一种结直肠癌或癌前病变的标记物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种结直肠癌或癌前病变的标记物及其应用，涉及肿瘤检测技术领域。结直肠癌或癌前病变的标记物为：NTMT1基因CpG位点。通过NTMT1基因CpG位点的甲基化水平，可以实现结直肠癌或癌前病变的早期筛查或辅助诊断。NTMT1基因在粪便样本中对结直肠癌样本或癌前病变样本都具有很高的灵敏度和特异性。经验证，NTMT1基因甲基化的检测灵敏度和特异性远高于SDC2、TFPI2、MAP3K14

【技术实现步骤摘要】
一种结直肠癌或癌前病变的标记物及其应用


[0001]本专利技术涉及肿瘤检测
，具体而言，涉及一种结直肠癌或癌前病变的标记物及其应用。

技术介绍

[0002]结直肠癌是全世界最常见的恶性肿瘤之一，主要包括结肠癌与直肠癌两大类。国家癌症中心2019年发布的全国癌症统计数据显示，我国2015年结直肠癌的新发病例数为37.63万人，因结直肠癌死亡患者19.10万人，位于恶性肿瘤发病率第三位、死亡率第五位。而结直肠癌的预后与疾病诊断时的严重程度相关。
[0003]散发性结直肠癌主要按照正常
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腺瘤
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癌的顺序和模式进展，早期发现可以显着降低死亡率。结肠镜检查是结直肠癌诊断的金标准，但由于肠道准备过程的侵入性和复杂性，其在平均风险人群中的依从性较低。粪便潜血试验(FOBT)和粪便免疫化学试验(FIT)是无创性的，但它们的敏感性不足，特别是对于I期结直肠癌和进展期腺瘤。
[0004]而异常的DNA甲基化可能出现在结直肠癌发生的非常早期的阶段，到目前为止，已经确定了一些结直肠癌甲基化生物标志物，包括SDC2、NDRG4、BMP3、VIM、SFRP2和Septine 9等。虽然发现的标志物很多，但真正商品化的很少，第一个基于粪便的结直肠癌检测产品是“Cologuard”，其检测靶标为血红蛋白、KRAS突变和两个甲基化基因(NDRG4和BMP3)，对结直肠癌的敏感性为92％，特异性为87％。研究显示，大众对于结直肠癌血液检测的接受度比结直肠癌粪便检测的接受度更高，目前已经商品化的血液检测标志物只有Septine 9，一项Meta分析(Diagnostic accuracy of methylated SEPT9 for blood
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based colorectal cancer detection:a systematic review and meta
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analysis.Clin Transl Gastroenterol.2017；8(1):e216.)结果显示，Septine 9对于I期结直肠癌的灵敏性为45％，对于息肉的灵敏性为15％，导致其不太适合用于结直肠癌的筛查检测，因此需要进一步寻找适用于血液的甲基化标志物及其组合。
[0005]鉴于此，特提出本专利技术。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供一种结直肠癌或癌前病变的标记物及其应用以解决上述技术问题。
[0007]本专利技术是这样实现的：
[0008]本专利技术提供了一种结直肠癌或癌前病变的标记物在制备结直肠癌或癌前病变检测产品中的用途，标记物为：NTMT1基因CpG位点。
[0009]基于现有技术针对结直肠癌或血液样本存在检测灵敏度低、特异性差的问题，专利技术人提出一种新的标记物，NTMT1基因在粪便样本中对结直肠癌样本或癌前病变样本都具有很高的灵敏度，分别在90％和70％以上，对于正常样本的特异性也大于95％。经验证，NTMT1基因甲基化的检测灵敏度和特异性远高于SDC2、TFPI2、MAP3K14
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AS1和Septine 9基
因，且NTMT1基因在血液样本中对I/II期结直肠癌和进展期腺瘤的灵敏度及对肠道其他疾病的特异性也较优。
[0010]NTMT1中文名称为N
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末端甲基转移酶1，N
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Terminal Xaa
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Pro
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Lys methyltransferase 1。
[0011]癌前病变为结直肠腺瘤、腺瘤病、炎症性肠病相关异型增生、传统锯齿状腺瘤、广基锯齿状腺瘤或广基锯齿状息肉。
[0012]在其他实施方式中，癌前病变包括不限于：溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD)等其他肠道疾病。
[0013]结直肠腺瘤包括不限于：管状腺瘤、绒毛状腺瘤或绒毛管状腺瘤。
[0014]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述标记物还包括MAP3K14
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AS1基因CpG位点。
[0015]专利技术人发现，当NTMT1和MAP3K14
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AS1基因组合时，能显著提升结直肠癌或癌前病变的检测灵敏性，且保持较高的检测特异性。因此，NTMT1基因与MAP3K14
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AS1基因的组合检测可用于血液样本中，由此可减小取样带来的人体创伤，提高检测试剂的普及性，为结直肠癌的无创检测以及早期筛查提供了一种新的思路。
[0016]经验证，NTMT1基因和MAP3K14
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AS1基因组合时，针对结直肠癌样本的检测灵敏度超过85％。
[0017]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述检测产品选自如下产品中的至少一种：试剂、试剂盒、芯片和测序文库。上述试剂的形态包括不限于：液体、粉剂、颗粒剂、乳液、悬浮液。
[0018]上述试剂和试剂盒中还可以包含其他可接受的成分。
[0019]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述NTMT1基因的CpG位点位于Chr9:129620154
‑
129620726区域中。
[0020]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述MAP3K14
‑
AS1基因的CpG位点位于Chr17:45261758
‑
45262465区域中。
[0021]上述标记物的区域是以hg38基因组为参比基因组，专利技术人发现，结直肠癌或癌前病变血液样本、粪便样本在上述区域的CpG位点存在高甲基化，通过检测这个区域的甲基化水平，即可判断对该样本进行判读。
[0022]本专利技术提供了一种用于结直肠癌或癌前病变检测的核酸组合，其包括用于检测NTMT1基因甲基化的第一核酸组合，第一核酸组合包括引物对1，引物对1的碱基序列与SEQ ID NO.1
‑
2所示的碱基序列具有至少90％(例如90％、91％、92％、93％、94％、95％、95％、96％、97％、98％、99％、100％)的一致性。
[0023]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述其包括用于检测MAP3K14
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AS1基因甲基化的第二核酸组合，第二核酸组合包括引物对2，引物对2的碱基序列与SEQ ID NO.3
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4所示的碱基序列具有至少90％(例如90％、91％、92％、93％、94％、95％、95％、96％、97％、98％、99％、100％)的一致性。
[0024]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述第二核酸组合还包括与SEQ ID NO.6所示的碱基序列具有至少90％(例如90％、91％、92％、93％、94％、95％、95％、96％、97％、98％、99％、100％)的一致性的探针2。
[0025]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述第一核酸组合还包括与SEQ ID NO.5所示
的碱基序列具有至少90％(例如90％、91％、92％、93％、94％、95％、95％本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.结直肠癌或癌前病变的标记物在制备结直肠癌或癌前病变检测产品中的用途，其特征在于，所述标记物为：NTMT1基因CpG位点。2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，所述标记物还包括MAP3K14
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AS1基因CpG位点。3.根据权利要求1或2所述的用途，其特征在于，所述检测产品选自如下产品中的至少一种：试剂、试剂盒、芯片和测序文库。4.根据权利要求2所述的用途，其特征在于，所述NTMT1基因的CpG位点位于Chr9:129620154
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129620726区域中。5.根据权利要求1或2所述的用途，其特征在于，所述MAP3K14
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AS1基因的CpG位点位于Chr17:45261758
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45262465区域中；优选地，所述癌前病变为结直肠腺瘤、腺瘤病、炎症性肠病相关异型增生、传统锯齿状腺瘤、广基锯齿状腺瘤或广基锯齿状息肉。6.一种用于结直肠癌或癌前病变检测的核酸组合，其特征在于，其包括用于检测NTMT1基因甲基化的第一核酸组合，所述第一核酸组合包括引物对1，所述引物对1的碱基序列与SEQ ID NO.1
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2所示的碱基序列具有至少90％的一致...

【专利技术属性】
技术研发人员：周谛晗，粱嘉琳，孙帆，张玮，
申请(专利权)人：武汉艾米森生命科技有限公司，
类型：发明
国别省市：