腺相关病毒对CLN6多核苷酸的递送制造技术

本公开涉及重组腺相关病毒(rAAV)对神经元蜡样脂褐质沉积症神经元6(CLN6)多核苷酸的递送。本公开提供了rAAV和使用所述rAAV对神经元蜡样脂褐质沉积症或CLN6型巴藤病进行CLN6基因疗法的方法。基因疗法的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】腺相关病毒对CLN6多核苷酸的递送
[0001]本申请要求于2019年2月4日提交的美国临时专利申请第62/800,915号、于2019年7月30日提交的美国临时专利申请第62/880,641号、于2019年7月31日提交的美国临时专利申请第62/881,151号、于2019年10月9日提交的美国临时专利申请第62/912,977号和于2019年10月18日提交的美国临时专利申请第62/923,125号的优先权权益，所有这些申请均通过引用整体并入本文。
[0002]序列表通过引用并入
[0003]本申请含有作为公开的单独部分的计算机可读形式的序列表(文件名：53894_SeqListing.txt；24,923字节
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于2020年1月31日创建的ASCII文本文件)，所述申请通过引用整体并入本文。


[0004]本公开涉及重组腺相关病毒(rAAV)对蜡样脂褐质沉积症神经元6(CLN6)多核苷酸的递送。本公开提供了rAAV和使用rAAV对神经元蜡样脂褐质沉积症(NCL)或CLN6型巴藤病(CLN6
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Batten Disease)进行CLN6基因疗法的方法。

技术介绍

[0005]神经元蜡样脂褐质沉积症(NCL)是一组严重的神经退行性疾病，其被统称为巴藤病。这些疾病影响神经系统并且通常导致例如运动和思考能力的恶化问题。不同的NCL以其遗传原因为特征。
[0006]CLN6型巴藤病可以以两种不同的形式出现：变异的晚期婴儿(vLINCL)，更常见的形式，和成人发作的NCL(也称为A型库夫斯病)(Cannelii等人，《生物化学与生物物理学研究通讯(Biochem Biophys Res Commun.)》2009；379(4)：892
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7，Arsov等人，《美国人类遗传学期刊(Am J Hum Genet.)》2011；88(5)：566
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73)。对于vLINCL(此处称为CLN6型巴藤病)，发病年龄为18个月至六岁，并且死亡通常发生在12岁到15岁。CLN6型巴藤病最初表现为儿童早期语言受损和运动/认知发育迟缓，大多数患者在疾病发作后四年内只能坐在轮椅上(Canafoglia等人，《神经病学(Neurology)》2015；85(4)：316
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24)。疾病进展包含视力丧失、严重运动缺陷、复发性癫痫发作、痴呆和其它神经退行性症状。
[0007]CLN6是311个氨基酸的蛋白质，具有七个预测的跨膜结构域，并且主要定位于内质网。与其它CLN蛋白一样，其确切功能仍不清楚；然而，它涉及细胞内运输和溶酶体功能。目前在CLN6中存在超过70种特征性致病突变(Warrier等人，《生物化学与生物物理学报(Biochimica et Biophysica Acta.)》2013；1832(11)：1827
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30)这些突变中的大多数导致CLN6蛋白的完全丧失或产生被认为高度不稳定和/或无功能的截短的CLN6蛋白产物。已经描述了几种天然存在的CLN6型巴藤病动物模型；这些包含绵羊、犬和小鼠模型。在Cln6
nclf
小鼠模型中发现的自发突变(在本文中称为“Cln6
nclf
小鼠”)概括了所述疾病的许多病理和行为方面(Morgan等人，《公共科学图书馆期刊(PLoS One)》2013；8(11)：e78694)。Cln6
nclf
小鼠含有额外的胞嘧啶插入(c.307insC，P102后的移码)，导致提前终止密码子与CLN6型巴
藤病患者中常见的突变同源(Gao等人，《美国人类遗传学期刊》2002；70(2)：324
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35，Wheeler等人，《美国人类遗传学期刊》2002；70(2)：537
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42)。
[0008]目前，没有可以逆转CLN6型巴藤病症状的疗法。因此，本领域仍然有治疗CLN6型巴藤病的需求。

技术实现思路

[0009]本文提供了使用重组AAV进行CLN6基因疗法的方法和产品。
[0010]本文提供了编码CLN6多肽的重组腺相关病毒9(rAAV9)，其包括rAAV9基因组，所述rAAV9基因组以5
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到3
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的顺序包括：杂交鸡β
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肌动蛋白(CB)启动子和编码所述CLN6多肽的多核苷酸。在一些情况下，所述rAAV9基因组包括自身互补型基因组。可替代地，所述rAAV9基因组包括单链基因组。
[0011]提供了自身互补型重组腺相关病毒9(scAAV9)，其编码SEQ ID NO：1中所示的CLN6多肽，其中所述scAAV9的基因组以5
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到3
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的顺序包括：第一AAV末端反向重复；包括SEQ ID NO：3的序列的杂交鸡β
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肌动蛋白(CB)启动子；编码SEQ ID NO：2中所示的CLN6多肽的多核苷酸；以及第二AAV末端反向重复。编码所述CLN6多肽的所述多核苷酸可以与SEQ ID NO：2至少90％一致。
[0012]还提供了具有以5
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到3
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的顺序包括以下的基因组的scAAV9：第一AAV末端反向重复；CMV增强子；杂交鸡β
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肌动蛋白启动子(cb)；SV40内含子；编码SEQ ID NO：1的CLN6多肽的多核苷酸；以及第二AAV末端反向重复；具有以5
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到3
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的顺序包括以下的基因组的scAAV9：第一AAV末端反向重复；包括SEQ ID NO：3的序列的CB启动子；编码SEQ ID NO：1的CLN6多肽的多核苷酸；牛生长激素多腺苷酸化poly A序列；以及第二AAV末端反向重复；以及具有包括SEQ ID NO：4的核酸序列中示出的基因盒的基因组的scAAV9。
[0013]还提供了具有以5
′
到3
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的顺序包括以下的基因组的ssAAV9：第一AAV末端反向重复；CMV增强子；杂交鸡β
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肌动蛋白启动子(CB)；SV40内含子；编码SEQ ID NO：1的CLN6多肽的多核苷酸；以及第二AAV末端反向重复；具有以5
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到3
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的顺序包括以下的基因组的ssAAV9：第一AAV末端反向重复；包括SEQ ID NO：3的序列的CB启动子；编码SEQ ID NO：1的CLN6多肽的多核苷酸；牛生长激素多腺苷酸化poly A序列；以及第二AAV末端反向重复；或具有包括SEQ ID NO：4的核酸序列中示出的基因盒的基因组的ssAAV9。
[0014]SEQ ID NO：4所示的核酸序列是图1A中提供的基因盒。提供了包括scAAV9基因组或ssAAV9基因组的rAAV9，其包括与SEQ ID NO：4的核酸序列至少90％一致、与SEQ ID NO：4的核酸序列至少95本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种编码CLN6多肽的自身互补型重组腺相关病毒9(scAAV9)，其包括scAAV9基因组，所述scAAV9基因组以5
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到3
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的顺序包括：第一AAV末端反向重复；包括SEQ ID NO：3的核苷酸序列的CB启动子；编码SEQ ID NO：1的所述CLN6多肽的多核苷酸；以及第二AAV末端反向重复。2.根据权利要求1所述的scAAV9，其中所述scAAV9基因组以5
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到3
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的顺序包括：第一AAV末端反向重复；CMV增强子；包括SEQ ID NO：3的核苷酸序列的CB启动子；SV40内含子；编码SEQ ID NO：1的所述CLN6多肽的多核苷酸；以及第二AAV末端反向重复。3.根据权利要求1所述的scAAV9，其中所述scAAV9基因组以5
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的顺序包括：第一AAV末端反向重复；包括SEQ ID NO：3的序列的CB启动子；编码SEQ ID NO：1的所述CLN6多肽的CB启动子；牛生长激素多腺苷酸化poly A序列；以及第二AAV末端反向重复。4.根据权利要求1到3中任一项所述的scAAV9，其中编码所述CLN6多肽的所述多核苷酸包括与SEQ ID NO：2至少90％一致的序列。5.根据权利要求1到3中任一项所述的scAAV9，其中编码所述CLN6多肽的所述多核苷酸包括SEQ ID NO：2的核酸序列。6.根据权利要求1到5中任一项所述的scAAV9，其中所述scAAV9基因组包括与SEQ ID NO：4的核酸序列至少90％一致的核酸序列7.根据权利要求1到5中任一项所述的scAAV9，其中所述scAAV9基因组包括与SEQ IDNO：4的核酸序列至少95％一致的核酸序列。8.根据权利要求1到6中任一项所述的scAAV9，其中所述scAAV9基因组包括SEQ IDNO：4的核酸序列。9.根据权利要求1到8中任一项所述的scAAV9，其中所述AAV末端反向重复是AAV2末端反向重复。10.根据权利要求1到10中任一项所述的scAAV9，其中所述rAAV9基因组包括单链基因组。11.一种核酸分子，其包括：第一AAV末端反向重复；包括SEQ ID NO：3的序列的CB启动子；编码SEQ ID NO：1的CLN6多肽的核酸序列；以及第二AAV末端反向重复。12.根据权利要求11所述的核酸分子，其包括：第一AAV末端反向重复；包括SEQ ID NO：3的核苷酸序列的CB启动子；SV40内含子；编码SEQ ID NO：1的所述CLN6多肽的核酸序列；以及第二AAV末端反向重复。13.根据权利要求11所述的核酸分子，其包括：第一AAV末端反向重复；包括SEQ ID NO：3的核苷酸序列的CB启动子；编码SEQ ID NO：1的所述CLN6多肽的核酸；牛生长激素多腺苷酸化poly A序列；以及第二AAV末端反向重复。14.根据权利要求11到13中任一项所述的核酸分子，其中编码所述CLN6多肽的所述核酸包括与SEQ ID NO：2的核酸序列至少90％一致的序列。15.根据权利要求11到13中任一项所述的核酸分子，其中编码所述CLN6多肽的所述核酸包括SEQ ID NO：2的核酸序列。16.根据权利要求11到15中任一项所述的核酸分子，其包括与SEQ ID NO：4的核酸序列至少90％一致的核酸序列。17.根据权利要求11到15中任一项所述的核酸分子，其包括与SEQ ID NO：4的核酸序列
至少95％一致的核酸序列。18.根据权利要求11到15中任一项所述的核酸分子，其包括SEQ ID NO：4的核酸序列。19.根据权利要求11到18中任一项所述的核酸分子，其中所述AAV末端反向重复是AAV2末端反向重复。20.一种自身互补型重组腺相关病毒9(scAAV9)，其包括根据权利要求11到19中任一项所述的核酸分子。21.根据权利要求20所述的scAAV9，其中所述scAAV9包括单链基因组。22.一种rAAV颗粒，其包括根据权利要求11到19中任一项所述的多核苷酸序列。23.根据权利要求22所述的rAAV颗粒，其中所述rAAV颗粒包括单链基因组。24.一种编码CLN6多肽的重组腺相关病毒9(rAAV9)病毒颗粒，其包括rAAV9基因组，所述rAAV9基因组以5
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到3
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的顺序包括：包括与核酸序列SEQ ID NO：6至少90％一致的核酸序列的CMV增强子；包括与核酸序列SEQ ID NO：3至少90％一致的核酸序列的鸡β
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肌动蛋白启动子；以及编码与SEQ ID NO：1的氨基酸序列至少90％一致的CLN6多肽的多核苷酸。25.根据权利要求24所述的rAAV9病毒颗粒，其中所述rAAV9基因组包括自身互补型基因组。26.根据权利要求24所述的rAAV9病毒颗粒，其中所述rAAV9基因组包括单链基因组。27.根据权利要求24到26中任一项所述的rAAV9病毒颗粒，其中所述rAAV9基因组以5
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到3
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的顺序包括：第一AAV末端反向重复；包括与核酸序列SEQ ID NO：6至少90％一致的核酸序列的所述CMV增强子；包括与核酸序列SEQ ID NO：3至少90％一致的核酸序列的所述鸡β
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肌动蛋白启动子；编码与SEQ ID NO：1的氨基酸序列至少90％一致的CLN6多肽的所述多核苷酸；以及第二AAV末端反向重复。28.根据权利要求24到27中任一项所述的rAAV9病毒颗粒，其中编码所述CLN6多肽的所述多核苷酸包括与SEQ ID NO：2的核酸序列至少90％一致的核酸序列。29.根据权利要求24到28中任一项所述的rAAV9病毒颗粒，其中所述rAAV9基因组包括与核酸序列SEQ ID NO：4至少90％一致的核酸序列。30.根据权利要求24到28中任一项所述的rAAV9病毒颗粒，其中所述rAAV9基因组包括与核酸序列SEQ ID NO：4至少95％一致的核酸序列。31.根据权利要求24到30中任一项所述的rAAV9病毒颗粒，其中所述AAV末端反向重复是AAV2末端反向重复。32.根据权利要求24到31中任一项所述的rAAV9病毒颗粒，其中所述rAAV9基因组进一步包括SV40内含子。33.根据权利要求24到32中任一项所述的rAAV9病毒颗粒，其中所述rAAV9基因组进一步包括BGH poly
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A序列。34.一种核酸分子，其包括rAAV9基因组，所述rAAV9基因组以5
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到3
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的顺序包括：第一AAV末端反向重复；具有与核酸序列SEQ ID NO：6至少90％一致的核酸序列的CMV增强子；具有与SEQ ID NO：3的核酸序列至少90％一致的核酸序列的鸡β
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肌动蛋白启动子；编码与SEQ ID NO：1的氨基酸序列至少90％一致的CLN6多肽的多核苷酸；以及第二AAV末端反向重复。35.根据权利要求34所述的核酸分子，其中所述rAAV9基因组包括自身互补型基因组。36.根据权利要求34所述的核酸分子，其中所述rAAV9基因组包括单链基因组。
37.根据权利要求34到36中任一项所述的核酸分子，其中所述rAAV9基因组以5
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到3
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的顺序包括：第一AAV末端反向重复；具有与核酸序列SEQ ID NO：6至少90％一致的核酸序列的所述CMV增强子；具有与SEQ ID NO：3的核酸序列至少90％一致的核酸序列的所述鸡β
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肌动蛋白启动子；编码与SEQ ID NO：1的氨基酸序列至少90％一致的CLN6多肽的所述多核苷酸；以及第二AAV末端反向重复。38.根据权利要求34到37中任一项所述的核酸分子，其中编码所述CLN6多肽的所述多核苷酸包括与SEQ ID NO：2...

【专利技术属性】
技术研发人员：K，
申请(专利权)人：全国儿童医院研究所，
类型：发明
国别省市：