一种靶向TLR4的小分子化合物虚拟筛选方法技术

本发明专利技术公开了一种靶向TLR4的小分子化合物虚拟筛选方法。本发明专利技术通过三维分子对接，筛选能结合TLR4的潜在化合物，并通过实验验证，初步证实Z1410232649、F27210326和HY‑N0029三个化合物有较好的TLR4抑制作用。其中，Z1410232649表现最为突出，能显著抑制LPS诱导的炎症因子IL‑6、TNF‑α和IFN‑γ的释放。能够作为靶向TLR4的新型抗炎药物或免疫治疗药物。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物信息学，具体涉及一种靶向tlr4的小分子化合物虚拟筛选方法。

技术介绍

1、toll样受体（tlrs）是生物进化中最为保守的跨膜模式识别受体（prr），主要表达于免疫细胞，也表达于一些上皮细胞和肿瘤细胞。由于对外源性的病原相关分子模式（pamp）和内源性的损伤相关分子模式（damp）有极好的灵敏度和识别能力，使得tlrs对先天性免疫应答和获得性免疫应答反应都具有极重要的作用，包括诱导免疫细胞的成熟和分化，释放细胞因子和趋化因子等。

2、目前在人类中发现的tlrs有11种亚型（tlr1-11），分布于细胞膜或胞内，并识别不同的pamp和damp。tlr4是发现最早、研究最多、应用最广的免疫受体。与其他tlrs相比，只有tlr4能同时表达于细胞膜和胞内；tlr4也是唯一既能激活myd88依赖途径又能激活myd88非依赖/trif依赖途径的受体。因此，tlr4能识别更多的pamp和damp，招募更多的衔接蛋白，产生更及时和更有效的免疫应答。这些特征使得tlr4在各种免疫性疾病以及肿瘤免疫微环境中扮演着重要的角色。

3、在本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种靶向TLR4的小分子化合物虚拟筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述靶向TLR4的小分子化合物虚拟筛选方法，其特征在于，步骤1中，使用人源TLR4蛋白的晶体结构数据，先使用Protein Preparation Wizard模块对蛋白进行加氢去水；再进行能量优化，能量优化使用OPLS2005力场，RMSD为0.30Å；将处理好的蛋白用Receptor Grid Generation模块制作格点文件。

3.根据权利要求1所述靶向TLR4的小分子化合物虚拟筛选方法，其特征在于，步骤1中，TLR4蛋白的格点文件的盒子大小设置为20Å×20Å...

【技术特征摘要】

1.一种靶向tlr4的小分子化合物虚拟筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述靶向tlr4的小分子化合物虚拟筛选方法，其特征在于，步骤1中，使用人源tlr4蛋白的晶体结构数据，先使用protein preparation wizard模块对蛋白进行加氢去水；再进行能量优化，能量优化使用opls2005力场，rmsd为0.30å；将处理好的蛋白用receptor grid generation模块制作格点文件。

3.根据权利要求1所述靶向tlr4的小分子化合物虚拟筛选方法，其特征在于，步骤1中，tlr4蛋白的格点文件的盒子大小设置为20å×20å×20å。

4.根据权利要求1所述靶向tlr4的小分子化合物虚拟筛选方法，其特征在于，步骤2中，如果待筛选化合物为二维结构模型，则通过加氢、能量优化处理输出三维结构模型。

5.根据权利要求1所述靶向tlr4...

【专利技术属性】
技术研发人员：周俐斐，陈峰阳，柯灿，
申请(专利权)人：浙江省肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：