检测NTRK基因融合的FISH探针系统及方法技术方案

本发明专利技术公开了检测NTRK基因融合的FISH探针系统及方法。本发明专利技术的探针系统设计巧妙，实现了在一张标本切片上单次FISH同时检测三种NTRK基因融合的状态，快速确定患者是否存在三种NTRK基因融合，节省了标本和试剂，大大缩短了检测的时间。本发明专利技术对三种NTRK基因的联合检测，提高了预后预测的灵敏度和准确性，并根据检测结果选择相对应的分子靶向药物，能够更可靠地指导临床治疗方案制定，从而改善预后。从而改善预后。

【技术实现步骤摘要】
检测NTRK基因融合的FISH探针系统及方法


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及检测NTRK基因融合的FISH探针系统及方法。

技术介绍

[0002]神经营养因子受体络氨酸激酶(Neuro Trophin Receptor Kinase，NTRK)基因包括NTRK1、NTRK2和NTRK3，分别负责原肌球蛋白受体激酶(TRK)家族蛋白TRKA、TRKB和TRKC的合成。TRK激酶被磷酸化后，能够激活下游信号分子，从而起到调节细胞增殖、分化、代谢、凋亡等作用。NTRK基因可以与其他不相关的基因发生融合，使得TRK融合蛋白处于持续活跃状态，导致Trk激酶的高表达或者Trk激酶活性持续升高，从而引发下游信号通路永久性级联反应，最终可能引起癌症的发生。
[0003]NTRK基因融合在多种成人和儿童的实体瘤中均有发现，NTRK1、NTRK2、NTRK3融合突变占比分别为45％、2％和53％。NTRK基因融合在部分罕见癌症类型如先天性肾瘤、婴儿肉瘤、唾液腺癌和分泌型乳腺癌等癌种中有极高的突变率，个别癌种出现频率大于90％，因此具有极高本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.同时检测三种NTRK基因融合的FISH探针系统，包含：标记第一荧光素的第一探针，其与NTRK1基因断裂点5
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端杂交；标记第二荧光素的第二探针，其与NTRK1基因断裂点3
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端杂交；标记第三荧光素的第三探针，其与NTRK2基因断裂点5
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端杂交；标记第四荧光素的第四探针，其与NTRK2基因断裂点3
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端杂交；标记第一荧光素的第五探针，其与NTRK3基因断裂点5
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端杂交；标记第二荧光素的第六探针，其与NTRK3基因断裂点3
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端杂交；标记第五荧光素的第七探针，其与NTRK3基因断裂点5
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端和3
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端杂交；其中，第一荧光素、第二荧光素、第三荧光素、第四荧光素、第五荧光素为不同颜色的荧光素。2.如权利要求1所述的FISH探针系统，其特征在于，第一荧光素为绿色荧光素，第二荧光素为橙色荧光素，第三荧光素为蓝色荧光素，第四荧光素为红色荧光素，第五荧光素为金色荧光素。3.如权利要求1所述的FISH探针系统，其特征在于，第一探针位于chr1:156,824,627
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157,312,258；第二探针位于chr1:156,355,849
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156,684,745；第三探针位于chr9:86,545,621
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87,292,312；第四探针位于chr9:87,958,032
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88,102,082；第五探针位于chr15:88,064,591
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88,268,902；第六探针位于chr15:88,734,571
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89,472,835；第七探针位于chr15:87,684,180
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89,869,300。4.如权利要求1～3中任一项所述的FISH探针系统，其特征在于，通过以下方式制得：所述的第一～第七探针通过以下步骤制得：利用携带有检测基因的BAC菌种，获得所述检测基因的克隆后，提取所述检测基因的DNA；根据设计的杂交位点，选定限制性内切酶对所述检测基因的DNA进行两次酶切，得到所述检测基因的小片段DNA探针；再采用缺口平移的方法将选定的荧光素标记连接到所述检测基因的小片段DNA探针上，纯化得到所述检测基因的探针；所述检测基因为NTRK1、NTRK2或NTRK3基因。5.如权利要求4所述的FISH探针系统，其特征在于，携带有NTRK1基因的BAC菌种，编号为RP11
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【专利技术属性】
技术研发人员：卢红阳，张谷，樊滢，
申请(专利权)人：浙江省肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：