一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法技术

本发明专利技术公开了一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，属于高通量测序技术领域。该检测方法包括以下步骤：提取检测对象的基因组DNA，对提取的基因组DNA进行定量并构建文库，对文库进行定量操作，上机测序后进行数据分析得到致病位点相关信息。本发明专利技术针对遗传性帕金森病致病基因突变检测，基于多因素算法对目标区域基因组进行设计，合成特异性探针与基因组DNA文库进行液相杂交，将目标区域序列进行捕获并富集后进行高通量测序，能够同时对一个样本中多个遗传性帕金森病致病基因突变进行分析，具有灵敏度高、针对性强、覆盖全面、通量大、准确性高等优点。准确性高等优点。准确性高等优点。

【技术实现步骤摘要】
一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法


[0001]本专利技术属于高通量测序
，具体涉及一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法。

技术介绍

[0002]帕金森病(Parkinson
’
s Disease，PD)是临床上最常见的神经系统退行性疾病之一。其主要病理改变为中脑黑质致密部多巴胺(DA)能神经元进行性变性丢失，纹状体区多巴胺含量减少，以及残存的多巴胺能神经元内形成以α
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突触共核蛋白(α
–
Syn)为主要成分的嗜酸性包涵体——路易小体(Lewy body)。帕金森病有两种类型，即家族性帕金森病与散发性帕金森病，大部分帕金森病患者为散发病例，仅有10％
–
15％的患者有家族史。
[0003]家族性帕金森病发病机制与多种致病基因突变有关，α
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synuclein基因(PARK1/PARK4)、LRRK2基因(PARK8)、UCH
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L1基因(PARK5)、GIGYF2基因(PARK11)和Htra2/Omi基因(PARK13)为常染色体显性遗传性帕金森病致病基因；Parkin基因(PARK2)、PINK1基因(PARK6)、DJ
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1基因(PARK7)和ATP13A2基因(PARK9)为常染色隐性遗传性帕金森病致病基因。其中LRRK2基因是目前为止帕金森病患者中突变频率最高的帕金森病致病基因。散发性帕金森病易感基因有SNCA基因、GBA基因、LRRK2基因、DJ
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1基因等。帕金森病并非单一因素引起，而是由多种因素包括遗传因素、环境因素、老年化、免疫/炎性因素等通过多种机制联合作用的结果。通过全面的基因检测方案，可以协助阳性携带者进入一些前沿的临床试验，希望随着医学的不断发展，这些携带突变的无症状者能够延缓甚至阻止症状性PD的出现。

技术实现思路

[0004]针对现有技术中遗传性帕金森病致病基因突变检测技术的限制，本专利技术的目的是，提供一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，该方法具有灵敏度高、针对性强、覆盖全面、通量大、准确性高等优点。
[0005]为实现上述目的，本专利技术采用的技术方案是：
[0006]一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，提取检测对象的基因组DNA后进行包括以下步骤的处理：
[0007]S1、将基因组DNA进行片段化；
[0008]S2、将片段化的基因组DNA进行末端修复和3'末端添加碱基A；
[0009]S3、将3'末端添加碱基A的产物连接扩增接头并纯化，以进行有效连接产物的富集；
[0010]S4、将连接产物进行Pre
–
PCR扩增反应，富集有效产物；
[0011]S5、用探针与上述富集的有效产物模板进行液相杂交后，并与磁珠结合，洗脱未结合探针与非特异性结合不稳定文库，捕获上述模板中目标区域DNA文库；
[0012]S6、将捕获的目标区域DNA文库分离后连接完整接头，进行Post
–
PCR扩增反应，捕
获目标区域文库；
[0013]S7、对目标区域文库进行定量和质检操作；
[0014]S8、上机测序；
[0015]S9、数据分析得到致病位点相关信息；
[0016]所述探针通过遗传性帕金森病相关基因和/或相关突变点设计得到，包括SNCA、SNCB、SORL1、SQSTM1、TF、TMEM106B、TREM2、TRPM7、TTR、UBB、UBQLN2、VCP、VEGF、ZCWPW1、UCHL1、PINK1、LRRK2、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2、FBX07、ATXN2、ATXN3、GBA、SYT11、STK39、MCCC1、DGKQ、BST1、ITGA8、LRRK2、CCDC62、MAPT、PARK2、PARK7ITPKB、IL1R2、SCN3A、SATB1、NCKIPSD、ALAS1、TLR9、DNAH1、BAP1、PHF7、NISCH、STAB1、ITIH3、ITIH4、ANK2、CAMK2D、ELOVL7、ZNF184、CTSB、PDLIM3、C8ORF58、BIN3、SH3GL2、FAM171A1、GALC、COQ7、TOX3、ATP6V0A1、PSMC3IP、TUBG2中的至少一种。
[0017]优选地，所述基因组DNA来源于人类。
[0018]优选地，提取所述基因组DNA的方法包括纯化柱纯化、磁珠纯化或酚氯仿提取。
[0019]优选地，S7中所述定量的方法包括基于荧光定量原理的定量装置定量、Q
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PCR定量或电泳。
[0020]优选地，S1中所述基因组DNA片段化的方法包括超声破碎、转座酶酶切或限制性内切酶酶切。
[0021]优选地，S5和S6中所述捕获方法包括液相探针捕获、固相芯片液相杂交捕获或PCR富集。
[0022]优选地，S8中所述上机测序通过二代测序平台进行。
[0023]优选地，S9中所述数据分析的具体操作如下：通过先对所得测序数据与人类基因组的参考序列进行对比，再对所测基因的每个突变位点情况进行分析，得到遗传性帕金森病致病突变相关信息。
[0024]优选地，采用试剂盒的形式进行所述用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息检测。
[0025]与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
[0026]本专利技术针对遗传性帕金森病致病基因突变检测，检测方法是基于多因素算法对目标区域基因组进行设计，合成有效的特异性探针与基因组DNA文库进行液相杂交，将目标区域序列进行捕获并富集后进行高通量测序，能够同时对一个样本的多个遗传性帕金森病致病基因突变进行分析，具有灵敏度高、针对性强、覆盖全面、通量大、准确性高等优点，有助于发现和验证遗传性帕金森病相关的目标基因和关键位点，在临床诊断和药物开发方面有巨大的应用空间。
[0027]参考以下详细说明更易于理解本申请的上述以及其他特征、方面和优点。
附图说明
[0028]通过阅读参照以下附图对非限制性实施例所作的详细描述，本专利技术的其它特征、目的和优点将会变得更显著：
[0029]图1是一实施例中用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法流程图。
具体实施方式
[0030]下面通过具体实例对本专利技术的技术方案做进一步的菌体说明。应当理解，以下描述的具体实例仅用于解释文本专利技术，并不用于限定本专利技术。所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例，基于本专利技术中的实施例，本领域的普通技术人员咋没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0031]以下实施例中采用的技术方案是：
[0032]一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，提取检测对象的基因组DNA后进行包括以下步骤的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，其特征在于，提取检测对象的基因组DNA后进行包括以下步骤的处理：S1、将基因组DNA进行片段化；S2、将片段化的基因组DNA进行末端修复和3'末端添加碱基A；S3、将3'末端添加碱基A的产物连接扩增接头并纯化，以进行有效连接产物的富集；S4、将连接产物进行Pre
–
PCR扩增反应，富集有效产物；S5、用探针与上述富集的有效产物模板进行液相杂交后，并与磁珠结合，洗脱未结合探针与非特异性结合不稳定文库，捕获上述模板中目标区域DNA文库；S6、将捕获的目标区域DNA文库分离后连接完整接头，进行Post
–
PCR扩增反应，捕获目标区域文库；S7、对目标区域文库进行定量和质检操作；S8、上机测序；S9、数据分析得到致病位点相关信息；其中，所述探针通过遗传性帕金森病相关基因和/或相关突变点设计得到，包括SNCA、SNCB、SORL1、SQSTM1、TF、TMEM106B、TREM2、TRPM7、TTR、UBB、UBQLN2、VCP、VEGF、ZCWPW1、UCHL1、PINK1、LRRK2、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2、FBX07、ATXN2、ATXN3、GBA、SYT11、STK39、MCCC1、DGKQ、BST1、ITGA8、LRRK2、CCDC62、MAPT、PARK2、PARK7ITPKB、IL1R2、SCN3A、SATB1、NCKIPSD、ALAS1、TLR9、DNAH1、BAP1、PHF7、NISCH、STAB1、ITIH3、ITIH4、ANK2、CAMK2D、ELOVL7、ZNF184、CTSB、PDLIM3、C8ORF58、BIN3、SH3G...

【专利技术属性】
技术研发人员：江海松，胡建容，
申请(专利权)人：杭州惠煜医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：