医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：