与巴沙鱼生长速度性状相关的SNP标记、检测引物和应用制造技术

本申请公开了一种与巴沙鱼生长速度性状相关的SNP标记、检测引物和应用。本申请与巴沙鱼生长速度性状相关的SNP标记为SeqID No.1所示序列自5

【技术实现步骤摘要】
与巴沙鱼生长速度性状相关的SNP标记、检测引物和应用


[0001]本申请涉及巴沙鱼育种
，特别是涉及一种与巴沙鱼生长速度性状相关的SNP标记、检测引物和应用。

技术介绍

[0002]巴沙鱼属鲇形目、芒鲶属鱼类，是东南亚国家重要的淡水养殖品种。巴沙鱼对水质环境适应能力强，养殖技术要求不高，作为日益兴起的养殖种类，目前在水产品市场很受欢迎。2017年，巴沙鱼的全球产量仅110万吨。2018年产量达到了287万吨。2019年，全球巴沙鱼产量将突破300万吨。随着巴沙鱼养殖规模不大扩大，巴沙鱼种鱼近亲繁殖的现象较为突出，导致出现了种质退化、品种混杂等现象，致使巴沙鱼苗种经济性状衰退，从而影响产量的提高和产业的市场竞争力，制约巴沙鱼产业的持续健康发展。因此，开展巴沙鱼的良种培育势在必行。
[0003]传统的鱼类选育方法完全依赖于表型，存在周期长和效率低等无法逾越的障碍。分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择，综合改良选育物种的重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。分子育种为鱼类育种开辟了一条新的途径，随着现代生物技术的发展，分子标记在鱼类育种中的作用将日益突出。在巴沙鱼的育种中，人们希望通过对于生长性状密切相关，并且与数量性状紧密连锁的DNA标记的选择，以实现早期选种和提高育种准确性的目标，从而取得更大的遗传进展。
[0004]然而，现阶段能够有效用于巴沙鱼育种的生长性状相关的分子标记仍有待挖掘。

技术实现思路

[0005]本申请的目的是提供一种新的与巴沙鱼生长速度性状相关的SNP标记、检测引物和应用。
[0006]为了实现上述目的，本申请采用了以下技术方案：
[0007]本申请的一方面公开了一种与巴沙鱼生长速度性状相关的SNP标记，该SNP标记为Seq ID No.1所示序列自5
’
端起第301位碱基是G或T。
[0008]需要说明的是，本申请经过研究发现了一个与巴沙鱼生长速度性状紧密连锁的SNP标记，该SNP标记的基因型直接影响巴沙鱼生长速度。具体的，本申请的研究显示，该SNP标记为GT基因型的个体的生长速度高于TT或GG基因型的个体。
[0009]还需要说明的是，本申请专利技术人研究发现，本申请的SNP位点处基因型为杂合GT的巴沙鱼的体重显著高于此处基因型为纯合TT的巴沙鱼；由于用于研究的巴沙鱼都是同批次同龄的个体，生长环境和时间都相同；因此，可以认为本申请SNP标记为GT基因型的个体的生长速度高于TT或GG基因型的个体。也就是说，通过检测巴沙鱼的上述SNP位点的基因型，能够有效地确定其生长速度。具体地，如前所述，该SNP位点为杂合GT的巴沙鱼的体重显著高于此处基因型为纯合TT的巴沙鱼，例如该SNP位点的基因型为GT时，则能够确定待测巴沙鱼的属于生长速度快的个体。由此，专利技术人确定，本申请的SNP标记与巴沙鱼的生长速度紧密相关，能够有效用于巴沙鱼的分子标记辅助育种。进而能够根据实际育种需求选择生长
速度对巴沙鱼育种材料进行早期选择，进一步能够有效提高育种的效率和准确性，提高巴沙鱼繁殖群体的遗传水平，从而能够准确、高效地选育出巴沙鱼优良品种。此外，根据本申请的一些实施例，利用本申请的SNP标记进行巴沙鱼分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。
[0010]本申请的另一面公开了一种检测本申请的SNP标记的引物对，该引物对的上游引物为Seq ID No.2所示序列，下游引物为Seq ID No.3所示序列；
[0011]Seq ID No.2：5
’‑
CTCCTTGTGTGCGTCCTGGTGTGTCTAA
‑3’
[0012]Seq ID No.3：5
’‑
AAAACATTGCTGTTTGTTATTTAAAA
‑3’
。
[0013]需要说明的是，根据本申请的实施例，利用本申请的引物对能够有效地对待测巴沙鱼的上述与生长速度相关的SNP标记所在的片段进行PCR扩增，进而通过测序能够有效实现对该SNP标记的检测，确定待测巴沙鱼该SNP标记位点的基因型，进而能够有效确定待测巴沙鱼的生长速度。具体地，该SNP标记位点处基因型为杂合GT的巴沙鱼的生长速度显著高于此处基因型为纯合TT或GG的巴沙鱼，例如该SNP位点的基因型为GT时，则能够确定待测巴沙鱼的属于生长速度快的个体。由此，用于检测前面所述的本专利技术的SNP标记的引物对，能够有效用于巴沙鱼的分子标记辅助育种，进而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育巴沙鱼优良品种。
[0014]本申请的另一面公开了一种检测本申请的SNP标记的试剂盒，该试剂盒中包括本申请的引物对。
[0015]优选的，本申请的试剂盒中还包括用于PCR扩增的试剂。
[0016]需要说明的是，根据本申请的实施例，利用本申请的试剂盒中所包含的引物对，能够有效实现对待测巴沙鱼的上述与生长速度相关的SNP标记的多态性检测，确定待测巴沙鱼该SNP标记位点的基因型，进而能够有效确定待测巴沙鱼的生长速度。具体地，该SNP标记位点处基因型为杂合GT的巴沙鱼的生长速度显著高于此处基因型为纯合TT或GG的巴沙鱼，例如该SNP位点的基因型为GT时，则能够确定待测巴沙鱼属于生长速度快的个体。由此，本申请的用于检测前面的本申请的SNP标记的试剂盒，能够有效用于巴沙鱼的分子标记辅助育种，进而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育巴沙鱼优良品种。
[0017]本申请的另一面公开了一种检测本申请的SNP标记的方法，包括采用本申请的引物对，或者本申请的试剂盒，对待测的谷子基因组DNA进行PCR扩增，通过PCR扩增产物的测序结果，获得SNP标记的碱基情况。
[0018]本申请的另一面公开了一种预测巴沙鱼生长速度的方法，包括获得待测对象的本申请的SNP标记的碱基情况，根据SNP标记的碱基情况预测巴沙鱼生长速度。
[0019]需要说明的是，本申请的SNP位点与巴沙鱼生长速度密切相关，因此，根据本申请的SNP标记的碱基情况，可以有效的预测巴沙鱼生长速度。根据本申请的实施例，该方法通过对待测巴沙鱼进行本申请的SNP标记的检测，确定待测巴沙鱼的生长速度。具体地，可以通过能够用于检测本申请的与巴沙鱼生长速度相关的SNP标记的试剂，例如本申请的引物对或包含该引物对的试剂盒等，对待测巴沙鱼进行PCR扩增、测序，以便检测确定待测巴沙鱼的上述SNP标记的基因型，进而基于获得的基因型能够有效确定待测巴沙鱼的生长速度。具体的，本申请的SNP标记位点处基因型为杂合GT的巴沙鱼的生长速度显著高于此处基因型为纯合TT或GG的巴沙鱼，例如，当该SNP位点的基因型为GT时，则待测巴沙鱼的属于生长
速度快的个体。由此，本申请的检测巴沙鱼生长速度的方法，能够快速、高效、准确地检测巴沙鱼生长速度，进而能够有效用于巴沙鱼的分子标记辅助育种，从而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与巴沙鱼生长速度性状相关的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记为Seq ID No.1所示序列自5
’
端起第301位碱基是G或T。2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记为GT基因型的个体的生长速度高于TT或GG基因型的个体。3.一种检测权利要求1或2所述的SNP标记的引物对，其特征在于：所述引物对的上游引物为Seq ID No.2所示序列，下游引物为Seq ID No.3所示序列；Seq ID No.2：5
’‑
CTCCTTGTGTGCGTCCTGGTGTGTCTAA
‑3’
Seq ID No.3：5
’‑
AAAACATTGCTGTTTGTTATTTAAAA
‑3’
。4.一种检测权利要求1或2所述的SNP标记的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中包含权利要求3所述的引物对。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中还包含用于PCR扩增的试剂。6.一种检测权利要求1或2所述的SNP标记的方法，其特征在于：包括采...

【专利技术属性】
技术研发人员：游兆欣，
申请(专利权)人：游兆欣，
类型：发明
国别省市：