一种基于磁珠的RNApulldown新方法技术

本发明专利技术公开了一种基于磁珠的RNA pull down新方法，包括如下步骤：1）体外转录获得目的RNA；2）制备寡核苷酸或单个核苷酸磁珠；3）制备目的RNA磁珠复合物；4）捕获目的RNA

【技术实现步骤摘要】
一种基于磁珠的RNA pull down新方法


[0001]本专利技术涉及一种基于磁珠的RNA pull down新方法及试剂盒，属于生物


技术介绍

[0002]细胞内分子间的相互作用是细胞信号转导的基础。要阐明细胞生物学功能的分子机制避不开研究分子间的相互作用，进而弄清信号转导过程，从而理解其分子机理并找到干预疾病进程的靶点。近年来，越来越多的研究表明RNA特别是长链非编码RNA（long noncoding RNA, lncRNA）与蛋白的相互作用能够调控蛋白的稳定性、修饰、转位等。目前研究lncRNA与蛋白的相互作用主要有如下方法：1）RNA pull down方法（以Thermo公司的Pierce
TM Magnetic RNA
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Protein Pull
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Down Kit为代表），以RNA为主要研究对象，采用此方法可找到与RNA相互作用的蛋白分子；2）RNA immunoprecipitation (RIP)方法（以Millipore公司的 Magna RIP
TM RN本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于磁珠的RNA pull down新方法，其特征在于，包括如下步骤：1）体外转录获得目的RNA；2）制备寡核苷酸或单个核苷酸磁珠；3）制备目的RNA磁珠；4）捕获目的RNA
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蛋白复合物；5）收集目的RNA
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蛋白复合物。2.根据权利要求1所述的一种基于磁珠的RNA pull down新方法，其特征在于，所述步骤1）体外转录获得目的RNA的方法为：针对不同目的RNA的研究，通过人工设计，合成或引物扩增相应的DNA模板，在获得纯化的DNA模板后通过体外转录、纯化获得目的RNA。3.根据权利要求1所述的一种基于磁珠的RNA pull down新方法，其特征在于，所述步骤2）寡核苷酸或单个核苷酸磁珠的制备方法为：将人工合成的寡核苷酸通过直接固定或者间接固定到磁珠上，直接固定不需要预处理直接使用，事先将羧基磁珠通过EDC和NHS活化，与人工合成的带氨基的寡核苷酸或单个核苷酸通过生成酰胺键共价固定到磁珠上；间接固定需要预处理，具体步骤是将生物素标记的寡核苷酸或单个核苷酸与链霉亲和素磁珠在核苷酸捕获缓冲液中孵育，采用旋转混合仪持续混匀，孵育时间为30 min
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120 min，孵育温度为15℃
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37℃，通过生物素与链霉亲和素的亲和力将寡核苷酸或单个核苷酸间接固定至磁珠表面，经过磁分离、洗涤获得寡核苷酸或单个核苷酸磁珠，核苷酸捕获缓冲液包括：10
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50 mM Tris、pH 7.0
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7.5、0.5
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1 M NaCl、1
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5 mM EDTA，洗涤缓冲液包括：10
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50 mM Tris、pH 7.0
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7.5、10
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50 mM NaCl、0.1
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1% 吐温20。4.根据权利要求1所述的一种基于磁珠的RNA pull down新方法，其特征在于，所述步骤2）中的寡核苷酸为人工合成的5
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30个碱基的寡核苷酸，其构成的碱基为A、U、C、G，其末端的1
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3个碱基上带有氨基或者生物素，具体方法为用带氨基的核苷酸或者带生物素的核苷酸合成寡核苷酸末端的1
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3个核苷酸；氨基或生物素标记的单个核苷酸，其构成为生物素、磷酸基团、核糖或脱氧核糖、碱基，其中碱基为A、U、C、G，氨基或生物素与碱基之间包含5
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30个碳原子。5.根据权...

【专利技术属性】
技术研发人员：喻常富，
申请(专利权)人：重庆范德瓦尔斯生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：