与青蒿素含量连锁的SNP位点及其应用制造技术

本发明专利技术公开了与青蒿素含量连锁的SNP位点及其应用，所述SNP位点位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的31bp处，多态性为A/T。发明专利技术利用与青蒿素连锁的特异性SNP位点，结合KASP检测技术，解决传统分子标记辅助育种中的技术问题，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的鉴定黄花蒿中青蒿素的含量水平，加快黄花蒿材料的选育过程。花蒿材料的选育过程。花蒿材料的选育过程。

【技术实现步骤摘要】
与青蒿素含量连锁的SNP位点及其应用


[0001]本专利技术属于农业分子生物学领域，具体涉及与青蒿素含量连锁的SNP位点及其应用。

技术介绍

[0002]疟疾是严重危害人类健康的全球性疾病之一，据世界卫生组织统计，每年全球发病人数达2
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3亿，年平均死亡人数达30
‑
50万。随着以青蒿素为基础的联合疗法(artemisinin
‑
based combination therapy，ACT)的应用，近十年的疟疾发病率和死亡率均呈下降趋势，其中重灾区非洲下降尤为明显。
[0003]药用植物黄花蒿是青蒿素的唯一天然来源，也是目前最主要的来源。青蒿素的生物合成过程属于类异戊二烯代谢合成途径，由细胞质中的甲羟戊酸(mevalonic acid，MVA)途径和质体中的甲基赤藓醇
‑4‑
磷酸(methylerythritol phosphate，MEP)途径提供异戊烯基焦磷酸(isopentenyl diphosphate，IPP)，经催化后生成法尼基焦磷酸(farnesyl diphosphate，FPP)。FPP经紫穗槐二烯合成酶(amorpha
‑
4,11
‑
diene synthase，ADS)催化生成紫穗槐二烯。紫穗槐二烯经过3步由细胞色素P450单氧化酶(cytochrome P450 monooxygenase，CYP71AV1)催化的反应，分别形成青蒿醇、青蒿醛和青蒿酸。青蒿醛可在青蒿醛双键还原酶[artemisinic aldehyde delta
‑
11(13)reductase，DBR2]的催化下形成二氢青蒿醛。二氢青蒿醛可以被醛脱氢酶1(aldehyde dehydrogenase 1，ALDH1)催化形成青蒿素的直接前体二氢青蒿酸。同时，青蒿醛也会在CYP71AV1和ALDH1的催化下生成青蒿酸。从二氢青蒿酸到青蒿素，以及青蒿酸到青蒿素B的转化被认为是非酶促的光氧化反应。目前，已有研究表明，ADS、CYP71AV1、DBR2和ALDH1基因的过表达可显著提高青蒿素含量,可达对照组的2
‑
3倍。在青蒿素生物合成过程中，控制关键酶ADS、CYP71AV1、DBR2和ALDH1合成的基因起着至关重要的作用。
[0004]寻找与ADS、CYP71AV1、DBR2和ALDH1基因连锁的SNP分子标记，并结合KASP检测技术，可快速、高通量的筛选高青蒿素含量的黄花蒿品种，对高青蒿素含量品种的选育具有重要意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种与青蒿素含量连锁的SNP位点。
[0006]本专利技术还提出用于检测上述SNP位点的引物组。
[0007]本专利技术还提出一种试剂盒。
[0008]本专利技术还提出一种基因芯片。
[0009]本专利技术还提出上述SNP位点、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。
[0010]本专利技术还提出上述SNP位点的检测方法。
[0011]根据本专利技术的第一方面，提出了一种与青蒿素含量连锁的SNP位点，所述SNP位点
位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的31bp处，多态性为A/T。
[0012]根据本专利技术的第二方面，提出了用于扩增上述SNP位点的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物序列包括Primer X和Primer Y。
[0013]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3所示。
[0014]根据本专利技术的一些实施方式，所述引物组还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的通用引物。
[0015]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。
[0016]根据本专利技术的第三方面，提出了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。
[0017]根据本专利技术的第四方面，提出了一种基因芯片，所述基因芯片包括上述引物组。
[0018]根据本专利技术的第五方面，提出了上述SNP位点、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用，所述应用为：
[0019](1)在检测青蒿素含量中的应用；
[0020](2)在鉴定及筛选青蒿素含量为1.70
‑
1.99wt％的黄花蒿中的应用；
[0021](3)在黄花蒿分子标记辅助育种中的应用；
[0022](4)在黄花蒿育种中的应用；
[0023](5)在制备黄花蒿育种的产品中的应用。
[0024]在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在黄花蒿基因分型中的应用。
[0025]根据本专利技术的第六方面，提出了利用上述SNP位点检测青蒿素含量的方法，所述方法包括以下步骤：
[0026]S1、从黄花蒿中提取基因组DNA；
[0027]S2、对步骤S1中提取的基因组DNA进行所述SNP位点的多态性检测，根据检测结果判断待测黄花蒿中青蒿素的含量。
[0028]在本专利技术的一些实施方式中，若检测到SNP位点对应的碱基为A:T，则该待测黄花蒿中的青蒿素含量为1.70
‑
1.99wt％。
[0029]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S1中，黄花蒿中提取基因组DNA采用简化CTAB法(十六烷基三甲基溴化铵法)。
[0030]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S2中，用KASP(竞争性等位基因特异性PCR)技术对SNP位点进行检测。
[0031]一种黄花蒿育种方法，包括如下步骤：利用上述基因型的检测方法，选择青蒿素含量为1.70
‑
1.99wt％的黄花蒿进行后续育种。
[0032]根据本专利技术实施方式的与青蒿素含量连锁的SNP位点，至少具有如下有益效果：通过对本专利技术的与青蒿素连锁的SNP位点检测，可以快速准确的鉴定青蒿素含量为1.70
‑
1.99wt％的黄花蒿。本专利技术利用与青蒿素连锁的特异性SNP位点，结合KASP检测技术，解决传统分子标记辅助育种中的技术问题，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的鉴定黄花蒿中青蒿素的含量水平，筛选青蒿素含量为1.70
‑
1.99wt％的黄花蒿品种，加快黄花蒿的选育过程。
[0033]本专利技术的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本专利技术的实践了解到。
附图说明
[0034]下面结合附图和实施例对本专利技术做进一步的说明，其中：
[0035]图1为本专利技术实施例1中的SNP位点标记开发流程图；
[0036]图2为本专利技术实施例1中的Ar900005_K01分子标记的分型图。
具体实施方式
[0037]以下将结合实施例对本专利技术的构思及产生的技术效果进行清楚、完整地描述，以充本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.与青蒿素含量连锁的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的31bp处，多态性为A/T。2.用于扩增如权利要求1所述的与青蒿素含量连锁的SNP位点的引物组。3.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括特异性引物，所述特异性引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3所示。4.如权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。5.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组还包括通用引物，所述通用引物核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。6.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如权利要求2
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5任一项所述引物组。7.一种基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括如权利要求2
‑
5任一项所述引物组。8.如权利要求1...

【专利技术属性】
技术研发人员：贾佩陇，蒋群峰，吕丽华，叶昌荣，彭佩，田冰川，郭铭凯，唐顺学，
申请(专利权)人：湖南星辰生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：