标志物的应用制造技术

本发明专利技术涉及生物技术领域领域，特别涉及标志物的应用。本发明专利技术提供了基因组合作为标志物在制备预测肿瘤、预测肿瘤分期和/或肿瘤预后的产品中的应用。本发明专利技术获得的基因组合——3

【技术实现步骤摘要】
标志物的应用


[0001]本专利技术涉及生物
，特别涉及标志物的应用。

技术介绍

[0002]细胞外泌体(exosomes)是细胞释放的膜颗粒，通过向受体细胞输送功能分子(如蛋白质、核酸和脂类)来调节细胞间的通讯。细胞可以分泌多种不同大小和来源的exosomes。外体的直径主要在50
‑
150nm之间，产生于多囊内小体。其他的exosomes(直径100
‑
1000nm)，如微泡(MVS)、外体或微粒，直接从细胞膜出芽。
[0003]近年来，越来越多的证据表明exosomes在肿瘤的发生发展中起着重要作用。癌源性exosomes参与多种癌变过程，包括恶性转化、血管生成、免疫抑制、侵袭和治疗抗性。肿瘤微环境释放的exosomes也可影响癌细胞的特性。肿瘤微环境的一个共同特征是诱导肿瘤exosomes向受体细胞转移侵袭转移现象。此外，肿瘤释放的exosomes可以改变远处的微环境，形成转移前生态位，促进转移灶的形成。提示癌细胞exosomes可能同时起到局部和远处的作用。
[0004]在各种体液中检测到的癌源性exosomes被认为是一种新的无创生物标志物。例如，循环中的小exosomes(直径小于200nm)携带microRNAs(miRNAs)和蛋白质，它们是肿瘤中有前景的诊断和预后生物标记物。然而，体液中鉴定的exosomes可能代表了肿瘤和其他组织释放的混合群体。迄今为止，由于缺乏特异性的生物标记物，区分肿瘤特异性exosomes与其他组织释放的exosomes仍然是一个巨大的挑战。据报道，释放到体液中的exosomes中的蛋白质水平与NSCLC(非小细胞肺癌)组织的蛋白质表达一致。因此，综合分析原发性肿瘤和分泌性exosomes可能是鉴别肿瘤特异性exosomes相关生物标记物的可行方法。

技术实现思路

[0005]有鉴于此，本专利技术提供了标志物的应用，其可作为肝细胞癌的预后和预测性生物标记物。
[0006]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：
[0007]本专利技术提供了基因组合作为标志物在制备预测肿瘤、预测肿瘤分期和/或肿瘤预后的产品中的应用；
[0008]所述基因组合包括基因组合1、基因组合2或基因组合3中的一种或多种；
[0009]所述基因组合1包括基因KRT1、HOXC13、KRT34、KRT2、KRT31、HOXC12、HOXC11和HOXC5；
[0010]所述基因组合2包括基因PAX2、GBX1、LHX1、WNT7A、SOST、SP7和FGF23；
[0011]所述基因组合3包括基因SPAG6、WDR63和DNAH9。
[0012]在本专利技术的一些具体实施方案中，上述基因组合1与表皮细胞的发育分化有关；上述基因组合2与肿瘤相关通路有关；上述基因组合3参与细胞膜成分的构成和/或活动。
[0013]在本专利技术的一些具体实施方案中，上述基因组合1通过基因ISL1与上述基因组合2
形成互作关系；上述基因组合2通过基因PVALB、NPY、PF4、SPAG17与上述基因组合3形成互作关系。
[0014]在本专利技术的一些具体实施方案中，上述基因组合的表达在高临床分期肿瘤中上调。
[0015]在本专利技术的一些具体实施方案中，上述基因组合可预测癌症患者的生存率。
[0016]在本专利技术的一些具体实施方案中，上述基因组合与免疫细胞的比例呈显著正相关。
[0017]在本专利技术的一些具体实施方案中，上述基因组合中部分基因与免疫细胞的比例呈显著正相关。
[0018]在本专利技术的一些具体实施方案中，上述基因组合与肿瘤微环境相关。
[0019]在本专利技术的一些具体实施方案中，上述基因组合与肿瘤低氧呈正相关。
[0020]在本专利技术的一些具体实施方案中，缺氧通路相关基因显著富集在上述基因组合预测的高危肿瘤中。
[0021]在本专利技术的一些具体实施方案中，上述肿瘤低氧的评分与低氧诱导因子1的表达水平显著正相关。
[0022]在本专利技术的一些具体实施方案中，在高危亚组中，上述基因组合与低氧诱导因子1的表达水平显著正相关。
[0023]本专利技术还提供了扩增上述基因组合的引物组合。
[0024]本专利技术还提供了预测肿瘤、预测肿瘤分期和/或肿瘤预后的试剂、试剂盒、系统或装置，其特征在于，包括上述基因组合的扩增引物，或包括以获得上述基因组合的序列为目的的产品，以及可接受的辅料、助剂、载体、模块或部件。
[0025]在本专利技术的一些具体实施方案中，上述试剂、试剂盒、系统或装置的操作步骤包括提取外泌体基因、测序、和/或利用上述基因组合对测序结果进行分析。
[0026]本专利技术还提供了检测方法，步骤包括利用上述基因组合作为模板进行引物设计与合成和/或以上述基因组合作为参照对样本基因进行分析。
[0027]在本专利技术的一些具体实施方案中，上述检测方法的步骤包括提取外泌体基因、测序、和/或利用上述基因组合对测序结果进行分析。
[0028]本专利技术的标志物有如下效果：
[0029]1、3
‑
PPI
‑
Mod(3NM)的表达在高临床分级组的肿瘤中上调。通过3
‑
PPI
‑
Mod预测患者的临床特征风险，其ROC下面积为0.7368。79.74％(126/158)的患者在与真实的临床分级进行比较时得到了正确的分类。Kaplan
‑
Meier曲线证实3
‑
PPI
‑
Mod可以预测患者的总生存率(p＝0.0057)，说明3
‑
PPI
‑
Mod可用于预测肿瘤分级以及肿瘤预后。
[0030]2、在3
‑
PPI
‑
Mod中，Mod_5与表皮细胞的发育分化有关；Mod_8显著的与肿瘤相关通路有关；Mod_15中的基因广泛参与细胞膜成分的构成与活动。
[0031]3、用相同算法建立仅基于基因表达预测模型——18基因，结果18
‑
基因的预后显著性要差于3
‑
PPI
‑
Mod的，这表明与单纯基因表达的特征相比，外泌体相关特征显示出更好的预后价值。
[0032]4、3
‑
PPI
‑
Mod中3个模块都与缺氧呈正相关，缺氧通路相关基因显著富集在3
‑
PPI
‑
Mod预测的高危肿瘤中。瘤内低氧评分与低氧诱导因子1(HIF1)表达水平有显著相关性，在
3
‑
PPI
‑
Mod鉴定的高危亚组中，HIF1表达水平均上调，说明3
‑
PPI
‑
Mod可用于预测、评估肿瘤低氧微环境。
附图说明
[0033]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.基因组合作为标志物在制备预测肿瘤、预测肿瘤分期和/或肿瘤预后的产品中的应用；所述基因组合包括基因组合1、基因组合2或基因组合3中的一种或多种；所述基因组合1包括基因KRT1、HOXC13、KRT34、KRT2、KRT31、HOXC12、HOXC11和HOXC5；所述基因组合2包括基因PAX2、GBX1、LHX1、WNT7A、SOST、SP7和FGF23；所述基因组合3包括基因SPAG6、WDR63和DNAH9。2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，所述基因组合1与表皮细胞的发育分化有关；所述基因组合2与肿瘤相关通路有关；所述基因组合3参与细胞膜成分的构成和/或活动。3.如权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述基因组合的表达在高临床分期肿瘤中上调。4.如权利要求1至3任一项...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈文标，戴勇，汤冬娥，候显良，徐慧旋，郑凤屏，张丰，
申请(专利权)人：深圳市龙华区人民医院，
类型：发明
国别省市：