一种用于封闭人类基因组上重复序列的封闭引物、其组合物及应用制造技术

本发明专利技术提供了一种用于封闭人类基因组上重复序列的封闭引物、其组合物、包含该组合物的试剂盒，以及其在封闭人类基因组上重复序列和杂交捕获中的应用，该封闭引物可替代人类Cot

【技术实现步骤摘要】
一种用于封闭人类基因组上重复序列的封闭引物、其组合物及应用


[0001]本专利技术涉及一种用于封闭人类基因组上重复序列的封闭引物、其组合物及应用，属于分子生物学领域。本专利技术涉及的封闭人基因组上重复序列的封闭引物组合物可替代人类Cot
‑
1序列，用于封闭人类基因组上重复序列及目标区域的杂交捕获，提高捕获效率。

技术介绍

[0002]基于液相杂交的目标区域捕获，是一种使用针对基因组中感兴趣的部分区域定制特异性探针，与基因组DNA文库杂交结合，将基因组DNA文库中目标区域片段进行捕获及富集，然后进行高通量测序的技术。它能够有效的降低测序成本及分析成本，同时提高了测序的灵敏度和精确性。随着精准医疗概念的提出与发展，目标区域捕获技术拥有着包括肿瘤预警、用药指导、筛查等极大的应用场景，同时其特征也更适合于临床检测中高精准度、高灵敏度、低检测成本的要求。
[0003]但是，当进行基于液相杂交的目标区域捕获等实验时，存在于起始基因组文库中的大量重复序列将会产生广泛的非特异性杂交反应，从而导致在后续进行特异性片段捕获时，会将通过重复序列互相杂交的非特异性序列也同时捕获下来，降低了目标区域捕获的效率。因此，在进行以上实验操作时，应当对基因组文库中的大量重复序列进行封阻，避免产生非特异性的杂交捕获，从而提高捕获效率，降低检测成本。Cot
‑
1 DNA通常作为一种针对于DNA序列的竞争性封阻序列，在目标区域捕获的杂交反应中封阻可能会引起非特异性杂交的重复序列。
[0004]人类Cot<br/>‑
1序列(Human Cot
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1 DNA)，是一种针对于人类基因组的Cot
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1 DNA序列，主要大小为50
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300bp，富含重复DNA序列，用于封闭人类基因组上重复序列。目前Human Cot
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1 DNA的制备方法主要是采用羟基磷石灰柱层析法(HAP柱分离法)。该方法是将获得的基因组DNA用超声波打断到需要大小，根据HAP的吸附能力和分离柱所装的HAP的量计算出所需要用的打断的DNA的量，100℃变性10min，冰浴骤冷，根据DNA样品浓度，计算Cot＝1的DNA(分子生物学中，将C0t＝1的一类DNA定义为C0t
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1DNA，通常写作Cot
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1 DNA。C0t是DNA复性动力学中的一个单位，其所表示的是在单位浓度(C0,mol/L)下DNA单链复性所需的时间(t,sec))，复性结束后，立即冰浴，加入等体积的水溶液，将样品加入到HAP分离柱上，经过调整磷酸盐的浓度，依次洗脱游离核苷酸等杂质，单链核苷酸，最终洗脱双链DNA，该DNA即为cot
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1DNA，收集洗脱峰，乙醇沉淀、离心、Sephadex G
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50脱盐，收集DNA峰，加入醋酸钠和酒精沉淀，收集得到cot
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1DNA(革文新等，人cot
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1DNA的制备[J]《肿瘤》，1998年5月，第18卷第3期(127))。上述的Human Cot
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1 DNA的制备方法虽然得到的Human Cot
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1 DNA其效果可用于目标区域捕获，但制作方法较为繁琐，成本较高，而且需要提取大量的人类基因组DNA作为原材料。

技术实现思路

[0005]为了节约成本及简化Human Cot
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1 DNA的制备，本专利技术提供了一种用于封闭人类基因组上重复序列的封闭引物、其组合物、包含该组合物的试剂盒及其在封闭人类基因组上重复序列和杂交捕获中的应用，提供了一种人类Cot
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1 DNA的替代品。
[0006]本专利技术提供一种用于封闭人类基因组上重复序列的封闭引物，包括引物序列为SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13所示核苷酸序列中的至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种或至少十二种。
[0007]作为本专利技术的优选方案，所述封闭引物包括引物序列为SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13所示核苷酸序列。
[0008]其中，SEQ ID NO:1为5
’‑
GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCCAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTA
‑3’
；
[0009]SEQ ID NO:2为5
’‑
GAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCCAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAG
‑3’
；
[0010]SEQ ID NO:3为5
’‑
TCGAGACCATCCTGGCCAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGG
‑3’
；
[0011]SEQ ID NO:4为5
’‑
GGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCT
‑3’
；
[0012]SEQ ID NO:5为5
’‑
TTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA
‑3’
；
[0013]SEQ ID NO:6为5
’‑
GCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGA本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于封闭人类基因组上重复序列的封闭引物，包括引物序列为SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13所示核苷酸序列中的至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少十一种或至少十二种。2.根据权利要求1所述的封闭引物，其特征在于，所述封闭引物包括引物序列为SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:13所示核苷酸序列。3.一种组合物，包括权利要求1或2所述的封闭引物。4.根据权利要求3所述的组合物，其...

【专利技术属性】
技术研发人员：樊隆，夏俊秋，
申请(专利权)人：南京金斯瑞生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：